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是時，陳獨秀亦由安慶來浦口密商，以袁世凱用威迫利誘的手段，革命黨內部已被分化。南方留守府既取消，各軍渙散，軍事重心，已不在南京，浦口無久居必要。且少侯在安徽處境確甚困難，要我即回安徽，還可以保存一部分力量。於是返皖計劃乃定。[46]
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陳、柏對安徽及全國時局的認識一致，都認為孫中山讓出政權給袁世凱後，革命陷入了危機，他們想保持安徽的地盤。這種對當時形勢深謀遠慮的思想和行動，在當時是難能可貴的。柏文蔚回安徽就任都督，陳獨秀也真的當上了都督府秘書長。從擁柏回皖至選陳為秘書長，柏與陳可謂力任時艱。對此，柏文蔚又回憶說：
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本黨一部分同志主張積極擴充軍備，以防袁氏，如陳獨秀、管昆南……一部分人主張納入袁氏，以鞏固地位，代表如孫少侯（後來孫果真去北京投靠了袁世凱——引者）……此時余之秘書長為陳獨秀，機要秘書王樹笙，參謀長為徐子俊，高級參謀徐介卿。所有機要皆由四人與余密商解決。當時的方針：決定以中山先生的意志為轉移，由獨秀負責，與上海陳英士隨時接洽掌握，決不能違背我們革命的宗旨，無論何種建議主張，皆不為所動。[47]
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柏文蔚在陳獨秀等四位助手輔佐下，在安徽苦撐了一年多，進行了多方面的整頓和建設，取得了相當的成績。概括起來，以下幾方面較為突出：
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（一）整頓擴充軍備。
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（二）充實整頓都督府及所轄各行政機構，儘量安排革命黨人。
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（三）整頓財政金融，實行開源節流，緩解財政困難。
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（四）發展教育事業。
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（五）嚴厲禁煙。從英輪上查獲走私鴉片，柏文蔚下令焚燒。「英商」調軍艦威脅，索取賠償，被嚴辭拒絕，被列為一大政績。
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（六）破除迷信，將各處廟產逐漸收歸公有，限制迷信活動。
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（七）禁止婦女裹足，扶持天足會組織，幼女一律不准纏足。
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（八）開辦實業，發展交通。繼續建築蕪屯、蕪廣、安正公路，蚌埠開埠，省政浚塢，修固堤墟等。
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所有這些，無論是軍事、政治、經濟、民俗，在《安徽俗話報》上和孫毓筠督皖時期，陳獨秀都大力提倡並望實行過，現在終於得到可以實施的機會，陳獨秀當然躊躇滿志，可以說，這是他一生中施展抱負，改造社會最得意的時期。雖然只是在一省範圍，並且只有一年時間，與期望目標還很遙遠，但畢竟是人生難得的機遇。柏雖是都督，但因是武將，重在軍事，全局的綜合治理主要靠陳獨秀等人。尤其柏對陳十分信任，達到了言聽計從的程度。他在《五十年大事記》[48]手稿本中說：
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最可異者，中山先生但聽落伍者之讒言，頗不信余。余惟抱定宗旨，切實作去，一面求吾皖內之完整，一面又防袁氏之叛國。如此機要，只有陳獨秀、徐子俊、徐介卿相與計議，其他即多年之患難同志，亦不敢微露真意，蓋因權利衝突，恐其洩露告密也。
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柏文蔚(1876～1947)，字烈武，近代資產階級革命者
