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慈禧反对立恭亲王的儿子为帝，一方面因为她没有原谅恭亲王将安德海斩首一事，另一方面则是因为他的儿子已经十七岁了，即位后会立即亲政。如果他得以即位亲政，按照传统，再加上紫禁城中强势势力会立即将敌人以及持分歧意见的官员除掉这一贯作风，慈禧要么被彻底挤出局，要么被逼自刎。为避免自己陷入不幸境地，她雷厉风行，计划周详，很快便将毫无组织的对手制伏。她派自己的心腹太监行事，成功阻止了溥伦一派和恭亲王一派的联合，同时，在荣禄的辅助下，她还调了李鸿章的淮军进京，将自己通向成功的道路铺平。待一切准备妥当周详，慈禧随即传王公高官召开军机会议，商议选立新帝之事。
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会议在养心殿举行。养心殿位于紫禁城西侧，距离同治皇帝宾天之地约400米远。在场的除了两宫太后外，还有二十五人，包括几位亲王、皇族、军机大臣和地方高官。所有人中，汉人仅有五位。溥伦的父亲载淇以及恭亲王也在场，代表合法皇位继承人出席会议。众太监林立于通向养心殿的路上，慈禧已令荣禄安置好了一切，紫禁城内一切战略要点都由自己信任的军队控制把守。其中许多是荣禄自己的八旗军，还有一部分是附属于叶赫那拉家族的军兵。慈禧命令，新近守寡的皇后阿鲁特氏不得参与此次军机会议，阿鲁特氏不得已只能在已丧袍加身的同治先帝身边痛哭。
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会议上，两宫太后在龙椅上相向而坐，所有在场官员皆跪于地。慈禧坚持其一贯作风，说道：“事不宜迟，应该立即选定新帝。不能因等待皇后诞下龙子而让皇位空缺着，实为不妥当。”恭亲王则站出反对，称阿鲁特氏不用多久便能够诞下龙嗣，若要暂时隐瞒先帝驾崩一事，将此消息秘而不发，并非什么难事。若皇后产下龙子，他便可以名正言顺登基，若诞下公主，待时再选皇位继承人仍为时未晚。众亲王及皇族上下显然非常赞同这种说法。但慈禧却将这一建议丢到一边，称南方叛乱四起，尚未平定，若先帝已逝，而新帝未定的消息走漏出去，大清王朝很有可能会被推翻。她问道：“覆巢之下，焉有完卵？”军机大臣及几位高官，包括来自南方的三位汉官代表，赞同慈禧的说法。他们意识到，若是大清局势不稳，南方正活跃着的叛军可能会轻而易举发展成当年太平天国运动之势。
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东太后慈安称恭亲王的儿子应该继承皇位。听闻，恭亲王按照传统礼节，叩头并礼节性地婉拒，称其子何德何能获得如此殊荣，并建议选年轻的溥伦为新帝。溥伦的父亲接着也婉言称不敢。其实他们并不是真的担心自己的儿子无德无能，然习俗要求，这样的时刻当事人应当采取自我否定的谦虚态度。
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慈禧对载淇说道：“这倒无所谓，但是你乃道光皇帝长子奕过继之子。”慈禧转而问恭亲王：“你们中有谁能够举出这样将皇位传递给过继之子后代的先例吗？”恭亲王迟疑了一下，指出15世纪大明朝的英宗即是如此。“这个例子不好，”慈禧说道。她自幼熟读经史，对这件事的来龙去脉非常清楚。她接着说道：“英宗并非先帝龙子，而是皇帝的一位妃嫔拿来冒充的，他的统治简直是一场灾难。他一度被蒙古人掳去，回到北京，皇位已经由其弟继承，他则被软禁在北京长达八年之久。”
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慈禧转向慈安，说道：“依我之见，应选定醇亲王奕的儿子载湉为新帝，无须浪费时间。”闻此言，恭亲王转向弟弟醇亲王，愤言：“难道就完全不顾祖上立长的规定了吗？”“那我们投票解决此事吧，”慈禧说道，而慈安太后对此并无异议。投票结果是以醇亲王为首的七位亲王投票给了溥伦，三位投给了恭亲王的儿子，其余都毫不迟疑地投给了慈禧选定的候选人载湉。
