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他还发展了多重呈现的技巧，从全景图到透视图、从横截面到封闭形状的精确渐变色：
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人体形态的真正知识要通过不同角度的观察才能获得。因此，为了表现人类肢体的真实形态……我将按照上述准则进行观察，为每段肢体的4个面绘制4幅示意图。而骨骼我会画5幅，把它们对半切开，各自画出它们凹陷的部分，一半充满了骨髓，另一半充满海绵体或是空的，或是实心的。 102
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这种从多角度——有时多达8个不同的角度——进行的观察建立了一套序列，几乎可称之为电影摄像。
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在“非人的和令人作呕的”解剖工作中，需要锯骨头和翻肠子；切开皮肤时，脂肪受到压力会喷涌而出。我们发现列奥纳多已经和他年轻时打扮讲究、一身玫瑰水香气的艺术家形象相去甚远了。解剖学素描是列奥纳多最严苛的经验主义的产物。关于这些成果，爱德华·露西—史密斯写道：“他把自己的技巧用来服务于真理，而不是某种美的理念……从这个意义上讲，解剖学素描一点也不美，但却表明，人体之美必须为某种只有通过屠宰才能获得的真理牺牲。” 103
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尽管如此，列奥纳多从未完全放弃他对类比的迷恋：解剖结构和几何形状之间的类比（从他试图将心脏的三尖瓣和半圆形的 “月牙”联系起来的草稿中可以看出）以及作为有机体的人类和植物的对比（比如在素描中，人类气管的草图旁画了一棵萌发中的豆苗）。 104
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列奥纳多和马尔坎托尼奥·德拉·托雷的紧密合作因1511年马尔坎托尼奥的去世戛然而止。他死在加尔达湖畔，年仅29岁，死因是那一年他家乡维罗纳地区发生的毁灭性瘟疫，他可能是在照料病人时被感染的。
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达·芬奇传：自由的心灵 在梅尔齐家
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马尔坎托尼奥·德拉·托雷于1511年逝世，这是知识界的损失，也是个人的损失。但马尔坎托尼奥不是唯一离开列奥纳多的人。1511年3月10日，不满40岁的夏尔·德安布瓦兹辞世，随他一起离去的，还有列奥纳多的一些资金保障。夏尔一直是他的私人赞助人，尽管继任的优雅年轻的骑士加斯东·德·富瓦总督对列奥纳多青睐有加，但他不是米西纳斯——文艺事业的慷慨赞助人。列奥纳多仍然领着国王金库支付的津贴：1511年，他收到400里拉，和前一年一样，但他不会再得到德安布瓦兹的其他慷慨捐助的支持了。 105 他还领着来自运河的收入，即法王1507年赠予的“12盎司水”。我们不清楚他的工作室有什么画作问世：可能有《丽达与天鹅》和《圣母子与圣安妮》的一些临摹品或其他版本，或许还有一些为法国廷臣绘制的装饰用的圣母像。特里武尔齐奥墓碑的设计继续占据着他的笔记本，但没有任何证据证明他收到了合同或付款。他在葡萄园的房子来了一名新租客，不过这次是萨莱负责安排的，而他的钱包只为他自己打开。点点滴滴说明，一段无忧无虑的时期已经过去。
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这一年有段时间，列奥纳多离开了城市，再次置身于滋养他灵魂的河流和山脉之间。我们不清楚他的具体任务，但可能带有军事色彩。这是一个军事局势再度紧张的时期：好战的教宗尤利乌斯二世曾在威尼斯沦陷时与法军结盟，现在却转而与他们为敌，宣称必须把外国人驱逐出意大利。在罗马，教宗密谋组成了“神圣同盟”（Lega Santa），这是一个意大利诸城邦与西班牙和哈布斯堡帝国联手组成的更强大的集团。在马克西米利安宫廷所在的因斯布鲁克，斯福尔扎家族新一代成员正在等候时机到来。
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在此期间，列奥纳多投身到一系列的河流调研之中，《巴黎手稿G》和《大西洋古抄本》中都有相关记载。如果这项调研一开始带有军事目的（绘制立体地势图、防御工事等），那么它很快就转变为对伦巴第水道的广泛研究，尤其是阿达河和马尔泰萨纳河流域。他没做出任何可以与为切萨雷·波吉亚绘制的托斯卡纳大型鸟瞰地图相媲美的成果，但他再次收集了有利于军事战略的数据，这又促成了另一些成就。这就是列奥纳多的模式：他的视野迅速从细节扩大到全景，令人震惊；其精神活动等同于翱翔。
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从他的笔记和素描来看，1511年列奥纳多在米兰东北部被称为布里安扎的地区。他评论了这一地区巨大的木材：“布里安扎山区罗瓦纳特山谷的圣母玛利亚区有9布拉乔奥高和14布拉乔奥高的栗木杆子，你用5里拉可以买下100根9布拉乔奥高的。” 106 罗瓦纳特山谷位于布里安扎地区的南部，在通往旧矿石场的一条名叫卡赖亚—德尔—费罗的小径上。那些描绘白雪皑皑的山顶的、令人感伤的速写——用红色粉笔画在准备好的红色草纸上，再用白色粉笔打高光——正是绘于这一时期；其中一些就是根据从卡赖亚—德尔—费罗看到的风景创作的。他在其中一幅速写上写下了生动的笔记：
