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另外两本重要的手稿合集都在英格兰。一本是藏于温莎城堡皇家图书馆的画稿和手稿合集，这也是蓬佩奥·莱奥尼的遗产；事实上，温莎城堡皇家图书馆合集中的一些较小的手稿碎片，很明显是莱奥尼从如今被合订为《大西洋古抄本》中的更大的纸稿上剪下来的。这本手稿曾在某个时间点被狂热的收藏家查尔斯一世买下，不过没有任何有关这次购买的记录留存下来。18世纪中叶，这本手稿出现在肯辛顿宫：根据当时的记载，“这件稀世珍宝”在内战期间一直被保存在一个“又大又结实的箱子”里，放在那里“无人问津”，“被人忽视和遗忘了大概120年，直到多尔顿先生（Mr Dalton）幸运地在箱子底部发现了它。这发生在他当时的国王［乔治三世］登基伊始”。 6 这些绝妙的画稿和手稿中就有那几张著名的解剖学素描对开页。另外一本重要的手稿合集是藏于大英图书馆的《阿伦德尔古抄本》（Codex Arundel ），这是一本有283页对开页的大杂烩，其收录的手稿横跨近40年的时间，包括前文所说的被打断了的几何笔记。这一古抄本是以17世纪30年代在西班牙购买它的阿伦德尔伯爵的名字命名的。
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除了这些列奥纳多真正的手稿合集，还有另一种合集——藏于梵蒂冈的《乌尔比纳斯古抄本》（Codex Urbinas ），这本手稿汇编了列奥纳多关于绘画的论著；他去世后，他的秘书和遗稿管理人弗朗切斯科·梅尔齐（Francesco Melzi）将之编纂起来。1651年，这本书的缩略版于巴黎出版，这版通常被称为《论绘画》（Trattato della Pittura ）。在《乌尔比纳斯古抄本》的结尾，梅尔齐罗列了列奥纳多的18本笔记，有“大本”（libri）和“小本”（libricini），他曾经把它们当作原始资料来用，其中10本现在已经失传了。列奥纳多另一本流落在外的遗珍是《惠更斯古抄本》（Huygens Codex ），目前藏于纽约，抄本里有列奥纳多丢失的人物素描的16世纪末时的副本。
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列奥纳多的一本保持原始装订方式的笔记本（《巴黎手稿B》）。
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这些合集精美而华丽，但我们还是需要在笔记中寻找真实的列奥纳多。目前大概有25本笔记流传了下来——具体数量取决于你如何计算它们，因为有些小本的笔记已经被装订起来：比如说藏于伦敦维多利亚和阿尔伯特博物馆（Victoria & Albert Museum）的3本《福斯特古抄本》（Forster codices ），实际上包含5本笔记。列奥纳多的笔记主要集中藏于巴黎的法兰西学院（Institut de France）；它们于18世纪90年代被集体运抵法国，是拿破仑从安布罗西亚纳图书馆掠取的战利品。剩余的笔记分散在米兰、都灵、伦敦、马德里和西雅图。笔记中零零散散地有缺失——一个惯于扒窃的藏书家古列尔莫·利布里伯爵在19世纪中叶偷走了几页。但这些笔记本基本上都是列奥纳多留下的，有些还保留着原本的装订方式：他喜欢用牛皮纸或皮革做成的包裹式的封面，再用一个穿过绳圈的木质小纽扣加以固定（这种装订方式让人古怪地联想起粗呢外套）。
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笔记本有不同的尺寸，从标准的八开本——看起来很像我们所说的练习本——到比一张扑克牌大不了多少的袖珍本。弗朗切斯科·梅尔齐称后者为“小本”，这些“小本”既是笔记本也是速写本，有明显的迹象表明，其中一些曾被列奥纳多随身携带。有人称在米兰看到列奥纳多时，“他腰间的皮带上总是挂着一个小笔记本”。 7 1502年，他途经意大利北部的切塞纳（Cesena）时就带着这样的一个“小本”，他还画了一幅速写，并配上文字说明：“切塞纳人就是这样运葡萄的。” 8 你会看到他走在路上，像记者那样拿着笔记本专心记录。他说“只要情况允许”，画家应该随时准备写生：
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认真观察街上、广场上和田野里的人。用简明的形式把他们记下来，比如把头画成O，手臂画成直线或曲线，腿和身体也是这样，你回家后再把这些笔记画成完整的形状。 9
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有时候，这种速记有一种诗歌般的浓缩的力量：
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皮翁比诺海边的浪潮，
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所有浪花化成泡沫，
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水落下来时产生巨大冲击力的地方，
