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胡適即寫信批評陳的意見，主張：「大家能容忍異己的意見與信仰。凡不承認異己者的自由的人，就不配爭自由，就不配談自由。」表示：「我們兩個老朋友，政治上主張儘管不同，事業上儘管不同，所以仍不失為老朋友者，正因為你我腦子背後多少總還有一點容忍異己的態度。」「主張一階級專制的人已不信仰自由這個字了」，「這回出京兩個多月，一路上飽讀你的同黨少年醜詆我的言論，真開了不少的眼界……我怕的是這種不容忍的風氣造成之後，這個社會要變成一個更殘忍更慘酷的社會。」[109]
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很遺憾，中國以後的社會發展，應驗了胡適的這個擔心。當然，胡適的思想方法也有缺點。他也只譴責一面，對於帝國主義的侵略、八國聯軍的暴行，沒有看到他譴責過「殘忍」和「慘酷」；對於李大釗、陳獨秀等宣傳馬克思主義，他也沒有表示「容忍」。如今對於群眾的革命行動，他卻如此嚴厲譴責，大聲疾呼，可見他的立場是很鮮明的。這就加大了他與共產黨、與群眾運動的對立情緒。
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以上種種，充分說明了陳獨秀與胡適之間矛盾衝突的性質和廣泛深刻的程度。奇怪的是，儘管二人在政治思想上如此對立，友誼卻始終維持着。古道熱腸，這表明他們都繼承了中國士大夫的一種傳統美德：思想分歧不影響個人情誼，諍友比一般的朋友更可貴。例如，1921年10月和1922年9月，陳獨秀兩次因《新青年》「過激」、「違禁」刊物在上海法租界被捕時，胡適都積極奔走營救，請蔡元培和外長顧維鈞直接與法方交涉，並不因思想分歧而坐視不管，更不因《新青年》「赤化」而幸災樂禍。1932年10月，陳獨秀被國民政府逮捕。胡適雖是親國民黨的上層人士，還是參加了營救，為陳聘請辯護律師。陳坐牢後，胡經常去看望他，送物，送書，關心其生活，並為出版陳的文字學著作而奔走。1937年8月，為提前釋放陳獨秀，胡適也出了力。這時，國共（包括陳獨秀領導的托派）是你存我亡的敵我關係。陳還一直被視為「共黨首領」，國民黨以萬金懸賞通緝。胡適並不因黨派之見而落井下石。
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陳獨秀也是如此。中共成立後，與陳望道不靠胡適辦《新青年》的情緒相反，陳仍向胡約稿。甚至1924年團中央機關報《中國青年》出「反對泰戈爾專號」時，也請胡適寫一篇短文，胡適雖然表示怠慢，但有時也會應付一下，在《努力》創刊前，給了幾篇詩作和一篇《國語文法的研究》。後者分兩次連載在《新青年》1921年7、8月份出版的第9卷第3、4號的第一篇。共產黨的機關刊物，把這類稿子放在首位，可見陳為爭取胡之用心之良苦。後來陳還求胡為張申府找工作，為蔡和森、瞿秋白向商務印書館推薦出版書籍等。
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1932年10月10日，聞胡適外訪回國，他還致函胡適，拜託兩件事：一，求為李季翻譯馬氏巨著《資本論》籌措生活費。因為譯此書「所用時間必須很長，非有可靠生活費，無法擺脫別的譯稿而集中力量於此巨著」，並建議胡商之於「庚子賠款的翻譯機關」，稱讚說：「我知道李季的英德文和馬氏經濟學知識以及任事頂真，在現時的中國，能勝任此工作者，無出其右」；求胡適把他存於胡處的拼音文字草案，「希望商務（印書館）能早日付印，免得將原稿失去，且可了結兄等對商務的一種懸案；並且我還癡想在這椿事上弄幾文錢，可不必是實際的錢，而是想一部百衲本的二十四史。」然後寫了一句戲言：「兄回到野蠻而又不野蠻的祖國，一登陸便遇着我給你這兩個難題，使你更加不愉快，實在抱歉得很。」[110]
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此信後五天，陳獨秀被帝國主義的租界巡捕房逮捕，並引渡給國民政府囚禁。又求胡適提供獄中研究用書和紙筆等；甚至再次要求幫助解決李季翻譯出版《資本論》，幫助出版他的《中國文字拼音草案》，並認為中國字實在是教育普及的大障礙，新制拼音文字，實為當務之急；「甚至望先生（胡適——引者）能夠拿出當年提倡白話文的勇氣，登高一呼！」又勸胡從著不從政，[111]真是殷殷切切，一往情深。