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《民立報》上則說，柏文蔚所以如此倚重陳獨秀，是因為陳「學識優長，宗旨純一」，意為德才兼備，可信可用之才。所以，1913年4月13日，柏赴南京省親時，甚至把安徽民政長（相當於省長）事宜委託給了陳獨秀。陳一度為一省之首。為澄清吏治，縮減編制，皖省決定這年4月1日起，軍民分治，對都督府與行政公署進行改組。[49]看來，陳獨秀又在為他參與執政以後的改革大業嘔心瀝血了，並有「日理萬機」之感。不過，這次似乎比在孫毓筠任內遇到的內部阻力較小，因此他的心境也較好，在緊張的工作中，不乏浪漫與灑脫。如當時在安徽高等學堂教課的蘇曼殊致鄧慶初的信中談到，他常去陳獨秀處，惟仲兄忙極，又好講笑話。當時由應溥泉安排與陳獨秀家住在一起的周越然也回憶說：
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我在安慶最初的一個月中，因為我寄宿在他的屋子裏，幾乎每日必見一次或兩次。他與他的夫人（次妻）及他的新生男孩居樓上，我居樓下客房中。我到安慶的次晨，應（溥泉）先生見他（獨秀）下樓赴署辦公的時候，即為我作介紹。他長方的臉，不高不低的身子，聲音響亮，腳步疾速，一見就知道是一位多才多識，能說能行的能幹人。
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那日黃昏他歸家時，特來與我寒暄。他看了我桌上所有的書，即問我道：「周先生，你有沒有閱過江浦兒（即英國人之別名）和他的島（John Bull and His Island）一書？」我答道：「沒有」。他道：「你快去買來看，很好看的，很滑稽的。」我立即致信上海伊文思書館，囑他們向外洋代購一冊。後來看了，果然甚妙。那是一本諷刺英國的書；英國所有的風華人情，皆加以特異之見介。英國人自己也要看，看了也要發笑。
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第三日晚上，我睡得很早，大約九點之後。一覺忽醒來，聽得唱聲大作，伴以胡琴月琴，惟無鑼鼓聲。我自忖道：「這是甚麼呀？」半夜三更，為甚麼大彈大唱？難道鄰家做壽唱堂會麼？再仔細一聽，——都是女人聲，都是爛污京調。次晨早餐時，溥泉先生默默告訴我：「昨天夜裏，他（指獨秀）請客，唱戲的都是班子中喚來的伎女。」[50]（這裏的伎女，是指賣藝的歌伎。）
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陈独秀全传 [:1705944850]
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討袁失敗，被捕幾乎喪命
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不過，內部阻力雖小，外部壓迫卻逐步加大了。1913年4月，由於袁世凱派人刺殺國會中第一大黨國民黨領袖宋教仁，孫中山在南京召開秘密軍事會議醞釀反袁，舉行「二次革命」。皖、贛、粵、湘、閩五省回應。柏文蔚、陳獨秀主持的安徽省一開始就站在最前線。袁世凱為鎮壓革命黨，與英、法、德、日、俄五國銀行團簽訂《善後借款合同》，借外債2500萬英鎊。陳主持的安徽方面，以柏（當時赴寧開會）的名義，發表了一篇戰鬥性極強的討袁檄文（為此，袁曾派人到南京刺柏，未遂）。
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乘國民黨內爭之機，袁世凱雙管齊下。一方面，調兵遣將，日夜備戰，準備武力消滅國民黨；一方面則用政治手段削弱和瓦解國會內和各省革命黨力量。陳獨秀準備待變。17日，蘇曼殊致劉三信中即透露：「頃得仲兄信，有去皖之志。」果然，30日，袁世凱即免皖督柏文蔚，派其親信孫多森（孫毓筠的親戚）任安徽民政長兼署安徽都督。陳獨秀的代民政長自然也就結束。同日，陳獨秀呈請辭職。《民立報》記者說：「未待批准，留書逕去，書中有舊病復發，迫不及待等語，蓋指舊官僚政治復活，不可一日與居之義」。[51]不久，國務院代總理段祺瑞批准安徽都督府秘書陳仲甫免職。[52]陳即攜高君曼妻兒（1909年陳與髮妻同父異母的高君曼在杭州結婚同居）隨柏文蔚同遷南京。兩家同院而寓，閉門謝客。柏文蔚與陳獨秀等人幾乎每天黎明乘舟至府城橋下納涼，夜深始歸。表面上不問世事，實際上二人密謀今後的出路。
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7月初，孫中山終於說服黨內穩健派，興師討袁。12日，李烈鈞在江西打響討袁第一槍。15日，南京回應，宣佈黃興為江蘇討袁軍總司令。安徽介於南京和江西之間，對於革命黨來說，進是前哨陣地，退是重要屏障，是敵我雙方必爭之地。但是，由於柏文蔚身在南京，安徽軍事力量處於群龍無首的混亂狀態。為此，黃興在南京堅請柏文蔚出任安徽討袁軍總司令，赴蚌埠部署軍事。這時，南京柏文蔚與安徽革命黨人之間的聯絡人就是陳獨秀。黃、柏在南京積極籌劃討袁期間，陳獨秀正在安徽奔走，企圖統一安徽各派軍事力量，結果無功而返。柏文蔚說：
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