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胡適創辦的《努力》週刊
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接着，1923年1月，又因蔡元培辭職事件，陳、胡發生爭執。當時蔡因反對反動政客彭允彝出任教育總長，「不忍為同流合污之苟安」，請辭北大校長。北大師生掀起一個驅彭挽蔡運動。這個運動本來是反對北洋政府的正義行為，應該同情和支持，但陳獨秀卻評論說：「正告蔡校長及一般國民：革命的事業必須建設在廣大民眾積極運動的力量上面，依賴少數人消極的拆台政策來打倒惡濁政治，未免太滑稽了，太幼稚了，而且太空想了。」
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此論確是過左，是唯我獨左的「革命萬能論」的表現，而且左得可愛又可笑。所以引起胡適過度反應，著文反駁：「自從袁世凱以來，政府專用金錢來收買政客，十年的功夫，遂使豬仔遍於國中，而『志士』一個名詞竟久已不見經傳了！新文化，學生運動，安其那，社會主義，共產主義……無不可作豬仔之敲門磚！今天談安其那，明天不妨捧為政客；今天談共產主義，明天不妨作教育次長（指陳於1921年上半年曾任廣東教育委員會委員長——引者）！在這個豬仔世界裏，民眾不用談起，組織也不可靠，還應該先提倡蔡先生這種抗議的精神，提倡『不降志，不辱身』的精神，提倡那為要做人而有所不為的精神。」[101]
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8月以後，二人又在「科學與人生觀」論戰中短兵相接。當時發生了以張君勱等人為一方與丁文江等人為另一方的這場論戰。前者宣揚「自由意志」和孔孟的內心修養，認為科學不能解決人生觀的問題；後者則鼓吹科學萬能，科學能解決人生觀問題，但他們又認為人的感覺也是物質，即物質並非客觀存在，而是「覺官感觸的集合」。胡適在為這場論戰的論文集寫序時，支援後者，並明確批判陳獨秀的唯物史觀，說「唯物（經濟）史觀至多只能解釋大部分的問題」，相信知識言論教育也可以「變動社會，解釋歷史，支配人生觀」。
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陳獨秀也為該論文集寫序，答覆胡適，指出：「唯物史觀並不是不重視思想文化宗教道德教育等心的現象之存在，惟只承認他們都是經濟的基礎上面之建築物，而非基礎之本身」，是「一元論」，而非「多元論」。然後指出「適之果堅持物的原因外，當有心的原因……，像這樣明白主張心物二元論，張君勱必然大搖大擺的來向適之拱手道謝！」胡適則說：「仲甫的答書，近於強辯，末段竟是誣人，使我失望。」[102]由此看到，二人矛盾，由信仰、政治領域，深入到世界觀。不僅如此，爭論之激烈，有時還大失學者風度，發展到人身攻擊。
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1924年9月，在紀念辛丑條約23周年時，陳獨秀曾撰文，改變過去徹底否定義和團的觀點，肯定其反帝的意義，「是中國民族革命史上之悲壯的序幕。」[103]胡適立即攻擊說：「六年前作《克林德碑》那篇痛罵拳匪的大文的作者，現在也大出力頌揚拳匪了！」「這真是翻手為雲，覆手為雨，我們只好叫他訟棍的行為！」[104]——其實胡適攻擊和譏諷的恰恰是陳獨秀知錯必改、追求進步的精神。因為不管怎麼說，義和團運動的反帝性質是抹殺不了的。而胡適的矛頭所向，卻是借題發揮攻擊共產黨。
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1925年，胡適參加段祺瑞皖系政府的「善後會議」，被社會上譏笑為軍閥分贓的幫凶。北大一院的厠所牆上甚至有學生的咒罵，說其「賣身於段賊」，「擁戴段祺瑞為父」。陳獨秀聽到此事後，2月5日致函適之表示支持，但囑要「卓然自立」，一改前次反對蔡元培「不合作主義」的態度：「現在有出席善後會議資格的人，消極鳴高，自然比同流合污者稍勝，然終以加入奮鬥為上乘（弟曾反對孑民先生不合作主義以此）。因此，兄毅然出席善後會議，可嘗試一下，社會上頗有人反對，弟卻以兄出席為然。但這裏有一個重要問題，就是兄在此會議席上，必須卓然自立，不至失去中國近代大著作家胡適的身份才好。」[105]但他對胡與章士釗合辦報紙，效力政府的傳說，卻竭力表示反對，言詞激昂。
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胡適接信後，10日回信，責怪陳聽信關於胡適與章士釗合辦報紙之謠言。陳在23日接讀後，立即回復，表示「十分喜慰。前函措詞冒昧，特此謝罪。惟此次來函說『一時的不愉快』，此語雖然不能完全做逆耳解，或不免有點逆耳的嫌疑罷，一笑」；「既無此事，我們真喜不可言。」《申報》、《新聞報》、《北京新聞》譏胡為段祺瑞的留聲機，列在準安福系，「我們固然不能相信這是事實，然而適之兄！你的老朋友見了此等新聞，怎不難受！」「我並不反對你參加善後會議，也不疑心你有甚麼私利私圖，所以這些話都不必道及」；「你在會議中總要有幾次為國為人民說話，無論可行與否，終要嘗試一下，才能夠表示你參加會議的確和別人不同，只準備『看出會議式的解決何以失敗的內幕』，還太不夠……」[106]