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投票虽公开进行，但由于众人都将慈禧看作是大清王朝的真正统治者，且此时慈禧意志已决，多数人便顺从了慈禧的意愿，投票给了载湉。而慈安太后也只是急于得到一个结果，不想继续讨论，她将选帝的所有事宜都交到了慈禧一人手中。
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投票结束后已经是晚上九点多了，狂风怒吼，沙尘满布，天气寒冷刺骨。但慈禧从来不是一个在紧要关头浪费时间的人，她立即派了一队官兵连夜赶到西城醇亲王王府上，八抬大轿，将年幼的新帝接到了宫中。与此同时，为避免恭亲王妨碍到此次接幼帝的行动，慈禧命他负责照看先皇遗体，同时命荣禄派军把守宫中各个重要角落。
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慈禧办事关注细节，且行事果断，因此慈禧能够轻而易举制伏反对者。很多人将其成功归结于幸运，实际上真正促使她走上成功之路的是她那种拿破仑式的性格和行事之风。
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午夜之前，幼帝便被接到了皇宫，他哭泣不已，仿佛是预见到了自己在这紫禁城内凶险的未来。陪他一起来的还有其母亲，即慈禧的妹妹，还有几位乳母。遵照大清祖制，登基后他要做的第一件事便是到安置先皇遗体的大堂中，向先帝跪地叩首。之后两宫太后借口新帝年龄小，得以再次垂帘听政。两宫太后随后以自己名义颁发一道圣旨，称：
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皇帝龙驭上宾，未有储贰。不得已，以醇亲王奕之子，承继文宗显皇帝为子，入承大统为嗣皇帝。俟嗣皇帝生有皇子，即承继大行皇帝为嗣，特谕。
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这份圣旨丝毫没有提及皇后阿鲁特氏，连她的遗腹子也完全被忽视。慈禧再一次轻松获得全胜。诏书一发，众人皆知，皇后及她与同治皇帝那还未诞生的孩子已然希望全无，他们的未来极其凶险。
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由于表面形式的要求及祖先先例的束缚，众大臣、亲王上疏请求两宫太后再次垂帘听政，太后对此下谕应允，且在诏书中极尽表明再次垂帘摄政的不情愿，她们表现得如此谦虚正符合中国传统礼教的要求，慈禧回复奏折，称：
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览王大臣等所奏，更觉悲痛莫释。垂帘之举，本属一时权宜，惟念嗣皇帝此时尚在冲龄，且时事多艰，王大臣等不能无所禀承，不得已姑如所请。一俟嗣皇帝典学有成，即行归政。
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随后幼帝表示：“诚感两宫太后应允亲政之举。”至此，这场选帝闹剧告一段落。慈禧太后随后下令，修建西苑颐和园的工作暂时停止，她给出的理由是，在这未来的几年里，发丧之时，没有时间亦没有心情到这边来游园赏戏。然而真正的原因是，皇帝驾崩，幼帝年幼，两宫太后垂帘听政，根本没有必要离开紫禁城到颐和园居住。
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慈禧能够力排众议，不惜违背祖制，将自己的意愿强加到整个军机处，最终成功将妹妹的幼子选定为皇位继承人。她独具个性及魅力，所言所行皆具说服力，这些比任何传统实力更加有效。当时军机大臣已经看出新帝身体孱弱，将来难有子嗣，因此纷纷劝谏慈禧。那些指责慈禧立新帝的诸位大臣如果有点胆识，凛然向慈禧提出这点，借此指出慈禧选定此新帝完全是出自个人野心，那么这些大臣将会在选帝一事上占据上风。然而，他们没有慈禧的那种果敢和勇气，慈禧赢得的胜利由此看来更不平凡。
