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6月30日，最高法院終審判決書終於下達，陳獨秀、彭述之「以文字為叛國之宣傳」，各處有期徒刑8年。比原判減少了7年，約一半。這個變化自然包含着多種因素，除了陳獨秀抗辯有理、著名人士營救之外，主要還是考慮以後企圖利用陳獨秀反共。
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陈独秀全传 [:1705944946]
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冠蓋雲集的探監者
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陳獨秀等被判刑後，押解到南京第一模範監獄（因挨着「老虎橋」，當地人稱「老虎橋監獄」，現已拆毀）執行。監獄當局，藉口收監陳獨秀這個名人，特地申請了很大一筆款子，把原來關押公開職務為「泛太平洋產業同盟辦事處」負責人、實為共產國際遠東局秘書牛蘭的牢房翻修一新，讓陳獨住一間，其他人住普通牢房。
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陳獨秀被捕和在江寧地方法院候審期間曾胃病復發，一度不能進食；判刑入獄後，又完全失去自由，而且不准親友探監，不准通信，不准讀書看報。因此曾表示不堪牢獄生活，不如立處死刑。在看守所時就寫信給胡適說：「以弟老病之軀，即久徒亦等於大辟，因正式監獄乃終日禁閉斗室中，不像此時在看守所中尚有隨時在室外散步及與看守者談話之自由，獄中購買藥品和食物當然更不方便，所以我以為也許還是大辟爽快一點。」[26]
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南京老虎橋監獄，現已拆除
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陳獨秀判刑後無所畏懼，視死如歸，與監獄當局的「三不」惡法進行堅決鬥爭，甚至絕食。他對典獄長說：「你們執行惡法，我拼老命也要抗議。」典獄長說：「惡法勝於無法。」陳說：「惡法就要打倒！」最後，鬥爭勝利，「三不准」成了「三允許」，[27]甚至「每日接見親友，從不間斷」。[28]
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為了滿足陳獨秀的讀書要求，牢房裏放了兩個大書架。陳就通過親朋，搞來大量書報，把兩個書架塞得滿滿的，又過起他說的「把監獄當研究室」的生活。同時還允許從上海請來的著名中醫黃鐘來給他治病，還安排同獄的濮德志、羅世藩輪流看護他。後來甚至還允許他的第三個妻子潘蘭珍每天到獄中照料他。從此，陳獨秀在獄中過着「特殊的優待」生活。
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後來，親自部署抓捕陳獨秀案的中統負責人徐恩曾回憶說：
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他精通很多的中國書，他有中國讀書人的傳統風度，他有堅強的民族自尊心，他完全不像排擠他的那些共產黨徒那樣甘心出賣自己的祖國而以蘇俄為祖國。他在一九一九年中國新文化的啟蒙運動中所作的貢獻，至今仍受着青年們的景仰。所有這些，使他有別於一般的共產黨人。同時，也使我多生自信，以為可以使他放棄過去的政治主張，而踏上純正的民族主義道路。
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可是接談之後，我的信心動搖了。我發現他的態度相當倔強，他雖然堅決反對效忠於蘇俄的中共黨徒的賣國罪行，但仍不肯放棄他對馬克思主義的信仰；他雖已被中共開除黨籍，但仍以真正的馬克思主義者自命……我自己勸說無效，又邀請一九一九年前後在北大和他同事的許多老友向他進言，但他仍是這個態度。我們為了尊重他的信仰，以後便不再勉強他，只留他在南京過着寧靜的讀書生活。這一段生活，對他以後的思想的發展影響甚大。在他最後的著作中，他指出他的思想變遷，是經過這五、六年沉思苦想的結果。
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陳獨秀被捕之後，托洛斯基派在中國的活動，從此解體。此事我做得是否算好，現在想來實很懷疑，因為我在無意中替毛澤東立了一個大功，替他剪除了一個不共戴天的仇敵，從此他就減少了一個「內部之憂」了！[29]
