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湿地保护区周围环绕着草地、农田和人工鱼塘，主要保护对象为丹顶鹤等珍禽以及湿地生态系统。扎龙湿地生态保护区是我国北方同纬度地区，保留最完整、最原始、最开阔的湿地生态系统。每年有6种鹤类在此繁殖和停歇，占世界鹤类种类的40%，在鹤类保护领域举足轻重。保护区内河流、湖泊、沼泽众多，湿地环境保持良好，足以为鹤类提供一个适合的栖息地。在保护区内生活的鱼类有46种，昆虫类有277种，鸟类有260种，兽类有21种，其中丹顶鹤、白枕鹤、白头鹤、闺秀鹤、白鹤和灰鹤6种鹤类极其珍贵，都是国家一、二级重点保护动物。保护区设有保护区管理局，负责保护湿地水禽以及鹤类的科研繁育。
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扎龙自然保护区和保护区内的丹顶鹤
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水土资源，气候条件
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保护区的水源来自4条河，分别是乌裕尔河、双阳河、新嫩江运河以及“八一”幸福运河，其中起主导作用的是乌裕尔河，其他三条河也非常重要，但比起乌裕尔河，它们的地位稍差。
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扎龙湿地土壤结构复杂，由6类组成，包括黑钙土、草甸土、碱土、盐土、沼泽土和沙土，其中起主导作用、占主要地位的是黑钙土、草甸土和沼泽土，而碱土、盐土和沙土要少很多。水质为Ⅴ类水质，pH值常年在7.0左右，略呈碱性。
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扎龙湿地的水深受降雨影响变化较大。在雨水充沛的年份，沼泽地的一般水深可达75厘米，湖泊水深平均1～2米；但是在干旱年份，沼泽地的水源就会有所不足，湿地的水就会很浅。保护区地处中纬度地带，气候类型属于中温带大陆性季风气候，年平均气温3.5℃。最冷的月份是1月，平均气温－19.2℃，曾经有－39℃的超低温出现；最热的月份是7月，平均气温22.8℃，曾经有39.9℃的高温。年蒸发量1506.2毫米。年均相对湿度62%。
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丹顶鹤
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白鹭
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赤狐
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狍子
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白头鹤
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动植物资源，丹顶鹤故乡
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扎龙自然保护区属北温带大陆性季风气候，嫩江支流乌裕河止于此，形成大片沼泽，是水禽的理想栖息地。有数据表明，保护区内有高等植物468种，隶属于67科，草本植物占绝大多数。遗憾的是，保护区内没有特有种，除世界种、大陆广泛分布种外，还有蒙古植物区系、达乌里植物区系、满洲植物区系、华北植物区系，分别占据百分比为15.2%、14.5%、12.7%和4.1%。
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保护区植被，根据建群种、地形地势、水分条件、群落的结构与外貌、土壤种类等生物与非生物因子，可分为4个类型。