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可見，陳獨秀對胡適，在政治上還是關心的。但是，胡適卻認為自己已經成熟，在政治原則問題上，不需要陳的瞎操心，而且認為二人根本上走的是兩條路，非但毋用關照，而且要鬥爭到底。
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於是，兩人除了利用自己掌握的輿論陣地進行論戰之外，有時相聚還當面爭吵。例如對於中國近代衰弱之原因，胡適始終不承認帝國主義侵略的罪惡，只怪中國人民愚昧落後。1925年11月，他到上海治痔，住在亞東圖書館老闆汪孟鄒家。陳獨秀知道後很高興。汪的侄兒汪原放回憶說：「這位總書記有時會在夜間悄悄地來看望這位『五四』時期的盟友。可是每次見面，總是以兩人激烈的爭吵而告終。一個講社會主義好，另一個講資本主義好；一個講馬克思主義，另一個講實用主義，各不相讓。」有一天，又爭起來，陳獨秀說：「適之，你連帝國主義都不承認嗎？」胡適一下子站起來，氣急敗壞地用手杖在地板上篤篤敲着說：「仲甫，哪有帝國主義！哪有帝國主義！」接着，他又強忍怒氣說：「仲甫，我有事，你坐罷！」下樓去了。陳獨秀氣呼呼坐了好一會，也走了。但過不了幾天，陳獨秀會再來，重新挑起一場爭論。[107]
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這年12月，二人因北京群眾燒毀《晨報》館的事又發生爭吵。《晨報》是梁啟超研究系為背景的報紙，當時站在安福派一邊，對學生在「五卅」運動中的「過激」行動有所批評。11月29日，因北洋政府解散女師大及拖欠教師薪金問題，再次觸發學潮，數千民眾在天安門舉行遊行，要求段祺瑞下台。部分群眾遊行到宣武門，燒毀了《晨報》館。當時有人出來指責學生行動是「不守紀律、無意識、非真正民意」。陳獨秀又站在共產黨的左傾立場上為學生行動辯護，指出像五四時期學生火燒趙家樓那樣，不能這樣「抹殺」「北京市民運動」。[108]
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胡適即寫信批評陳的意見，主張：「大家能容忍異己的意見與信仰。凡不承認異己者的自由的人，就不配爭自由，就不配談自由。」表示：「我們兩個老朋友，政治上主張儘管不同，事業上儘管不同，所以仍不失為老朋友者，正因為你我腦子背後多少總還有一點容忍異己的態度。」「主張一階級專制的人已不信仰自由這個字了」，「這回出京兩個多月，一路上飽讀你的同黨少年醜詆我的言論，真開了不少的眼界……我怕的是這種不容忍的風氣造成之後，這個社會要變成一個更殘忍更慘酷的社會。」[109]
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很遺憾，中國以後的社會發展，應驗了胡適的這個擔心。當然，胡適的思想方法也有缺點。他也只譴責一面，對於帝國主義的侵略、八國聯軍的暴行，沒有看到他譴責過「殘忍」和「慘酷」；對於李大釗、陳獨秀等宣傳馬克思主義，他也沒有表示「容忍」。如今對於群眾的革命行動，他卻如此嚴厲譴責，大聲疾呼，可見他的立場是很鮮明的。這就加大了他與共產黨、與群眾運動的對立情緒。
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以上種種，充分說明了陳獨秀與胡適之間矛盾衝突的性質和廣泛深刻的程度。奇怪的是，儘管二人在政治思想上如此對立，友誼卻始終維持着。古道熱腸，這表明他們都繼承了中國士大夫的一種傳統美德：思想分歧不影響個人情誼，諍友比一般的朋友更可貴。例如，1921年10月和1922年9月，陳獨秀兩次因《新青年》「過激」、「違禁」刊物在上海法租界被捕時，胡適都積極奔走營救，請蔡元培和外長顧維鈞直接與法方交涉，並不因思想分歧而坐視不管，更不因《新青年》「赤化」而幸災樂禍。1932年10月，陳獨秀被國民政府逮捕。胡適雖是親國民黨的上層人士，還是參加了營救，為陳聘請辯護律師。陳坐牢後，胡經常去看望他，送物，送書，關心其生活，並為出版陳的文字學著作而奔走。1937年8月，為提前釋放陳獨秀，胡適也出了力。這時，國共（包括陳獨秀領導的托派）是你存我亡的敵我關係。陳還一直被視為「共黨首領」，國民黨以萬金懸賞通緝。胡適並不因黨派之見而落井下石。