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1933年11月，陳獨秀在南京獄中，胡適匆匆過寧而未能「奉看」。陳知道後十分生氣，致函汪原放表示要與胡適絕交：「不錯。他很忙。我知道他在此間即和一班達官貴人拜會吃酒，已經夠忙了。」「君子絕交不出惡聲也。我和他僅僅友誼關係，其他一切不必談。他現在既不以友誼態度待我，不過舊朋友當中又失了一個，如此而已。」[112]
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這時的陳獨秀怪可憐的，有點剃頭挑子一頭熱的味道。但不久，又心血來潮，要作太平天國史研究，得知羅爾綱有一部書稿交亞東圖書館，借來閱後頗讚賞。因當時羅正從學胡適，他便要汪原放轉告胡適，要請羅到南京來談一談。把自己的身份和坐牢，全然不當一回事。胡適得知後笑對羅說：「仲甫是有政治偏見的，他研究不得太平天國，還是讓爾綱研究吧！」[113]胡適的意思顯而易見，認為陳獨秀必然會與毛澤東一樣，用馬克思主義階級鬥爭的觀點研究「太平天國」，必然是無條件地歌頌落後的農民起義，從而推動歷史倒退。就這樣，二人這種奇特的友誼，一直維持到1942年陳獨秀逝世。
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實際上，這種奇特的友誼，除了中國士大夫階層傳統的古道熱腸之外，是20世紀20–40年代中國歷史時代的產物，是社會主義者與民主自由主義者在認識和改造世界問題上，世界觀與方法論同中有異、異中有同現象的反映。在對待北洋和國民政府反動獨裁統治上，二者都有不滿而嚮往民主，這是相同的，但陳主張徹底革命，胡主張批評改良。在救亡問題上，二人都是愛國主義者，但陳先強調克服國民落後性，後強調反抗帝國主義侵略，胡則譴責國民落後性，放過帝國主義的侵略。自然，「七七事變」後，面對祖國淪亡的危機，愛國主義又把二人聯繫起來。
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陳獨秀晚年，重新估價西方民主主義推動人類文明進化史的價值，寫下了不少文章和書信，逝世後，被他的學生何之瑜編為《陳獨秀最後論文與書信》一書，地下集資印刷。胡適閱後大喜，將其改名為《陳獨秀最後對於民主政治的見解（論文與書信）》，推薦給出版社公開出版，[114]並寫序指出：陳獨秀的這些獨立見解「實在是他大覺大悟的見解」；他「從苦痛經驗中悟得近代民主政治的基本內容，特別重要的是反對黨派之自由。」這時，倆人二十多年的分道揚鑣，又在思想上達到了一致。
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油畫《七七事變》
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陈独秀全传 [:1705944875]
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在廣東的教育改革和建黨活動
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作為中國思想界和政治界迅速升起的一顆明星，陳獨秀引起中國各階層的關注。粵軍司令陳炯明當時追隨孫中山，在孫的大力支持下，於1920年10月驅逐桂系軍閥，進駐廣州。11月，孫中山在廣州組織護法政府，與北京政府對立。孫任命陳炯明為廣東省省長。
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陳炯明一上任，即電邀陳獨秀去粵主持教育，提倡新思想，發展新文化。[115]陳獨秀提出三條件：「（一）教育獨立，不受行政干涉。（二）以廣東全省收入十分之一撥充教育經費。（三）行政措施，與教育所提倡之學說作同一趨勢。」陳炯明表示同意，擬廢教育廳，設教育委員會，聘其為廣東省教育委員會委員長，主持全省教育，並保證以全省歲入十分之一以上為教育經費，無論如何，決不短發。[116]
