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至於國民黨目前的狀況，我們在那裏只看到了右派反共分子，如果說那裏有一定數量的左派，那是我們自己的同志。孫中山和另外幾個領導人是中派，而不是左派（即便戴季陶也不是左翼理論家），所以現在支持國民黨，就只會是支持國民黨右派，因為他們掌握着黨的所有機構。在他們的對內政策中表現出反工人傾向，而在對外政策中表現出反蘇傾向……您須要緊急給鮑羅廷同志發一份電報，請他提供實際情況報告。我們期待你們將根據他的報告制訂共產國際的新政策。我們認為，對國民黨的支持不能沿用以前的形式，我們應該有選擇地採取行動，這就是說，我們不應該沒有任何條件和限制地支持國民黨，而只支持左派所掌握的某些活動方式，否則，我們就是在幫助我們的敵人，為自己收買（應譯成「製造」——引者）反對派。[13]
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陳獨秀的話有些偏激，但指出國民黨內右派勢力之強大，共產黨（自然包括聯共中央和共產國際）不能無條件地支持國民黨，否則將是「幫助我們的敵人」，這種認識是十分尖銳而深刻的。大革命的結果，不幸而被其言中。
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其實陳不明白，俄國在中國推行國共合作方針，不管他們支持哪一方，必然引起敏感的另一方的強烈反應，最後結果必然是一方打倒另一方。這是1927、1949年悲喜劇的根本原因。
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同時，即7月21日，陳獨秀和毛澤東聯合簽發《中央通告第十五號》，作出一系列強硬措施，以保持共產黨的獨立性和對革命的領導權。同時，從以上陳獨秀給維經斯基的信和通告看出，他把希望放在對鮑羅廷和共產國際身上，希望他們採取新政策，至少是不要無條件地支持國民黨。
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但是，陳獨秀希望落空了。鮑羅廷雖然感受到國民黨內反共傾向的強烈，在給國際的報告中承認：「在對待共產黨人的態度問題上，國民黨內部的右派和左派，實行了一定程度的聯合，包括孫中山在內。……幾乎所有國民黨人都會參加反對共產黨人的鬥爭。」同時又認為：「不應當由此得出結論，像某些同志估計的那樣，似乎共產黨人在國民黨內所面臨的問題是如此尖銳，以致必須作好可能分裂的準備。」[14]於是，他非但沒有制止孫中山的行動，反而建議成立一個國際聯絡委員會來解決（控制）共產黨問題。
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鮑羅廷在大會上演說
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這時，瞿秋白正好應鮑羅廷之邀前往廣州，並未經中共中央同意，被鮑推舉參加國民黨中央政治委員會，與鮑一起出席了8月21日召開的國民黨一屆二中全會。當瞿從鮑處得到消息，鮑與孫中山內定成立一國際聯絡委員會來解決國共分歧問題時，馬上專信告知上海。陳獨秀聞訊怒不可遏，立即召開中央緊急會議，通過決定，並直接致電鮑羅廷和瞿秋白，極其強硬地規定：
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一、禁止在國民黨會議上進行任何有關共產黨問題的辯論，並對此辯論不予承認；
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二、中共中央拒絕承認國民黨下屬的為解決兩黨間問題而設立的國際聯絡委員會；
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三、責成我們的同志在全會上對反革命分子採取進攻態勢，從防禦轉入進攻的時機已經到來。[15]
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但是，這個決定到達廣州為時已晚。國民黨一屆二中全會已經結束。在會上，鮑羅廷和瞿秋白雖然為共產黨黨團問題進行了辯解，會議也否定了右派提出的請共產黨員退出國民黨的提議，但會議仍贊同成立國際聯絡委員會以監督共產國際和共產黨關係的決議。決議認為：「中國共產黨的活動，有關國民革命者，實有為國民黨周知的必要；中國共產黨對於其加入國民黨的黨員施以指導，使之對於國民黨應如何盡力，這與國民黨黨務、黨員紀律有直接間接的關係，本黨更不能不過問。」[16]就是要求中共將自身活動中與國民黨有關者，全部公開通報給國民黨。在當時共產黨員和青年團員全部加入國民黨的情況下，接受這個決議，就意味着共產黨失去獨立性，完全接受國民黨的監督和領導。
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這裏，黨內合作方針的致命弱點就暴露出來了。一方面，共產黨加入國民黨，自然在路線政策上和組織上要接受國民黨的領導，服從國民黨的紀律。對此，無論孫中山還是國民黨右派的要求，都不過份；另一方面，共產黨作為無產階級政黨，對於這次革命，除了共同的反帝反封建目標之外，還有自己特殊的要求，更重要的是，根據歷史經驗和規律的提示，資產階級往往在革命關鍵時刻動搖叛變，所以，共產黨又必須保持自己的獨立性和爭取革命的領導權，包括對國民黨錯誤的路線政策的糾正和領導職務上的安排。所以，實現國共合作時，國民黨必須進行「改組」。這也是無可非議的。這樣兩黨的合作勢必發生無窮無盡的日益尖銳的矛盾和衝突。要解決這個衝突，只有一方完全服從另一方，否則聯合必然瓦解。也就是說，黨內合作的形式是不可能長久的，應該根據形勢，及時調整，變黨內合作為黨外聯合。黨外聯合就自由、靈活得多，能聯合的問題上聯合，其他方面各保持獨立。或能聯合時聯合，不能聯合時各行其是。陳獨秀7月14日給維經斯基的信，也就是這個意思。