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陳獨秀也是如此。中共成立後，與陳望道不靠胡適辦《新青年》的情緒相反，陳仍向胡約稿。甚至1924年團中央機關報《中國青年》出「反對泰戈爾專號」時，也請胡適寫一篇短文，胡適雖然表示怠慢，但有時也會應付一下，在《努力》創刊前，給了幾篇詩作和一篇《國語文法的研究》。後者分兩次連載在《新青年》1921年7、8月份出版的第9卷第3、4號的第一篇。共產黨的機關刊物，把這類稿子放在首位，可見陳為爭取胡之用心之良苦。後來陳還求胡為張申府找工作，為蔡和森、瞿秋白向商務印書館推薦出版書籍等。
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1932年10月10日，聞胡適外訪回國，他還致函胡適，拜託兩件事：一，求為李季翻譯馬氏巨著《資本論》籌措生活費。因為譯此書「所用時間必須很長，非有可靠生活費，無法擺脫別的譯稿而集中力量於此巨著」，並建議胡商之於「庚子賠款的翻譯機關」，稱讚說：「我知道李季的英德文和馬氏經濟學知識以及任事頂真，在現時的中國，能勝任此工作者，無出其右」；求胡適把他存於胡處的拼音文字草案，「希望商務（印書館）能早日付印，免得將原稿失去，且可了結兄等對商務的一種懸案；並且我還癡想在這椿事上弄幾文錢，可不必是實際的錢，而是想一部百衲本的二十四史。」然後寫了一句戲言：「兄回到野蠻而又不野蠻的祖國，一登陸便遇着我給你這兩個難題，使你更加不愉快，實在抱歉得很。」[110]
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此信後五天，陳獨秀被帝國主義的租界巡捕房逮捕，並引渡給國民政府囚禁。又求胡適提供獄中研究用書和紙筆等；甚至再次要求幫助解決李季翻譯出版《資本論》，幫助出版他的《中國文字拼音草案》，並認為中國字實在是教育普及的大障礙，新制拼音文字，實為當務之急；「甚至望先生（胡適——引者）能夠拿出當年提倡白話文的勇氣，登高一呼！」又勸胡從著不從政，[111]真是殷殷切切，一往情深。
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1933年11月，陳獨秀在南京獄中，胡適匆匆過寧而未能「奉看」。陳知道後十分生氣，致函汪原放表示要與胡適絕交：「不錯。他很忙。我知道他在此間即和一班達官貴人拜會吃酒，已經夠忙了。」「君子絕交不出惡聲也。我和他僅僅友誼關係，其他一切不必談。他現在既不以友誼態度待我，不過舊朋友當中又失了一個，如此而已。」[112]
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這時的陳獨秀怪可憐的，有點剃頭挑子一頭熱的味道。但不久，又心血來潮，要作太平天國史研究，得知羅爾綱有一部書稿交亞東圖書館，借來閱後頗讚賞。因當時羅正從學胡適，他便要汪原放轉告胡適，要請羅到南京來談一談。把自己的身份和坐牢，全然不當一回事。胡適得知後笑對羅說：「仲甫是有政治偏見的，他研究不得太平天國，還是讓爾綱研究吧！」[113]胡適的意思顯而易見，認為陳獨秀必然會與毛澤東一樣，用馬克思主義階級鬥爭的觀點研究「太平天國」，必然是無條件地歌頌落後的農民起義，從而推動歷史倒退。就這樣，二人這種奇特的友誼，一直維持到1942年陳獨秀逝世。
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實際上，這種奇特的友誼，除了中國士大夫階層傳統的古道熱腸之外，是20世紀20–40年代中國歷史時代的產物，是社會主義者與民主自由主義者在認識和改造世界問題上，世界觀與方法論同中有異、異中有同現象的反映。在對待北洋和國民政府反動獨裁統治上，二者都有不滿而嚮往民主，這是相同的，但陳主張徹底革命，胡主張批評改良。在救亡問題上，二人都是愛國主義者，但陳先強調克服國民落後性，後強調反抗帝國主義侵略，胡則譴責國民落後性，放過帝國主義的侵略。自然，「七七事變」後，面對祖國淪亡的危機，愛國主義又把二人聯繫起來。
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陳獨秀晚年，重新估價西方民主主義推動人類文明進化史的價值，寫下了不少文章和書信，逝世後，被他的學生何之瑜編為《陳獨秀最後論文與書信》一書，地下集資印刷。胡適閱後大喜，將其改名為《陳獨秀最後對於民主政治的見解（論文與書信）》，推薦給出版社公開出版，[114]並寫序指出：陳獨秀的這些獨立見解「實在是他大覺大悟的見解」；他「從苦痛經驗中悟得近代民主政治的基本內容，特別重要的是反對黨派之自由。」這時，倆人二十多年的分道揚鑣，又在思想上達到了一致。
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油畫《七七事變》
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