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當吳佩孚同張作霖打仗時，他有長江一線和那裏的兵工廠作後盾，但他沒有掌握北方的鐵路，控制鐵路的人被日本人收買了。他是怎麼辦的呢？他向年輕的共產黨尋求支持，共產黨派了一些黨代表給他。在戰爭期間，黨代表牢牢掌握了鐵路，供在那兒進行革命鬥爭的吳佩孚軍隊使用。在中國誰進行反對日本帝國主義的鬥爭，誰就是為中國革命的發展而鬥爭……後來，工人向吳佩孚提出了自己的要求，也使這些要求部分地得到了實現。由於這樣的支持，由於革命的資產階級力量實現了自己的使命，我們的同志在華北的工人群眾中站住腳。[35]
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把吳佩孚視為「革命的資產階級」，把反日視為革命與反革命的標準，這是多麼錯誤的觀念和荒唐的邏輯。
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就這樣，馬林一方面因與莫斯科的「聯吳疏孫」的方針憋着一股氣，同時，又以那樣的身份和「全副武裝」於8月中旬來到上海，一面命令共產黨執行加入國民黨的決定，一面做國民黨的工作。為此，他與國共兩黨領導人頻繁接觸，還把李大釗調到上海，幫助工作。因為李對孫和陳都有較大影響。這時，孫因受到陳炯明背叛的沉重打擊，處於「光棍司令」的極度困難和絕望的精神狀態中，所以，非常歡迎共產黨和青年團這批「新鮮血液」的輸入，以挽救國民黨。這也就是他非要共產黨人加入國民黨、只同意黨內合作的根本原因。但共產黨內，除了李大釗等個別人之外，陳獨秀等絕大多數還是抵制共產國際的方針。
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於是，8月28–30日，在馬林的要求下，中共中央在杭州召開特別會議，討論共產國際的決定。會上，由於陳獨秀等多數中央委員繼續反對馬林的意見，發生激烈爭論。馬林又說國民黨不是「資產階級的政黨」，而是一個「各階層革命分子的聯盟」。陳獨秀反對，強調「國民黨主要是一個資產階級的政黨」，共產黨員加入國民黨，「會引起許多複雜而不易解決的問題，其結果將有害於革命勢力的團結」，「混合了階級組織和牽制了我們的獨立政策」。最後，馬林只得拿出「尚方寶劍」，說這是共產國際的決定，不同意也得服從。陳獨秀無奈地表示：「如果這是共產國際的不可改變的決定，我們應當服從」。但他提出的條件是：孫中山必須取消按手模宣誓服從他等封建獨裁的入黨辦法，並根據民主主義原則改組國民黨。關於這一點，馬林在7月給共產國際的報告中也認為是國民黨的缺點，所以是支持陳獨秀的。李大釗也表示支持。但張國燾、蔡和森仍反對國際的決定。會議表決，最後多數通過了陳獨秀的意見，但沒有形成文字決議，提供中共「三大」作出決議。
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如上分析，當時共產國際並沒有正式作出令共產黨加入國民黨的決議。但是，馬林卻充分引用共產國際給他的權利，壓服了中共中央。陳獨秀是一個言而有信、光明磊落的人，既然服從，就決不搞陽奉陰違的小動作。於是，我們看到他在思想上仍有保留的情況下，行動上卻表現出極大的熱情，積極貫徹共產國際的指示，密切配合馬林的行動。
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西湖會議一結束，陳獨秀即與馬林、李大釗一起去拜訪了孫中山。孫聽取陳獨秀等人關於改組國民黨的意見，在9月4日召集了國民黨各省市50餘名負責人開會，討論改組問題。會後，在孫中山同意改組並取消入黨時按手模宣誓效忠於他的情況下，陳獨秀、蔡和森、張太雷由張繼介紹，孫中山主盟加入了國民黨。6日，陳獨秀等九名國民黨骨幹即被孫中山指定組成國民黨政務改進起草委員會。1923年1月21日，孫中山又任命陳獨秀、廖仲愷等21人為國民黨本部參議。4月10日，孫中山又以中華民國陸海軍大元帥的名義，發布命令，委任陳獨秀為大本營宣傳委員會委員，與馬林共同制訂改組國民黨的計劃。孫中山與其他領導人討論這一計劃後，委託陳獨秀修改，制訂出一個更詳細的計劃，最後為孫中山所接受，開始改組工作。
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國父孫中山
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與此同時，陳獨秀還發揮其宣傳、教育方面的特長，對國共兩黨內對黨內合作方針尚有疑慮或劇烈反對的黨員做工作，在多家刊物上發表闡述國共合作必要性和迫切性的重要文章，造成一種重大影響的輿論。例如，他在國民黨中央機關報上發表重要文章，宣傳國民黨的革命性，號召大家都來加入國民黨。他認為中國現在政治狀況的特點之一是「政黨之萎弱」。因為他於這月中旬又被捕一次，剛保釋，為了對付反動派的耳目，他故意寫道：「幼稚的中國無產階級，眼前還沒有代表他的政黨出現」，意在說明共產黨還「很萎弱」；而「代表資產階級的政黨也很萎弱。這就是中國資產階級還沒有強壯的表徵。孤軍奮鬥的國民黨，我們極尊重他有民主革命的歷史，現在他還本着民主革命的精神進行，但黨員尚少，運用政黨政治來代替軍閥的力量還嫌不足」，因此要傾覆封建軍閥，反抗國際帝國主義，「只有集中全國民主主義的分子組織強大的政黨」。[36]《民國日報》在刊登此文時，特加「附識」說此文「只稱許國民黨有民主革命的歷史……，那麼中國要組織強大的政黨，最好的方法是全國民主主義的分子都來加入國民黨」。
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同時，陳獨秀的文章還針對有些國民黨員擔心共產黨來赤化國民黨的疑慮，指出：中國階級鬥爭分為兩段路程：「第一段是大的和小的資產階級對於封建軍閥之民主主義的爭鬥，第二段是新起的無產階級對資產階級之社會主義的爭鬥。因為中國勞苦群眾的潛勢力雖然是無限的偉大，但是他們階級的形成及意識方在萌芽時代，所以他們所表現的，只是組織工會和罷工運動，可以說純粹為他們自己階級的政治鬥爭時期還未成熟。」
