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也就是说，日本认为，清朝明确表示台湾的“生蕃”乃“化外之民”。
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把琉球国民当成“我国人民”或日本人，是日本方面的主张。而清朝总理衙门的回答是台湾的“生蕃”处于统治之外，这么一来，日本就要亲自来追究责任了。
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果然在1874年，日本政府亲自追究“生蕃”的责任，决定向台湾出兵。其理论根据便是总理衙门的“化外之民”这一表述。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920577]
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出兵与交涉
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1874年5月，陆军中将西乡从道率领3600名日军，从台湾南部登陆，第二年占领了“生蕃”的大本营，军事行动结束。列强们的批判、强行发兵以及作战上的困难等出兵过程中的情况，基本上都广为人知，这里就不再详述了。
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此处想强调的是清朝的反应。首先，上面所提到的日本方面用于出兵借口的柳原会谈，清朝方面记录的史料却无从入手。总理衙门在出兵后的奏章中，对当时的事情如此写道：
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日本的翻译官郑永宁说：“对台湾生蕃派人，今后若有日本人前往，希望得以善待，我等目的在于传达此事，不打算行使武力。”我等送副岛回国时，再次要求“今后总之按照修好条约之条文，凡两国所属邦土，不可稍有侵越”，他也答道：“也是我之本意。”
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上面的文字是事后写的，其中提到的郑永宁和副岛承诺不行使武力，很可能经过了润色。应该解读为总理衙门在日本出兵台湾这一事态前，为了回避责任，因此强调了日本方面的过失。而这一对应值得注意的是，作为谴责日本出兵的论据，李鸿章的《中日修好条规》的第一条“所属邦土”不可侵犯的规定发挥了作用。
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6月24日，清朝皇帝下达了谴责日本的训令。大意是，“日本采取军事行动，明确违反了条约”。也就是说，出兵台湾违反了清朝和日本之间签署的《中日修好条规》，是不合法的，违反的原因在于其用武力侵攻了清朝的“所属邦土”台湾。
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为了化解彼此间的严重对立，日本政府向北京派出参议大久保利通进行交涉。谈判却迟迟不见进展。从大久保抵达北京的9月10日开始直到10月底，将近两个月，大久保反复与总理衙门会谈、书信往来，双方却都丝毫不肯让步。
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那么，无法达成一致的根本矛盾在哪里呢？大久保的理由是，国际法中规定“政化不及之地，非所属之地”，没有统治事实的“生蕃”，并非“所属”土地，因此清朝无权约束日本。
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对此，总理衙门则反复强调：“台湾生蕃自古以来属于中国，这一点毋庸置疑。”至于如何治理“所属邦土”，由清朝“因俗制宜”而定，“万国公法乃最近西方各国编制而成，并未特指我清国之事。不以此而论”，毫不理会日本关于国际法基准的主张。双方直接的争议焦点是台湾的地位和出兵的是非，要追究其根源的话，在于他们引以为据的国际法和《中日修好条规》之间的对立。
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最后，在英国公使威妥玛的调停下，双方才未走向决裂，避免了开战。特别是清朝军备不足，不得不让步。作为对遇难者的“抚恤”和出兵的“酬谢”，清朝支付50万两白银，还声明“台湾生蕃曾对日本国民属民等妄加杀害”，形式上间接地承认了日本的主张和出兵。
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双方的矛盾当然不会因此而消除。日本将清朝视作不遵守国际法的国家，清朝也视日本为违反条约行使武力的国家，双方加深了相互之间的不信任和警戒心理。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920578]
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江华岛事件与李鸿章
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日本对台湾出兵后，清朝明显感到了危机。清朝加强军备的速度提高，北洋海军也开始筹备。海军的情况放在后面一起归纳。
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之所以不得不违心对日本做出让步，是由于军备上的空虚。否则，应该不会屈服于有“弃盟起兵”之罪的日本。这里所指的“盟”，毫无疑问就是《中日修好条规》。清朝认为台湾出兵以及谈判上的失败，归根到底是军备上的问题，而不承认《中日修好条规》和与其相关的自己的条约观和对外关系上的问题。换言之，清朝并未领悟到《中日修好条规》根本就行不通这一点。
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森有礼（1847—1889）
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鹿儿岛县出身，曾留学英美，新政府成立后从1870年开始在华盛顿工作。
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对日本的警戒不仅仅在于台湾。日本对台湾出兵后，清政府担心日本也会侵略朝鲜，于是通告朝鲜政府日本可能会向其行使武力。接到通告后，一直拒绝与明治政府谈判的朝鲜政府态度软化，同意和日本派来的使节交涉。
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然而，这场交涉迟迟未见进展，不久就陷入了僵局。迫不及待的日本出动军舰进行武力示威，企图打开局面。这就是1875年9月的“江华岛事件”。日本政府为了解决此事，在向朝鲜派出使节的同时，向北京派出特命全权公使森有礼，打探与朝鲜关系密切的清朝的动向，同时为了打破日朝谈判的僵局，要求清朝从中进行调停。
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第二年年初，森有礼到达北京，首先与总理衙门进行了反复协商。总理衙门始终坚持，根据《中日修好条规》第一条“所属邦土”不可侵犯的规定，谴责日本对朝鲜行使武力，无法协助两国之间的调停。和日本出兵台湾时一样，清朝仍然坚持《中日修好条规》的有效性。
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对此，森有礼和出兵台湾时一样，不承认《中日修好条规》第一条是有效的。森有礼对此失望，要求会见直隶总督李鸿章，1876年1月24日，这一愿望得以实现。一边是虚岁不过30岁，年轻气盛的森有礼，一边是53岁，可谓清朝中流砥柱的李鸿章。会见可以说是类似东西文明论的交锋，然而在关键的地方，却未能取得一致。