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水又从这里溅起。 10
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或一首吊胃口到近乎寓意难明的俳句：
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月亮是致密的；
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一切致密的事物皆是沉重的：
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月亮的本质是什么？ 11
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有些笔记本身就是自成一体的论文，或至少是围绕某一特定主题的有目的集中在一起的一组文字——《巴黎手稿C》是关于光和影的，《莱斯特古抄本》（Codex Leicester ）是关于地球物理学的，“小本”的《都灵古抄本》（Turin Codex ）是关于鸟类飞行的——但即便如此，这些手稿还包含了大量主题之外的资料。列奥纳多手稿的基调是其无所不包的多元性与混杂性：他以拥挤到难以辨识的字迹将他广泛的兴趣凝结到一起。人们很难确定每页笔记的时间，因为列奥纳多习惯反复思考，像一只猛禽一样在他的诸多兴趣爱好上空盘旋，几年后重新回顾从前的想法和观察结果，再次研究它们。他意识到了这给读者造成了阅读困难，并向理论上的未来读者道歉：“读者，不要责怪我，因为主题太多，我无法记住它们并说：‘这个我不写了，因为我已经写过了。’” 12
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这些手稿是列奥纳多的思想地图，它们包罗万象，从最简短的半个句子或潦草的计算，到完整的科学论文和文学习作，应有尽有。按首字母排序，这些笔记涉及的主题从解剖学（anatomy）到动物学（zoology），中间包括空气动力学、建筑学、植物学、戏服设计、民用和军事工程、化石研究、水纹地理学、数学、机械、音乐、光学、哲学、机器人、天体观察、舞台设计和葡萄栽培。这些手稿教给我们重要的一课，即每件事都应该被质疑、调查、深入研究、费心思考，以及不要偏离最初的原则。他为自己制订了大大小小的任务：
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描述云如何形成、如何消散，什么导致了水蒸气从陆地的水中上升到空气中，研究雾形成的原因以及空气变厚重的原因，为什么它在不同的时段会呈现出或多或少的蓝色……
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描述……什么是喷嚏，什么是哈欠、癫痫、抽筋、瘫痪、冷得发抖、流汗、疲劳、饥饿、睡觉、口渴、欲望……
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描述啄木鸟的舌头…… 13
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1490年左右的一张典型的写有各种杂七杂八内容的稿纸。
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如肯尼斯·克拉克（Kenneth Clark）所说，列奥纳多是“历史上最具好奇心的人”，这些笔记本记录了他对感兴趣的事物孜孜不倦的探究。这些笔记积累在一起，逐渐趋向于某个普遍知识的宏伟构想，但在任何具体的点或某页纸上，它们都专注于具体而精确的内容——观察、实验、质疑、解决方案。他是出类拔萃的经验主义者，并以“Leonardo Vinci disscepolo della sperientia”作为自己的签名——可以被翻译成“经验的学徒列奥纳多·芬奇”或“实验的学徒列奥纳多·芬奇”。 14 他刨根问底的习惯甚至体现在数十页手稿上都出现了的一个简短的词中：当他想试试新的笔头时，他会习惯性地信手写下“告诉我”（dimmi）这个词。这是在询问和探求更多信息的声音：告诉我是什么，告诉我怎么做，告诉我为什么——毫无疑问，在佛罗伦萨、米兰以及其他地方，有许多人听过列奥纳多的“告诉我”中充满挑战的语调。
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列奥纳多在《论绘画》中写道，一幅画应该通过画中人物的身体动作来展示其“心理事件”（accidenti mentali）。 15 当我阅读他的笔记本时，我想到了这个短语，他的笔记本上写满了大大小小、注解严谨的“心理事件”，杂七杂八的各种内容，包括笑话、涂鸦、诗歌片段、信稿、家庭账本、食谱配方、购物清单、演员名单、银行账目、模特的名字和地址等，这些内容奇妙地混杂在一起，全都能在笔记本中发现。
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