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關於「投機取巧，易於妥協」，自然主要是指辛亥革命勝利後把政權讓給袁世凱。在力量對比上，袁世凱北洋軍閥的力量大於革命派的力量是一個客觀原因，但陳獨秀主要不滿是革命派綱領錯誤：「誤用了不能貫徹革命宗旨的口號」——「排滿」；因此以為推翻清政府就以為革命成功了，「革命功成，革命黨消」。
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「內部分子複雜，明爭暗鬥」，最明顯的例子是前述1907–1908年間在東京時，他身邊發生的章太炎、劉光漢與孫中山之間的勾心鬥角和章、劉以後的墮落。特別是劉光漢（劉師培）這位舊學根底很深的人，竟然由無政府主義者的極左很快被清政府收買，成了同盟會中的坐探，給了陳獨秀很大的刺激，直到1926年還對柳亞子談起這件事，表示他對同盟會國民黨「內部分子複雜，明爭暗鬥」的鄙夷之情。而1921年葉楚傖等人對陳獨秀在廣東教育改革成績的酸楚心情，更加深了陳獨秀的這種觀察。
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至於鬥爭方式上，「注重上層，勾結土匪，投機取巧」，更是孫中山的弱點。他對外依靠列強，儘管列強一再欺騙和欺壓他。對內依靠軍閥甲反對軍閥乙。戰鬥力量是依靠會黨（即幫會，往往是「土匪」）和華僑，而不依靠工農勞苦群眾。
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陳獨秀所指國民黨的這些缺點，基本上是符合實際的，但也有片面性。如「排滿」口號，在辛亥革命前具有反清革命的作用，不能一概否定。分子複雜、不依靠工農，說明中國資產階級的軟弱，不是孫中山一個人能夠克服的，但其重視軍事鬥爭和不屈不撓的精神是一大優點。
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因此，馬林提出共產黨員加入國民黨，自然遭到強烈反對，不僅是陳獨秀，而是全黨反對。1922年4月6日，陳獨秀特地給維經斯基一信，鄭重表示：
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馬林君提議中國共產黨及社會主義青年團均加入國民黨，余等則持反對之理由如左：
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共產黨與國民黨革命之宗旨及所據之基礎不同。
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國民黨聯美、聯張作霖、段祺瑞等政策和共產主義太不相容。
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國民黨未曾發表黨綱，在廣東以外之各省人民視之，仍是一爭權奪利之政黨，共產黨倘加入該黨，則在社會上信仰全失（尤其是青年社會），永無發展之機會。
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國民黨孫逸仙派向來對於新加入之分子，絕對不能容納其意見及假以權柄。
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廣東、北京、上海、長沙、武昌各區同志對於加入國民黨一事，均已開會議決絕對不贊成，在事實上亦已無加入之可能。[29]
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必須指出，當時陳獨秀反對的是黨內合作的方式，而不是反對統一戰線政策本身。相反，在接受列寧關於殖民地革命理論後，陳獨秀黨中央是堅決扭轉了「一大」時排斥與資產階級黨派聯合的觀念，而樹立起明確的統一戰線觀念。6月15日發表的《中共中央第一次對於時局的主張》，更是以黨的決議的方式，向全國宣告：
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「中國共產黨的方法是要邀請國民黨等革命的民主派及革命的社會主義各團體，開一個聯席會議，在上列原則（即反對封建軍閥——引者）的基礎上，共同建立一個民主主義的聯合戰線，向封建式的軍閥繼續戰爭。這種聯合戰爭，是解放我們中國人民受列強和軍閥兩重壓迫的戰爭。」[30]
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可見，這個後來被毛澤東總結為中國革命勝利的三大法寶之一的「統一戰線」，早在1922年就被陳獨秀為首的黨中央自覺地認識了。
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共產國際遠東局書記維經斯基似乎沒有理會陳獨秀「四・六信件」的意見，而是站在馬林一邊，在7月18日會議後，立即簽署了《共產國際給中國共產黨中央委員會的命令》：要中共中央「立即將駐地遷往廣州，與菲力浦（即馬林——引者）同志密切配合進行黨的一切工作」。[31]這意味着又回到「一大」後初期的情況，由共產國際給馬林這位欽差大臣一把尚方寶劍，中共的一切工作都得聽共產國際馬林的。
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馬林（1883～1942），1921年初受共產國際委托，來到中國，幫助建立中國共產黨
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第二，由共產國際負責人拉狄克親自主持擬定了《共產國際執行委員會給其派駐中國南方代表的指令》，稱共產國際認為「國民黨是一個革命組織，它保持着辛亥革命的性質並努力創建一個獨立的中華民國。因此中國共產黨人應當有以下任務：」
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一、「訓練能保持獨立思想的黨員，未來由他們組成中國共產黨的核心。」——這表明還是強調把國共合作後的共產黨的獨立性，放在第一位。
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二、「這個黨將隨着資產階級、小資產階級和無產階級分子間日愈明顯的分裂而成長。分裂之前，共產黨人應該支持國民黨，特別是國民黨內代表無產階級分子和手工業工人的那一翼。」——這表明國共合作只限於統一戰線破裂以前，一旦破裂，就應該退出國民黨。
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三、共產黨在國民黨內和工會內把擁護共產黨的人組織一個小組，在全國開展工作，宣傳反帝反封建的思想，組織中華民國。「如果可能，這個組織的建立應取得國民黨的同意，但是又應該完全不依賴國民黨」。——這是想在國民黨內建立一個共產黨，即「黨內有黨」，這是後來造成國共合作無窮矛盾最後破裂的導火索，孫中山及其後來的蔣介石的國民黨，根本不允許「黨內有黨」。
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四、「中國共產黨人最重要的任務是組織勞動群體。」[32]
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從這四條內容來看，共產國際第一個關於國共合作的文件，是站在中共的立場上，以我為主，利用國民黨發動工農群眾進行革命，強調保持共產黨的獨立性和隨時退出國民黨的靈活性。而不是後來那樣，做國民黨的附庸，國民黨屠殺時也不退出。
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第三，由於馬林同時提議「在廣州建立一個共產國際與紅色工會國際的代表機構」，負責中國、日本、朝鮮三國的革命運動，而且這兩個國際「應有一名共同的代表」就足夠了，共產國際又作出了《共產國際和紅色工會國際發給其派駐中國南方代表的委任書》，委任馬林「代表共產國際和紅色工會國際在中國南方同黨中央委員會聯繫，並代表我們同南方國民革命運動領導人合作。」[33]——這就是說馬林具有了相當於遠東局書記的權力了。這樣，馬林不僅是中國的太上皇，還是遠東的太上皇了。
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這裏，有一個值得注意的現象，這次共產國際作出這麼多決定，卻沒有一個直接令中共加入國民黨的決議，而只是又給了馬林一把任意處置中共的尚方寶劍。為甚麼不挑明要中共加入國民黨？看來，第一原因是陳獨秀「四・六信件」還是起了點作用。就是說，一方面無法反駁馬林的意見是正確的，但由於另一方面中共竭力反對，強調中共的獨立性，那就在重申中共獨立性的同時，把權力給你馬林，等你回去說服中共以後，再由共產國際作出正式決議。——這個令共產黨加入國民黨的方針能不能通過，最後看你馬林的了。