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先生晚年发表的主要论文如下：
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1997年：
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《（张骞所说）邛竹杖之邛与殷代方》；
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Études thématiques（No.7),En suivantla Voie Royale（王道）(Mélanges en homage à léon Vandermeersch réunis par Jacques Gernet et Marc Kalinowski),Paris：École francaisd d’Extrême Orient,1997,pp.29-43;
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《论僧祐》，发表于香港中文大学《中国文化研究所学报》（新第六期·中国文化研究所三十周年纪念），后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷五·宗教学；
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《卍符号与古代印度》，发表于上海远东出版社《学术集林》第十一卷，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷一·史溯；
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《慧能及〈六祖坛经〉的一些问题》，发表于广州学术研究杂志社《六祖慧能思想研究——“慧能与岭南文化”国际学术研讨会论文集》，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷五·宗教学；
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《三论琴徽》，发表于《音乐艺术·上海音乐学院学报》第一期；
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《卜辞“”即漾水、汉水说》，发表于《周绍良先生欣开九秩庆寿论文集》，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷二·甲骨；
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《在开拓中的训诂学——从楚简易经谈到新编（经典释文）的建议》，发表于高雄“国立中山大学”中文系、“中国训诂学会”《第一届国际暨第三届全国训诂学学术研讨会论文集》，后以《从楚简易经谈到新编〈经典释文〉的建议》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷四·经术、礼乐；
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《说九店楚简之武（君）与复山》，发表于《文物》第六期，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷三·简帛学；
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《中国古代“脇生”的传说》，发表于《燕京学报》新第三期，后收录入《饶宗颐新出土文献论证》，《饶宗颐二十世纪学术文集》卷一·史溯；
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《殷代西北西南地理研究的定点》，发表于香港中文大学中国文化研究所、中国语言及文学系《第三届中国文字学国际学术研讨会论文集》；
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《说糢餬、糢糊、模糊、瞀胡》，发表于香港《明报学刊》第三十二卷第十二期；
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为李福清所著之《关公传说与〈三国演义〉》作《序》。
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1998年：
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《释兕与瞽宗》，发表于广东炎黄文化研究院《容庚先生百年诞辰纪念文集·古文字研究专号》，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷二·甲骨；
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《“贞”的哲学》，发表于《华学》第三辑、《文化的馈赠——汉学研究国际会议论文集·哲学卷》；
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《从出土资料谈古代养生与服食之道》，发表于《第五届中国饮食文化学术研讨会论文集》，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷五·宗教学；
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《甲骨文中的冉与冉駹》，发表于《文物》第一期，后以《甲骨文中的冉駹》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷二·甲骨；
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《（传老子师）容成遗说钩沉——先老学初探》，发表于《北京大学学报（哲学社会科学版）》第三十五卷第三期百年校庆纪念刊，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷五·宗教学；
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《说河宗》、《殷卜辞所见星象与参商、龙虎、二十八宿诸问题》，发表于《胡厚宣先生纪念文集》，后收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷二·甲骨；
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《中国“玉”文化研究的二三问题》，发表于香港中文大学中国考古艺术研究中心《东亚玉器》，以《古玉证史》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷一·史溯；
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《由悬泉置汉代纸帛法书名迹谈早期敦煌书家》，发表于《出土文献研究》第四辑，又见《国际高等书法教育论坛论文集》，后收录入《饶宗颐新出土文献论证》，《饶宗颐二十世纪学术文集》卷十三·艺术；