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最可異者，中山先生但聽落伍者之讒言，頗不信余。余惟抱定宗旨，切實作去，一面求吾皖內之完整，一面又防袁氏之叛國。如此機要，只有陳獨秀、徐子俊、徐介卿相與計議，其他即多年之患難同志，亦不敢微露真意，蓋因權利衝突，恐其洩露告密也。
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柏文蔚(1876～1947)，字烈武，近代資產階級革命者
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《民立報》上則說，柏文蔚所以如此倚重陳獨秀，是因為陳「學識優長，宗旨純一」，意為德才兼備，可信可用之才。所以，1913年4月13日，柏赴南京省親時，甚至把安徽民政長（相當於省長）事宜委託給了陳獨秀。陳一度為一省之首。為澄清吏治，縮減編制，皖省決定這年4月1日起，軍民分治，對都督府與行政公署進行改組。[49]看來，陳獨秀又在為他參與執政以後的改革大業嘔心瀝血了，並有「日理萬機」之感。不過，這次似乎比在孫毓筠任內遇到的內部阻力較小，因此他的心境也較好，在緊張的工作中，不乏浪漫與灑脫。如當時在安徽高等學堂教課的蘇曼殊致鄧慶初的信中談到，他常去陳獨秀處，惟仲兄忙極，又好講笑話。當時由應溥泉安排與陳獨秀家住在一起的周越然也回憶說：
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我在安慶最初的一個月中，因為我寄宿在他的屋子裏，幾乎每日必見一次或兩次。他與他的夫人（次妻）及他的新生男孩居樓上，我居樓下客房中。我到安慶的次晨，應（溥泉）先生見他（獨秀）下樓赴署辦公的時候，即為我作介紹。他長方的臉，不高不低的身子，聲音響亮，腳步疾速，一見就知道是一位多才多識，能說能行的能幹人。
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那日黃昏他歸家時，特來與我寒暄。他看了我桌上所有的書，即問我道：「周先生，你有沒有閱過江浦兒（即英國人之別名）和他的島（John Bull and His Island）一書？」我答道：「沒有」。他道：「你快去買來看，很好看的，很滑稽的。」我立即致信上海伊文思書館，囑他們向外洋代購一冊。後來看了，果然甚妙。那是一本諷刺英國的書；英國所有的風華人情，皆加以特異之見介。英國人自己也要看，看了也要發笑。
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第三日晚上，我睡得很早，大約九點之後。一覺忽醒來，聽得唱聲大作，伴以胡琴月琴，惟無鑼鼓聲。我自忖道：「這是甚麼呀？」半夜三更，為甚麼大彈大唱？難道鄰家做壽唱堂會麼？再仔細一聽，——都是女人聲，都是爛污京調。次晨早餐時，溥泉先生默默告訴我：「昨天夜裏，他（指獨秀）請客，唱戲的都是班子中喚來的伎女。」[50]（這裏的伎女，是指賣藝的歌伎。）
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陈独秀全传 [:1705944850]
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討袁失敗，被捕幾乎喪命
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不過，內部阻力雖小，外部壓迫卻逐步加大了。1913年4月，由於袁世凱派人刺殺國會中第一大黨國民黨領袖宋教仁，孫中山在南京召開秘密軍事會議醞釀反袁，舉行「二次革命」。皖、贛、粵、湘、閩五省回應。柏文蔚、陳獨秀主持的安徽省一開始就站在最前線。袁世凱為鎮壓革命黨，與英、法、德、日、俄五國銀行團簽訂《善後借款合同》，借外債2500萬英鎊。陳主持的安徽方面，以柏（當時赴寧開會）的名義，發表了一篇戰鬥性極強的討袁檄文（為此，袁曾派人到南京刺柏，未遂）。
