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先帝灵柩于十月初二一早自西北门进京，初一晚上，恭亲王已经派重兵驻扎于此，防止载垣同伙发动政变。幼帝由皇太后陪同，穿着孝服出来迎接先帝灵柩归京。随同幼帝的还有咸丰帝的弟弟及一群朝中大臣。灵柩进门时，皇帝及其随从全部下跪行礼。灵柩前由天子仪仗开路，后面跟着大队的满洲骑兵，浩浩荡荡进入北京城。怡亲王及诸位赞襄王大臣已经履行了自己的职责将皇帝灵柩安全妥当地送回了京城，按照礼制，下一步他们需要亲自觐见并陈奏幼帝，如此之后才算真正完成了使命。为此，城门口搭起一个遮棚，供皇帝在此接见他们。当天在场的还有两宫皇太后，先帝的弟弟以及军机大臣桂良和周祖培。
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叶赫那拉氏一如往日，镇定自若，以西太后的至高身份对怡亲王说，自己与东太后对他及几位军机大臣能够尽职尽责完成护送一事深表满意与感激，现在既然先帝灵柩已经安全返京，他们的监国使命已经完成，赞襄王大臣的职位也没有必要，是时候罢免了。怡亲王听完脸色大变，称自己的赞襄王大臣之职是由先皇授予，太后根本无权剥夺。况且现在新帝年纪小，太后没有经过赞襄王大臣的允许，更没有权力在此面见朝臣。
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“那我们走着瞧吧”，叶赫那拉氏说着便令侍卫将三位赞襄王大臣当场拿下，接着立即赶回皇宫在紫禁城的主门口准备妥当以迎接即将到来的先帝灵柩。在中国，不管情形如何紧急，死者的事至关重要，甚至要放在活人事务之前办理。被罢免的几位赞襄王大臣也默默地跟在后面。街道两旁排列的全部都是效忠于叶赫那拉氏的侍卫，所以逃跑或是拼死抵抗此时都已经无济于事。叶赫那拉氏遇事镇定，已经稳操胜券，她第一次尝到了最高权力的味道。
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之后，两宫皇太后立即颁布圣谕，为确保圣谕的合法性，上面盖有皇帝发布圣谕必要的玉玺：
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谕王公百官等：上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王大臣等筹画乖方所致。载垣等复不能尽心和议，徒以诱获英国使臣，以塞己责，以致失信于各国。淀园被扰，我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也。
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嗣经总理各国事务衙门王大臣等，将各国应办事宜，妥为经理。都城内外，安谧如常。皇考屡召王大臣议回銮之旨，而载垣、端华、肃顺、朋比为奸，总以外国情形反复，力排众论。
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皇考宵旰焦劳，更兼口外严寒，以致圣体违和，竟于本年七月十七日，龙驭上宾。朕抢地呼天，五内如焚，追思载垣等从前蒙蔽之罪。非朕一人痛恨。实天下臣民所痛恨者也。朕御极之初。即欲重治其罪。惟思伊等系顾命之臣，故暂行宽免，以观后效。
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孰意八月十一日，朕召见载垣等八人，因御史董元醇敬陈管见一折，内称请皇太后暂时权理朝政，俟数年后，朕能亲裁庶务，再行归政；又请于亲王中，简派一二人，令其辅弼；又请在大臣中简派一二人，充朕师傅之任。以上三端，深合朕意。虽我朝向无皇太后垂帘之仪，朕受皇考大行皇帝付托之重，惟以国计民生为念，岂能拘守常例，此所谓事贵从权。特面谕载垣等著照所请传旨。该王大臣奏对时，哓哓置辩，已无人臣之礼。拟旨时又阳奉阴违，擅自改写，作为朕旨颁行，是诚何心？且载垣等以不敢专擅为词，此非专擅之实迹乎？
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总因朕冲龄，皇太后不能深悉国事，任伊等欺蒙，能尽欺天下乎？此皆伊等，辜负皇考深恩，朕若再事姑容。何以仰对在天之灵，又何以服天下公论。载垣、端华、肃顺著即解任。景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛著退出军机处。派恭亲王会同大学士六部九卿翰詹科道、将伊等应得之咎，分别轻重，按律秉公具奏。至皇太后应如何垂帘之仪，著一并会议具奏。特谕。
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两宫皇太后在东华门行礼之后，将先帝灵柩暂时安置在皇宫的中心大殿内。
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现在北京已经全权掌握在自己手中，且手下兵士皆对自己忠心耿耿，叶赫那拉氏行动更加大胆果敢。她以自己及东宫皇太后的名义颁布了另一道圣谕，命令将三位主要的逆谋者送交宗人府严加查办，审办的事宜由恭亲王主管，最终判定将三人贵族封号及官职全部撤除。这份圣谕是慈禧这位未来的专制君主实行独裁统治的开端。圣谕内容如下：
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兹于本日特旨召见恭亲王……乃载垣等肆言不应召见外臣，擅行拦阻。其肆无忌惮，何所底止。前旨仅予解任，实不足以蔽辜。
