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1947年浙江大学医学院附属医院成立时的合影
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建国初期，我国的传染病防治形势十分严峻。浙江具有水乡、沿海、丘陵和山区的地理环境，血吸虫病、肺吸虫病、肠道传染病和钩端螺旋体病等发病率和病死率都较高，严重威胁人民群众的健康和生命。为了贯彻落实“预防为主”的卫生工作方针，有效控制和治疗传染病，保障人民群众的健康和生命，加强传染病学的教学，培训传染病防治人才，1955年9月，浙江医学院附属第一医院将原由内科承担的传染病防治工作划分出来，建立了传染病和感染性疾病病房，设病床30张。1956年，在王季午教授的领导下，浙江医学院建立了传染病学教研组，附属第一医院正式成立传染病科。
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1958年，何南祥教授从苏联学习深造病毒学回国，组建了浙江医学院微生物研究所，开展了脊髓灰质炎病毒、肝炎病毒等方面的研究。为了加强传染病基础研究，1964年，在时任副校长的王季午教授领导下，创建了直属浙江医科大学领导的传染病研究所，分设病毒病、细菌病和寄生虫病3个研究室，开展了一系列科学研究，尤其在麻疹疫苗预防接种、细菌内毒素鲎试验、血吸虫病发病机理和杀灭钩端螺旋体的实验研究中取得了显著成果。
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1996年，浙江医科大学传染病研究所、传染病教研室、传染病科合并、重组为传染病研究所，下设研究部、临床部和教研室。同年卫生部批准设立病毒性传染病重点实验室。1998年四校合并后，浙江大学传染病学科改现名，主要由感染病中心（传染病科、传染病学教研室、传染病研究所）、卫生部传染病重点实验室、浙江省传染病重点实验室、国家中医药管理局3级实验室等组成。卫生部重点实验室和国家重点学科的建立，以及传染病专科楼的启用是传染病学科上规模、上水平发展的转折点，也是快速跨入国内外传染病学术研究前沿的起点。
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王季午是我国编著传染病学教材的奠基者。上世纪50年代，中国高等医学院校都采用外国的传染病学教材，但由于中国的传染病的发病情况与国外有所不同，王季午决心要编写出一本适合中国国情的传染病学教材。
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上世纪50年代中期，他自编了一本《传染病学》讲义，在浙江医学院试用，教师和学生反应均很好。1959年，在卫生部统一组织下，由他主编，联合吴朝仁、钱惪、曹钟梁、戴自英、杨超前等传染病学教授，编写和出版了中国第一部高等医药院校教材《传染病学》，王季午亲自主持制定了教学大纲。他在主编这部教材中，参考了大量国内外有关文献书刊，吸收了国内外传染病研究的最新成就，并进行了中西医结合的尝试。该书内容充实，精炼，全面，条理清晰，深入浅出，自1959年第一版问世以来，深受全国广大师生欢迎。这部教材由他主持重编至第3版。
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王季午带领医务人员在进行临床研究
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此后，王季午积极探索办学规律，整理、出版了一批高等医学院校和广大医务工作者急需的传染病学教材与著作。1973年卫生部下达文件要重编高等医学院教材《传染病学》，王季午任主编。他在无专用办公室的情况下，在狭小的家里，承担这一任务，经过一年的艰苦劳动完成了这本书。此后，他又相继承担了《传染病学》、《热带医学》、《中国医学百科全书》传染病学分卷、《内科理论与实践》传染病篇等六部著作的编写工作。创办了《中华传染病杂志》，担任主编。1979年，他主编的97万字的中国第一部传染病学参考书《传染病学》出版，为中国高级医药卫生人才进修学习，提供了一部高级专著，1989年该书获浙江省科协优秀论著一等奖。1980年夏，他主编的高等医学院校教材《传染病学》出版，1988年被卫生部评为优秀教材，并列为中国优秀科技图书，1996年又获卫生部科技进步二等奖。为了编写好传染病学教材和参考书，王季午几乎献出了后半生的全部课余时间和假期。
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传承王季午高度重视传染病学教材建设的优良作风，传染病学科的专家们积极主持或参与传染病学教材和专著的编写。2004年，李兰娟主编了教育部全国高等学校医学规划教材《传染病学》，同时，作为主要编写单位参加了卫生部全国高等医药院校教材《传染病学》第四、五、六版的编写工作。此外还主编了卫生部全国在职卫生人员培训规划教材《新发传染病》（2004年），教育部7年制全国高等医药教材建设研究会规划教材《传染病学》（2002年），教育部继续医学教育《传染病学参考资料》等。10年间，还主编了许多传染病方面的专著，主要有：传染病专业参考书——《传染病学》第四版（马亦林），《人类病毒性疾病》（刘克洲、陈智），《感染微生态学》（李兰娟），《人工肝脏》（李兰娟），《传染性非典型肺炎》（李兰娟），《实用肝脏病手册》（刘克洲、郑树森、陈智）等。2003年9月，由李兰娟教授担任主编的《感染病》杂志正式创刊。
