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同时，在北方朝廷的官员，以及前往北京的龙华民二人，也在不断想办法软化局势。只是由于沈㴶的坚决，才让皇帝签署了驱逐令。
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第二年，皇帝的命令才下达。沈㴶坚持将两个在南京的教士各打十大板（曾德昭身体不好免打），装入囚笼，花了30天送往广州。一到广州，他们就被放出来自由活动，等北京的两位被驱逐的教士到了，再一起送往澳门。
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但是几年后，由于战争的需要，皇帝就下令把他们召回北京去了。这时沈㴶已经失势，再也没有人能够阻止这些科学家和技术人才回归了。皇帝不需要信仰，但皇帝需要打仗。
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耶稣会就以这样一种扭曲的形式继续存在，他们的真实目的是为了传教，但在中国，没有多少人对基督教感兴趣，他们感兴趣的是西方的地理知识、科学知识和技术能力。就连徐光启、李之藻这样的基督徒也对西方的数学、天文等知识更感兴趣。[228]
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除了军事技术，耶稣会的另一个让皇帝感兴趣的科学技术是历法。历法作为中国礼制的一部分，是神圣的，但由于欠缺天体运行模型，中国的历法，特别是对日月食的计算却总是不够精确。
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在教难之前利玛窦去世那年，由于原来的历官推算日食失败，就已经有人建议将司天监交给传教士，并让他们重新制定历法。到了崇祯年间，徐光启更是建议重新开局，由传教士汤若望、罗雅谷等人制定新的历法，名为《崇祯历》，这部历法已经制好，却由于亡国没有启用[229]。
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其余传教士的知识包括如下几类[230]：
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数学。在众多科学中，数学是各种科目的基础。中国人虽然在数学上也有不少成就，但在整体上却是缺乏数学观念的社会。因此，不管是徐光启还是李之藻，都首先对数学产生了好奇心。利玛窦在世时就曾经写了《乾坤体义》，上卷论述天文，下卷就是数学。到了后来，徐光启又怂恿利玛窦将欧几里得的《几何原本》翻译出来，这是在国内第一次对欧式几何进行系统性的介绍。除此之外，在测量、三角、圆、对数、代数等多方面，传教士和中国的信徒也都做了译介和研究。
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天文学。天文学是几何学的孪生兄弟，对于中国人而言，天文学的日月模型，就是一种极其有趣的“异闻”。但只有在相信这个异闻的基础上，才能对天象做出更准确的预判。利玛窦之后，在徐光启主导下，传教士团队长期把持明朝天文局，到了清朝，皇族换了，但天文科学家却没有换，西方人继续把持中国的历法。这表明中国人是承认西方在天文学上的造诣的。当然，这个领域也是争夺最激烈的领域，接下来还会再谈到。
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地理学。也正是在传教士的影响下，中国人第一次了解到美洲的情况。在之前，中国人的活动范围就是亚洲，而传闻范围则可以扩展到欧洲和非洲[231]。传教士却详细地介绍了世界的情况，并加入了对美洲的认知。
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这其中的代表作是艾儒略的《职方外纪》和南怀仁的《坤舆图说》。《职方外纪》作于公元1623年（天启三年），也就是南京事件结束不久。全书将世界分成了五个大洲，前四个分别是亚细亚、欧逻巴、利未亚（非洲）和亚墨里加（美洲）。除此之外，还有一个叫作墨瓦腊泥加的洲，这个洲位于南美洲之南，是麦哲伦（莫瓦兰）在经过麦哲伦海峡时，看到海峡以南还有土地，便称之为火地，也就是现在的火地岛。由于麦哲伦看到了这片陆地，人们推测，在南美洲以南还有一个大陆。这个大陆被称为南方大陆，后来欧洲人耗费了无数精力，只找到了南极洲和大洋洲，却都与他们设想的南方大陆不完全吻合。
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《职方外纪》详细介绍了前四个大洲上的国家，最后又总括地介绍了四海[232]。
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进入清朝后，传教士南怀仁又写了一本《坤舆图说》，这本书除包含《职方外纪》的内容之外，还又加入了许多科学知识，比如地球物理、气候、动物、人文等多方面，他甚至介绍了古代西方的七大奇迹[233]。
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这些书籍本来可以促进中国人对于世界的了解，不幸的是，它们起到的作用都不大。最主要的原因，就是它们采取了世界视角的坐标系，没有将“中央之国”放在中心位置。比如，清朝人[234]就曾经考证过，《职方外纪》的五大洲来自战国时期邹衍的学说，是诞诳之说。
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这种态度导致即便世界已经主动来到了家门口，但中国人还是毫无所知。在少数先知先觉者（如徐光启）死后，人们对于地理知识的漠视，迟早会带来灾难性的结局。
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军事学。主要就是汤若望所代表的火器制造技术，以及利用火器状况下的排兵布阵。
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物理化学。以水利、钟表、冶炼等为代表。
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西洋美术。由于中国美术以平面图像为主，而西洋美术却已经进化到立体图像，明末清初也进入了一个利用西洋美术改造国画的时期，最著名的就是乾隆时期的外国画家郎世宁。
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然而，虽然总结了这么多，但其实影响又都是非常有限的，这些奇技淫巧必须装入中国哲学的旧瓶之中才允许发展，但中国哲学已经不能够适应这个多变的世界，因此，传教士们即便不谈信仰，在科学上也很难通过那些保守官员的审查。在这些官员的影响下，本来可能加速中国科技化的步伐变得越来越慢，直至完全停滞。
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西方人眼中的明清换代
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公元1650年（南明永历四年，清顺治七年），大明王朝最后的皇太后王氏决定孤注一掷，向欧洲求援。[235]
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随着清军占领北京，继续向南进军，明朝在中国南部的残部进行了孱弱的抵抗后，被压向了更南方。弘光、隆武二帝相继死难后，桂王朱由榔在肇庆称帝，是为永历帝。
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到了永历四年，清军攻克韶州，永历帝担心自己的安危，于是逃往两广中间地带的梧州。大明江山仅剩下最南面的一小块，包括现在的广西和云南[236]。
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在危机之中，永历帝的太后（嫡母）王氏突然想到了寻找救兵，她想到的救兵是上帝。
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原来，王太后在太监庞天寿的引导下，已经皈依了天主教。在她的带领下，永历帝的生母马氏和妃子王氏也都加入了天主教。王太后的教名叫作烈纳（Helene），马太后的教名叫作玛利亚（Maria），王妃的教名叫作亚纳（Anna）。不仅三个女人入了教，就连永历帝的幼年太子朱慈煊也加入了天主教，教名是当定（Constantine）。唯一没有加入的是皇帝，他其实也信奉天主教，没有加入的唯一原因就是妻妾太多，不符合入教条件。
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