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功能词的运用也反映出各种语言之间在语法上的一些差别。虽然所有语言都拥有功能词，但它们的属性却各不相同，因而对相关语言的结构特征产生了重大影响。我们前面提到过一个例子：拉丁语中的显格和一致性标记使得名词短语的位置可以随意调换，而英语中的无形之格则迫使名词短语各安其位，不可妄动。功能词决定了一门语言的语法外观与风格。就像下面的文字，它们没有一个实词，全由功能词构成：
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DER JAMMERWOCH
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Es brillig war. Die schlichte Toven
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Wirrten und wimmelten in Waben.
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LE JASEROQUE
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Il brilgue: les tôves lubricilleux
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Se gyrent en vrillant dans la guave.[1]
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我们还可以从一些趣味文章中领略功能词的影响，它们由一种语言的功能词和另一种语言的实词构成。例如下面这段用“伪”德文写成的告示，它过去常常被张贴于英语国家大学的计算机中心：
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ACHTUNG! ALLES LOOKENSPEEPERS!
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Das computermachine ist nicht fuer gefingerpoken und mittengrabben. Ist easy schnappen der springenwerk, blowenfusen und poppencorken mit spitzensparken. Ist nicht fuer gewerken bei das dumpkopfen. Das rubbernecken sightseeren keepen das cottenpickenen hans in das pockets muss; relaxen und watchen das blinkenlichten.
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为公平起见，德国的计算机操作员也如法炮制，将这段文字翻译成了“伪”英文，并把它贴了出来：
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ATTENTION
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This room is fulfilled mit special electronische equippment. Fingergrabbing and pressing the cnoeppkes from the computers is allowed for die experts only! So all the “lefthanders” stay away and do not disturben the brainstorming von here working intelligencies. Otherwise you will be out thrown and kicked andeswhere! Also: please keep still and only watchen astaunished the blinkenlights.
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任何一个见识稍广的人都知道，乔姆斯基在其学术生涯中的一大贡献是提出了“深层结构”（deep structure）的概念，以及一组能将深层结构映射为“表层结构”（surface structure）的“转换规则”（transformation）。在行为主义盛行的20世纪60年代，乔姆斯基的这些术语一石激起千层浪，深层结构一词逐渐被用来指代任何一种含而不露、深奥难测的对象，或者具有普遍、深远意义的事物。没过多久，学界就开始热烈地讨论视觉感知、故事、神话、诗歌、绘画、音乐作品的深层结构。然而，我不得不透露一个颇为煞风景的事实：深层结构只是语法理论中一个平淡无奇的工具，它既不代表句子的意义，也并非为人类语言所共有。虽然普遍语法和抽象的短语结构似乎是语法理论的永恒特征，但许多语言学家都认为深层结构并非不可或缺，就连乔姆斯基本人在他的最新著作中也发表了类似看法。为防止人们对“deep”（深层）一词产生过多联想，如今的语言学家通常将其称之为“d-结构”，它实际上是一个很简单的概念。
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根据前文所述，如果要构造一个正确的句子，首先必须满足动词的需要：动词词条中所列举的所有角色必须按部就班地出现在指定位置。但在许多句子中，动词的需求似乎并没有得到满足。例如，动词“put”需要一个主语、一个宾语和一个介词短语。无论是“He put the car”还是“He put in the garage”，听起来都不完整。那么，我们又该如何解释下面这些合乎语法的句子呢？
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The car was put in the garage.
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汽车被停在车库里。
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What did he put in the garage?
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他把什么停在了车库里？
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Where did he put the car?
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他把汽车停在了哪里?
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在第一句中，即便缺少宾语，动词“put”也没有问题，这似乎与它的属性不符。而且，此时的它绝不能携带宾语，像“The car was put the Toyota in the garage”这样的句子显然贻笑大方。在第二句中，“put”一词也同样缺少宾语。在第三句中，“put”缺少必备的介词短语。这是否意味着我们应该为“put”一词增加新的条目，以便它可以在没有宾语或介词短语的情况下出现呢？显然不是，否则像“He put the car”“He put in the garage”这样的句子就会大行其道。
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其实从某种意义上说，那些必需的短语实际上是存在的，只不过它们并没有出现在预期的位置。第一个句子是被动结构，扮演“所放之物”角色的名词短语“the car”并没有按照惯例充当宾语，而是出现在了主语的位置。第二个句子是特殊疑问句（即由“who”“what”“where”“when”和“why”领起的问句），“所放之物”的角色由“what”一词充当，出现在句首。在第三句中，“放置之处”的角色也出现在句首，而非像通常那样跟在宾语之后。
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我们可以用一套简单的理论来解释上述所有状况：每个句子都拥有两种短语结构。到目前为止，我们所讨论的结构都是深层结构，它是由超级规则所规定的结构。深层结构是心理词典与短语结构的接口。在深层结构中，动词“put”的所有角色都出现在它们的预期位置。然而，通过所谓的“转换”操作，句中的短语可以“移动”到树形图中有待填补的空当中去，而这个空当就是该短语在句中的实际位置，这个新的树形图就是表层结构（如今被称为“s-结构”，因为“表层”一词容易使人们缺乏对它应有的尊重）。以下是被动句的深层结构和表层结构：
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