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組織措施也同時跟上，決議指出托陳取消派的罪名是：「不只是故意的煽起黨的討論而且實行了他們的小組織的行動。反對派已經有他們的秘密刊物，在黨內傳播。獨秀同志也在未經中央決定以前，把他寫給中央的信，自由在同志中間宣傳，這是列寧黨所不能寬恕的破壞黨的行為。」
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因此，中央在組織上有下面的決定：
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一、各級黨部如果發現了這樣的小組織必須馬上解散，對於參加的同志須與以組織上的制裁；
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二、經過討論以後，仍然固執他的取消主義的思想，不執行黨的策略，不服從決議的，應毫不猶疑的開除出黨；
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三、獨秀同志必須立即服從中央的決議，接受中央的警告，在黨的路線之下工作，停止一切反黨的宣傳與活動。[25]
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人們注意到，這個決議還稱陳獨秀為「同志」，企圖最後挽回。第二天（10月6日）中共中央向陳獨秀發出「書面警告」：「在黨的組織原則上不容許有兩個路線同時存在，尤其不容許有少數同志與黨對立，破壞黨的組織系統。」「你以及和你的意見相同的人，在上海黨的下層組織中有超越組織的活動」，「必須站在黨的利益上立即停止這種活動。」最後，中央決定陳獨秀「在黨的政治路線之下，在中央擔任編輯工作」，還要陳作一篇反對反對派的文章，並編入中央直屬支部參加黨的生活。
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其實，據陳獨秀說，在8月28日共產國際代表與陳獨秀談話時，最後也「拿開除黨籍的話來威嚇我，阻止我發表意見」。陳獨秀很覺可笑。這一次他見黨中央要動真的了，於是就拍案而起，10月10日，他以給中共中央常委會寫信的方式，給以嚴厲的回答：
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我現在正式告訴你們：在你們，絕對沒有理由可以開除發表政治意見的任何同志；在我，只知道為馬克思列寧主義的真理，為全世界無產階級革命利益，結合下層的革命群眾和機會主義上層領導機關奮鬥，而不計其他！我還要告訴你們：黨內的重大政治問題即領導機關政治路線根本錯誤的問題，決不應該用組織紀律（列寧曾說，無產階級革命政黨的紀律，是要有正確的政治領導為先決條件方會實現，否則一定變成廢話；你們忘記了沒有？）來掩護所能解決的；若用這樣方法無理由的開除同志，如果由此造成黨的分裂，是應該由你們負責的！[26]
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幾十年後解密的聯共中央和共產國際絕密檔案，證實了以上陳獨秀對中央的批評是對的。當時駐中共的國際代表在給莫斯科的信中說：「我們有一些優秀能幹的同志，但沒有任何經驗，常常不聯繫群眾，不瞭解群眾，不善於對基層組織裏的辯論、爭論等現象作出反應。」信中提到中共中央總是輕易地進行反對「右傾」的鬥爭，「在這方面好象政治局委員起了帶頭作用，李立三混淆『左右兩種傾向』。在他們那裏所有人都是『右的』，他們唯一的手段是壓制，或者訴諸紀律。」[27]
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陳獨秀10月10日的信，反過來對中央作「最後的警告」，說了以上一些激烈對抗性的話，尤其反感奉命作文，指出：你們命令我「一周內作篇反對反對派的文章」；「你們既然代我決定了意見，還要我做文章發表意見做甚麼？我真想不到你們現在竟至發狂鬧笑話到此地步！這種現象已充分的說明了由黨員群眾合法的討論和公開的自我批評來糾正領導機關之錯誤的政治路線，是絲毫沒有希望的了！」
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彭述之的妻子陳碧蘭，自1922年入黨以來，已經八年了，一向把黨當作生命寄託之所。她不願僅僅為了與彭述之的伴侶關係而失去自己的政治生命和生命的寄託之所。因此，她得知陳、彭將被開除黨籍時，內心非常矛盾、痛苦、煩惱和苦悶，甚至想到離婚的念頭。為了想傾瀉胸中的苦悶，有一天，她獨自到陳家和他專談此事：