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乘國民黨內爭之機，袁世凱雙管齊下。一方面，調兵遣將，日夜備戰，準備武力消滅國民黨；一方面則用政治手段削弱和瓦解國會內和各省革命黨力量。陳獨秀準備待變。17日，蘇曼殊致劉三信中即透露：「頃得仲兄信，有去皖之志。」果然，30日，袁世凱即免皖督柏文蔚，派其親信孫多森（孫毓筠的親戚）任安徽民政長兼署安徽都督。陳獨秀的代民政長自然也就結束。同日，陳獨秀呈請辭職。《民立報》記者說：「未待批准，留書逕去，書中有舊病復發，迫不及待等語，蓋指舊官僚政治復活，不可一日與居之義」。[51]不久，國務院代總理段祺瑞批准安徽都督府秘書陳仲甫免職。[52]陳即攜高君曼妻兒（1909年陳與髮妻同父異母的高君曼在杭州結婚同居）隨柏文蔚同遷南京。兩家同院而寓，閉門謝客。柏文蔚與陳獨秀等人幾乎每天黎明乘舟至府城橋下納涼，夜深始歸。表面上不問世事，實際上二人密謀今後的出路。
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7月初，孫中山終於說服黨內穩健派，興師討袁。12日，李烈鈞在江西打響討袁第一槍。15日，南京回應，宣佈黃興為江蘇討袁軍總司令。安徽介於南京和江西之間，對於革命黨來說，進是前哨陣地，退是重要屏障，是敵我雙方必爭之地。但是，由於柏文蔚身在南京，安徽軍事力量處於群龍無首的混亂狀態。為此，黃興在南京堅請柏文蔚出任安徽討袁軍總司令，赴蚌埠部署軍事。這時，南京柏文蔚與安徽革命黨人之間的聯絡人就是陳獨秀。黃、柏在南京積極籌劃討袁期間，陳獨秀正在安徽奔走，企圖統一安徽各派軍事力量，結果無功而返。柏文蔚說：
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此時獨秀由皖返甯，知袁家聲、岳相如、張匯滔、範光啟、龔振鵬、管鵬、鄭芳蓀、凌毅等在正陽關召開軍事會議未成。龔振鵬帶兵赴蕪湖潰散，幾遭不測，幸有岳相如派兵護送，龔始能安全到蕪。此時安徽已成一盤散沙，故在皖同志，均希望余即時回皖。[53]
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這裏提到的各位將領，多是當年岳王會成員。但是，由於陳獨秀一來沒有參加同盟會，二來手中沒有軍隊，所以，他這位昔日岳王會總會長的號召力，遠沒有分會長柏文蔚大了。
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柏文蔚接任安徽討袁軍總司令後，即與陳獨秀等人會商組織安徽討袁軍總司令部事宜，大家一致認為：「目前南方軍隊已成強弩之末，時機一誤再誤」；「不過，我們能有樹倒不亂的精神，不怕犧牲，目前的頹勢不是說絕對不能挽回，那就是我們首先要統一意見，以中山先生的馬首是瞻，不能再另有主張。本黨同志，被袁世凱所收買的大有人在，內部早已分化，應特別加以注意，如有可疑者，一定不可以付以重任。」隨後，陳即攜家至滬，安排後即與柏返皖發動。但是，這時安徽各地原淮上軍將領龔振鵬、張匯滔、范鴻仙（光啟）、張永正等紛紛發表討袁檄文，蕪湖、壽州等地宣佈獨立。27日，柏文蔚再任安徽都督，陳獨秀又任秘書長。
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這時，淮上討袁軍在袁世凱所派倪嗣沖部及豫軍聯合進攻下，連連敗北。受柏文蔚派往太湖方向作戰的胡萬泰部率部回歸安慶，與其他叛將聯合圍攻都督府。同時，柏文蔚也已接到反袁軍總司令黃興密電：「大勢已去，無能為力，弟已他往，望兄相機引退，留此身以待後用。」[54]柏文蔚、陳獨秀等只得敗走，向蕪湖方向突圍。胡萬泰即宣佈取消安徽獨立。
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這時，發生了被史學家稱為「陳獨秀第一次被捕」的事件，即蕪湖的反袁軍旅長龔振鵬差一點誤殺陳獨秀。高語罕說：
