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此时的皮萨罗发现自己被一群举着匕首和长剑的人包围了，他们在他身上留下了无数的伤口，直到他重重地倒向了地面。仰躺在地上的总督满身是血，据说他两只手各伸出一根手指在唇边比了一个十字架，喘息着说了“忏悔”这个词，意思是他想要一点时间向上帝忏悔他的罪孽。然而，据说袭击者之中一个叫胡安·罗德里格斯·巴拉甘（Juan Rodríguez Barragán）的人抄起了一个装满水的大花瓶，将它举到皮萨罗的头上，大喊着“你可以去地狱里忏悔！”[24]，然后就把花瓶狠狠地砸到了皮萨罗的头上。六十三岁的皮萨罗就这样躺在了满地的水和血中，死在了这个被他征服的国家里由他建立的城市中。
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皮萨罗死后还发生了其他一些政治事件：皇室派来的代表巴卡·德·卡斯特罗（Vaca de Castro）抵达了秘鲁，并在丘帕斯之战中击败了小迭戈·德·阿尔马格罗的队伍；另外阿尔马格罗和皮萨罗的死也让秘鲁陷入了混乱。所有这些消息最终都传到了躲在比尔卡班巴避难的曼可·印加的耳朵里。曼可一直密切关注着西班牙人的运势走向，希望那些敌人能够相互残杀，那样可以省掉他许多麻烦。事实上，不少曼可的追随者都围观了1542年的丘帕斯之战，在这场决定谁将最终统治秘鲁的战斗中，有至少一千两百名西班牙人参与了进来，拼尽全力想要杀死自己的对手。结果，阿尔马格罗的追随者又一次战败：超过两百人死在了战场上，后来还有更多人被处以绞刑。战争结束后，国王的代表将起义的阿尔马格罗派领袖们都吊死了。依据编年史作者谢萨·德·莱昂的观察，“绞刑架下面的深沟里堆满了尸体……［这让］印第安人感到非常高兴，当他们意识到［被杀的人中］……很多都是队长或受过嘉奖的人员之后更是感到格外惊讶。他们把这些消息全都汇报给了他们的君主曼可·印加”。[25]
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皮萨罗死后不到一年，参与了谋杀侯爵的总共不到二十个阿尔马格罗派成员中至少十五人都死了。这也许并不会让人感到意外，死去的这些人里有两人是在刺杀行动过程中丧命的，另外十几个人的死法各不相同，有被吊死的，有被分尸的，也有在丘帕斯的战场上战死或是在紧随其后的清算中被杀死的。仅有的几个侥幸逃脱的皮萨罗刺杀者中有一个名叫迭戈·门德斯的，他是罗德里戈·奥尔戈涅斯同父异母的兄弟。罗德里戈·奥尔戈涅斯曾经是迭戈·德·阿尔马格罗的二把手，他帮助阿尔马格罗从埃尔南多和贡萨洛手中夺下了库斯科，还在1537年突袭维特科斯的时候几乎抓住曼可·印加。但是那之后一年，埃尔南多就在库斯科城外击败了罗德里戈·奥尔戈涅斯并砍下了他的头挂在库斯科主广场的绞刑架上。所以，三年多之后，迭戈·门德斯会加入刺杀皮萨罗家族的行动为自己的兄弟报仇是再自然不过的了。
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阿尔马格罗派在丘帕斯之战再一次战败之后，迭戈·门德斯和小迭戈·德·阿尔马格罗都逃回了库斯科，希望躲过代表国王而战的保皇派的抓捕。不过小迭戈·德·阿尔马格罗很快就被抓住并被处死了。迭戈·门德斯虽然也被抓住并被指控为谋杀皮萨罗的凶手之一，但是他最终想办法逃了出来。他决定马上前往他认为西班牙法律管辖不到的唯一地方，那就是在比尔卡班巴的曼可·印加的起义王国。
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过去的五年中，曼可·印加和他的追随者们一直生活在比尔卡班巴，此时他已经二十七岁了。虽然西班牙人在安第斯山脉上成功地镇压了他的军事行动，但是曼可从来没有停止训练他的勇士们掌握抗争技能，并抓住一切可能的机会部署游击队，利用突袭来打击西班牙人。当迭戈·门德斯意外地来到曼可的小王国外围并申请避难时，曼可的将军们毫无疑问是想要处死他的。然而曼可显然是因为听说门德斯是参与刺杀弗朗西斯科·皮萨罗的凶手之一，所以欣然许可了西班牙人的避难申请并为他提供了庇护。另外六个从高地逃到印加人的隐蔽王国中寻求安身立命之地的阿尔马格罗派也都获得了相同的待遇。
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不过，曼可还是针对这些充满潜在危险的客人们进行了一些防范措施的。他没有邀请这些西班牙人住到他的首都比尔卡班巴城中，而是把他们安排到了距离那里三十英里的维特科斯。蒂图·库西后来回忆说：
