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“通才”和“文艺复兴人”就是列奥纳多的谜语中那“巨大的”影子。它们不完全是错觉，但它们是某种观点的产物，而当你走得更近时就会看到，更有意思的是投下影子的那个人。
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我们如果想了解列奥纳多一生的故事，就必须回到那些与他最接近的资料中去：一手资料——那些与他同时代的和接近他那个时代的资料，其中最主要的是他自己的手稿；事实上，这本书在某种程度上把列奥纳多视为作家来研究——考虑到他留下了极其丰富的文字作品，这个主题在过往的研究中被忽视显得很奇怪，尽管大多数情况下，我们必须从非文学意义上来理解他的“作家”身份。列奥纳多有超过7000页手稿流传至今，我们可以推断可能还曾经存在过数千页手稿，但现在已经失传了。失传的手稿可能会在某天浮出水面：1967年，人们在马德里偶然发现了两本完整的笔记；还有人声称见过那本讨论光与影的失传论文“Libro W”，这种说法虽然引人遐想，但未经证实。 5
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存世的手稿有三种形式：列奥纳多去世后汇编的装订合集、一直基本完好无损的笔记本，以及单页的纸稿。各种手稿合集中，最著名的是现藏于米兰安布罗西亚纳图书馆（Biblioteca Ambrosiana）的《大西洋古抄本》（Codex Atlanticus ），最早由雕塑家、藏书家蓬佩奥·莱奥尼（Pompeo Leoni）在16世纪末整合而成。《大西洋古抄本》是一本巨大的皮面装订本，高度超过2英尺。它有401页对开页，其中一些是列奥纳多的整张手稿，但大部分是由多个尺寸较小的手稿拼贴而成，一页最多有五六件，有时候用胶粘上，有时只用胶水粘上一侧，这样就可以看到手稿的两面。古抄本的名字和大西洋毫无关系，而是说明了古抄本的版面是“地图集大小的”。这个名字由安布罗西亚纳图书馆的图书管理员巴尔达萨雷·奥尔特罗基（Baldassare Oltrocchi）创造，1780年他在书目中将之标为“像大西洋那么大的抄本”（codice in forma altantica）。20世纪60年代，这本华丽的剪贴本被拆开并重新排序，所以现在它所有的组成部分都是分开装订的。
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另外两本重要的手稿合集都在英格兰。一本是藏于温莎城堡皇家图书馆的画稿和手稿合集，这也是蓬佩奥·莱奥尼的遗产；事实上，温莎城堡皇家图书馆合集中的一些较小的手稿碎片，很明显是莱奥尼从如今被合订为《大西洋古抄本》中的更大的纸稿上剪下来的。这本手稿曾在某个时间点被狂热的收藏家查尔斯一世买下，不过没有任何有关这次购买的记录留存下来。18世纪中叶，这本手稿出现在肯辛顿宫：根据当时的记载，“这件稀世珍宝”在内战期间一直被保存在一个“又大又结实的箱子”里，放在那里“无人问津”，“被人忽视和遗忘了大概120年，直到多尔顿先生（Mr Dalton）幸运地在箱子底部发现了它。这发生在他当时的国王［乔治三世］登基伊始”。 6 这些绝妙的画稿和手稿中就有那几张著名的解剖学素描对开页。另外一本重要的手稿合集是藏于大英图书馆的《阿伦德尔古抄本》（Codex Arundel ），这是一本有283页对开页的大杂烩，其收录的手稿横跨近40年的时间，包括前文所说的被打断了的几何笔记。这一古抄本是以17世纪30年代在西班牙购买它的阿伦德尔伯爵的名字命名的。
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除了这些列奥纳多真正的手稿合集，还有另一种合集——藏于梵蒂冈的《乌尔比纳斯古抄本》（Codex Urbinas ），这本手稿汇编了列奥纳多关于绘画的论著；他去世后，他的秘书和遗稿管理人弗朗切斯科·梅尔齐（Francesco Melzi）将之编纂起来。1651年，这本书的缩略版于巴黎出版，这版通常被称为《论绘画》（Trattato della Pittura ）。在《乌尔比纳斯古抄本》的结尾，梅尔齐罗列了列奥纳多的18本笔记，有“大本”（libri）和“小本”（libricini），他曾经把它们当作原始资料来用，其中10本现在已经失传了。列奥纳多另一本流落在外的遗珍是《惠更斯古抄本》（Huygens Codex ），目前藏于纽约，抄本里有列奥纳多丢失的人物素描的16世纪末时的副本。
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列奥纳多的一本保持原始装订方式的笔记本（《巴黎手稿B》）。
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这些合集精美而华丽，但我们还是需要在笔记中寻找真实的列奥纳多。目前大概有25本笔记流传了下来——具体数量取决于你如何计算它们，因为有些小本的笔记已经被装订起来：比如说藏于伦敦维多利亚和阿尔伯特博物馆（Victoria & Albert Museum）的3本《福斯特古抄本》（Forster codices ），实际上包含5本笔记。列奥纳多的笔记主要集中藏于巴黎的法兰西学院（Institut de France）；它们于18世纪90年代被集体运抵法国，是拿破仑从安布罗西亚纳图书馆掠取的战利品。剩余的笔记分散在米兰、都灵、伦敦、马德里和西雅图。笔记中零零散散地有缺失——一个惯于扒窃的藏书家古列尔莫·利布里伯爵在19世纪中叶偷走了几页。但这些笔记本基本上都是列奥纳多留下的，有些还保留着原本的装订方式：他喜欢用牛皮纸或皮革做成的包裹式的封面，再用一个穿过绳圈的木质小纽扣加以固定（这种装订方式让人古怪地联想起粗呢外套）。
