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《政治決議案》通過後，立即遭到上海最大的托派組織「法南區委」、北方最大的托派組織「北方區委」和以托派理論權威自居的劉仁靜的猛烈批判和抵制。以陳岱青為書記的上海法南區委以區委擴大會議的名義，逐條批判《政治決議案》。
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應該說，當時陳獨秀有點過熱，而極左派則有點過冷。但陳獨秀主張積極推動反日反國民黨的形勢，雖然在期待上有點浪漫主義的空想色彩，思想行動上是積極的；極左派則是完全消極等待革命高潮的到來。殊不知反帝反封建，推翻反動統治，完全靠等待是等待不來的。在這個問題上，極左派是真正的「取消派」——只尚空談，取消一切革命行動。陳轉向托派後，完全處在這樣的極左空談派的包圍之中，還會有甚麼作為呢！
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此外，北方區委的赤聲（即任曙）反對「組織群眾與武裝群眾聯繫起來」的口號，說：在目前「武裝群眾的口號，只是為資產階級擴大武裝力量，無產階級從這裏得不到甚麼」。劉仁靜認為「中國現在還沒有人數眾多的無產階級，必須經過經濟復興才能談得上無產階級奪取政權」，所以批判陳獨秀提出「組織蘇維埃」是「空談」。[21]
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對於這些指責，陳獨秀一方面貫徹民主精神，在內部機關報《校內生活》上一一公佈，同時給以堅決的駁斥。除以組織名義發表《常委對法區擴會意見書的批評》、《常委批評法南區委對告民眾書的意見》、《常委批評列爾士同志對於政治決議案的意見》、《常委對仁靜同志〈論中國前途〉的批評》等文件外，還以他個人名義，進行說服教育、批評和制裁。
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首先，他苦口婆心地從馬、恩、列、托的理論出發，闡述他的意見和策略。為此，他專門發表了一篇名為《反極左錯誤》[22]的長文，一開頭便寫道：
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列寧曾教訓德國和英國反機會主義的左派共產主義者說：「……這是不可辯駁的真理，但是再往前多踏一小步——似乎仍照原來的方向——真理便變成錯誤。」錯誤和真理相隔只一小步，布爾塞維克政治鬥爭策略之下砍掉運動，不是一件很簡單容易的事呵！
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中國左派反對派，因為過去革命失敗，很慘痛的反對史大林派機會主義的錯誤，很自然的會多踏幾大步，走到另一極端之左傾的錯誤。這些錯誤，在組織問題上，已經很明顯的給年幼的左派反對派不少的障害，在政治問題上，如果不立刻糾正過來，其障害將來比過去及現在更厲害若干倍，故不得不就其中最主要的兩個問題（即根本否認革命過程中任何階段和根本反對革命鬥爭中任何階級聯盟，特別是和資產階級任何聯盟。）指摘出來，以供全黨同志的討論。
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應該說，這時的陳獨秀為了民族生存的大義，拋開原來的黨派之見，主張與資產階級「共同行動」、與中共聯合「反日反國民黨」，是難能可貴的，表現了一個政治家和愛國者的偉大風範。但是，他沒有考慮到，在這樣的聯合戰線中，究竟由誰來領導？各階級各黨派爭奪領導權的鬥爭肯定是很激烈的，他所領導的托派有沒有力量來實行這種領導，從而實現他們轉變到社會主義革命中去的綱領？陳獨秀的「野心」很大，但是絕對沒有實現的可能。所以，這時的陳獨秀猶如大戰風車時的堂・吉珂德。
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至於「恐資病」的民粹派思想，則是這時陳獨秀與中共（包括當時三次連續左傾路線領導人和後來的毛澤東）所共有的。而其根源即是從馬克思到列寧、托洛斯基的思想。所以，從這個意義上說，陳獨秀對中共和托派內部極左派的批判，實在是「五十步笑百步」。陳獨秀到晚年才完全擺脫這種教條主義的桎梏。
