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9月7日，莫斯科的共產國際東方部副主任米夫和庫丘莫夫（東方部工作人員）給共產國際執行委員會遠東局的信中就指示要催促中共中央反右傾、反托派和處理陳獨秀：
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「春季我們收到了在上海出版的托派刊物（指《我們的話》——引者）。黨對它作出反應沒有？無論如何不能讓托派組織發展……但是我們要提醒你們，採取揭露和徹底消滅托派的各種措施時，還是要十分清楚地提出這個問題：現在在黨內右的危險是主要危險。從中國寄來的所有文件都明確地說明了這一點。右派的立場明顯暴露出來了。在黨內必須加強同右派的鬥爭」；「建議（以中央決定的形式）陳獨秀立即就黨的策略問題作出表態。繼續不明確態度的做法是不能允許的。必須要麼爭取使他在徹底承認錯誤和接受黨的路線的基礎上實際參加黨的工作，要麼決定他的黨籍問題。」[22]
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9月12日，黨中央派宣傳部秘書長惲代英召集（中央直屬）支部幹事會和中央、（江蘇）省委、區委各代表參加的聯席會議，解決彭述之、汪澤楷反對中央路線問題。彭述之三次發言，與惲代英辯論。他反對中央以「機會主義的大頭銜」加於陳獨秀，更反對在黨報和黨員群眾會議上「公開宣傳獨秀同志是機會主義者」，並把「機會主義派的名詞與反對派的名詞並立起來」。他認為大革命時期「整個的機會主義指導是國際的，但在中共一面說，每個負指導責任的人都不好只圖塞責，學那『功歸於己罪卸於人』的市儈行為。何況像秋白、立三、維漢、恩來等同志，不僅是機會主義負責者，並且同時是盲動主義，即另一種機會主義的負責者，更應該自己明白呢」。他責問說：
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在過去機會主義時期中（特別在五次大會至國民黨破裂前——一九二七年四月到七月的時期中）是否只獨秀一人指導黨的工作，在黨內專政呢？是否除獨秀同志外，當時參加中央指導機關，特別是參加當時中央政治局的人都不負主要責任呢？……我個人認為獨秀同志在機會主義時代的確是黨內負主要責任的一人，不錯，獨秀同志在過去確有錯誤……但參加當時政治局直到現在還在黨內負責重要指導責任的人，如秋白、立三、恩來、維漢、忠發等同志，是否在當時都是一塵不染的布爾什維克呢？從我所知道的事實看來這些同志與獨秀同志在過去同是一樣的機會主義的執行者，其程度只有過之無不及。
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然後他列舉大量事實說明這些同志所犯的錯誤。接着，彭講述了現在黨內的機會主義：
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「我們的黨確有很嚴重的機會主義存在着。但這種機會主義恰好與中央所指的相反，恰好就在黨的領導機關裏，就在中央本身。」其表現：第一，中央認為資產階級是「能解放」農民的；第二，中央（李立三）認為富農（農村資產階級）「當然」是能革命的，便作出「聯合富農」的策略；第三，「對於目前革命形勢的估量以為革命高潮快要到來，或革命開始復興，因而主張不斷的示威，主張從每一個小的罷工鬥爭必須要擴大到廣大的政治總罷工以至於暴動鬥爭，這都是十分明顯的盲動主義的表演。」[23]
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辯論到最後，惲代英最後以「紀律」手段，要彭述之對反對派問題表態，企圖壓服對方。彭述之認為：「布爾什維克黨之紀律，決不是機械的無條件的」；「如果沒有無產階級先鋒隊的覺悟，沒有與廣大群眾相聯繫，沒有正確的政治領導，變成了妨礙群眾革命思想與行動之銬梏。」反過來，他要求惲代英向中央提出四點要求：（一）、重新審查自己的政治路線；（二）、發表獨秀同志的政治意見書；（三）、公佈反對派的一切文件，讓全黨黨員自由討論自由判斷；（四）、停止對於黨員之一切機械式的紀律箝制，恢復黨內應有的民主。[24]
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於是，10月5日，中共中央政治局召開了專門會議，通過了《關於黨內機會主義與托洛斯基主義反對派的決議》。《決議》指出陳獨秀的信，「完全推翻共產國際指導中國革命的一貫的列寧主義的路線；完全推翻六次大會與中央對於目前的根本策略而走到了可恥的取消主義！」它並且逐條批駁了所謂「托陳派」的取消主義觀點。「托陳取消派」的名稱，從此在黨內廣泛流行開來。然後宣佈他們的罪名是：「公開的反共產國際，反六次大會，反中央，反黨的路線。」
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組織措施也同時跟上，決議指出托陳取消派的罪名是：「不只是故意的煽起黨的討論而且實行了他們的小組織的行動。反對派已經有他們的秘密刊物，在黨內傳播。獨秀同志也在未經中央決定以前，把他寫給中央的信，自由在同志中間宣傳，這是列寧黨所不能寬恕的破壞黨的行為。」
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因此，中央在組織上有下面的決定：
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一、各級黨部如果發現了這樣的小組織必須馬上解散，對於參加的同志須與以組織上的制裁；