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對此，《民國日報》在9月14日發表重要文章《國民黨主義並無變更》一文，解釋由陳獨秀加入國民黨引起的「種種揣測」和「殊多誤會」，稱：「中國國民黨為民國惟一之政黨，入黨手續，中山先生已允加變通，……若三民主義五權憲法之黨綱，則決無所更變。陳獨秀君最近曾有《對於現在中國政治問題的我見》一文（曾載本報來論欄），其加入中國國民黨，於思想上亦似無矛盾也。」
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陳獨秀對國民黨的認識明顯受到了馬林觀點的影響，改變了過去一貫的特別是「四月六日」給維經斯基信中對國民黨資產階級性質的認識。這表現了他理論上的弱點、思想方法上時有片面性，太敏感，容易受表面現象和聽信他人之言的缺點。例如，9月20日，他為了說服黨內持反對黨內合作方針者，在機關報《嚮導》上發表《國民黨是甚麼》，竟說：「中國國民黨是一個代表國民運動的革命黨，不是代表那一個階級的政黨；因為他的政綱所要求乃是國民的一般利益，不是那一個階級的特殊利益；黨員的分子中，代表資產階級的知識者和無產階級的工人幾乎勢均力敵。」不過這個錯誤觀點沒有堅持太久，很快就改變了。
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由於中共中央接受了以共產黨員加入國民黨的黨內合作方式實行「國共合作」的方針，加上11–12月陳獨秀率領中共代表團參加莫斯科召開的共產國際「四大」再次加以確認，1923年1月12日，共產國際正式作出了關於共產黨與國民黨合作的決議《共產國際執行委員會關於中國共產黨與國民黨的關係問題的決議》。決議的主要內容如下：
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一、關於國民黨的性質。「中國唯一重大的民族革命集團是國民黨，它既依靠自由資產階級民主派和小資產階級，又依靠知識分子和工人。」——這同陳獨秀一樣，是接受了馬林的觀點，為當時國民黨的表面現象（如支持香港罷工等）所迷惑，抹殺了國民黨的資產階級性質。
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二、關於國共合作的必要性和黨內合作的形式。「由於國內獨立的工人運動尚不強大，由於中國的中心任務是反對帝國主義者及其在中國的封建代理人的民族革命，而且由於這個民族革命問題的解決直接關係到工人階級的利益，而工人階級又尚未完全形成為獨立的社會力量，所以共產國際執行委員會認為，國民黨與年青的中國共產黨合作是必要的。」「因此，在目前條件下，中國共產黨黨員留在國民黨內是適宜的。」
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以上兩條，從當時陳獨秀發表的文章和演說來對照，陳獨秀是接受的。
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三、關於加入國民黨的原則和目的。原則是：
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「不能以取消中國共產黨獨特的政治面貌為代價。黨必須保持自己原有的組織和嚴格集中的領導機構。」
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「中國共產黨應當在自己的旗幟下行動，不依賴於其他任何政治集團，但同時要避免同民族革命運動發生衝突。」
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「只要國民黨在客觀上實行正確的政策，中國共產黨就應當在民族革命戰線的一切運動中支持它。但是，中國共產黨絕對不能與它合併，也絕對不能在這些運動中捲起自己原來的旗幟。」
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目的是：「組織和教育工人群眾，建立工會，以便為強大的群眾性的共產黨準備基礎。」
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站在中共的立場上，這些規定無疑是十分明確而正確的。中心思想是必須保持中共的獨立性——「獨特的政治面貌」、「自己的旗幟」。支持國民黨是有條件的：「國民黨在客觀上實行正確的政策」。這就意味着如果違背這些原則，失去了這個條件，中共就應該及時退出國民黨。
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這就表明：除了對國民黨性質判斷失誤外，共產國際當初制定這個方針基本上是正確的。這些正確的方面，明顯地是受了陳獨秀「四・六信件」的影響。此後，陳在宣傳國際這個決議時，還強調：「此種聯合，純粹是兩階級革命行動之聯合，決非兩階級主義之聯合，此絕對不容混同者也。」[37]但是在1925年8月以後，共產國際受以史太林為首的聯共中央壓力，逐漸違背這些原則，剝奪共產黨的獨立性，變成任國民黨宰割的附庸。陳獨秀正是在這個過程中落入了陷阱。
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對於國民黨來說，這個黨內合作的方針，恰如同一個懷有二心的女人結婚一樣，長遠的結果決不會好。孫中山同意甚至歡迎共產黨加入，是要接受他的領導，搞三民主義，而不是搞共產主義。這一點，他也是光明磊落的，是通過1922初《孫越宣言》（國民黨與蘇聯政府簽訂的協議）公開聲明的：共產主義不適合於中國。這個黨內合作的方針，一開始就醞釀着日後必然分裂傷害一方、傷害雙方的悲劇。最可悲的是，這個方針的決定既不是國共任何一方，而是「第三者」——「老毛子」。是莫斯科，直接造成了1927年國共分裂。
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