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“不予理睬，我倒要看看老蒋如何对待老朽！”
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后经杨杏佛多方疏通，加上老蒋在党内排斥异己，先是对付汪精卫、胡汉民、邓演达，不久又和阎锡山、冯玉祥翻脸，中央大战已在所难免，无暇他顾，搬迁之事，又放下了。另外，当时日本在上海也搞“对支文化事业局”，内设自然科学研究所。为对付日本的文化侵略，中央研究院留在上海，也是形势之所需。当然，蔡元培因此与南京不少重臣结怨更深。
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中央研究院在蔡元培的领导下，虽经费拮据，内战破坏，还是取得不少研究成果。
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历史语言研究所，运用现代考古学方法，在河南安阳小宅村，发现并发掘了震惊世界的殷墟。蔡元培虽未亲临现场，但给当地军政大员多次写信，才使兵乱匪祸没有殃及考古发掘现场。结果发现大量殷代甲骨卜辞和青铜器，将中国古代史向前推进了上千年。此奇迹，标志着中国近代考古科学的诞生。该发掘主持人，是蔡元培慧眼所识的李济。1924年在山西发掘仰韶文化遗址的也是他。
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地质学家李四光，在长江下游庐山等地，找到了第四纪冰川流行的证据。李四光在北京大学任地质系主任时，发表了《中国北部之蜒科》，获伯明翰大学科学博士学位。后蔡元培请他到中央研究院，成为地质研究所创始人。他的《冰期之庐山》，在国内外获很高评价。
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李四光酷爱文学，常参加文学界的活动。他曾以李仲揆名在《现代评论》第二卷第三十七期发表过《在北京女师大观剧的经验》一文，其中说：
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有一天晚上，已经被学生驱逐了的校长杨荫榆先生打来了一次电话，她大致说：“女师大的问题现在可以解决。明早有几位朋友到学校参观，务必请你也来一次……我并预备叫一辆汽车来接你。”我当时想到，杨先生和我不过见面两次……又想到如若杨先生的话属实，名振一时的文明新戏也许演到最后一幕。时乎不再来，所以我快快的应允了杨先生，并且声明北京的汽车向来与我们骑自行车的人是死对头，千万不要客气。
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孰料，没几日，鲁迅就写了《“碰壁”之余》，将李四光很是使棒加棍地揶揄、讽刺了一番。
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1929年，日本东京大学教授岸上镰吉一行五人，未经国民政府许可，来华调查长江水产资源，蔡元培忙致函外交部，扣留了其护照，制止了调查。翌年，英国流氓斯坦因，多次盗窃敦煌石窟藏书，割走不少壁画，同时还为英国测绘自印度入新疆、甘肃等地的兵险要地，获英国政府爵士称号。蔡元培闻之，勃然大怒，告之政府，最后将他驱逐出境。
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蔡元培任院长期间，中央研究院取得的科研成果，以及阻止外来势力掠夺中国资源、盗窃珍贵文物方面取得的皇皇成果，令那些政府要员更不敢轻易下手打击蔡元培。
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1930年，春日的上海和风阵阵，一位神秘客人，偷偷地拜访了宋庆龄，决定策反黄埔系军人共同反蒋，揭起反蒋旗帜。他就是被蒋介石正在缉拿的国民党左派领袖邓演达。
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1927年，宁汉合流，即南京蒋介石与武汉汪精卫同流合污，邓演达联合宋庆龄与汪精卫决裂。邓亡命海外，宋去苏俄“访问”。是年夏，邓演达成立国民党临时行动委员会，亦称第三党。他通过杨杏佛，设法将行动委员会的《政治主张》转给了蔡元培。
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过了一年，邓演达等聚到蔡元培所在的亚尔培路，邓讲了时局形势，说去年中原大战，蒋软禁胡汉民激起两广政客军阀反蒋浪潮，对蒋十分不利。在这种形势下，邓演达与大家商定倒蒋行动计划。认为可利用蒋调集重兵讨伐两广时，行动委员会可迅速占领东江和闽南一带，然后由蔡元培、邓演达、陈铭枢联名发表讨蒋声明，建立反蒋的第三势力和第三政党。
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蔡元培听罢，满脸通红，仿佛又回到当年与陈独秀成立暗杀团，歃血盟誓的情景，站起身慷而慨之道：
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“打倒蒋介石，掉了脑袋又何惧！”
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邓演达很快在十四个省建立了第三党基层组织。蒋介石闻之，悬赏三十万大洋，买邓之人头。正在上海愚园路出席干部训练班结业仪式时，因叛徒出卖，邓演达当场被捕，并密押南京。不久，蒋介石命卫队长在深夜枪杀了邓演达，时年邓演达仅三十六岁。
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宋庆龄得此消息，亲自到南京质问蒋介石，掀翻桌子以示愤慨。回到沪上，她又连夜用英文撰写声讨蒋介石杀害邓演达丑行的檄文，悲愤地向天下宣言：
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中国国民党早已丧失其革命集团之地位，至今已成为不可掩藏之事实。亡国民党者非党外之敌人，而为其党内之领袖。自十六年宁汉分立，因蒋介石个人之独裁与军阀官僚之争长，党与民众日益背道而驰……投机残余军阀，可一跃而为党国中坚，忠实革命人材，必设法置于死地。最近如艰苦卓绝、忠勇奋发之邓演达，终遭惨杀，即其一例。
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宋庆龄将此文请杨杏佛等人译成中文发表后，社会影响巨大。早有共产党人郭沫若《请看今日之蒋介石》，现又有国民党要员宋庆龄之讨蒋著名宣言，蒋介石的本来面目，已被世人认识清楚。
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蔡元培从此迈开更勇敢的步伐，义无反顾地和宋庆龄、杨杏佛、林语堂等人发起成立中国民权保障同盟。
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1930年秋，毛泽东夫人杨开慧被捕，杨开慧母亲带着毛泽东的两个儿子到上海求救。蔡元培与章士钊即刻联合教授、名流向南京政府致函，南京政府屈于外界压力，致电湖南何键，嘱其缓刑。何键以得电报晚为借口，还是杀害了年轻的杨开慧。
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因托派活动被中共开除、已经穷困潦倒的陈独秀，在上海家中再次被捕入狱。蔡元培一直没有忘记这位开新文化运动先河的老朋友。陈独秀多难一生，令他深为同情。此前两年，陈独秀曾两次写信给他，求他给何应钦去函，保释一位叫郑超麟的人。何应钦很给蔡面子，很快回信说，会觅机会保郑超麟出狱。不久，陈独秀又请蔡给他的一位“亲戚”找工作。其实此人也是刚出狱的“托派分子”，他有了工作，可接济陈独秀拮据的生活。蔡元培到处找人，最后总算将陈独秀这位“亲戚”弄到上海招商局做了月刊编辑。收入不少，足可接济陈独秀生活了。
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陈独秀几次被捕，蔡元培、胡适都曾给予帮助。此次被捕，蔡又会同林语堂、杨杏佛、柳亚子等上海文化名人，致函南京政府，释放陈独秀。蒋介石便做了顺水人情，将陈开释。
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老朋友汪孟邹，知陈独秀生活艰难，决定重印《独秀文存》，给陈筹些稿费度日。汪找到蔡，请他为之写一序言。蔡元培欣然答应，连夜撰写，很快交稿。蔡元培在陈独秀入狱时，曾让画家刘海粟去监狱探看。陈独秀感慨万分：
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“每次遇难，总得到蔡先生帮助，在大节上，他是坚持真理的勇士。”
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