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過去，大陸學者寫《陳傳》，對國民黨公開審判陳獨秀和獄中「優待」，一般都強調國民黨為了利用他「反共」。自然不排除有這方面的因素，但是沒有看到國民黨對待陳獨秀這個特殊人物的確有「無奈」的一面。
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陳獨秀這次被捕坐牢，牽動各方人事。除已退到江西蘇區的中共中央表示幸災樂禍外，他人多表現出感人的親情和友情。
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在朋友中，最早來探視的是北京大學校長蔣夢麟。1932年10月31日，陳獨秀被拘押江寧地方法院看守所時，他就來贈書和水果。當然，這不僅因為陳曾任過北大文科學長。
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在潘蘭珍來獄中前，擔任陳獨秀與獄外聯繫最多的是趙健及其夫人劉夢符。趙是陳獨秀老友柏文蔚部下的軍官，那時在中國慈善協會工作，住在南京。為對付當局，他們可能用了化名。因為在調查報告上這樣寫着：「另有住娃娃橋六號謝紉清、許守貞（女性）亦間常探望陳氏。」
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另外，來的次數最多，給陳獨秀幫助最多的要算是段錫朋了。這位在1927年初大革命高潮中在江西為適應蔣介石反共需要並由蔣圈定、創立「AB團」（「反對布爾什維克主義」的英文字縮寫）的極端反共人士，由於北大師生關係和「五四運動」導師與學生領袖的關係，對陳獨秀十分崇敬，幾乎成了陳的獄外秘書。陳獨秀對案子的一些重大要求、與外界的聯繫，一般都委託段處理。
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陳在一封致胡適信中說：段書詒（段錫朋）「常來此探視」，並代為轉信。[30]在陳獨秀案轉法院審理後，蔡元培、胡適等都向他推薦著名的辯護律師。11月3日，陳接見來訪的段錫朋時託其致函胡適：「辯護事已委託章行嚴及另一位彭先生」，不宜煩請律師過多。判刑後，陳獨秀與獄外的書信往來頻繁，起初的聯絡站是段家，都由段轉交陳或由段發陳的信。後來，陳爭取了一位名叫季傑的原江寧地方法院看守所主任。此人因與陳「接近之故」，於1934年9月被辭退，其住所「院門橋糯米巷十七號」就成了陳的通訊機關。[31]軍統的報告中則說：陳獨秀「在京建立一通訊機關，地居長樂路408號季推事公館季傑轉（前第一監獄職員），凡陳氏各方往來信件，均由該處轉遞」。[32]
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此外，蔡元培、胡適、劉海粟、汪原放等對獄中陳獨秀的關心和幫助，都有感人的「故事」，下面將會寫到。這時出現一個中國特有現象：多位過去因政治分歧已經「絕交」的朋友，又來幫助陳，而陳也欣然接受。有人說這是中國古代傳下來的優良傳統：古道熱腸。
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胡適與陳獨秀
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章士釗是一個典型。他是陳早年諍友。1903年《蘇報》案後，兩人曾創辦《國民日日報》以代《蘇報》，堅持反清鬥爭；1914年陳又到日本襄助章辦《甲寅》，進行反袁宣傳。這兩個時期，兩人朝夕相處，志同道合，可謂十分融洽。所以，陳曾在著名的懷舊詩《存歿六首絕句》中，用「章子當年有令名」的字句讚揚章士釗。後來章士釗當了段祺瑞執政府的司法總長、教育總長後，兩人就分道揚鑣了。1926年北京發生了震驚全國的「三．一八」慘案，章士釗充當了段政府鎮壓學生的幫兇，對此，陳獨秀十分氣憤，給章寫了一封快信，說我們從小一道革命，你現在怎麼這樣糊塗，「我和你絕交」。[33]從此，兩人似乎一直處於「敵對」狀態。
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這次陳被捕，章士釗卻不計前嫌，主動出來擔任他的辯護律師；陳也不計前嫌，表示接受。章是當時全國著名的大律師，又是毛遂自薦做已經與自己「絕交」的人的辯護律師，主要是出於對陳獨秀為人的欽佩，希望重建二人的友誼。這從他這次到南京寫的一首詩中可以看出：
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