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抗击传染病，曙光初现
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在王季午教授的带领和倡导下，传染病教研组、传染病科和传染病研究所先后建立，集聚了雄厚的传染病临床、教学和研究人才，培育了“严谨求实”的优良学风，为传染病学科的发展打下了坚实的基础。建科伊始，王季午、张鸿典等老一辈的教授、老师经常带着师生深入农村、工矿进行防病治病和科学研究。从此，这个学科团队在现代生命科学技术飞速发展时代，在传染病学领域画上了自己重彩浓墨的一笔。
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1952年，浙江临海很多农民得了一种发高热的、黄疸出血性的流行病，有的病人不治而亡。王季午亲临现场，发现这些发烧的病例可能是钩端螺旋体病。他和同事们对尸体进行解剖，终于在人体肾组织切片内及尿、血和脑脊髓中找到并分离出病原体钩端螺旋体，并获得了纯培养，从而证实了钩端螺旋体病在浙江省的流行。此后，广东、四川以及全国各地陆续报道该病在各地区的流行。该病的证实以及直接从人体组织中找到和纯培养钩端螺旋体成功，这在当时属国内首次发现，后因此而获得1978年全国科学大会奖。
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1954年，许多志愿军战士患肺吸虫病，当时卫生部组织了一个关于肺吸虫病防治的全国委员会，研究如何解决这一流行病，浙江省也成立了相应的机构。王季午与徐纪发、周学章等专家于1955年成功地采用氯喹与吐根碱合并疗法，获得了巨大的成功。这一疗法为当时最有效的治疗方法，被全国各地和朝鲜推广应用。同年，在衢州造飞机场时，许多工人也得了发高烧的毛病，什么病？如何医治？当时浙江尚无人研究。王季午又一次亲赴现场，细心调查研究，首次证实为急性肺吸虫病在浙西地区的流行，并制定措施及时予以控制。由于他的不凡成就，1956年，王季午被评为全国先进工作者，受到毛泽东主席等中央领导的接见。
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1962年，为控制霍乱在浙江部分地区的大流行，张鸿典主任带领小分队奔赴温州地区为当地病人服务，开展科研工作，随后又在上虞、慈溪等地继续开展霍乱的防治及科研工作，小分队成员侯信江因过度劳累心脏病发作，病死在霍乱防治基地。
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1965年，张鸿典教授组织血防医疗队到常山县建立了血吸虫病防治点，对血吸虫病的诊断、治疗与预防进行了8个月的研究与探索，制定了防治方案（重点观察硝唑咪的疗效），并验证了各个阶段防治血吸虫病的诊断技术和药物。在此期间，省内发现有可疑或不明病原体的疾病流行，传染病科总是派专业人员协助鉴定。临床医生不辞劳苦，不计报酬地参加当时的流脑、乙脑、麻疹、肝炎、钩体病、出血热、霍乱、血吸虫病、疟疾、丝虫病等传染病的防治、会诊及科研工作，其为人民服务精神可歌可泣。
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1968年，当钩端螺旋体病在我省流行时，传染病科派出小分队在柯桥建立科研基地，对病原学、临床及流行病学等开展全面研究工作。1970年进行的抗血吸虫病新药锑-273（中速片）研究为当时推广应用该药治疗血吸虫病提供了科学依据，成果获1987年全国科学大会奖。
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1980年8月，海宁县许村出现大批发热病人，短期内发生死亡病例。由于诊断不清，当地人心慌乱，严重影响了生产和生活秩序。一些病人被送到传染病科，很快被明确诊断是钩端螺旋体病。医院组成了由郑经川、李兰娟、厉有名等医师负责的医疗队，迅速赶往隔离疫区开展救治工作。队员们利用当地的学校、礼堂等，就地设立了病房，使病人得到了及时有效的救治，同时，指导当地有关部门采取相关措施控制了疾病的发展和蔓延。80年代，我省部分地区流行性出血热高发，病死率居高不下，传染病科派出医师到新昌、嵊县等地参加防治工作。在马亦林的指导下，徐晓、赵年丰等开展了流行性出血热发病机制的研究，研究成果获浙江省科技进步二等奖。
