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尽管双方在政治问题上陷入了僵局，但在军事问题上，谈判获得了一些进展。南京政府和蒋介石通观全局，觉得在此时贸然兴起兵端对自己十分不利，蒋介石尤其不想使挑起内战的罪名落到自己头上，故他指示顾祝同，争取和平进入西安。作为停战第一步措施，双方同意，驻守在东线的东北军撤到渭水左岸待命；第二，在他们西撤期间，政府发给一个月的薪水和军需费用；第三，允许少量的东北军驻扎在西安——兰州公路一线，允许少量的西北军仍留在西安。[30]
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在东北军、西北军和共产党这三个集团中，只有共产党具有明确的、长期的奋斗目标——在中国实现共产主义统治。陕北的共产党领袖们深知，这一目标的实现是一个漫长的过程，它需经历一系列不同的阶段。就其最终目的来说，共产党从一开始就没有真正打算与任何反革命分子、封建军阀或旧军人结成长期的联盟，这些社会因素曾是他们努力推翻的目标。因此，共产党中有人对西北三位一体的联盟并不感兴趣，对于他们来说，张学良和杨虎城并不比蒋介石更好。但毛泽东、周恩来等有识之士却不这样看，他们清楚地知道，中国目前的局势并不是他们实现其最终目的的时候，尤其是他们深知自己当时的力量还不足以完成这一巨大的革命。停止内战，一致抗日这一紧迫的问题使东北军、西北军和共产党出现了暂时一致的共同利益，于是，他们走到一起来了。尽管这种联盟只能是暂时的，不过是“露水夫妻”而已，[31]但毛泽东和周恩来却从中敏锐地看到了共产党大展鸿图的前景。他们以政治家所特有的敏感和远见预测到，“西安事变”如能促成消除内战、实现全民族抗战的局面，那么它将成为共产党，乃至中国共产主义革命的转折点。
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当时，中华民族的唯一出路就是结束内战，一致对外，这也是中国共产党的迫切愿望。能否实现这一愿望，是关系到共产党生死存亡的关键。所以，中共方面坚持和平解决“西安事变”的立场。如上所述，周恩来在放蒋的问题上起到了决定性作用，而在释放蒋介石之后，共产党一再向南京做出善意的表示，为争取进一步的和谈创造条件。
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毛泽东极力抹去共产党与张、杨相串通的一切痕迹，以免引起蒋介石的猜忌和怀疑。蒋介石离开西安后，周恩来就与杨虎城达成协议，为了妥善处理“西安事变”的善后问题，消除蒋介石的顾虑，双方终止公开的联系。毛泽东则闭口不谈在和平解决“西安事变”的过程中，斯大林的干预这一秘密。他宣布，中国共产党在“西安事变”中所采取的立场，是与他们历来所奉行的与蒋联合，建立抗日民族统一战线的政策相一致的。[32]
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张学良被扣以后，国内局势瞬息万变，西安方面有些不知所措了。是仍坚持原来的立场，要求释放少帅，还是尽早解决僵局，实现和平理智的妥协，在这个问题上，东北军将领犹豫不决，举棋不定。正当此时，共产党与国民政府举行了单独的会谈。蒋介石只字不提释放少帅问题，同时把处理共产党的方案提交1937年1月中旬召开的国民党五届三中全会决定。但他却通过张群，把自己的意图转达给周恩来。他的意思是：
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如果共产党诚心诚意地服从国民政府，那就可以给他们一个悔过自新的机会。[33]
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关于国共这一时期的来往，苗剑秋曾这样向斯诺描述过：
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1月中旬，潘汉年（作为密使）由南京抵达西安。我们怀疑他，把他作为一个“嫌疑犯”逮捕起来，结果，我们从他身上发现了直接与国共谈判有关的文件。其中包括将原来的苏区改编为特区，发给红军士兵军饷，允许共产党合法存在等。[34]
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苗剑秋进一步对斯诺说：东北军将领，尤其是王以哲、何柱国和于学忠“听说周恩来正在与南京谈判，都非常高兴”。[35]
