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经过防腐处理的君主瓦伊纳·卡帕克的尸体由印第安人轿夫用轿子抬着送到库斯科去。君主的死因是感染了随着欧洲人的到来而传入的天花。
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当皮萨罗在城市的废墟中徘徊时，他向一脸茫然的居民询问了一些问题，依靠的正是他的两个翻译费利皮略和马丁尼略，就是那两个学会说西班牙语的印第安男孩。通过他们的翻译，皮萨罗开始慢慢拼凑出这里大致发生了什么，不过其中很多细节还是要再等很多年才能完全弄清楚。
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1528年皮萨罗第一次抵达通贝斯的时候，印加帝国还处于一位强大的君主瓦伊纳·卡帕克的统治之下。刚好就在那段时间，印加人也正在今天的厄瓜多尔境内进行一场军事行动，目的是要镇压当地反对印加统治的暴乱。[3]印加人本身是一个人数相对较少的民族，最初只生活在非常靠南的地区，也就是库斯科河谷中。在大约1200～1400年这两百年间，印加人不断巩固他们在库斯科盆地中的统治地位，同时通过征服或联姻的手段吞并了周边的一些邻居并渐渐发展成一个小国家。随后，从15世纪初期开始，印加人突然发起了一系列持久的军事行动，征服了从安第斯山脉到沿海地区的各个部落。印加人的战斗技能和组织能力显然都是极为出众的，因为他们在短短六十年的时间里就从一个领地面积直径不超过一百英里的小王国一跃成为疆域绵延二千五百英里的大帝国——仿佛是一颗在安第斯山脉核心地区爆发的超新星。
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印加民族的人口从未超出过十万，而他们一点点拼凑起来的帝国其实也只是过去一千多年的时间里在安第斯山脉和沿海地区兴起又衰落的一连串王国和帝国中最新的一个而已。人类是在大约一万两千五百年至一万五千年前第一次来到南美洲的。那些人的祖先据推测是穿过白令海峡的陆桥来到了北美洲和中美洲地区的。那时世界还处于最后一个冰川期中，在接下来的三千年左右的时间里，人类开始以使用石头制造的工具狩猎及采摘野果为生。随着冰川期逐渐走向尾声，动植物也逐渐发生了变化，在大约公元前8000年的时候，有考古证据证明的最早的农耕出现了——考古学家在今天的玻利维亚北部发现了人类种植的马铃薯的残余物。最终，在公元前8000～公元前3000年这一段五千年的时间内，生活在今天秘鲁境内的人们学会了驯养动物（美洲驼和羊驼）及种植粮食作物（马铃薯、玉米、藜麦、豆类、辣椒、南瓜和番石榴等），于是他们停止了靠狩猎和采摘野果为食的生活方式，改为在乡村和城镇中永久定居。随着生产出的粮食越来越充足，本地的人口也开始逐渐增多了。在这之后，海岸边就开始出现了一些奇怪的东西。[4]
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秘鲁的沿岸平原地区就是位于西边的太平洋和东边的安第斯山脉之间很窄的一块条状陆地，南北纵长大约有一千四百英里，平均宽度却还不足五十英里。这里大部分地区非常干旱，很多地方几年都不下一场雨。不过有超过三十条河流流经这条细长的沙漠地带，它们都是从安第斯山脉上流下，最终汇入太平洋的。这些河谷地区土地肥沃，还有充足的水源——对于最初的农耕者来说是再适宜不过的地区。与此同时，由于有沿着海岸向北流动的洪堡寒流，这附近的海域也成为世上蕴含鱼类资源最丰富的海域之一。从大约公元前3200年起——也就是和埃及人建造他们的第一座金字塔差不多相同的年代——生活在秘鲁北部海岸的人们开始在大广场附近建造阶梯式的土丘和仪式性建筑，并且开始大批地定居于此，与别人不同的一点在于，他们不怎么种地，更主要的是以到海里捕鱼为生。在另一些沿岸的低地河谷地区，其他一些以种地为主的人也成群地定居下来，并开始建造他们自己的城市建筑。