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1983年，上级有关部门抽调传染病科医护人员组成浙江省防治血吸虫病会战组，在嘉兴开展吡喹酮治疗血吸虫病的研究工作。随后又在常山与当地血防医院合作建立了血吸虫病防治研究点。血吸虫病的科研和临床工作为控制血吸虫病起了积极作用，传染病科先后获浙江省和全国血防先进集体称号，研究成果获卫生部科技进步二等奖。同年，浙江省3名血友病患者因输注美国的第Ⅷ因子制剂而感染HIV，传染病学科的研究人员在获得病人诊断情况后，以对新发传染病的高度敏感，及时加入对该病人的随访研究中，1990年对Ⅷ因子制剂和3名病人进行血清学检测和HIV病毒分离，在国内较早地获得了HIV感染的临床和实验室研究数据，为日后的艾滋病研究打下了良好的基础。该研究成果获1991年浙江省科技进步二等奖。
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1980年和1983年，传染病学教研组受卫生部的委托，举办了二期全国高等医学院校传染病师资培训班，学制一年。师资培训班的举办，不仅提高了传染病学科的教学能力和水平，也进一步扩大了学科在全国的学术影响。
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20世纪80年代初，全国各地妇产科发现乙肝孕妇较多，浙江省范围内也是。孩子尤其是新生儿中患乙肝的也非常多。乙肝孕妇为什么集中出现？这些孕妇所生的孩子会不会也成为乙肝患者？这些感染的孩子是出生后感染的，还是出生前母体中就已经被感染的？为什么有的孩子接种乙肝疫苗效果很好，而有的却没有任何效果？传染病学科遂联合浙江省出生人数最多、同属浙医大附属医院的妇保院（现浙江大学医学院附属妇产科医院）开展了乙肝母婴传播及乙肝免疫的随访研究。1983—1985年，王季午与何南祥教授指导博士研究生首次证实乙型肝炎病毒宫内感染的存在，也就是说，如果没有可靠的干预措施，乙肝妇女怀孕期间可能会使她的孩子也感染上乙肝病毒。这个研究成果被专家认定处于国际领先水平，1986年获国家教委科技进步二等奖。这项研究为乙肝病毒的母婴阻断提供依据。1985年，卫生行政部门出台有关计划免疫规定，对出生的新生儿全面开展乙肝疫苗接种。此后，传染病学科和妇产科学科继续联合，就“阻断乙肝母婴传播”、“乙肝疫苗持久性”等展开深入研究，取得可喜成效，周绍聪、王引福、孔慧琴等人的研究成果获1992年浙江省科技进步二等奖。
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1988年，上海发生甲型肝炎爆发流行，波及浙江。在李兰娟、马亦林等带领下，传染病科全体医务人员全力投入防治工作。传染病病房全部收治甲型肝炎病人，后因病人过多，医院确定将当时的一楼大教室桌椅全部拆除，开辟为临时病房，同时还开辟了家庭病房，李兰娟、林瑞炮等医师还上门为病人治疗。在高峰时期，病房平均收治的甲型肝炎病人多达100余人，全体医务人员不怕疲劳，不计得失，坚守岗位，出色完成了甲型肝炎救治任务。值得追忆的是，在此时期，传染病的防治任务依然十分繁重，临床医师经常要到基层会诊和指导救治工作，为控制传染病和保护人民的健康无私地奉献。
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2003年初，一种突发的新传染病——SA RS袭击人类，我国为疫情最为严重的国家。早在2003年初，传染病学科的研究人员就已经敏锐地观察到疫情发生和进展的严重性，较早成立了由李兰娟教授挂帅，卫生部传染病重点实验室、浙江省疾病预防控制中心等单位组成的SA RS联合攻关小组，制定了科技攻关计划，并被浙江省科技厅启动“绿色通道”批准立项。4月19日晚，浙江省首次发现3例输入性临床诊断病例，传染病学科的临床科研人员当晚即启动紧急预案，全面投入对SARS病人的实验诊断、临床救治和科技攻关工作中。李兰娟肩负卫生厅厅长和SARS防控救治专家组组长这两副重担，在抗击SARS中很好地发挥了传染病专家和行政管理者集一身的优势和关键作用。此外，马亦林、陈亚岗、马伟杭、盛吉芳、俞云松等医师全面参加了SARS疑似病人、临床诊断病人的会诊与救治工作，王捷医师主动报名，冒着被传染的威胁，进入SARS定点医院隔离病房参与了病人的救治工作，并出色地完成任务。在李兰娟的带领下，吴南屏、沃健尔、徐威等研究人员在有关单位和科室研究人员的联合攻关下，在较短的时间里取得了以下科研成果：成功地分离到SARS冠状病毒，并进行了全基因序列分析，中国大陆第二、国际第八位成功登录GenBank；在国内外首次发现SARS病人PBMCs中有SARS冠状病毒复制中间体负链RNA即复制型SARS冠状病毒的存在，为探讨SARS发病机制、合理设计和研制抗SARS药物和疫苗研制提供理论和实验依据；成功地研制出特异性检测SARS冠状病毒基因的实时荧光核酸扩增诊断试剂盒，并获发明专利；为政府和卫生行政部门在控制传染源、切断传染途径，保护易感人群方面提出决策建议，使浙江在果断采取了一系列有效的措施后，未发生二代病人和医务人员感染。传染病学科医务人员和科研工作者在抗击SARS中所发挥的作用，充分体现了该学科配合政府处理突发公共卫生事件、快速诊断和积极救治新发传染病的能力和水平。