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接着，陳獨秀致函各地黨支部，徵求意見。李大釗等人復函支持陳赴粵：一、可以將新文化和社會主義新思潮廣泛地帶到廣東去。二、可以在那裏發動共產主義組織。12月17日，陳獨秀偕袁振英登輪船赴粵。行前，把共產黨書記職務交給李漢俊（1921年2月由李達代理），《共產黨》月刊主編交由李達擔任，《新青年》交由陳望道主編。可能原打算走陸路，所以有毛澤東的長沙「青年團等仲甫來再開成立會」的說法。
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12月下旬，陳獨秀的輪船中途停泊香港。李義寶、林昌熾、張仁道三位青年慕名登船拜訪，並帶來他們編的《真善美》刊物。陳看後備加讚許，鼓勵他們組織馬克思主義研究小組，深入鑽研革命理論。三人欣然接受，後來，他們成為香港青年團和共產黨創始人。[117]
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29日，陳獨秀抵達廣州，輿論十分關注，《廣東群報》刊出了歡迎文章和陳獨秀的大幅照片。遺憾的是，不久被陳獨秀看好的國民黨骨幹朱執信，這時在聯絡民軍驅逐桂系軍閥時，在虎門遇害。朱執信在日本留學時，參與孫中山同盟會的創建，此後一直追隨孫中山革命。特別在五四運動後，創辦《建設》雜誌，與陳獨秀《新青年》一起，傳播、介紹馬克思主義，給陳獨秀很深刻的印象。為此，在1921年1月23日廣州各界舉行追悼大會時，陳獨秀特意送了一副挽聯，寄託哀思，並給朱很高的評價：
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失一執信，得一廣東，得不償失
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生為人敬，死為人思，死猶如生[118]
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陳獨秀對國民黨人作如此高的評價，這是一個特例。
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陳獨秀這次赴任廣州，主要做了兩件事：重建廣東共產黨，推行教育改革，並且使二者互為利用，互相推動。
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已如前述及新公佈的共產國際、聯共（布）檔案表明，廣東的建黨工作比較特殊而複雜。早在維經斯基到上海與陳獨秀等醞釀建黨同時，他的兩名工作人員米諾爾和別斯林，也由李大釗推薦北京大學的粵籍學生無政府主義者黃凌霜陪同來到廣州，介紹給廣州的無政府主義者區聲白、梁冰弦等人。他們成立了共產國際領導的「廣州革命局」，並建立了俄國通訊社，成立廣州「共產黨」和青年團，創辦《勞動者》工人刊物。但這個共產黨的執行委員會中，除了兩個俄國人之外，7個成員全是無政府主義者。他們在工人中有一定的影響，《勞動者》印數達到三千份，並有兩個工人組織，每個組織各有四、五十人。[119]但是，他們在工人中卻宣傳克魯泡特金的無政府共產主義和工團主義。傳統黨史把這個《勞動者》與上海共產黨發起組的《勞動界》並列說成是共產黨的工人刊物，其實風馬牛不相及。
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與此同時，三位在北京大學做過陳獨秀學生的譚平山、陳公博、譚植棠，在1920暑期畢業回粵後，分別在廣東高等師範學校、公立政法學校任教。在接受陳獨秀關於在廣州建黨任務後，他們經常深入學生，爭取影響了楊匏安、阮嘯仙、劉爾崧等一批青年。他們因與無政府主義者觀點不同，拒絕參加無政府主義的黨團組織。這年8月首先成立了社會主義青年團。[120]10月，他們又在陳炯明的贊助下，創辦了一份宣傳新文化的報紙——《廣東群報》。陳獨秀在該報創刊號上發表了一篇《敬告廣州青年》的文章。但是，由於工人中無政府主義思想影響較大，他們只在學生中活動。而且在他們的團組織中也有不少無政府主義者，包括區聲白。
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