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公元前68年（地节二年），汉军再次进攻车师，攻克了车师首都交河城，但没有抓住车师国王，当粮食耗尽后，汉军撤离。
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第二年，汉军再攻车师，车师王投降汉朝。匈奴到来后，车师王害怕受到报复，逃到了乌孙。汉朝将车师王的妻子送往长安，待遇优厚地供养起来，接见外国使臣时请其登场，以显示大汉的优待。与此同时，汉军发兵三百人在车师屯田，准备持久战。
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下一年，匈奴将车师残部召集起来，另立国王，迁往东部，这是车师的第二次“搬家”。
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汉军在车师的屯田也进行得不顺利，只过了几年，就在公元前64年（元康二年）放弃了。
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公元前60年（神爵二年），匈奴日逐王投降了汉朝，汉军又一次发动攻击，击败了车师。
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在这一系列的打击下，车师再次成了碎片，它已经不再是一个国家，而是分成了八个国家。在车师国的首都，是一个叫车师前国的国家，而在吐鲁番盆地以北的博格达山北麓，分布着车师后国，以及所谓的“山北六国”[53]。车师分裂后，各个国家时而依靠汉朝，时而投往匈奴，但作为一个整体的车师国的消失，让这个碎片化的地区不再对汉朝构成明显的威胁了。
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表1 《汉书》记载的西域国家[54]
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续表
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共计54国，受西域都护府管辖的共50国，自译长、城长、君、监、吏、大禄、百长、千长、都尉、且渠、当户、将、相至侯、王，都被授予汉朝的官爵，共376人。康居、大月氏、安息、罽宾、乌弋山离等国因为距离遥远，不在统计之内。
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在西域，除了几个大国，其余大都是楼兰、车师这样的小国。它们虽然号称“西域三十六国”，但《汉书》一共记载了西域54个国家。这些国家大小相差巨大，除了几个大国，其余的人口甚至比不上一个村子。人口最少的只有194人（单桓），兵力最少的只有45人（单桓、狐胡）。可见，所谓的西域国家，有许多只是一个绿洲附近形成的居民点而已。它们与其说是一个国家，不如说只是一个城市或者一个村庄，只是幸运地占据了一片绿洲和草场，才被当作一个国家对待。
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但西域国家中也有一些大国，包括罽宾、乌弋山离、安息、大月氏、康居、奄蔡、大宛、乌孙。它们的人口大都有几十万甚至数百万，[55]是典型的占据了广大土地的大民族。
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除了这些大国，小国人口最多的是龟兹（81317人），其他大部分小国的人口都在几百到几千人之间。在西汉政府的西进政策下，到最后，这些国家大都在一定程度上表示对西汉政府的臣服。于是，西汉政府在西域建立了一个新的机构：西域都护府。
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西域都护府所辖的国家包括了所有的小国，外加大宛、乌孙两个大国，至于罽宾、乌弋山离、安息、大月氏、康居，可能还有奄蔡，由于位置偏远，连隶属关系都不存在。从这里也可以看出，西域都护府管辖的区域大致在现代中国边境以内，只有大宛（费尔干纳谷地）、乌孙（首都赤谷城位于吉尔吉斯斯坦的伊塞克湖南面，已经出了现代的中国边境）和奄蔡（花剌子模地区）在国境之外，但它们的情况在后面还会提到。
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西域都护府建立的时间是公元前68年（地节二年）[56]，首任都护是郑吉，最初只是有职无府，后来在乌垒城[57]设立了官府。
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在西汉时代，西域都护共有18人。除了特殊情况，可能采取了三年一任的做法。[58]但西域都护府并不是一个容易稳定的机构，这里的人员只有数百人，却必须维持如此庞大的地域，与其说是依靠强力，不如说是依靠外交手腕。一旦外交失控，都护们可能都会有生命危险。
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比如，王莽时期的都护但钦，就是由于西汉末年无暇西顾时，西域诸国纷纷重新投靠匈奴，焉耆等国家叛离后攻陷了都护府，将他杀死的。[59]
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表2 西域都护表[60]
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既然仅仅依靠强力不足以维持对西域的控制，那么另一个策略就是控制几个大国，让它们成为小国的榜样，从而归附汉朝。
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其中最大的榜样，就是拥有63万人口和18.88万兵力的乌孙……
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