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关于接下来的三千年我们略去不谈，总之人口逐渐增长，可耕地资源成了人们竞相争抢的目标，虽然面临着无规则可循的气候条件，但是食物生产的手段已经愈发先进，一个河谷里的人逐渐征服了临近几条河流的谷地，于是就形成了秘鲁北部海岸地区的第一个国家，或者说王国——莫切王国（100～800年）。[5]莫切王国居民的生活方式与那些在秘鲁已经生活了几千年的最初的农耕者是不同的。比如说，后者只需要生产足够自己食用的粮食及进行下一季耕种的种子就可以了。总体上他们不交税，也不隶属于任何人。[6]然而到了第一个王国兴起之时，农民们被要求必须生产出超过他们私人所需数量的食物或提供额外的劳务。这些富余的部分就是被无偿贡献出来以供养统治者以及一个新形成的上层阶级的。又过了几千年的时间，在海岸边各个地方和安第斯山脉上不同的地区，越来越多的秘鲁居民逐渐转变成了农民或者说纳税人这种新的人类阶级。[7]“文明”由此产生，其最初的形式可以被定义为一种基于统治者和生产食物的种植者之间因分工不同而形成复杂社会秩序的发展过程。就在秘鲁贫瘠的沙漠和安第斯的高山之上，一场革命已然上演，正是这场革命为随之而来的秘鲁文明奠定了基础。一小部分人，或者说精英阶层们逐渐获得了对数量上多得多的人民群众的统治权。
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最终这里出现了一系列庞大而复杂的政治体，包括蒂瓦纳库（Tiwanaku）、瓦里（Wari）和奇穆（Chimu）。900年，在的的喀喀湖（Lake Titicaca）地区的蒂瓦纳库文明已经繁荣了七百多年之久。他们不但竖立起了体积巨大、切割完美的独石像和神庙，还能够锻造铜质工具。蒂瓦纳库的首都位于海拔一万二千六百英尺之上的地方，城中居民数量在两万五千人至五万人之间（当时伦敦的人口大约是不到三万人）。
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到1400年，蒂瓦纳库王国早已经消亡。此时在秘鲁西北沿海地区渐渐崛起的是奇穆帝国，在征服了一个接一个的河谷地区之后，帝国的疆域被扩大到了将近一千英里的范围，从北部的通贝斯沿着海岸一直延伸到如今秘鲁首都利马所在的位置。如果西班牙人比他们实际到达的时间早一百年来到这里，也就是1432年而非1532年的话，那么西班牙编年史作者们一定会兴奋地记录下伟大的奇穆帝国和他们所拥有的金银财宝——远在南方的渺小的印加王国则完全不会被他们看在眼里了。
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当奇穆帝国的君王们忙着管理自己的帝国、修建灌溉水渠，以服劳役的形式向他们管辖之下的大批农民征税的时候，远在南方的原本弱小的印加王国突然开始扩张。根据印加传说，开始这一进程的君主名叫库西·尤潘基（Cusi Yupanqui），他可以说是印加版的“亚历山大大帝”。[8]在15世纪初期他的王国开始壮大的这段时期之前，印加人原本只占据着安第斯山脉上海拔一万一千三百英尺的以库斯科河谷为中心的极小的一个地区。印加王国与当时秘鲁存在的其他王国并没有什么不同，都是农民将自己的权利让渡给武士君王，印加统治者声称自己理应拥有高于他人的地位的具体理由则是，自己就是太阳这一万物生存源泉的神圣后裔。
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因为土地和资源都是有限的，所以分散在秘鲁各地的高山王国和小一些的政治体不是时刻安排侍卫站岗放哨来提防他人的攻击，就是在忙着计划怎么去攻击别人。一个王国要想存续下去，统治者就必须保护好自己继承或是抢占来的富饶土地，以及那些通过在田地上耕作来供养自己，并且为自己而战的农民。只有先保障了自己王国的完整性，统治者以及和他有关系的那些精英们才能继续掌握权力并保留拥有各种特权的生活方式。一个统治者可能拥有各种各样的特质，但是最基本的一点必须是善战。鉴于他们是处在一个高度竞争的环境中，边界之外任何一个好战而意欲扩张的王国都可能随时向他们发动致命的攻击，所以精英们都意识到拥有广大疆域的王国往往能占据明显的优势。王国越大，可召集的勇士就越多，也就越不容易被外来攻击打败。
