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进入新世纪，随着中华文明探源工程大项目的启动，各种不同意见涌现是很自然而合理的。父亲也一直很热衷良好气氛的学术交流。李伯谦在《中国文明起源与形成研究需要注意的几个问题》中这样说：
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其实苏先生本人，生前从不认为自己的观点是不能讨论的。恰恰相反，他十分乐意听到不同意见，尤其是反对意见，因为他很清楚，只有了解不同的观点，他才能想方设法使自己的观点更完整，更圆满，更能去说服别人。苏先生的胸怀像海一样宽阔，他对待不同意见的豁达态度以及对不同意见正面交锋的积极支持，永远值得我们学习。
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我的父亲苏秉琦：一个考古学家和他的时代 天地君亲师
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我在1964年参加天津农村的社教运动时，看到不少农民在家里中堂正面墙上挂着“天地君亲师”大牌位，红色油漆作底，竖写黑色大字。前面还有个长条案子摆放祭品，很感好奇。回京后向父亲说起，他说，这在多数农村以至中小城市都有。此后他没再说起，我也就逐渐淡忘了。没想到二十八年之后，1992年他和我再次谈起了这五个字：“现在，社会出现了种种的负面现象，人心浮躁到‘无钱不说事’，连同许多官员也以为有了钱就能把一切摆平。全社会像是丢失了信仰，道德基准下降。大学、研究所的管理思想体系也变得混乱不堪，如此等等。现在上上下下都需要明确：想做强国，社会科学必须是世界一流，否则全是空谈。美、英、法、前苏联等，还有德、日两国，社会科学都有深厚功底，原始资料搜集浩瀚，都属国际一流。为此，塑造国民的高尚灵魂、极大地提高素质是紧迫任务，各个学科，大学都要出大力。”又说：“归根结底，要国家强，我们民族的心灵必须强。”
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有意识地做了如上铺垫之后，他话头一转，直奔主题：“我常思量，这‘天地君亲师’五个字，有很长远的历史，里面积极的因素多于消极的成分。对于这些所谓的旧传统，如能重新审视，做出正面的理解，使之融入到现代管理和国民素质教育中，必有益处。……这五个字，属于中国人骨子里面根深蒂固的传统思想。例如，我们过春节必须全家团圆，这已经让全世界人看到中国人对家的眷恋之情，而不是以个人为单位。现今，如果我们将现代的健康思想加入这五个字内作引导，还是个不错的信条。多少外国学者历来弄不明白，中国和其他国家一个明显差别就是没有个宗教可作国教，中国人心里却有个无神的教，即道德崇拜远胜于宗教崇拜。”
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“这首先是对天（客观规律）、地（大自然环境）的崇敬和敬畏，而不是对神鬼，这由来已久，很了不起，也极可贵。牛河梁出土的三层圆祭坛，和天坛的圜丘祭坛多么相似啊，竟绵延了五千年。其次是对君（政府和头领）的尊重，而不是无政府主义思想，哪怕到了全球大同的‘终极社会’，也还得有为全民服务的政府和公仆，公仆不是皇帝，必然更会得到全民、全社会的敬仰和尊重，因此才是有序的社会。还有就是对教师的尊重，教师是有涵养和好思想的能者，对他们的尊重体现了尊重科学、尊重能者。最后是对血统、亲人与长辈的认可和尊重，体现的是亲情。我觉得把‘师’放在‘亲’之前或许更好。”
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他又说：“在中国农村里甚至有些很偏僻的地方，民众没上几年学，但他们不愚昧，懂得做人的基本道理，懂得道德至上，这是世代相传、口头相传的道德力量。”
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“五四运动七十多年了。它是春雷不假，但毕竟还存留下了许多含混的问题需要后人来取舍和总结，大变动的现在尤其重要。”“现今的我们需要珍惜传统文化中的‘世俗’内涵——世俗是相对于宗教里的神圣而言的。中国是世界少有的具有深厚世俗文化内涵的大国，有少数人对我们的这一点有所焦躁，恨不得赶快让某个宗教来填补‘真空’地带。其实我们国家从没有过真空，我们在传统上是以儒家为代表的世俗文化，在当代则是以马克思的辩证唯物观作为国家的意识形态。马克思主义能在中国扎根并中国化，也和中国的世俗文化传统基底有很大关联。中国的世俗文化有很强的包容性质，中国的多元一体、中庸、和谐、朴素的道德观与辩证观，也表现在对各个宗教的宽容性，而不是奉行这个而排斥那个。于是在中国，是由世俗文化主导宗教，而不是由宗教主导世俗，佛教进入中国扎根也是受到了中国世俗的洗礼。中国的包容性很厉害，导致在国内事务中少有宗教负担，也导致了在对外事务中一贯采取‘协和万邦’态度成为友善之国。所以在对待传统文化上，我们必须谨慎辨别，不可激进鲁莽。”