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二、經過討論以後，仍然固執他的取消主義的思想，不執行黨的策略，不服從決議的，應毫不猶疑的開除出黨；
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三、獨秀同志必須立即服從中央的決議，接受中央的警告，在黨的路線之下工作，停止一切反黨的宣傳與活動。[25]
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人們注意到，這個決議還稱陳獨秀為「同志」，企圖最後挽回。第二天（10月6日）中共中央向陳獨秀發出「書面警告」：「在黨的組織原則上不容許有兩個路線同時存在，尤其不容許有少數同志與黨對立，破壞黨的組織系統。」「你以及和你的意見相同的人，在上海黨的下層組織中有超越組織的活動」，「必須站在黨的利益上立即停止這種活動。」最後，中央決定陳獨秀「在黨的政治路線之下，在中央擔任編輯工作」，還要陳作一篇反對反對派的文章，並編入中央直屬支部參加黨的生活。
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其實，據陳獨秀說，在8月28日共產國際代表與陳獨秀談話時，最後也「拿開除黨籍的話來威嚇我，阻止我發表意見」。陳獨秀很覺可笑。這一次他見黨中央要動真的了，於是就拍案而起，10月10日，他以給中共中央常委會寫信的方式，給以嚴厲的回答：
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我現在正式告訴你們：在你們，絕對沒有理由可以開除發表政治意見的任何同志；在我，只知道為馬克思列寧主義的真理，為全世界無產階級革命利益，結合下層的革命群眾和機會主義上層領導機關奮鬥，而不計其他！我還要告訴你們：黨內的重大政治問題即領導機關政治路線根本錯誤的問題，決不應該用組織紀律（列寧曾說，無產階級革命政黨的紀律，是要有正確的政治領導為先決條件方會實現，否則一定變成廢話；你們忘記了沒有？）來掩護所能解決的；若用這樣方法無理由的開除同志，如果由此造成黨的分裂，是應該由你們負責的！[26]
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幾十年後解密的聯共中央和共產國際絕密檔案，證實了以上陳獨秀對中央的批評是對的。當時駐中共的國際代表在給莫斯科的信中說：「我們有一些優秀能幹的同志，但沒有任何經驗，常常不聯繫群眾，不瞭解群眾，不善於對基層組織裏的辯論、爭論等現象作出反應。」信中提到中共中央總是輕易地進行反對「右傾」的鬥爭，「在這方面好象政治局委員起了帶頭作用，李立三混淆『左右兩種傾向』。在他們那裏所有人都是『右的』，他們唯一的手段是壓制，或者訴諸紀律。」[27]
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陳獨秀10月10日的信，反過來對中央作「最後的警告」，說了以上一些激烈對抗性的話，尤其反感奉命作文，指出：你們命令我「一周內作篇反對反對派的文章」；「你們既然代我決定了意見，還要我做文章發表意見做甚麼？我真想不到你們現在竟至發狂鬧笑話到此地步！這種現象已充分的說明了由黨員群眾合法的討論和公開的自我批評來糾正領導機關之錯誤的政治路線，是絲毫沒有希望的了！」
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彭述之的妻子陳碧蘭，自1922年入黨以來，已經八年了，一向把黨當作生命寄託之所。她不願僅僅為了與彭述之的伴侶關係而失去自己的政治生命和生命的寄託之所。因此，她得知陳、彭將被開除黨籍時，內心非常矛盾、痛苦、煩惱和苦悶，甚至想到離婚的念頭。為了想傾瀉胸中的苦悶，有一天，她獨自到陳家和他專談此事：
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我從某些同志中得到一個消息，說黨中央準備開除你和述之。假如述之被開除，一定會跟着開除我，但我絕不願意跟着他而被黨開除，因為我開始幹革命時，並不認識述之，我既不是跟着他而參加到革命隊伍裏來的，當然也絕不願意跟着他而被黨開除。因此，我現在陷於極度矛盾和痛苦的狀態之中，我想請教您，怎樣才能解除這種矛盾和痛苦。[28]
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獨秀聽了此話，「用很簡單的話語誠懇而又堅決的態度」回答說：「假如我們被黨開除，並不是因為我們背叛了革命；而是由於黨的墮落，它離開了馬克思主義的政治原則和布爾塞維克的組織傳統，這是黨的錯誤，如果黨開除我，我是不在乎的。」陳碧蘭回憶道：「頓時便提醒了我，使我打破了過去對黨的那種機械觀念。我想，如果黨在政治上和組織上有錯誤，黨員是有責任起而批評和糾正的；為了使批評和糾正的意見發生效力和有力量，在黨內集中一個有力量的反對派也是需要的。」
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中共中央10月5日的決議，特別看重黨內出現「反對派小組織」，因為這將直接危及黨的生命。所以，中共中央對陳獨秀10日信的直接反應是，在17日機關報《紅旗》上公佈10月5日通過的《關於黨內機會主義與托洛斯基主義反對派的決議》中，將全部稱陳獨秀為「同志」的二字，全部刪除。而這時的陳獨秀的確已經在黨內成立了小組織。
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機關報《紅旗》
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