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1906年4月，陳獨秀親自創辦「徽州初級師範學堂」。這一史實過去鮮為人知，後來發現一份與太平府報告表相似的對公立徽州初級師範學堂的《履勘調查報告表》，[18]才發現陳獨秀還擔任過該校監學，並任教育、地理、東語（即日語）課教員。各科教員幾乎全與陳獨秀關係密切，如倫理兼心理教員金紹甫（劉光漢）、理化教員潘璿華、博物生理教員潘贊化、算學教員盧仲農、經學國文教員汪宗沂等。其課程設置、教材也與安徽公學相同。報告特別指明：「教授均用新舊書籍，並無編輯講義。查經學一科，教授鐘點過少，似有背奏定章程」。因為學校已經放假，汪昌麟可能從課程表的安排和口問中發現了這個問題。
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此外，皖江中學與上述安徽公學、師範學堂情況類似。知府汪昌麟對這三校一起履勘後，表示要進行整頓。陳獨秀也在皖江中學任教或代課。關於這一點，有些學者根據1906年蘇曼殊給劉三的信和柳亞子所寫的《曼殊全集》序，認為有待進一步的證實。
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1905年夏，安徽公學基本穩定，陳獨秀與柏文蔚等走訪淮上各縣，串聯革命黨人，重建反清秘密團體「岳王會」。
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過去史家都認為岳王會是陳獨秀所獨創。有研究者經過詳細考證發現，岳王會創立於1898年冬的安徽壽縣，是豫皖間哥老會的別部，以反清為目的。陳獨秀這次不過是重組而已，較早入會者有柏文蔚、常恒芳、岳相如、範傳甲、鄭贊丞等人。名門之後孫少侯（毓筠），其祖父孫家鼐曾任清廷工部、禮部、吏部尚書及光緒帝師，看不起幫會組織，不參加岳王會，但因同情革命而予以資助。1903年，該會已處於散漫狀態。[19]
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據李光炯、柏文蔚、常恒芳回憶：安徽公學成立不久，在成立黃氏學校從事暗殺工作的同時，大家以為「排滿革命，徒從宜多，主義雖定，宣傳宜廣」。於是，陳、柏遍訪了原岳王會成員，會晤孫少侯等各路豪傑。發起重組岳王會，「秘密結合，採取燒香宣誓方式，效法岳飛精忠報國的精神，對外不發表文字，也沒有甚麼政治綱領」。[20]
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在蕪湖的岳王會總部
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此後，岳王會規模迅速擴大，深入各個階層。常恒芳成立安慶分部，柏文蔚成立南京分部，皖北也成立了分部。陳獨秀則坐鎮蕪湖，任總部會長。這些分部又有周邊組織，勢力可觀，「大者聚徒數萬，小者結黨數千」。進而與同盟會結合，發動一系列重大行動。1906年春，吳暘谷奉命從日本回國建立同盟會安徽分部。他動員大部分岳王會南京分會、安慶分會成員加入同盟會，岳王會已名存實亡。有一種說法稱，同年夏，岳王會總部正式作出決議：接受吳暘谷等介紹，全體加入同盟會。但是，鑒於總部會長陳獨秀始終沒有加入同盟會，這個決議值得懷疑。岳王會是鬆散的幫會性質團體，總部與分部及會員間並沒有嚴密的組織關係，各自獨立活動。大多數會員被高舉「反滿革命」旗幟的更為激進和嚴正的同盟會所吸引，不足為奇。這些會員成為同盟會及後來國民黨的重要骨幹，有名可考者就有40多位。此後他們在江淮地區策劃了一系列反清革命事件，最著名的是1908年熊成基等舉行的安慶起義。陳獨秀未參加這些起義的具體策劃，並在1907年徐錫麟起義後避赴日本。
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人們不禁要問，鋒芒畢露的陳獨秀，為甚麼在起義不斷時卻不見蹤影？從表面上來看，一是正因為前兩年過於暴露，被清廷所注意，不得不退居二線。二是正因為當時急需宣傳群眾，培養幹部，所以他去做辦報、組校、結社等更重要的工作。除此之外，有沒有更深沉的思考？例如，對蔡元培、秦力山、章士釗、吳樾等的暗殺活動，對岳王會、同盟會一類組織及其策劃的一系列武裝起義，他有甚麼看法？
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岳王會成立後，只看到南京、安慶兩個分部與同盟會合作進行的活動，沒有看到蕪湖總部的活動和陳獨秀對分部工作的態度，好像總部被架空了。1910年，陳獨秀在紀念12位戰友而寫的《存歿六首》中，只有一位，即當時還活着的鄭贊丞曾是岳王會的幹事。柏文蔚、常恒芳這種遠在鄭之上的重要人物，卻不在詩中。同盟會那樣以「反滿」種族革命為中心的綱領，他顯然是同情而不擁護。不能說陳當時已有明確的反對態度，因為直到1924年總結27年來國民運動所得教訓時，他才明確說出這樣的話：
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辛亥革命方法錯誤之點正多，最重要的有二：
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（一）單調的排滿，雖然因此煽動了民族的情感，使革命易於成功；同時並未抓住社會上客觀的革命勢力，即當時商民之經濟的要求，亦即反抗外國帝國主義收回權利的要求。因此，革命之目的不為商民所瞭解，革命運動遂不得不隨清室退位而中止；因此，中國的產業未能隨革命成功而發展；因而，封建餘孽得勾結帝國主義者撲滅革命勢力，而帝國主義之長驅直入，革命後反比前清更甚。這是辛亥革命之大失敗。
