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日本以前就存在着吞并朝鲜的野心，再加上近年来与西方各国的良好关系。且不论客观来看这一认识是否正确，却难免让清朝对日本产生猜疑和戒备。李鸿章等人首先担心的是朝鲜半岛问题，其次是在东三省和北京的安全问题上，日本会和西方打成一片。
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倘若如此，那么《中日修好条规》的第一条和第二条就有着密切关系。前者是对日本的警戒，后者则是与日本“联合”。这两条看似截然相反的条文，放在朝鲜洋扰的当下，从防止日本进攻朝鲜半岛这一点，其一致性应该是可以理解的。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920574]
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龃龉的产生
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但是，伊达使节团们却未能捕捉到清朝方面的这一想法。首先关于第一条，他们向本国报告为“所属邦土，并不是指藩属之地”。其理由、经过并不清楚，可以肯定的是日本从一开始，就认为“所属邦土”不包括清朝的朝贡国和属国，直到最后这一观点也没有改变。朝鲜等属国的问题根本不在他们的考虑范围之内，这一点和清朝存在着根本上的矛盾。但这一矛盾的凸显，需要经过一段时间。
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而立即表面化的问题，却是围绕声明要保持友好和相互援助的第二条上的对立。伊达等人认为，它和清朝与美国缔结的《天津条约》的内容是一样的。虽然从文字上看确实一样，然而清朝方面的意图却存在差别。果然不出所料，没过多久，这一条就被周围看作是对抗欧美的日清防守同盟，并大肆宣传。
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这和明治政府力图避免与欧美关系恶化，从而修改条约的利益发生了冲突。事实上美国等国家也提出了抗议，日本唯恐遭到西方列强的猜疑，慌忙向清朝抗议，要求删除第二条。翌年即1872年，日本再次派柳原前光去往天津，试图和李鸿章进行谈判。
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这意味着要修改已经签署的条约。尚未答应之前，对日本提出的这一要求，李鸿章的疑心更重。当然，他不打算和柳原进行修改条约的谈判。不过，在双方数次接触的过程中，清朝方面做出了补充说明，声称第二条并非是军事同盟，这才总算减少了欧美列强的猜疑。第二条虽然未被删除，日本政府判断其影响已经减弱，才最终批准了《中日修好条规》。外务卿副岛种臣来到天津，于1873年4月30日与北洋大臣李鸿章签署了条约。
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这么看来，《中日修好条规》终究不是为了建立日清之间平等的友好关系，或是进行合作的条约。反而是，当时已经存在的日清之间的矛盾均被包含其中，这种看法比较稳妥。在此之后，日清的互相猜疑不断加深，对立不断产生，也可以说是必然的结果吧。
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其中最重要的是，《中日修好条规》第一条对“所属邦土”的规定。它不过是利用了西方式的规定国际关系的条约这一形式，特别是反过来利用了它的约束力，来达到保全包括现有的属国在内的清朝的邦土罢了。李鸿章在谈判当中使用的这一手段，在处理与日本和西方各国之间的关系中成为一大争议点。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920575]
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从台湾出兵到琉球处分
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920576]
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琉球漂民事件与琉球
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《中日修好条规》签订后大约两个月，1871年11月30日，54名琉球宫古岛岛民漂流到台湾，遭到“生番”杀害，这就是所谓的“琉球漂民事件”。
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琉球自建国以来，就是明朝的朝贡国，即属国。到了清代也继续维持这一关系。直到17世纪初，琉球被萨摩藩征服。琉球这一微妙的地位，到了19世纪后半期，在与西方开始通交的日清之间成为问题。
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首先采取行动的是日本。琉球漂民事件发生后大概过了一年，琉球王国的维新庆贺使抵达东京，明治政府把琉球王国改为琉球藩，任命国王尚泰为琉球藩王。过了没多久，又把琉球的外交权转移到外务省。这些都和琉球漂民事件没有直接的关系。然而，从此以后，琉球的地位发生变化，和台湾问题挂上了钩。
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首里城正殿前的册封仪式
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对琉球王国而言，与中国王朝的朝贡、册封关系是举国之大事（《琉球册封图》，冲绳县立博物馆所藏）
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1873年4月至6月间，外务卿副岛种臣为了互换《中日修好条规》的批文，以特命全权大使的身份访问了天津和北京。这一趟使节之行在和李鸿章于天津交换了批文之后，成功地觐见了同治帝，而名噪一时，当时也就琉球漂民事件和琉球相关之事进行了打探和协商。
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6月21日，副岛派遣随员一等书记官柳原前光前去总理衙门会谈。日本方面就会谈内容做了如下记录：
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对方说：“此岛民有生熟两种，从前归服我王化者为熟蕃，置府县而治之，至今尚未归服者为生蕃，将其置于化外，远未治理。……不制生番之横暴，我政教则无法逮及。……”
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柳说：“贵大臣若说生蕃之地政教所不及，又有以前旧证，乃化外孤立之蕃夷，唯独归我独立国处置而已。……”
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也就是说，日本认为，清朝明确表示台湾的“生蕃”乃“化外之民”。
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把琉球国民当成“我国人民”或日本人，是日本方面的主张。而清朝总理衙门的回答是台湾的“生蕃”处于统治之外，这么一来，日本就要亲自来追究责任了。