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司马迁的史学，既以经世致用作为目标之一，当然不能不有一种政治理想的寄托——至少对政治有他的看法。
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因为他的根本思想既是道家的自然主义，所以他的政治哲学也便建立在无为上。他觉得最好是顺其自然。他理想的是：
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孝惠皇帝、高后之时，黎民得离战国之苦，君臣俱欲休息乎无为。故惠帝垂拱，高后女主称制，政不出房户，天下晏然，刑罚罕用，罪人是希，民务稼穑，衣食滋殖。——《吕后本纪》
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吕后时的政治本无可称，但是能够做到无为，人民能安居乐业，他也就认为不错了。无为的反面是有为，是多事，多事就容易出乱子。像七国之乱便是一个榜样：
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汉兴，孝文施大德，天下怀安。至孝景不复忧异姓，而晁错刻削诸侯，遂使七国俱起，合从而西乡，以诸侯大盛，而错为之不以渐也。及主父偃言之，而诸侯以弱，卒以安。安危之机，岂不以谋哉？——《孝景本纪》
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这其中确有一种对黄老术的向往在。（《孝景本纪》或为司马谈著，但至少司马迁是同意这个看法的。）
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一般人或者以为司马迁也是赞成封禅、改历、易服色等事的，其实司马迁站在无为的立场，对这并不赞成。他说：
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孔子言“必世然后仁，善人之治国百年，亦可以胜残去杀”，诚哉是言！汉兴，至孝文四十有馀载，德至盛也！廪廪乡改正服封禅矣，谦让未成于今，呜呼！岂不仁哉？——《孝文本纪》
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他虽然也参加过封禅改历，但那等于“当官差”，他之赞美孝文帝，就是表明他的本心是不赞成武帝那一套太有为的举动而已。
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在许多有为的事件之中，他尤其痛恶的是严刑峻法，所以他说：
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周秦之间，可谓文敝矣，秦政不改，反酷刑法，岂不缪乎？故汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣。——《高祖本纪》
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严刑峻法并不足以求治。法越密，人越能作弊。他曾指出：“自张汤死后，网密，多诋严。官事浸以耗废。”他痛切地说：“法令者治之具，而非制治清浊之源也。昔天下之网尝密矣，然奸伪萌起，其极也，上下相遁，至于不振。”（均见《酷吏列传》）真慨乎言之！这让我们想起老子所谓“法令滋章，盗贼多有”来，司马迁到底是根于老学呵！不过老子（假若真有这末一个人）还是就哲人的眼光观察而已，而司马迁身受峻法之祸，亲见严刑的流弊，其体验之深浅却自有不同了！
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假若有了严刑峻法以后，能够守法还好，如果不守法，那就为害更不可胜言了。司马迁在不得已而求其次的时候，是赞成守法的，他在《张释之列传》里先记张释之守法的言论：
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法者，天子所与天下公共也。今法如此而更重之，是法不信于民也。且方其时，上使立诛之，则已。今既下廷尉，廷尉，天下之平也，一倾而天下用法皆为轻重，民安所措其手足？
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这话是因为一个人惊了文帝的驾，张释之按法处以罚金，而文帝认为罚太轻而说的。又有一次，是有人盗高庙前玉环，张释之又依法只判了死罪，而文帝却认为当灭族。张释之便又争道：
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法如是足也。且罪等，然以逆顺为差，今盗宗庙器而族之，有如万分之一，假令愚民取长陵一抔土，陛下何以加其法乎？
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这本是难得的守法精神。于是司马迁在赞中也便加以颂扬道：“张季之言长者，守法不阿意，有味哉，有味哉！”但我们却觉得司马迁的颂扬也是雅有意味的。因为，他所有在《酷吏列传》中所写的森怖世界，是完全在这里寄托其一线希望了！只是文帝尚是一般人所认为宽厚和易的人，犹且以法定的处罚为不足，试想在武帝之时又应该如何？究竟有几个张释之？碰在不是张释之的一般人的手里，人命又将如何？司马迁追慕张释之，实有隐痛在！
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司马迁对这曾时有反抗，既写《酷吏列传》以著刑法之恶，又在《绛侯世家》中借周勃以指狱吏之贵，更作《循吏列传》，以指示正规：
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法令，所以导民也。刑罚，所以禁奸也。文武不备，良民惧；然身修者，官未曾乱也。奉旨循理，亦可以为治，何必威严哉？
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他顶痛恨那般爪牙似的人物。天下最可恶的，也实在就是那般助桀为虐的二花脸之流。司马迁说李斯“阿顺苟合，严威酷刑”，就已是一个典型。至于汉代那些惨酷的刽子手，却同时又是贪污的蛆虫。像那“杜周初征为廷史，有一马，且不全，及身久任事，至三公列，子孙尊官，家赀累数巨万矣”。这钱是哪里来的？还不是敲诈么？既由敲诈，可知殊非守法。法治已不是上策，到了弄法乱法，贪赃以枉法的地步，那人民的受祸就更不堪问了。司马迁倾向于超乎法，他说：
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汉兴，破觚而为圜，雕而为朴，网漏于吞舟之鱼，而吏治蒸蒸，不至于奸，黎民艾安。由是观之，在彼不在此！
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同时，他常说：“九卿碌碌奉其官，救过不赡，何暇论绳墨之外乎？”绳墨之外，就是超乎法。司马迁之所以有这种思想，这许有两个原因：一是因为古代学与术不分，任何事情都不免有一种艺术的意味，仿佛都有一种“神而明之，存乎其人”的光景，所以才论“绳墨之外”的运用；二是因为由于司马迁的浪漫精神，他总不喜欢拘拘于一些繁碎的科条，例如最需要讲纪律的莫过于军事了，但在军事中他却赞成“号令不烦，士卒乡之”的李将军。浪漫精神是随处有一种冲决之势的，这样而表现于司马迁的政治思想也是无足怪的。司马迁不但想超乎法治，甚而想超乎一切的政治。他“嘉伯之让”而作《吴太伯世家》，他为“让国饿死，天下称之”而作《伯夷列传》，这两篇一居世家之首，一居列传之首，一定都非偶然。真的，如果站在道家的自然主义，政治根本也可以不要了。
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不过在现实社会中，政治问题总是要有的，法治既不是最高的政治理想，那末，靠什么呢？司马迁对这问题的答覆大概仍是偏于人治。他对于人才十分注意，例如他说：
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尧虽贤，兴事业不成，得禹而九州宁，且欲兴圣统，唯在择任将相哉！唯在择任将相哉！——《匈奴列传》
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