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自1982年叶栋著论，据称有破译之举，其“敦煌曲谱研究”行世以后，讨论者日众，重译者又有何昌林、金建民诸家。余于1987年6月在香港主持国际敦煌吐鲁番学术会议，提出论文：《敦煌乐谱舞谱有关诸问题》，强调乐谱与舞谱有不可分之关系，不能舍舞而论乐，见于敦煌乐谱之曲子多为上酒之曲子，事已同于酒令，琵琶谱之节奏，实与舞之步伐相配合。向来各家治乐与舞，分道扬镳，殊途而不能同归，殊属不智，亟宜改正趋向。
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至于乐谱节奏方面，自来相袭，采用板眼说，诸家译谱，且已录音，听来甚不悦耳。由于译谱者不够忠实，每每随意增减，势非重译，无以奏功。因请上海音乐院陈应时教授再作尝试，其时赵晓生新倡句逗说，以纠各家之疏失，视·号为小顿，□号为长顿。陈君根据张炎《词源》，合以《梦溪笔谈》，另创掣拍一说。其重译之谱，顷已完成，蒙先寄示，睹其新译，要点有三：（一）谱字之细心勘核，多所订正。（二）揭开□·两号叠用之奥秘。（三）六字一拍与煞句三字一拍之分析，依同调之比勘，发现曲调谱字之旋律，可谓近年来敦煌乐谱研究之突破。
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关于□·两号之原义，及其后来使用之演变，实与词乐有水乳之密切关系。余乃取姜白石《旁谱》及张炎《管色应指字谱》暨《事林广记》所载节奏记号之丁、住、折、掣等，与敦煌乐谱比较，更悟出两者之间实出于同源，而丨号本为“主”（住）之省形，·原为住号，后来用以作掣，正如号在白石《旁谱》中用为住号，而张炎则以为掣号，其事如出一辙，足为陈说提供参证。
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陈应时先生撰写的《读〈敦煌琵琶谱〉——饶宗颐教授研究短号琵琶谱的新纪录》一文，对先生在《敦煌琵琶谱》的研究价值作了评价，现节录如下：
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通读《敦煌琵琶谱》中饶宗颐教授的论文，我以为饶宗颐教授对于敦煌琵琶谱抄写年代和曲体结构所作的有关结论足可以成为定论。
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针对何昌林的考证，饶宗颐教授写了《琵琶谱史事来龙去脉之检讨》和《再谈梁幸德与敦煌琵琶谱》二文，文中据敦煌卷和有关文史资料分析，认为何氏的考证难以成立。尤其在《敦煌谱写卷原本之考察》一文中，饶宗颐教授通过对敦煌琵琶谱写卷原本作了考察之后，发现三种笔迹的乐谱，原先是抄在由方形纸黏贴而成的三个长卷上，由于抄写经文需要更长的纸，因此就把三种独立成卷的乐谱再行裁剪，利用其背面抄写经文。因为经文抄写者只顾抄写经文所需要的纸张长度，所以就不考虑乐谱的完整，将我们现在所说的第二组、第三组乐谱的头部都裁剪掉了。正如饶文所说，第一组十曲后留有一大片空白，说明原本是抄完了的一卷完整的乐谱；第二组头上是裁剪好后贴在第一组的末尾；而第三组开头又被第二组的纸所贴，因此第三组开头谱字旁有三处“·”号和三处“□”号的小部分被第二组的纸所遮，在这两个接口的背面，经文又正好写在接口上。这说明现存此两卷乐谱开头的两首乐曲（即现在我们所称的第十一曲和第二十一曲）一开始不仅被剪去曲名，亦有可能被剪去若干行谱字，因此各为不完整的乐曲。乐谱背面的经文写在接口上，也就足以说明经文是利用旧有乐谱的背面抄写的。因此饶宗颐教授在文中强调指出：“该原卷是先有乐谱，而乐谱原又是出于不同时期和不同的人所书写，再由该各谱黏连成为长卷。长兴四年，才在该卷之上抄写经文，由此可以肯定乐谱的书写时代，该是长兴四年以前的文书，虽无法知其先后确实时期，但‘长兴四年’即乐谱的下限，却可论定。”
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饶宗颐教授考察敦煌琵琶谱原卷写本之后的发现，不仅解决了历来有争议的敦煌琵琶谱抄写于“长兴四年”之前还是之后的问题，而且也有助于判明敦煌琵琶谱的曲体结构问题。
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由于饶宗颐教授发现了P.3808敦煌卷原本是用了三卷已经抄好了的乐谱黏贴成长卷之后再利用其背面抄写经卷的，因此三种笔迹抄写的三卷乐谱，本来就不构成一个整体。所以饶文有理由地说：“由于本卷子是由三个不同的人所书写，有两处的曲子，前半部被剪去贴进连于他纸，这二个不完全的曲子属于何曲调都无从知道，应在阙疑之列，故无法把这二十五曲视作一整体而把它全面看成一组大曲。叶栋把它作一套大曲来处理，是说不过去的。”