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自然，對於一個革命者來說，形勢到來時，應該積極投入，否則就會像劉仁靜、陳岱青等那樣，無所作為而對救國鬥爭消極怠工。陳獨秀的偉大，就在於他是一個血性漢子，一個偉大的愛國者。他的人生特點，就是抓住一切歷史機遇，去積極參加鬥爭，而不考慮鬥爭的後果（而且歷史的發展有許多偶然性，後果也很難預料），更不考慮個人的得失。
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陈独秀全传 [:1705944941]
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制裁托派內部的極左派及托洛斯基的複雜表態
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由於托派本身是建立在極左派思想基礎上的組織，所以以上陳獨秀的批評教育，簡直是對牛彈琴；而且他們根本不尊重所謂「常委」、「政治決議案」的權威性。在上述法區擴大會議《意見書》中就宣稱：「反對派自統一以後，對於一般政治局勢之發展及策略之應用，並無最高大會的政治決議可以領導機關的根據，同時在反對派執委破壞以後，實際負責者只有二三人，且限於環境不能召集全國會議來根本解決政治上一切問題。在此過渡時期內，常委對於一切基本政治路線之決定，必須多吸收一般同志的意見，俾可使政治上錯誤不易發生，一方面積極準備在最短期內召集大會。」
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法南區委不僅一再公開發文[23]批判常委《政治決議案》，而且在行動上拒絕散發中央的《為日軍佔領淞滬告全國民眾書》，並屢次不接受常委的「警告」。5月21日，「常委」向區委、特委及全體成員發佈了《通告第六號——為小陳及法南區委破壞組織原則》，稱「自滿洲事變發生以來，特別自上海事件發生以來，在我們反對派內部曾發生了一些不同的政治意見和不正確的政治傾向」，批評法南區委書記陳岱青的「取消主義傾向」和「小資產階級無政府主義傾向」，並取消陳岱青法南區委書記的職權。[24]25日，陳獨秀又委派彭述之代表「常委」召集法南區委會議，解釋2月10日常委決議案。彭述之稱：「政治問題保留討論，待擴會（即常委與區委書記擴大會議——引者）解決，但在政治問題未得到結果之前，法南區委必須執行常委區書聯席會議上通過的政治決議案及一切日常的決議」；否則，區委須「停止工作」。彭的意見遭到區委反對，彭當即宣佈「解散區委」。法南區委不服，29日，區委發文《趙濟、陳其昌、王平一、陳岱青、李特聯合致函「常委」》，譴責彭述之在5月25日會議上的行為，請求「恢復區委」。6月4日，在《常委復函法南區委》一文中，常委重申只有接受常委政治決議案，承認錯誤，「常委才有再度考慮的可能」。[25]
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劉仁靜更如前述連篇累牘地批判常委《政治決議案》的文章，而最令陳獨秀痛心的是處在反日民主運動第一線並曾是托派寄希望的工人運動重心的北方區委，也因為反對常委的路線和政策分裂成兩派，以汪澤楷為首的「舊臨委」和以任曙為首的「臨時工作委員會」。陳獨秀以「常委」名義，三次作出決議，批評前者從右的角度對常委《政治決議案》取「取消主義和等待主義路線」，批評後者從極左的角度抵制常委及分裂組織的錯誤，命令二者在糾正錯誤的基礎上，立即無條件地合併統一起來，積極開展工作。但又遭到雙方的抵制。為此，陳獨秀派劉伯莊為常委「特派員」到北京取消「北方區委」，成立「北京特委」，企圖另起爐灶，重振北方托派組織。但是，由於離不開那些舊成員，還是受到抵制，兩度改組「北方特委」。最後，不得不提出對於常委的決議，必須絕對執行，誰在組織上行動上不服從該決定，常委就認為誰是不想留在反對派組織之內，有意破壞反對派的組織，必須予以最後的制裁……誰不願意參加新特委，必須書面聲明理由，以憑常委審查處置，否則即以違反紀律論」，[26]「誰表示不幹，就讓誰滾出去……決不姑息地紀律制裁之」。[27]