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根据印加的口述历史，在15世纪初期，生活在库斯科以西安达韦拉斯（Andahuayllas）中部地区的昌卡王国（Chancas）垂涎于尚很弱小的印加王国控制下的河谷地区的富饶土地，于是集结了一支军队向东行进，下决心吞并印加人的王国，从而扩大本国的疆域。因为印加人人口稀少，还因政治而处于四分五裂的状态，所以昌卡人的胜利似乎唾手可得。
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当时在位的印加君主名叫维拉科查·印加（Viracocha Inca），他年事已高，不愿应战，而是选择弃城出逃，躲进一个堡垒里，这么做无异于将自己的王国拱手让人。然而，他的一个儿子库西·尤潘基抓住了这个机会：他很快和附近的一些民族结成了联盟，组建了一支军队，无畏地前去迎接昌卡人的挑战。他们那时使用的武器还是顶端有石头或铜质长钉的大木棒。在随后进行的激烈战斗中，印加人彻底击败了昌卡人。原本一次看似不可避免的灭顶之灾反而变成了一场压倒性的胜利。
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罢黜了自己的父亲之后，库西·尤潘基选择了“帕查库提”（Pachacuti）作为自己的新名字，这个词语的意思是“大动乱、大灾难”或“将要颠覆世界之人”，用在他身上非常恰如其分，因为帕查库提很快就开始着手重整印加王国。他在首都库斯科修建了宽阔的大道，下令使用精确切割的石料建造房屋和宫殿，这种建筑风格自此之后就得名为“帝国样式”。根据编年史作者佩德罗·萨缅托·德·甘博亚的记述：
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帕查库提接下来将自己的心思放在了人民身上。他看到自己的领地中没有足够的土地供他们耕种以维持生计，于是到城市之外四里格范围内巡视了一圈，考察了河谷的地形、环境特点和各个村庄的情况。考察结束之后，他将城市周边两里格范围内原本的居民都赶走，把这些地方的村庄纳入城市范围并分配给城中的居民。而那些被赶离家园的人则被重新安置到了别的地方。库斯科的市民们对这样的安排非常满意。帕查库提用从别人手里抢来的东西换取了城中人的认可，并且一举将坦博河谷（Tambo）[9]地区据为己有。[10]
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可能是因为脑海中关于最近一次昌卡人的攻击和印加王国几乎濒临灭亡的记忆还甚是清晰，帕查库提很快就将他的注意力转移到了王国的边界上。他的疆域范围至此还只是几天之内就能走遍的一小片地方。过去的印加君主们也会偶尔抢劫邻近的村庄或是向他们索要贡品，但帕查库提成了第一个大规模夺取并侵占附近土地的印加君主。他无疑已经意识到劫掠只能是一次性的获益，相反，一旦他控制了生产资料，即土地和农民，那么他的统治源泉就是取之不尽的。
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很快，帕查库提带领着一支由应征入伍的农民勇士组成的军队展开了一系列军事行动，其规模是之前任何一位印加君主想都不敢想的。帕查库提带领的军队一路攻城略地，很快就将国土面积向南推进了六百英里，越过了的的喀喀湖，到达了今天的玻利维亚和智利北部地区。至于在西北方向，帕查库提同样迅速征服了各个部落、王国和散布在安第斯山脉上的一些城邦国家。帕查库提和他的儿子图帕克·印加（Tupac Inca）一系列大胆的进攻最终颠覆了占据着西北海岸地区的古老的奇穆帝国。帕查库提和他的儿子总共仅用了不超过一个人常规寿命的年限就占领了安第斯山脉上绵延一千四百英里的国土，涵盖了从今天的玻利维亚到秘鲁北部，以及邻近的大片海岸地区。印加人再也不是一个弱小、容易受到他国军队攻击劫掠的群体。帕查库提成了第一位建立起一个名副其实的帝国的印加君主。他创建的帝国是一个幅员辽阔的多民族联合体，一个通过武力征服创立的帝国，一个仅由帕查库提和一小拨印加精英统治的帝国。