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几位逆谋者中，叶赫那拉氏尤其对肃顺恨之入骨。在热河期间，肃顺的福晋还曾经对她出言不逊。叶赫那拉氏对此一直耿耿于怀，此时更是加紧报复。第二日一早，她特意针对肃顺又下一旨；
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谕内阁，前因肃顺跋扈不臣，招权纳贿，种种悖谬，当经降旨将肃顺革职。派睿亲王仁寿醇郡王奕、将该革员拿交宗人府议罪。乃该革员于接奉谕旨之后，咆哮狂肆，目无君上譞，悖逆情形，实堪发指。且该革员恭送梓宫由热河回京，辄敢私带眷属行走。尤为法纪所不容。所有肃顺家产，除热河私寓令春佑严密查抄外，其在京家产，著即派熙拉布前往查抄，毋令稍有隐匿。
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肃顺的家产保守估计也有数百万英镑之多，慈禧太后将肃顺家产充公，不仅获得了战争所需要的银两物资，也大大地充实了国库，为她的统治打下了坚实的物质基础。前朝乾隆皇帝年间，曾有一位名叫和珅的军机大臣较肃顺更富一筹，最后和珅的家财同样被即位的新皇帝没收充公，充实了国库。
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可是叶赫那拉氏对逆谋者的怒气依然没能平息。次日她再下一谕，内容显现了她敛聚财富的野心，甚至还可以看出她作为妇人的节俭，敛财成为她一生的追求：
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谕议政王军机大臣等，昨因肃顺跋扈不臣，已明降谕旨，革职拿问，并查抄家产矣。该革员于热河盖造房屋，年余尚未完工，所蓄赀财，谅必不少，著派春佑将该革员所有热河财产，密速查抄候旨。该革员身撄重罪，难保不于事前寄顿，并著春佑传谕热河道福厚，承德府知府灵杰，热河总管毓泰将寄顿之处悉为指出，一律查抄。傥福厚等敢于扶同隐匿，不吐实情，将来别经发觉，定当重治其罪。
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十月初六，恭亲王等人审完逆谋者后，上奏朝廷，请求处置。接着太后颁布了下面这道圣谕，定了三人的罪：
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谕内阁、宗人府会同大学士六部九卿翰詹科道等，定拟载垣等罪名，请将载垣、端华、肃顺照大逆律凌迟处死等因一折，载垣、端华、肃顺朋比为奸，专擅跋扈，种种情形，均经明降谕旨，示知中外。
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至载垣、端华、肃顺于七月十七日皇考升遐，即以赞襄政务王大臣自居，实则我皇考弥留之际，但面谕载垣等立朕为皇太子，并无令其赞襄政务之谕。载垣等乃造作赞襄名目，诸事并不请旨，擅自主持。即两宫皇太后面谕之事，亦敢违阻不行。御史董元醇条奏皇太后垂帘等事宜，载垣等非独擅改谕旨，并于召对时，有伊等系赞襄朕躬，不能听命于皇太后。伊等请皇太后看摺，亦系多余之语。当面咆哮，目无君上情形不一而足。且每言亲王等不可召见，意存离闲。此载垣、端华、肃顺之罪状也。
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肃顺擅坐御位，于进内廷当差时，出入自由，目无法纪，擅用行宫内御用器物。于传取应用物件，抗违不遵，并自请分见两宫皇太后于召对时。词气之闲，互有抑扬，意在构衅。此又肃顺之罪状也。
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一切罪状，均经母后皇太后、圣母皇太后面谕议政正军机大臣，逐款开列，传知会议王大臣等知悉。兹据该王大臣等按律拟罪，请将载垣、端华、肃顺凌迟处死。当即召见……面询，以载垣等罪名有无一线可原。据该王大臣等佥称载垣、端华、肃顺跋扈不臣，均属罪大恶极，于国法无可宽宥，并无异辞。朕念载垣等均属宗支，遽以身罹重罪，悉应弃市，能无泪下。惟载垣等前后一切专擅跋扈情形，实属谋危社稷，是皆列祖列宗之罪人，非独欺陵朕躬为有罪也。在载垣等未尝不自恃为顾命大臣，纵使作恶多端，定邀宽宥，岂知赞襄政务，皇考并无此谕，若不重治其罪，何以仰副皇考付托之重，亦何以饬法纪而示万世。即照该王大臣等所拟，均即凌迟处死，实属情真罪当。惟国家本有议亲议贵之条，尚可量从末减，姑于万无可贷之中，免其肆市。载垣、端华均著加恩，赐令自尽。即派肃亲王华封、刑部尚书绵森迅即前往宗人府空室，传旨令其自尽。此为国体起见，非朕之有私于载垣、端华也。
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至肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚，亟应凌迟处死，以伸国法而快人心。惟朕心究有所未忍，著加恩改为斩立决，即派睿亲王仁寿、刑部右侍郎载龄前往监视行刑，以为大逆不道者戒。
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1861年咸丰帝宾天后，怡亲王与郑亲王因逆谋世袭称号被取消。1864年镇压太平天国叛乱频频报捷且清政府成功收复南京，两宫垂帘听政大赦天下，下诏恢复了两家的世袭称号。诏书中慈禧回忆，称怡亲王的世袭爵位乃是1723年雍正赐予兄弟的，据当时君主所言，此爵位要长久传递下去，“直到泰山崩塌，黄河干涸”。提到载垣逆谋以及逆谋者的罪过，慈禧说道：
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