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处于绝望中的少壮派军官们，把其谴责的目标转移到共产党身上。他们纷纷扬言，共产党使少帅坠入了圈套。张学良、杨虎城和共产党所组成的三位一体联盟濒临破裂，东北军的少壮派军官已经迫不急待，发动了一场骚乱。1937年1月27日，大约50名少壮派军官挥舞着手中的武器，要求周恩来告诉他们少帅的下落，甚至要杀死周恩来。他们大嚷：共产党唆使他们挑起了“西安事变”，但当事变发生后，又出于自己的私利，主张和平解决。他们与蒋介石一伙达成秘密妥协，出卖了三位一体的同盟，欺骗了东北军。面对这种严重的局势，周恩来发挥了他的全部超凡的能力，才把自己从这一纠纷中解脱出来，平定了骚乱。[36]此后，为了应付万一，周恩来把中共代表团撤出西安，只身留下处理这种棘手的局面。
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激进的少壮派军官曾与其将军们配合得很好，在他们之间的利益尚没有发生冲突时，他们曾坚定地跟随自己的上司。少帅12月12日采取扣蒋的断然行动时，曾特别倚重于激进的少壮派集团。现在，这个集团要求坚持他们原来的主张，尤其是坚持释放少帅。对他们来说，解决西安问题如不包括保证释放少帅，就是对他们的领袖和事业的背叛。同时，没有了少帅，他们便失去了靠山，就等于失去了一切，断送了自己的前程。因为这些少壮派军官们资历不深，根基不牢，他们在东北军中一无实力，二无兵权，他们能出人头地，完全要依靠少帅的提携。而对于那些兵权在手、实力雄厚的老一辈军人，如王以哲、于学忠、何柱国等人，就不存在这个问题。对于他们来说，少帅不回来固然是件痛心的事，但对自己的个人利益尚无太大损害，他们凭借自己手中的实力仍然可以保住高官厚禄的地位。不同的个人利益，不同的利害关系使东北军分裂了。少壮派狂热地主张不惜一切代价救回少帅，除了对少帅的忠心以外，对个人得失的考虑，也是一个重要的动机，这就使他们难免有假公济私之嫌。这一集团主要由中级军政官员组成，没有形成真正的领导核心。但苗剑秋、应德田和孙铭九，所谓“三剑客”，控制着通讯联络中心和西安城内的特务团，因而成为这一集团中最有影响的人物。[37]在这方面，詹姆斯•贝特兰很了解情况。他是一名英国新闻记者，在“西安事变”以后，曾与苗剑秋一起从北平返回西安，并且在其旅居西安期间，一直同苗保持着密切的关系。他是这样描述少壮派的感情的：
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东北军的激进派——包括孙铭九和诸如我的朋友苗剑秋等其他人——属于极端派别。当时，他们把立即释放张学良回西安作为解决“西安事变”的先决条件。……但是无论如何，他们所要求的是行动；如果他们从南京政府得不到任何切实可行的抗日行动，他们便准备，甚至急于为此而战斗。东北军中出现了明显的分裂，以少壮派军官和士兵为一方，以年岁较大、较为保守的高级将领为另一方。[38]
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1月下旬，少壮派占了上风，单凭他们不惜任何代价援救少帅的决心和勇气，就足以使他们的主张得到全军的响应。少帅在东北军官兵的心中所占的分量实在是太重了。一时间，东北军中弥漫着一股誓与中央军拼一死战的悲壮气氛。
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杨虎城此时的心境也很苦闷，少帅之被扣证实了他对蒋介石为人的看法，张学良的下场就是他的前车之鉴，故他对和平解决颇有悔意。为此，他曾对在其身边工作的中共地下党员南汉宸大发脾气。[39]与此同时，苗剑秋、孙铭九、应德田等少壮派军官约见周恩来，痛哭流涕，长跪不起，请求红军帮助他们打仗，与蒋介石拼个高低。此时，他们已完全丧失了理智，对周恩来的劝告全然不听，并扬言，如红军不肯相助，就是出卖朋友。鉴于这种复杂而严重的局面，周恩来分别向杨虎城和东北军少壮派表示：共产党一定会对得起朋友。经中共中央研究后决定，为了维护三位一体的同盟，共产党方面可以暂时保留主和的意见，全力支持东北军和西北军。周恩来通知东北军和西北军，只要你们意见一致，我们就和你们站在一起，绝对不会对不起张先生，对不起你们。如有必要，不惜使用武力。[40]