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帕查库提给他的新帝国取名为塔万廷苏尤（Tawantinsuyu），即“四个部分联合起来”的意思。他把自己的国家分为了四个部分，分别是：钦察苏尤（Chinchaysuyu）、孔蒂苏尤（Cuntisuyu）、科利亚苏尤（Collasuyu）和安蒂苏尤（Antisuyu）。[11]首都库斯科就位于这四个苏尤的交汇点上。某种意义上说，帕查库提和图帕克·印加一起完成了一项征服大业，他们通过威吓、协商，或者是血腥的武力，最终征服了各个新地区，确定了各处应当缴税的农民的人数，安插印加人到各地作为执政者，组建行政团队负责监督并收缴税费，然后印加大军就会开拔前往下一个目标。如果当地的精英阶层愿意合作，他们就能保住自己享受特权的地位，并且为自己的配合而获得丰厚的回报；如果不合作，就会被印加人毫不留情地杀死，连同自己的支持者一起被赶尽杀绝。农民就像一种庄稼，可以以收税的方式定期被收割。事实上，听话、温顺、能创造出剩余产品的劳动者比印加人在安第斯山脉上种植的五千多个品种的马铃薯更有价值，也比供印加人定期剪毛吃肉的成群的美洲驼和羊驼更有价值。印加人想要占有的其实就是这些农民和他们耕种的土地，也正是通过以缴税的形式剥削这些农民的劳动，印加的精英阶层才得以不断扩大自己的财富、威望和权力。
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图帕克·印加不仅在北部和海岸地区进行了一系列成功的军事活动，还将印加帝国的版图进一步向东扩张，率领军队从安第斯山脉上高海拔的寒冷平原下行进入酷热的亚马孙丛林。随后他又将帝国南部边界再推进了七百多英里，越过了今天的智利首都圣地亚哥。
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到图帕克·印加的儿子瓦伊纳·卡帕克继位时，那个像超新星一样爆发的印加帝国已经发展到了自己的顶峰，它的扩张大业也已经接近完成。此时的帝国北至今天的哥伦比亚南部，南到智利中部，东西则是从太平洋沿岸一路翻过宽广雄伟、有多座海拔超过两万英尺山峰的安第斯山脉，再延伸到低平的亚马孙丛林。让人惊奇的是人数不超过十万的印加精英阶层最终竟然控制了超过一千万的人口。在帝国边境之外，再没有一个未被征服的王国或农民群体，剩下的就只是一些不成国家的无法控制的零散人口。印加人在这样一些地区里划定自己的边界，并修筑堡垒来保护自己的土地免受那些无国无家的“蛮荒之人”的入侵。印加人革命性地占领安第斯山脉大面积地区的行动只靠帕查库提和图帕克·印加两代人就实现了。因此，帕查库提的孙子瓦伊纳·卡帕克即位后进行的有限的军事活动就只是巩固一下边防，并平定帝国北部最后一个起义部落的反抗。
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不过，在征服了帝国北部今天厄瓜多尔境内的地区之后，瓦伊纳·卡帕克开始听到一些关于他的帝国面临着奇怪的新威胁的汇报，这种威胁远比任何一个地方性的起义都更加致命。当时可能就是从北方跑步来传信的信差“查斯基”（chaskis）把这个消息送到君主的宫廷之上的。信差上气不接下气地汇报说当地出现了一种疾病，一种可怕的、击垮了很多居民的疾病，受感染的人先是会全身长满可怕的疹子，然后就越来越虚弱直至死亡。更糟糕的是，这种疾病现在正向着基多（Quito）蔓延，也就是瓦伊纳·卡帕克和他的皇室随从此时居住的地方。这样的描述令君主感到毛骨悚然，他立刻决定把自己隔离保护起来并开始进行斋戒，希望能够以此避免接触这种神秘的瘟疫。然而，一切都已经晚了。根据编年史作者胡安·德·贝坦索斯（Juan de Betanzos）的记述：
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（瓦伊纳·卡帕克很快就）病倒了，恶疾夺走了他思考和理解的能力，他的皮肤上像麻风病人一样起了疹子，身体也变得很虚弱。他的贵族们看出他已经病入膏肓，于是来到他的面前，在他似乎还有一点意识的时候请他指定一位继承人，毕竟他已经时日无多了。[12]
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