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曾記得，二次革命失敗，先生從安慶逃到蕪湖，被蕪湖駐防軍人某逮捕。這位軍人本是和柏公立在反袁旗幟之下的，不知因何事與柏不諧，而遷怒於先生。已經出了佈告，要槍決先生。先生從容地催促道：「要槍決就快點！」旋經劉叔雅、范鴻仙、張子剛三先生力救得免。[55]
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常恒芳也說，陳獨秀這次在蕪湖被捕要殺，是因為龔振鵬等旅長「始終反對柏烈武」。後因「蕪湖有張永正一旅軍隊駐在那裏，反對龔振鵬等殺陳獨秀，說要是殺了陳獨秀，他就要率兵拼命，故陳獨秀後來仍被釋放了」[56]龔與柏不諧，是因為責怪國民黨決定討袁軍事太晚，貽誤了時機。開始討袁時，柏在南京消極。待其入皖行動時，龔振鵬等已在省內發動戰事。
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對於這次生死考驗，陳獨秀表現如何？柏文蔚說陳是「飽受驚嚇」；程演生說：事後「回去的人說，當時仲甫被綁時並無屈服表示，但面色亦不能無變了。」這些說法都在情理之中。范鴻仙旅長說：「陳獨秀是社會上頗有影響的名流，殺不得。」[57]因此，8月13日，柏文蔚一到蕪湖，與龔振鵬嫌隙即消，龔親到江邊拜見柏，並接到司令部，「聚談甚歡」，面對失敗之局，共商善後之策。
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龔振鵬能刀下留人，袁世凱則不能容忍。8月28日，倪嗣沖兵佔安慶，第二天，叛軍胡萬泰進入蕪湖。安徽討袁革命終於以失敗而告終。倪嗣沖進入安慶，即飭令軍隊捕拿柏文蔚前秘書長「陳逆仲甫」及其父陳衍庶，逮不着，就抄其老家。當年嗣父陳衍庶和妻子高大眾反對陳獨秀參加「造反」而禍及家門的事，終於臨頭了。陳獨秀下一輩（即「遐」字輩，陳延年即遐延，陳喬年即遐喬）一位陳家老人陳遐文回憶說：
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民國二年，袁世凱當大總統，倪嗣沖在安徽做督軍，馬聯甲那時當統領，說陳獨秀私造槍炮子彈，帶人把家查封了，他家被一抄乾淨，把昔凡公私藏的字畫一搶而空。統領手下的人，還到處捉拿陳獨秀的兩個兒子，要除根。陳獨秀的兩個兒子，一個叫小四子（延年），長長瓜子臉，一個叫小五子（喬年），圓臉兒，小六子（松年）年紀還小。當時，小四子、小五子就從屋上跳下來，連夜跑到鄉下，找到我家。我把媽媽的床拉開，在床裏邊搭鋪，把蚊帳撐着，讓他們在裏邊睡了三夜，後來家裏來人才找到他們。據說當時沒有逮到延年喬年，卻把陳獨秀的侄子永年逮去了。[58]
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倪嗣沖通緝安徽革命黨人，陳獨秀名列首位，罪名是「柏逆文蔚、龔逆振鵬死黨，蓄志謀叛之犯」。[59]
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這一年，陳家的命運與整個革命形勢一樣，多災多難。曾給陳氏家族帶來驕傲的陳衍庶，去年與洋商合夥做東北大豆生意被騙破產，受到嚴重打擊。自歎不懂洋務，受人愚弄；不識洋文，兩眼漆黑，一病不起，於1913年5月（即陳獨秀與柏文蔚策劃反袁事宜前）去世。從此陳家也就衰敗下去。陳松年說：「倪嗣沖派兵來我家抓人，昔凡公的靈柩還停在家裏。」[60]陳獨秀的嗣母經過這次刺激，致成大病。事後，有人去上海見到陳獨秀，告以家中遭遇。陳憤憤地說：「恨不得食肉其人」，「過幾年再看吧。」[61]
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陳獨秀對這次革命失敗並不氣餒，而且從此以後，他的革命志向，集國難與家仇於一身，更加堅定徹底了。而且對於家庭的遭難，從此再也無顏見家人，至死也不再回安慶。客觀上，他作為一個革命者，在長期通緝下，也不能「回家看看」，真是「風蕭蕭兮易水寒，壯士一去兮不復返」。
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