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（二）單調的軍事行動，這種軍事行動之基礎，不但不曾建築在民眾的力量上面，即參加革命的軍隊，也只是被少數黨人權利的煽動，並非是普遍的受了革命的宣傳與鼓勵；因此，軍人以爭奪權利而互鬥的內戰，血污了十三年民國史。這不但是辛亥革命之失敗，直是辛亥革命之罪惡。
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專做軍事行動而忽略了民眾的政治宣傳；專排滿清而放鬆了帝國主義的侵略，不但放鬆了，而且滿口尊重外人的條約權利，力避排外的惡名，軍所行至，皆以冒犯外人為大戒；致使外力因中國革命而大伸，清末權利收回運動，無形消滅，借外債，送權利，成為民國史之特徵；同時軍人以兵亂政，亦為前清所未有，至如軍閥與帝國主義者勾結為患的局面，亦可以說是辛亥革命方法錯誤所遺下的惡影響。[21]
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這裏的總結，「單純排滿的種族革命而不反帝，單純軍事行動而不發動民眾」點中了1922年與共產黨合作前的國民黨（及其前身同盟會）的要害，似乎也可以解釋為甚麼陳獨秀拒不參加同盟會（後來對加入國民黨也不積極），也不積極參加他們領導的武裝起義，自己也不發動起義的主要原因。
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陈独秀全传 [:1705944847]
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學習、思考、彷徨的三年
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1906年下半年開始，清政府開始加強對安徽公學及初級師範學堂的管制，更對陳獨秀與革命黨人聯絡機關科學圖書社嚴密監視。安徽巡撫恩銘也注意到了眼皮底下的革命黨人。據說，「奸民候補道汪雲浦告密於恩銘，恩銘大怒，欲窮治之，羽書連下」。[22]於是，蕪湖偵探密佈，兩江總督端方還擬出了逮捕的名單。革命黨人紛紛離開學校，李光炯也暫避九華山。捱到1907年春，陳獨秀不得不再度赴日。
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1901至1915年，包括陳獨秀在內的大批革命黨人多次赴日留學或逃亡避難。日本是培養中國早期具有現代科學知識的知識份子和民主主義、社會主義思想者的搖籃，而且當時的出入境手續遠沒有現在這樣的嚴格與繁瑣。留學生龔德柏回憶說：
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日本是外國，自不必說。拿現在的標準來說：赴外國留學，不知在國內先要費多少時間，辦理出國手續；並須請駐在中國的日本領事官，為我們簽證護照，方能起程。但那時候一切手續都不要。中國政府對於出國的人民，都絕對不管。只要你有錢，甚麼時候願意去日本，你就去；甚麼時候願意回國，你就回。絕對不受留難。而日本方面，對於中國人，也絕對許其自由出入，不要護照。[23]
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去日本的旅費也不貴。以1915年龔赴日為例：由上海乘日輪到日本橫濱船票，統艙，只需15元國幣。而坐船由上海到長崎，再乘火車到東京更便宜：船票7.5國幣；火車7.5日元。當時清朝國幣與日元幣值幾乎相等。
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陳獨秀這次赴日，入東京正則英語學校專攻英語。2004年，筆者應日本東京大學佐佐木か和慶應義塾大學教授長堀祐造邀請赴日訪問，曾參觀正在移地擴建中的該校，現已成為日本著名的多語種外語大學。從該校提供的歷史資料表明，陳獨秀在校期間，用的是該校創辦人自編而各個大學普遍使用的模範英文教科書。正如著名史學家王森然所述，以陳獨秀的天賦，力求創新的學習和研究的方法，不論哪門學問，只要被他用心關注，必然成績優異而且總有獨到見解。三年後，他竟然編了一部《模範英文教本》（四冊）。當時的廣告這樣寫道：
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陳獨秀著 模範英文教本
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是書英名Lesson，乃揉合會話、文法、翻譯而為之，且譯之以國文焉。蓋習外國文與本國文異趣，必於讀書文法外加讀是書，始易於曲喻而灼解也，其編制體裁，係由淺入深，由簡之繁，別為四冊。第一冊釋八種詞之要略，第二冊釋各種詞之不規則法，第三冊釋各種詞之特別要點，第四冊動詞之各種用法（mode、infinitive之類）及各種前置詞之用法，措辭嚴潔，引例顯豁，先生得意之作也。
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陳獨秀這次留學日本的時間最長，除次年秋天短期應邀回國之外，在彼約有兩年。除英文外還學習了法文，這無疑是與他獨鍾法蘭西文明，特別是法國資產階級民主主義學說有關。後來創辦《青年雜誌》（次年改名《新青年》），封面上用的刊名就有法文的「青年」，即——LA JEUNESSE。
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