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但东北军的高级将领，如于学忠、王以哲、何柱国等却反对这样做法。他们分析局势，同时为自己的利害得失着想，认为硬拼对于东北军和少帅的命运都十分不利。况且他们都不愿意与共产党搞得过于密切，如果打起仗来，那么他们的命运就只能与共产党紧紧拴在一起了。所以，他们不赞同少壮派的方案，认为从大局考虑，接受潼关和谈的条件是东北军唯一可以采纳的路线。[41]
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苗剑秋曾请周恩来警告过东北军高级将领，要保持同盟，不要与南京进行单独的谈判。周恩来确曾劝说过王、何、于三人，要他们考虑到中下级军官们的情绪，但未能引起他们的注意。周恩来颇为担心，如果在三位一体或东北军内部激起内讧，其结果只能是鹬蚌俱损，而唯独使蒋介石坐收渔人之利。[42]
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1937年1月31日，西安方面召开了三位一体的最高首脑会议。杨虎城、于学忠、王以哲、何柱国和周恩来出席了会议，最后决定和战问题。会上东北军三位核心将领首先统一了意见，决定接受和谈条件，从潼关撤兵。杨虎城也以大局为重，表示同意。周恩来更是如愿以偿，因为共产党的本意便是和平解决。于是，长期悬而未决的问题终于最后决定下来。但是，他们未曾料到，东北军内部正在就和战问题酝酿起一场严重的危机，而这次最高会议通过的主和决议，遂成为引起危机总爆发的导火索。
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东北军的高级将领是主和的倡导者，所以少壮派军官们便把他们当作发泄失望与愤怒的对象，他们把和谈与撤军视为对东北军与少帅的背叛。既然是叛徒，当然也就无资格再继续统帅东北军，而实际上已成为东北军的敌人。所以，少壮派军官们决定必须消灭他们。于是，他们开列了一份黑名单，上面的人物有何柱国、王以哲、缪澂流、刘多荃、米春霖、鲍文樾、李金洲、徐方、蒋斌和谢诃。[43]
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1937年2月2日上午，西安所有的城门紧闭，大肆搜捕黑名单上的人。第一个牺牲者是王以哲，他当时正在家里养病，少壮派军官于文俊带领东北军宪兵队破门而入，当场开枪，把王以哲打死在病床上。[44]王以哲的副官长宋学礼也一同被杀。前西北剿共总司令部参谋处长徐方和通讯处长蒋斌也被捕获，然后处死。蒋被指控为截留了南京和西安之间的电讯，而徐的罪名则是与南京秘密勾结。[45]
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西安市内的杨公馆。
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少壮派激进军官们搜寻的另一主要目标是何柱国，但却未能如愿。何事先察觉风声不对，躲进杨虎城的家里。孙铭九率人包围了杨虎城的新城大楼，这里既是杨虎城的家，也是杨的司令部所在地。孙铭九请杨虎城交出何柱国，杨拒绝，孙铭九无奈，来到于学忠处，要求他下令，东北军全线出击，进攻中央军，于学忠痛哭流涕，陈述曲衷，拒绝这样做。[46]
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少壮派军官们不知所措，绝望中跑到周恩来的办公室。周恩来镇定自若，义正词严地谴责了他们的所做所为：“你们自以为自己做得正确，岂不知，你们这样做，是在分裂东北军，断送张副司令的性命。”他费了许多口舌向他们解释目前复杂的局势，敦促他们离开西安，躲到共产党的势力范围里去。事变的领导者们被周恩来的人格和分析所打动，听从了他的劝告，离开了西安。[47]
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应德田、孙铭九、苗剑秋三人在暮色中匆匆离开西安，驱车直奔三原附近的红军司令部，彭德怀将军接待了他们。[48]最后，杨虎城出面，签发了一张逮捕孙铭九、应德田、苗剑秋和其他一些人的通缉令，意在稳定军心，挽救西安摇摇欲坠的政局。
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于是，东北军中的“左翼”势力土崩瓦解了，但东北军的危机还没有结束。于学忠立刻宣布，他已宣誓就任兰州绥靖公署代理主任，而这一职务是南京本来要委任给王树常的。