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自此至1908年11月14日光绪皇帝驾崩，1908年11月15日慈禧太后宾天，众人指出，光绪皇帝登基之时，预兆不佳，会先于慈禧宾天，甚至很多人预测说他根本活不到亲政的那一天。他们认为慈禧会活得较长，因为只有这样，她才能够再次选立新帝，把持朝政。但这些预言并没有应验，光绪皇帝活到了亲政的年龄，而且真正地享受到了亲政的大权。但我们明白，戊戌变法失败之后，若不是由于南方政局不稳，依然存在叛乱的危害，光绪皇帝恐怕早就性命不保，被慈禧废掉重立新帝了。
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皇帝的年号定为“光绪”，意为“光荣永续”，之所以定年号为“光绪”，是为了强调新帝乃是大清道光皇帝的直系后代，同时希望咸丰与同治两朝的灾难能够早日结束。
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两宫太后随后赐予阿鲁特氏一徽号。虽然阿鲁特氏获得了徽号，但她还是在同年3月27日，为抗议自己和腹中孩子所受的不公，为夫殉节。当然这只是官方对皇后之死做的解释，实际上对于此事可谓是众说纷纭，然真相将永远封存。很多人称此事应怪罪慈禧，是慈禧害死了这个可怜的女人。对此，支持慈禧的人称，慈禧这时已经成功将光绪推上皇位，根本没有必要出此下策害死皇后。但有人提出即便形势所迫，需要出此下策，慈禧也不会这样做时，对于这种说法，仅有个别人表示赞同。大多证据表明阿特鲁氏实属被谋杀。无论如何，阿鲁特氏死后比她活着时对公众舆论的影响更大。因此事，来自御史、地方官员的成千上万的奏折汹涌而来，强烈抗议立醇亲王之幼子为新帝，称此行违背了大清祖制。这些抗议都将矛头转向慈禧，因为大家都认为，慈安在此事中根本就无足轻重。此事一出，慈禧在人们心中的地位，以及叶赫那拉氏族的地位大受影响，四年后，御史吴可读尸谏太后，自杀于同治皇帝墓前，以此强烈谴责慈禧立嗣之误，将公众的注意力再次集中到了这件事上。慈禧迫于压力，不得不低头，于是再下圣谕，郑重承诺光绪皇帝将来若是有了子嗣，定让其继承同治先帝之大统。
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醇亲王，新帝的父亲，上奏请求免去自己诸多职务，因为作为一个朝官，他必须在朝堂上向皇帝叩首，但他又是皇帝的父亲，哪有父亲向儿子叩首之理。这份奏折的内容很容易让读者联想到狄更斯小说中佩克斯列夫式的伪善之人的形象。奏折中，醇亲王说道，听闻自己的儿子被选定为皇位继承人，非常震惊，不知所措；回家后，心里仍在颤抖，如痴如呆；再加上肝病发作，焦灼得很，恐怕不久于人世。
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对此，慈禧召集群臣共议，希望能够得到两全方案，最终，慈禧批复道：
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拟请将该王所管各项差使，均予开除。惟每年东陵、西陵，应行致祭时，仍请饬宗人府……如遇朝廷大政，仍宜时备“顾问”。傥有条奏事件，亦可于两宫前呈递等语，均著照所请行。至每年七月十日万寿，及元旦令节，皇帝行礼时，毋庸随班庆贺，均著诣寿康宫行礼。该王公忠体国，懋著贤劳，自应量予恩施，著以亲王世袭罔替，用示优异……该王所管神机营事务，本日已降旨改派伯彦讷谟祜，景寿管理，惟该王办理多年，经武整军，著有成效，深堪嘉尚，仍著将应办一切事宜，随时与伯彦讷谟祜会商妥为筹办，以昭慎重。
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醇亲王，作为满军的首领定是严格遵守了这项命令，在新的亲王的带领下，本已存在积弊的军队内部更加堕落腐败，兵士皆为无赖之徒，长官个个腐化成风，臭名远扬。
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现在回忆起当初两宫太后初次垂帘听政之景，不得不承认，这次历史又将重演，慈禧将再次掌控大清国的朝政。