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一天，典獄長把同監的濮清泉叫去，說「當年我也是崇拜陳先生的一人，以為他的道德文章可以做青年模範，現在看來，他的文章雖好，道德有限」。後者「摸不着頭腦」，不知出了甚麼事？典獄長叫看守退出，把門關緊，說道：
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我今天把你找來，有件事要你轉告。陳先生在我們這裏，我們沒有把他當作犯人看待，上面叫我們優待，我們也儘量給他以優待。但是優待也有個界限，這裏是監獄，不是旅館。陳先生近來忘記了他在坐監獄，把我們這裏當旅館，這是使我們很為難的。……根據看守人的報告說，陳先生和那個姓潘的女士，在他的監房裏發生過肉體關係，這怎麼行呢？這事情傳出去，豈不要叫我同他一樣坐牢嗎？請你婉言轉告他，要為我的處境想一想。面子要雙方來顧，如再有這樣行動，那就莫怪我無情了。
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第二天濮清泉把此話轉告了陳獨秀。陳起初「神色自若，毫無赧顏」。濮批評說：「你是一個政黨的領袖，對婦女問題，沒有正確而嚴肅的態度行嗎？」陳自知理虧，沉默良久然後說道：「在建黨以前，在這方面，我是放蕩不羈的，可是建黨以後，我就深自檢點沒有胡來了。」[38]言外之意，他這次不屬於「胡來」範圍。說來也是，他們已經是同居兩年的事實上的夫妻了，不過場合不合適而已。現在典獄長既然如此說了，「面子」還是要給的，而且是「雙方的面子」，從此不再發生這樣的事了。
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就這樣，潘蘭珍一直照顧到陳三年後出獄。患難識知己，日久見人心，陳獨秀深受感動。特別是出獄後對陳的始終如一的照顧，也感動了高氏姐妹所生的孩子，他們對潘氏由不解、不滿，到接受和尊敬。對於潘蘭珍來說，看到眾多達官貴人和社會名流來探望並饋贈各種衣物（僅貴重的皮袍子就送來八件，陳用不了就轉送獄中難友）和錢財，也大開眼界，明白這個「老頭子」的價值和地位。於是兩人更加相親相愛。
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陳獨秀與夫人潘蘭珍在石院牆居住的臥室，右側為陳獨秀的書房
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陈独秀全传 [:1705944948]
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獄中的研究工作
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陳獨秀長期過着動盪危險的「地下」生活。其實，就其個人愛好而言，他更熱衷於學術研究工作，尤其是文字學。現在入獄，要坐長達八年之久，於是更認真安心地要把這監獄當作研究室，開展情趣昂然和緊張的研究工作了。用他的話來說：要在監獄這種環境中，爭取「人生最高尚優美的生活」，為人類創造「有生命、有價值的文明」。[39]於是，他擬訂了一個龐大的著述計劃，揚言「擬謀中國學術長足之進展」，「創造中國五十年新政治學術之結晶，以謝國人」。[40]
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他的計劃是：除了繼續文字學著作外，在二、三年內準備研究撰寫以下論著：
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《古代的中國》
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《現代中國》
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《道家概論》
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《孔子與儒家》
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《耶穌與基督教》
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《我的回憶錄》
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根據當時向胡適、汪原放索要書的信，他在獄中所讀的書有以下幾類：
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政治理論：《列寧的組織論》、《倫理與唯物史觀》、《馬克思主義方法論》。這三本都是日文版的。英文版的有亞當．斯密的《原富》、李嘉圖的《經濟與賦稅之原理》。此外還有馬克思、恩格斯的著作：如《反杜林論》、《經濟學批判》、《價值、價格及利潤》。還有《盧森堡致考斯基書信》，托洛斯基的《中國革命問題》及何禮著的幾本主張共和國政治的小冊子。
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歷史與傳記：《古代社會》（摩根著）、《殷虛書契》（羅振玉著）、馬可波羅的《東方遊記》、《中亞細亞遊記》、《廿四史》、《廿五史》、以及《第一國際史》、《中國革命史》、《馬克斯傳》、《達爾文傳》、托洛斯基自傳《我的生平》等。
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文字學：《殷虛書契》（它既是記載中國遠古時代的歷史書，又是研究中國文字最早起源的甲骨文的教科書）、《漢晉西陲木簡彙編》、許慎《說文》等中國歷代重要的文字音韻學著作。他在這方面興趣之廣泛，竟然還要日本出版的亞洲地區的一些小語種小叢書，如蒙古語、西藏語、緬甸語、暹羅語、朝鮮語、安南語、馬來西亞語、土耳其語等。此外，還有為學習馬恩原版書需要，他竟然還要學德語，因此託人購買《英德字典》、《德英字典》和《德語文法教程》。
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當然，由於經濟條件的限制，以上書也並不是都買得起。如羅振玉的《殷墟書契》，他很需要，但每部要232元。他說：「如此之貴，當然不能買……只得設法託人借一部來看看。」有的如《漢晉西陲木簡彙編》，「太重，郵費太貴，不合算」，也只得放棄，或「託便人帶來」。[41]
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從以上不完全的書單已經可以看到，陳獨秀這次在獄中的確作了長期研究的準備，真正做到博覽群書，精深研究，廣積薄發。若能持之以恆，他必能成為中國近代著名的學問家。所以，胡適和陳的學生、後來成為著名學者的傅斯年、王森然都為他把過多的精力放在政治上而惋惜。1934年，王森然在獄中探望陳獨秀，看到他在獄中刻苦讀書、潛心著述時十分激動地評論說：「先生書無不讀，又精通日文、法文。故其學，求無不精；其文理無不透；雄辯滔滔，長於言才。無論任何問題，研究之，均能深入；解決之，計劃周詳；苟能專門致力於理論及學術，當代名家，實無其匹。」
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但是，陳獨秀畢竟首先是一個政治人物，救國救民時代的迫切性，使陳獨秀沒有成為王森然期望中的人物。於是，王又評述說：「惜仍以指揮行動之時多，精心研究學術之時少，雖有專一、有恆、自信之美德，致不能完成其哲學理論之中心。使先生終為政治不能成為革命理論家，可勝惜哉。」[42]
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1937年全國抗戰爆發，陳獨秀在獄中實際只有三年，龐大的研究工作沒有按計劃完成。然而即使如此，也取得了豐碩的成果，並且實現了個人思想史上一個偉大轉折：由一個無產階級專政的馬克思列寧主義者轉變為一個徹底的民主主義者。關於這一點，本書以後將作專門論述，就其實際取得的學術成果而言，關於孔子、道家（老子）等領域，都有論著，而且多有獨到、精闢的見解。限於篇幅，恕不能全面介紹。如《孔子與中國》一文。從內容看，可以看出歲月的積累，使他有了明顯的成熟和進步。陳獨秀這次冷靜思索後，對孔子採取了比較全面的、歷史的、客觀的分析態度，認為人們不應當「絕對的或相當的崇拜孔子」。「科學與民主，是人類社會進步之兩大主要動力，孔子不言神怪，是近於科學的。孔子的禮教，是反民主的，人們把不言神怪的孔子打入冷宮，把建立禮教的孔子尊為萬世師表，中國人活該倒楣！」「請看近數十年的歷史，每逢民主運動失敗一次，反動潮流便高漲一次；同時孔子便被人高抬一次，這是何等自然的邏輯！」[43]
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陈独秀全传 [:1705944949]