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我父亲不但下令让他的将军们不要伤害他们［这些西班牙人］，还命人给他们修建了可居住的房子……他收容了他们很多年……对他们很好，还会满足他们的各种要求，甚至让自己的侍女给他们准备食物和酒水。他……和他们一起进餐……把他们当作自己的兄弟一样。[26]
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作为回报，这些叛逃的西班牙人给曼可和他的勇士们讲解先进的欧洲战争艺术，教他们如何正确地给截获来的火绳枪上膛和射击，指导他们如何使用其他西班牙武器，如何骑马、钉马掌，还教会他们怎么利用抢来的战马做其他的事情，等等。皮萨罗的刺杀者迭戈·门德斯渐渐地成为曼可的知己密友，他无疑给君主讲述了西班牙统治的秘鲁此时正上演的各种冲突和纷争，还介绍了西班牙和欧洲的生活和政治情况等。简而言之，这七个叛逃的西班牙人俨然成了印加人了解关于西班牙的一切的顾问，他们帮助曼可获得了对自己敌人的本质更深入的理解，这样他才更有可能击败他们。然而从这几个人的角度来说——他们被迫逃到这个从各个方面来说都比不上西班牙统治下的秘鲁的印加王国，为的就是耐心地等待时机东山再起。这几个阿尔马格罗派每天无所事事，有时玩玩套环游戏，但他们心中无疑都在期盼着有一天能够结束这种自我流放的日子，重新回归西班牙人的社会。
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这几个西班牙难民等待了将近两年的时间，直到秘鲁的政治动荡终于为他们提供了一个机会。为了填补皮萨罗被谋杀之后的权力真空，国王查理派来了他的第一个总督——堂布拉斯科·努涅斯·贝拉（Don Blasco Núñez Vela）负责管理这个国家。皮萨罗的刺杀者们一直期盼的就是一个新总督的到来，然而他们当中很可能只有迭戈·门德斯活到了新总督到任的这一天。此时，在丛林深处的安蒂苏尤，门德斯和他的同伴们认定采取下一步动作的时机终于成熟了。曼可的客人们意识到他们有机会向新总督献上一份最有价值的大礼，那就是曼可的死亡。曼可的王国一日不被征服，西班牙人对秘鲁的控制就多受到一天的威胁，更何况这个王国一直是印第安人反抗西班牙人统治的精神支柱。无论是总督还是国王都迫切地想要彻底结束这些抗争活动。
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门德斯相信如果他和他的同伴们能想办法刺杀起义君主，那么印加人的起义将会随之终结。到时他和他的同伴们就可以为自己以前的罪行获得赦免并重新融入西班牙统治的秘鲁。事实上，如果他们利用好这个机会的话，新任总督没准还会授予他们“受封人”的头衔作为奖励。这七个叛逃者于是下定了决心：就如门德斯曾经参与刺杀弗朗西斯科·皮萨罗一样，此时他和他的流亡者同伴们又要以类似的方式一起刺杀曼可·印加了。得手之后他们将立刻逃往库斯科，并在那里以刺杀者的身份宣布曼可的死讯。
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要执行这个计划，门德斯和他的同谋者们必须要等曼可来到维特科斯的时候。实际上，曼可经常会从他临近的首都来到维特科斯，当他又一次毫无防备地带着自己此时已经十四岁的儿子蒂图·库西来到这里时，七个西班牙人悄悄地做起了准备，他们拿好了武器，备好了马匹，然后耐心地等待着。[27]曼可最喜欢的一个消遣游戏就是用马掌玩套圈，参加者把马掌扔向一根钉在地上的棍子，看谁的马掌能碰到棍子或是刚好套在棍子上。在这个能够俯瞰下面乡村全景的山顶城市中，曼可的儿子看着自己的父亲开始和那些西班牙客人一起玩套圈，他们之前在一起不知玩过多少回了。突然之间，当曼可正要扔出手中的马掌时，迭戈·门德斯掏出了一把藏在身上的尖刀，从君主背后狠狠地刺穿了他的身体。曼可的儿子后来回忆道：
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我的父亲意识到自己受伤了，他想要保护自己……但是他孤身一人，而西班牙人却有七个，最后他倒在了地上，身上满是伤口，西班牙人就这样扔下他不管了。我那时只是个小男孩，看到自己的父亲遭受了这样的对待，我想过去帮他，但是西班牙人转身愤怒地看着我，还向我扔过来一柄长矛……差一点连我也一起杀死。我被吓坏了，我逃进了山下的森林中……他们虽然追了过来，但是最终没能找到我。[28]
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用利刃反复戳刺庇护了他们的主人之后，门德斯和其他叛逃的西班牙人骑上马狂奔而去。妇女们都在尖叫，其他人此刻也聚拢到了倒在地上满身是血的君主身边。曼可的将军马上派出了跑步信差朝着西班牙人逃跑的方向追去，好给那里的乡村送信，告诉他们这里发生了什么，以及袭击了他们君主的人正在试图逃跑。