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除了水起泡沫时，这里的砾石比水还要白。闪动的水光接近天蓝色，在阴影中则趋向绿色，有时候还趋向深蓝色。砾石平原上覆盖着低矮的草层，颜色随着草的浓密或稀疏而变化，因此有时候是棕色的，有时候是黄色的，有时候是绿色或黄绿色的。 107
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这些质朴的高地色彩出现在他后期的风景画中，人们在卢浮宫版本的《圣母子与圣安妮》和《施洗者圣约翰》中都能看到。在蒙维索的山脚下，他看到大理石 “完美无瑕，像斑岩般坚硬” 。
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1511年底，为神圣联盟效力的瑞士士兵威胁着通往米兰的北部通道。12月16日，他们在离城墙不到10英里的德西奥纵火。列奥纳多目击并记录了这场大火，他再次在砖红色的稿纸上画下了令人印象深刻的素描。他的笔记严重褪色，而且在16世纪时就已经是这样了，所以梅尔齐那时觉得有必要把它抄下来：“12月16日这天15时［上午10点半］，有人放火。1511年12月18日15时，瑞士人在米兰附近的德西奥点了第二把火。” 108
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1512年早春，法军和神圣联盟在拉文纳一决胜负。复活节当天，即4月11日的战斗中，米兰总督加斯东·德·富瓦战死。法国人宣称取得了胜利，但他们在伦巴第地区的统治岌岌可危，到年底，米兰再次成为斯福尔扎家族统治的城市。1512年12月29日，卢多维科的婚生子马西米利亚诺·斯福尔扎率领军队再度凯旋，陪同的还有他同父异母的弟弟切萨雷，后者是切奇利娅·加莱拉尼的儿子。“摩尔人”4年前在洛什的监狱中去世，但从这些年轻的子孙身上可以看到他强有力的特征。
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在这些变革中，我们看不到列奥纳多的踪影：他像往常一样溜走了。从1512年开始，没有一则注明日期的笔记和记录留存下来。从1511年12月18日德西奥的第二场大火到1513年1月9日的一幅牛心脏切面草图，我们对列奥纳多一无所知。因为在这段时间的大部分日子里，他躲在弗朗切斯科·梅尔齐的父亲吉罗拉莫·梅尔齐在乡下的别墅里。这是一栋漂亮的正方形别墅（尽管设施可能相当简陋），坐落在阿达河畔瓦普里奥附近阿达河一个平缓弯道的悬崖上。此处的地名也可用列奥纳多这位杰出的方言专家的写法，写作“瓦夫里奥”。在这里，这位杰出的房客找到了宁静的避难所，远离了城中的动乱、斗争和纠缠不休的委托工作。别墅距离米兰只有20英里左右，所以我们不必认为他完全与世隔绝了，但在1513年3月以前，我们没有任何能证明他曾回到城中的记录，所以看起来这确实是一段乡村隐居时期。
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弗朗切斯科·梅尔齐现在快20岁了，列奥纳多和他一起开始一项写作和素描计划。现存的一系列列奥纳多晚期解剖学图纸，有一部分可能是在帕维亚的解剖讲座期间记下的工作笔记和速写，另一部分则是在别墅中完成的动物解剖成果。心脏的结构和活动是一个恒定的主题，还有一些是关于阿达河河水的研究。有一则笔记写道：“瓦普里奥的磨坊展示了潮涨潮落。” 109 我们仍可以通过一幅画着一艘小渡船的精美素描认出瓦普里奥和加诺尼卡河间的一段支流，尽管渡船现在已经被一座桥取代了。列奥纳多细心观察了湍急的水流，但这幅素描的魅力在于细节的捕捉：栈桥、小石桥，以及一群站在木筏般渡船的甲板上的公牛；还有一头牛被落下了，在岸上低鸣。 110
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住在梅尔齐别墅时，列奥纳多还计划进行各种家居改造。一幅粗略的底层平面图描绘了别墅内外的各个部分，旁边有关于“花园通道”的笔记，还有一幅描绘一个梯台式花园俯瞰着河流的素描。另一页对开页上是随手画的在拐角的塔楼上建冲天炉，在河边建一道拱形挡土墙。 111 日期为1513年1月9日的解剖学素描上也画有这栋别墅的草图，并且有一则笔记写着“在瓦普里奥塔楼的房间”，可能这里说的房间就是他的工作室。这页的左手边有一幅草图，画着河道拐弯处的堡垒，周围有几个炮兵阵地在开火。类似德西奥的大火，这幅小素描也成了另一篇纪实报告，描绘了位于瓦普里奥几英里外的特雷佐城堡1513年1月5日遭到威尼斯人炮轰的场景，只比写在这一页顶端的日期早4天。 112 因此，战争围绕着列奥纳多的乡村度假胜地展开，于是他冷静地在纸的一角把这个场景迅速画下来。
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阿达河上的渡船，约1512年。
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