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由於深受1929年中共中央沒有黨內民主而制裁黨內不同意見同志的苦害，陳獨秀這次處理極左意見的黨內同志，採取極其慎重的態度，並充分貫徹民主精神，首先把他們的意見，都原原本本地刊登在機關報上，也把「常委」批評他們的文件和書信同時刊出，進行平等的光明磊落的爭論。同時，又一直沒有採取最極端的措施——開除。這是陳獨秀一貫的領導作風，1921–1927年他任中共中央第一領導人時，沒有開除過一個共產黨員，成為中共黨史上的一個特例。
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但是，從另一方面看，所以這樣處理，當然包含着因為陳獨秀為首的「常委」及托派組織太衰弱了的因素。如此弱小的組織，再開除這些骨幹，就成為空殼了。然而，悲劇就在於托派組織不是一般可以「爭吵不休的俱樂部」和「百家爭鳴」的學術團體，而是要取代中共、領導中國革命的政黨組織。這就需要有強大的凝聚力，即高度集中統一的意志和嚴格的紀律。「絕對民主化」和「無政府主義」是一服砒霜。上述法南區委在受到「常委」制裁後，竟然不服，反過來致函常委：「現在沒有高過常委及我們間之最高機關——例如全國臨時的代表大會——是無力解決我們間之一切政治紛爭的。」「自今天起，我們離開了一切區委的職責」，「一切問題得留到代表大會和國際方面去解決」。[28]這又回到統一前各小組織紛爭的狀態中去了。而且在這種狀態下，「代表大會」又如何能召開？召開了又能解決甚麼問題？托派國際已經行使了一次權威，即促成托派小組織的統一，現在又如何來「解決」。
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1932年春天，在受到法南區委攻擊所謂「常委」「只有二、三個人」，沒有權威性的刺激之時，陳獨秀決心健全常委機構。但他決不吸收極左分子，而把因獄中時疫流行、保外就醫的原托派中央委員濮德志（又名濮清泉、化名西流）、宋逢春請進來。二人本來已經心灰意冷，而且又是監視中的「保外就醫」，因此不願再「入彀」。但經不起陳獨秀幾次三番的盛情邀請和催促，勉強「入閣」了。陳獨秀終於建立起比較健全的五人「常委會」：陳仍為書記，委員彭述之、羅世藩、濮德志、宋逢春、秘書謝少珊。
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老年彭述之
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極左派提出召開「臨時代表大會」或「國際解決」與陳獨秀「常委」的矛盾，前者當然不現實，對於後者陳獨秀自認為可以。所以，在6月15日以中國托派中央的名義致托洛斯基，報告了中國托派重整組織的情況，以及「九．一八」後採取與左傾的小資產階級、自由資產階級及中共領導的蘇維埃紅軍、義勇軍「建立聯合戰線」（「共同行動」）的策略、還有托派內部的爭論，請求指示。
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9月22至26日和10月3日，托洛斯基認真地給托派中央寫了兩封長信。[29]之所以花這麼長時間和精力寫這樣的長信，一是由於對中國情況不甚瞭解，他只能謹慎地根據俄國革命的經驗，從戰略上表示意見，並作出種種可能，提供給中國托派同志參考。二是，也是主要的，對陳獨秀在抗日反蔣運動中的政策和策略，很難表態，從他的思想原則出發，恐怕很難表示完全支援，但他又不願讓他喜歡又十分脆弱的陳獨秀及其中央受到傷害。寫這兩封信頗費心思。
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首先他為中國托派中央的重振表示高興，並抽象地肯定陳獨秀在「九．一八」後抗日民主運動中的政策和策略：「隔了許久，我們收到了六月十五日的信。中國左派反對派經過了最殘酷的破壞之後，又復活與復興了，我們的歡樂是無需要說的。雖然我們所得到的消息極少，就我們在這裏所能下的判斷說，你們信中所表示的立場是和我們的立場相合的。」
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信中重點談了三個問題：
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一、如何對待中共領導的農民蘇維埃紅軍問題。托氏根據俄國革命的經驗，大談這種策略的危險性，並提出警告：工人與農民結合時，會發生嚴重的衝突。托洛斯基寫道：