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在《敦煌琵琶谱》一书中有饶宗颐教授论述敦煌琵琶谱节拍节奏论文四篇。其中《论□·与音乐上之“句投”（逗）》和《再论□·与顿·住》二文是对赵晓生“长顿小顿”和笔者“掣拍”之说的评论，并对赵晓生所说的“顿”和笔者所引沈括的“敦、掣、住”三声从文献学的角度作了详细考证；尤其在《再论》一文中，更进一步把敦煌琵琶谱中的某些符号和姜白石谱中的某些符号作了比较，提出了，研究敦煌琵琶谱的节拍节奏不能纯从乐器方面着手，还应注意到古代歌谱和舞谱中的节拍节奏。在《三论□与·两记号之涵义及其演变》和《四论“□·”及记谱法之传承》二文中，饶宗颐教授一方面系统地考证了“□·”两号自战国至元朝在涵义上的演变过程，指出了张炎《词源》所谓的“拍眼”一词“为拍中之眼。和后来把拍与眼对立起来，分为二事，迥不相同”；另一方面又将敦煌琵琶谱中的某些符号和传承至今的西安鼓乐俗字谱中的某些符号作了比较，指出了古代记谱法随时代变迁，不可能一成不变。饶宗颐教授的这“四论”，不仅对解译敦煌琵琶谱，而且对解译宋代俗字谱，都有其重要的学术价值。由于书中黎键先生的《饶宗颐关于唐宋古谱节拍节奏记号的研究》一文，对饶宗颐教授的古谱节拍节奏研究已有专门的论述，这里就不再赘述了。
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饶宗颐教授在本书的《浣溪沙琵琶谱发微》一文中，还对于P.3719《浣溪沙》琵琶谱中的谱字“复”作了新的解释，认为凡谱字“加上复号表示一音重出”，从而使此谱又有了新的译法。在《轭说》一文中，饶宗颐教授又对P.3539敦煌卷琵琶二十谱字前牒文中的“轭”二字作了诠释，纠正了有人作“轭”的误读，认为“此轭二字想是用作车头之雅名，故可指车头，即车坊经营之主人”。
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该文对先生《敦煌琵琶谱》中的论文作了详细的介绍和评价，从文中的评述我们亦可了解到先生对敦煌琵琶谱的研究是以实证出发，以最具有说服力的证据来论证自己的观点，为敦煌学的研究贡献了自己的智慧。
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对于《敦煌琵琶谱》先生曾赋绝句二首，现亦将其收录如下：
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其一
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波磔奇胲豁两眸，乐星残谱认伊州。
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玉田难觅知音寡，辜负当年菊部头。
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其二
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清绝五弦岛国哀，天平一纸发沉埋。
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凭谁为唱倾杯乐，还逐尊前水鼓来。
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诗中的“知音寡”、“辜负”、“哀”、“沉埋”都表达了对敦煌琵琶谱不为当今所识的遗憾之情，当年的张玉田（张炎）、菊部头（宋高宗时宫中伶人菊夫人，善歌舞，妙音律，为仙韶院之冠，宫中号为菊部头。）的辉煌成就如今凭谁唱倾？诗作表达了先生对敦煌琵琶谱历史辉煌的地位的赞颂和他对曲谱研究取得成就的渴望。
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在第三届全国地名考证研讨会上，先生请中山大学曾宪通代为宣读《古史地名学发凡——以〈夏本纪〉禹后以国分封诸姓为例》的论文。
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是年，为郭光豹《静庵之歌》题签。
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1991年，1月，先生的《近东开辟史诗》（《E-na-ma.E-lis》）作为“东方学丛刊之一”，由台北新文丰出版公司出版。先生研究西亚文化，与汪德迈有一定的关系，先生受汪德迈之邀担任了法国的博士论文答辩委员，认识了另外一个委员蒲德侯（J·Bottero），是著名的西亚史专家，他给先生许多资料图籍，让先生得以窥探西亚文化，在巴黎，先生跟他学楔形文字及西亚史，并从1976年开始，用十年时间完成《近东开辟史诗》的翻译，填补中国学术史的重大空白，为该学术领域提供了第一部中译本。《近东开辟史诗》是一部原用楔形文字记述阿克得人开天辟地的神话集，是西亚神典，世界上最早史诗之一，希伯来圣经中的《创世纪》即由此衍生出来。它引领了先生对这一领域的学术探讨，先生开始着手研究比较文明史。先生在《论印度河谷图形文字》一文中，在对甲骨文、陶文、楔形文的研究基础上，参考西方考古学者关于印度河谷的发掘报告和专论之后，比较分析得出了河谷文字与印欧语系完全相悖以及古代中印可能有过文化接触的结论。而在《羊的联想——青海彩陶、阴山岩画的+号与西亚原始计数工具》文中，运用楔形文字专家Schmandt Besserat女士的突破性发现，广泛研究从苏美尔人（Sumerian）的线形文（Linearwriting），到中国古代彩陶、岩画，论证文字起源于刻画标记（incisedsigns），并考证了+号即“羊”——财富的象征，先生是将陶文+证明为“羊”的象征的第一人。