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稍后，张之洞则在南京编成两千八百人共十三营的“江南自强军”。
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不过，为时太晚！等是年岁末，两支新建部队刚组建好，战争胜负已经见分晓。
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战争结束后，为救亡图存，朝廷匆匆设立了督办军务处。此“处”级别极高，由位尊望重的恭亲王奕领衔，庆亲王奕劻为会办，军机大臣李鸿藻、翁同龢和步军统领荣禄、户部右侍郎长麟组成，唯独长期“坐镇北洋，遥执朝政”的第一汉臣李鸿章因战败而被排除在外。光绪帝授予了该“处”最大的军事干部调动权——“所有各路统兵大员，均归节制”。
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就是在此时，从奉天凤城的前敌营务处回到天津的袁世凯，给朝中排位第一的汉族军机大臣李鸿藻写了一封信：
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此次兵务，非患兵少，而患在不精；非患兵弱，而患在无术；其尤足患者，在于军制冗杂。
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真够放肆！他指责的不是战争期间军事部署的失当，而是现行体制的落后！问责体制，说到底，不就在指责朝廷嘛！在一个处处讲究规矩的中国官场，这可是要有足够的勇气。
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话锋一转，他写到了具体的建议：
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为今之计，宜力惩前非，汰冗兵，节糜费，退庸将，以肃军政。亟检名将帅数人，优以事权，厚以饷糈，予以专责，各裁汰归并为数大枝，扼要屯扎，认真整励。并延募西人，分配各营，按中西营制律令参配改革，著为成宪。必须使统帅以下均习解器械之用法、战阵之指挥、敌人之伎俩，冀渐能自保。仍一面广设学堂，精选生徒，延西人著名习武备者为之师，严加督课，明定官阶，数年成业，即检夙将中年力尚富者分带出洋游历学习，归来分殿，最后予以兵柄，庶将弁得力而军政可望起色……
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似应速派明练、公正、真知兵大员，除将著名骄、饱、疲、懦诸军即须遣散外，仍将拟留各军认真点验，分别减汰，各期养一兵即得一兵之用。
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有病乱求医的朝廷读到了这个披肝沥胆且卓有见识的“药方”后，马上将袁氏调入军务处，职与称是“温处道，留京兼充军务处”，即温州道员，但留在京城军务处工作。前一项是实职，后一项是没有编制的临时性质的岗位。有清一朝，非常时期，常以这种虚实结合的人事政策来解决一些干部的待遇问题，前面提到的那位胡燏棻也是如此。后来，袁氏还曾任直隶按察使和工部右侍郎，都是为解决省部级待遇问题，其本人一直在小站督练新军。此乃后话也。
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进入军务处以后，袁氏便有了向更高层进言的机会。国家危机让这位有“非唯知兵，且谙外交”名声的三十六岁的政治明星走出直隶，也走出李鸿章的阴影，进入中央。
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一边是编练新军的进展并不理想，一边是有“知兵”之誉的袁某被闲置在军务处。所以，在皇上颁诏要封疆大吏广荐人才之际，几位重量级的总督，不约而同地向朝廷推荐了袁世凯。
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且读两江总督刘坤一在给朝廷密上的《荐贤书》中的一段话：
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际此时局艰危，知兵文臣甚少，如袁世凯者，伏愿皇上擢以不次，俾展所长，及其年力正强，得以功名自奋，庶立尺寸之效。
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湖广总督张之洞的荐举理由更是直截了当：
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（袁世凯）志气英锐，任事果敢，于兵事最为相宜。若使该员专意兵事，他日有所成就，必能裨益时局！
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在朝中重臣与外省疆吏的共同举荐下，光绪二十一年（1895年）六月，光绪皇帝破格召见了这个声誉鹊起的少壮派将领，并命军务处五大臣责成他起草一份新建陆军的详尽方案。
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好一个袁世凯，深思熟虑后，将一整套全新的建军思想和可行性报告呈送五大臣。袁氏建军思想可概括为：聘请外国军事顾问，按外国军队编制、装备与规章制度，新建一支陆军。
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五大臣随后上疏皇上：
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查有军务处差委、浙江温处道袁世凯，朴实勇敢，晓畅戎机，前驻朝鲜颇有声望。因令详拟改练洋队办法，旋据拟呈聘请洋员合同及新建陆军营制饷章，臣等复加详核，甚属周妥。相应请旨饬派袁世凯督练新建陆军，假以事权，俾专责任。
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救亡心切的光绪皇帝登时降旨批准。
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于是，雄心勃勃的袁世凯奉旨离京，去了天津郊外七十华里的新农镇，接任了定武军统领。他的前任“胡司令”，则转任芦津铁路督办去了。
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小站成了袁世凯大展身手的舞台。他接手胡某留下的四千七百余人，又新募得两千五百余人，聘来众多德国军事顾问，按全套德式建制与装备重建了这支新军。发愤图强的袁司令，就以这七千人的新式军队为基础，练成了北洋常备军，人称“北洋军”。段祺瑞、王士珍、冯国璋、曹锟、吴佩孚、张勋……那些并无显赫出身的北洋军人们相继成了袁氏的骨干，后来，竟成为呼风唤雨的军政巨头。这些人对袁氏的崇拜和拥戴，多年未曾改变，即使在袁被迫下野后。以致当时都有过一句对袁十分不利的流言，曰：北洋军只知袁宫保，不知大清朝——袁曾被皇上授予太子少保的头衔，故官场人称“袁宫保”，他也一向喜欢部下这样称他。
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小站练兵时的袁世凯不仅狠抓军事训练，而且也做“思想政治工作”，两手都很硬。但他不是靠频繁开会、组织官兵学习皇上各类批示来收拢人心，而是亲自动手编写了一首通俗易懂的《劝兵歌》，让士兵们边唱边领悟“咱当兵的人，有啥不一样”。歌曰：
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谕尔兵，仔细听：