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我听了这些，觉得很新颖，也没有料到此后他把这些看法写进了《中国文明起源新探》里。至今二十多年过去了，我惊喜地发现社会上已有许多人想到了对传统观念的新评价，和它在现代社会的实用价值。
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我的父亲苏秉琦：一个考古学家和他的时代 《中国文明起源新探》出版前后
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80年代中期之后，随着《人民中国》《瞭望》《辽宁画报》和香港《明报》等记者的采访报道，以及《华人·龙的传人·中国人——考古寻根记》一书的出版及获奖，引起了香港商务印书馆对内地考古新成果和新思想的关注。他们打算把这些新发现和新动态，在海外进行大力宣传。于是，到了90年代初期，父亲和出版社之间中断了几十年的关系，才总算又接续上了。
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香港商务印书馆，一向以出版高规格的学术书籍而著称。这次，他们想出版一本能够反映新时代新发现的考古学新书。时任香港商务印书馆总编辑的陈万雄先生来北京和我父亲交谈后，看到我父亲的头脑依旧清晰敏捷，于是当即提出，能否写个雅俗共赏的书在他们那里出版。一个出版社能有如此敏锐的学术眼光和决断魄力，的确令人赞叹。
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1993年，适逢台湾倡议召开“海峡两岸考古学与历史学学术交流研讨会”，我父亲很想参加，并开始了多方准备。此时香港中文大学的杨建芳也来信，说希望父亲从台湾归来途经香港时停留四天，进行讲学和参观。遗憾的是，因种种原因，这次出行的愿望未能实现。
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到了1995年初，父亲又接到香港中文大学新亚书院院长的邀请函，希望他赴港讲学，并主持几本书的发行仪式。父亲为此也曾做过积极的准备，题目亦定。本以为借此机会，还可以和香港商务印书馆直接面洽关于编写出版考古著作的具体事宜，但由于健康等原因最终还是未能成行。
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父亲40年代时不肯出去，现在想出去又不成，他仍强烈表示期望出去走走。我很难说清身体虚弱的父亲，为何如此执着。1995年年末，郭大顺先生接到香港商务印书馆的电话，说负责全部旅行安排，就及时和我父亲联系。父亲希望能有个合适的环境写作。他说的合适环境，一是有合适的人，便于深度沟通，二是干扰少，专心致志，所以到香港去最好。
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香港中文大学新亚书院院长的邀请函
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可那个时候，办理赴港手续特别麻烦，于是退了一步，改成了去深圳。郭大顺先生和一位护士长陪同，为期四十天（1996年1月8日至2月20日），半疗养半工作，聊天中追忆往事，郭先生全程记录。我一再体会到他这“最后一搏，隔海相望”的心境。
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这四十天一切顺利。之后，郭先生“穷数月之力，整出了初稿”，功不可没。
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回京后父亲对我们说，这本即将问世的书，多是“点到为止”，读者可参阅其他文章书籍来审视和补充，也可尽量发挥自己的思考，自行判断，或舍或取。他很舒畅地说：不论对它如何评说，无论将来有怎样的新进展把这小书和我的思想叠压在历史的堆积层里，我总算对后人有个完整的交代了。又对《明报》记者说，这是“一本我的大众化的著作，把我一生所知、所得，简洁地说出来了”。
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