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我從某些同志中得到一個消息，說黨中央準備開除你和述之。假如述之被開除，一定會跟着開除我，但我絕不願意跟着他而被黨開除，因為我開始幹革命時，並不認識述之，我既不是跟着他而參加到革命隊伍裏來的，當然也絕不願意跟着他而被黨開除。因此，我現在陷於極度矛盾和痛苦的狀態之中，我想請教您，怎樣才能解除這種矛盾和痛苦。[28]
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獨秀聽了此話，「用很簡單的話語誠懇而又堅決的態度」回答說：「假如我們被黨開除，並不是因為我們背叛了革命；而是由於黨的墮落，它離開了馬克思主義的政治原則和布爾塞維克的組織傳統，這是黨的錯誤，如果黨開除我，我是不在乎的。」陳碧蘭回憶道：「頓時便提醒了我，使我打破了過去對黨的那種機械觀念。我想，如果黨在政治上和組織上有錯誤，黨員是有責任起而批評和糾正的；為了使批評和糾正的意見發生效力和有力量，在黨內集中一個有力量的反對派也是需要的。」
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中共中央10月5日的決議，特別看重黨內出現「反對派小組織」，因為這將直接危及黨的生命。所以，中共中央對陳獨秀10日信的直接反應是，在17日機關報《紅旗》上公佈10月5日通過的《關於黨內機會主義與托洛斯基主義反對派的決議》中，將全部稱陳獨秀為「同志」的二字，全部刪除。而這時的陳獨秀的確已經在黨內成立了小組織。
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機關報《紅旗》
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陈独秀全传 [:1705944924]
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正式組織反對派組織
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在陳獨秀給中央「八．五」信後不久，「托陳派」就決定正式組織起來，起先是向歸國留學生托派小組織「我們的話派」表示，希望加入他們的組織——「中國布爾什維克列寧主義反對派」。但是，沒有想到這些年青人（其領導機構稱為「總幹事會」）心胸相當狹隘，不僅表示不歡迎，「而且很厭惡」。他們以水泊梁山上王倫的眼光看待這些黨內「老幹部」的行為，認為是「沒有出路的老機會主義者向我們托派投機了」。於是他們採取了「揭穿那些機會主義領袖們的『卑鄙動機』，爭取其下層群眾」的策略。[29]總幹事會提出了讓陳獨秀派個人分別加入托派的方案，以便排斥老幹部的加入。
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為甚麼這些青年托派也把陳獨秀們視為「機會主義」呢？因為，他們認為陳獨秀給中央的「八・五」信中，有以下問題：
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第一、認為陳獨秀沒有檢討和承認自己在大革命中的「機會主義」錯誤。導致大革命失敗的機會主義總根源是史太林為首的共產國際，但是陳獨秀也有錯誤，有不可推卸的責任。關於這一點對陳獨秀的指責，有一半是與中共一致的；
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第二、與托派的「無產階級專政」及中共的「工農民主專政」不同，陳獨秀提出了獨特的「無產階級與貧農專政」的口號，青年托派認為，這實質上還是「工農民主專政」的機會主義口號。而托洛斯基反對「工農民主專政」，是反對與資產階級聯合和在革命勝利後的政權中有資產階級的位置。他們不懂陳獨秀的口號，無此之意，而與托洛斯基的「無產階級專政」口號一致的；
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第三、在「中東路問題」上，沒有執行托洛斯基的指示——「保衛蘇聯」，而提出「反對國民黨誤國政策」的口號。
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關於這一點，實際上又是與中共對陳獨秀的批判是一致的；
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第四、「遷就『六大』決議案」。這是陳獨秀在10月10日致黨中央信中說的一句自謙的話，為了說服黨中央能夠接受他的意見，根本改變路線。其實無論是「八・五」的信，還是「十・十」的信，在原則問題上，一點也不「遷就」；