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笔记本有不同的尺寸，从标准的八开本——看起来很像我们所说的练习本——到比一张扑克牌大不了多少的袖珍本。弗朗切斯科·梅尔齐称后者为“小本”，这些“小本”既是笔记本也是速写本，有明显的迹象表明，其中一些曾被列奥纳多随身携带。有人称在米兰看到列奥纳多时，“他腰间的皮带上总是挂着一个小笔记本”。 7 1502年，他途经意大利北部的切塞纳（Cesena）时就带着这样的一个“小本”，他还画了一幅速写，并配上文字说明：“切塞纳人就是这样运葡萄的。” 8 你会看到他走在路上，像记者那样拿着笔记本专心记录。他说“只要情况允许”，画家应该随时准备写生：
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认真观察街上、广场上和田野里的人。用简明的形式把他们记下来，比如把头画成O，手臂画成直线或曲线，腿和身体也是这样，你回家后再把这些笔记画成完整的形状。 9
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有时候，这种速记有一种诗歌般的浓缩的力量：
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皮翁比诺海边的浪潮，
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所有浪花化成泡沫，
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水落下来时产生巨大冲击力的地方，
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水又从这里溅起。 10
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或一首吊胃口到近乎寓意难明的俳句：
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月亮是致密的；
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一切致密的事物皆是沉重的：
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月亮的本质是什么？ 11
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有些笔记本身就是自成一体的论文，或至少是围绕某一特定主题的有目的集中在一起的一组文字——《巴黎手稿C》是关于光和影的，《莱斯特古抄本》（Codex Leicester ）是关于地球物理学的，“小本”的《都灵古抄本》（Turin Codex ）是关于鸟类飞行的——但即便如此，这些手稿还包含了大量主题之外的资料。列奥纳多手稿的基调是其无所不包的多元性与混杂性：他以拥挤到难以辨识的字迹将他广泛的兴趣凝结到一起。人们很难确定每页笔记的时间，因为列奥纳多习惯反复思考，像一只猛禽一样在他的诸多兴趣爱好上空盘旋，几年后重新回顾从前的想法和观察结果，再次研究它们。他意识到了这给读者造成了阅读困难，并向理论上的未来读者道歉：“读者，不要责怪我，因为主题太多，我无法记住它们并说：‘这个我不写了，因为我已经写过了。’” 12
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这些手稿是列奥纳多的思想地图，它们包罗万象，从最简短的半个句子或潦草的计算，到完整的科学论文和文学习作，应有尽有。按首字母排序，这些笔记涉及的主题从解剖学（anatomy）到动物学（zoology），中间包括空气动力学、建筑学、植物学、戏服设计、民用和军事工程、化石研究、水纹地理学、数学、机械、音乐、光学、哲学、机器人、天体观察、舞台设计和葡萄栽培。这些手稿教给我们重要的一课，即每件事都应该被质疑、调查、深入研究、费心思考，以及不要偏离最初的原则。他为自己制订了大大小小的任务：
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描述云如何形成、如何消散，什么导致了水蒸气从陆地的水中上升到空气中，研究雾形成的原因以及空气变厚重的原因，为什么它在不同的时段会呈现出或多或少的蓝色……
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描述……什么是喷嚏，什么是哈欠、癫痫、抽筋、瘫痪、冷得发抖、流汗、疲劳、饥饿、睡觉、口渴、欲望……
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描述啄木鸟的舌头…… 13
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