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但是，對於蘇俄來說，國共合作這步棋剛走出，還沒有收到成效，決不允許改變。所以，鮑羅廷的態度是符合莫斯科需要的。但是，一心站在中共和中國革命立場上考慮問題的陳獨秀，根本不瞭解莫斯科的心思。所以，當廣州的消息傳到上海後，中共中央內部一片憤怒。蔡和森等人強烈要求致電莫斯科，控告鮑羅廷和他推行的損害共產黨的妥協路線。陳獨秀則十分沮喪，在給維經斯基的信中稱：
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國民黨中央執行委員會全會已經閉幕。這次會議對我們是一個很大的打擊。孫中山等人的態度在口頭上保持中立。他們不能同我們的同志爭吵，也不敢得罪右派和反動派，但實際上，他們利用反動派施加的壓力和他們的反共宣傳來壓制我們，目的在於把中國共產黨置於國民黨的領導之下，或至少使中國共產黨對它開放。我們必須反對這種行為。可是鮑羅廷同志不是站出來反對，而是建議他們成立所謂國際聯絡委員會，隸屬於國民黨政治委員會，並且擁有解決（國共）兩黨問題的全權。中國共產黨中央執行委員會絕對不同意這個建議，並指出，鮑羅廷同志上了孫中山等人的圈套。中國共產黨執行委員會給鮑羅廷發去電報，說明孫中山等人的這個陰謀，以及這個建議和我們黨絕對不承認任何這類決定將帶來的不良後果。但遺憾的是，在國民黨中央執行委員會上作出了這種決定。[17]
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然後，陳獨秀對共產國際強烈要求二點：一是提醒鮑羅廷「同孫中山打交道必須十分謹慎，否則他還會上圈套」；二是要鮑羅廷「始終要同我們黨進行協商」。
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這是中共再次向共產國際要自尊。
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維經斯基和共產國際如何答復，現在無證可查。但陳獨秀卻決不甘休，力圖挽回影響。經過一系列緊急磋商後，陳獨秀派中央委員高尚德趕往廣州，傳達中共中央拒絕國民黨全會決議，貫徹進攻路線，決心抵制鮑羅廷的妥協政策，並通過決定：鮑羅廷無權領導廣東地區黨組織的工作。
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鮑羅廷的錯誤，只能由共產國際去處理，中共中央卻可以處理瞿秋白。9月23日，瞿一回到上海，陳獨秀等就對其進行嚴厲批評，並禁止他再去廣州，接着，10月8日，中共中央召開全體會議，專門通過《就瞿秋白同志關於廣東政治路線的報告作出的決議》[18]，決議實際上不僅對瞿秋白，而且也對鮑羅廷再次嚴厲批評了他們的錯誤。決議指出鮑羅廷和瞿秋白沒有看清孫中山為代表的中派「只是想利用右派來威脅我們，使我們屈從於它」的實際情況；「也未反擊右派，抵制他們試圖把共產黨置於他們控制之下的做法，而相反，錯誤地認為，我們應當幫助中派哄騙右派……走上了向中派讓步的道路……因此落入了中派設置的圈套，結果我們遭到兩大失敗」：
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（1）我們對反動派鎮壓措施的決議案，在會議開始時沒有提出「結果我們落到被告席上而未佔有主動的地位。因此，中派得以不聲不響地回避對右派鎮壓措施問題，很順利地對我們發起攻勢，並向會議提出預先準備好的干涉中共事務的決議案」；
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（2）在國民黨內成立干涉共產黨事務的機構，現在採取了國際聯絡委員會的形式，並且已經同共產國際代表達成了協定。鮑羅廷同志和瞿秋白同志在國民黨政治局會議上默認了關於國民黨內之共產派問題的決議案。「中共中央認為，這等於共產國際和中共承認國民黨有權成立調查共產黨活動的機構，這一條將被國民黨用來作為干涉共產黨活動的依據」。
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決議最為可貴的是，借批評瞿秋白為引子，以無畏的膽識，主要點名批評了以太上皇自居的鮑羅廷在廣州犯下的一系列錯誤，特別是改變了原來陳獨秀和馬林對孫中山的批評——只「依靠軍閥倒軍閥」的單純軍事路線：
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「鮑羅廷同志犯了許多錯誤，他過高地估計了國民黨中派的作用並同他達成了妥協，還有在實行自上而下對國民黨的改造政策時犯的錯誤。特別大的錯誤是他支援國民黨的軍事行動。」因為一是「目前不僅國民黨中的許多右派分子是反動的，而且不少中派分子雖然具有模糊的革命願望，但在他們的頭腦中國民黨的老政策根深蒂固，很難使他們走上革命的道路」；二是「國民黨軍隊中是清一色來自反動右派的指揮員，沒有可靠的革命力量，缺乏足夠數量的革命分子在軍隊中做宣傳工作和對它施加影響。」所以，現在「支持國民黨的軍事行動，那麼客觀地說，這就會加強國民黨中的反動派，削弱對國民革命的宣傳。」
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請看，這時陳獨秀黨中央對國民黨的瞭解是多麼的深刻和透徹。
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決議最後強烈批評了鮑羅廷不尊重中國黨、獨斷獨行的作風：「中共執委會非常不滿的是，鮑羅廷同志作為共產國際代表同黨的執行委員會聯繫很少，也不同它討論決議和對國民黨的態度的改變，而是單獨行事……破壞統一，破壞工作制度，這對國民革命運動來說是非常有害的。」