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杀手们整个下午都在朝着库斯科的方向逃跑，想要尽快远离维特科斯。夜幕降临之后，他们也没有停下脚步，有时是骑在马上，有时是牵着缰绳步行。然而西班牙人逃得太急，所以犯下了一个严重的错误，在岔路口的地方选错了方向。直到破晓时分他们才意识到自己不得不原路返回，可是他们已经筋疲力尽，于是决定在一间铺着茅草屋顶的房子里先休息一下再走。
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就在西班牙人睡觉的时候，一队安蒂人弓箭手和印第安勇士发现了这个房子，并悄悄地将它包围了起来。很快他们就把茅草屋顶点着了。当火苗渐渐蹿高，浓烟也开始从门口冒出来之后，曼可的刺杀者一个接一个地跑出了房子，有一些人的衣服已经着火了，仍然绝望地四处逃窜，另一些则想要骑上马逃跑。不过丛林弓箭手们立即朝这些西班牙人射出大量的弓箭，其余的印第安人则拦住马匹，将骑兵拽下马来，然后用长矛和坚硬的棕榈木棍棒将他们全都打死了。“所有人都死得很惨，有些还被焚烧了”，[29]蒂图·库西回忆说。印第安勇士们没花多少时间就把刺杀曼可的七名凶手全杀死了，其中包括曾经刺杀皮萨罗的迭戈·门德斯。
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曼可的刺杀者被抓住并被杀死的消息传回了维特科斯，也被汇报给了此时神志还清醒的曼可，但是他的伤太重，眼看大限将至。他指定自己年仅九岁的儿子塞里-图帕克·印加（Sayri-Tupac Inca）为继位者。虽然印第安人医师已经想尽各种办法挽救他的生命，但是被西班牙人袭击三天之后，二十九岁的印加君主在亚马孙平原西部边缘的山顶城市维特科斯中逝世。十几年前由弗朗西斯科·皮萨罗扶植的君主最终只比他的扶植者多活了三年。除了他的妻子们，曼可还有三个年幼的儿子。这个弱小的起义王国里的居民们现在都陷入了失去领袖的震惊和哀痛。这个曾经拥有足够的人格力量和战斗素养来组织和实施新大陆上最伟大的针对欧洲人的原住民起义的君主犯下的致命错误就是，在有了第一次被欺骗的经历后，又再一次选择相信西班牙人——最终的结果是既失去了自己的帝国，也失去了自己的性命。
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现在，曼可·印加及皮萨罗家五兄弟中的三个都已经去世，包括弗朗西斯科、胡安和弗朗西斯科·马丁，埃尔南多在西班牙被关进了监狱，而唯一还留在秘鲁的就是三十二岁的贡萨洛了。这个皮萨罗兄弟中最年轻的弟弟十八岁[30]时就和他的兄长们一起在卡哈马卡城抓住了曼可的哥哥阿塔瓦尔帕，二十三岁时抢走了曼可的妻子，二十七岁的时候又带领人马洗劫了比尔卡班巴。
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相貌出众、极度富有，还是一名优秀骑兵的贡萨洛同时也非常鲁莽、报复心强，而且坚信任何人对他来说非友即敌。自从他的三个兄弟都丧了命，第四个也被关进监狱之后，贡萨洛对这个世界的看法更是趋于绝对的非黑即白。国王派来的新总督没有参加征服行动，也就是没冒过一点风险，而如今贡萨洛却要面临接受他统治的糟糕前景，所以后者毫不令人意外地遵循了他一贯的性格特点：冲动地认定总督就是他的头号敌人，然后宣称自己为秘鲁的新总督。
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贡萨洛的夺权行为完全是一时冲动，而且是叛国的大罪。很快秘鲁就再一次陷入了全面的内战。听说了贡萨洛造反的消息之后，懊恼的总督问道：“整个欧洲都敬畏我们伟大的君主［国王查理］，统治着东方的土耳其人都不敢对他有一点敌意，难道一个不遵守他的法律的杂种竟敢在这里违背他的意愿？”[31]事实上，这个大字不识的私生子贡萨洛·皮萨罗还就真这么做了，他不但拒绝遵守国王的法律，还拒不承认国王指定的总督人选。和他的哥哥弗朗西斯科一样，贡萨洛也没受过教育，但是他对于权力和政治有一种出于本能的敏锐理解。他认定国王是想要通过任命这个新总督来把这个他和哥哥们冒着生命危险征服的王国从他们手中抢走，而他绝不能允许这样的事情发生。贡萨洛在给愿意追随自己的军事将领的信件中随意地说道：“西班牙的目的……无论怎么掩饰也还是显而易见，它……［打算］将我们拼命得来的成果据为己有……不费一点力气地平白享受……我们［付出］鲜血而挣得的好处。但是现在我们已经看清了他们的企图，我发誓要让他们见识到……我们是能够保卫自己的人。”[32]
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在总督派来与他谈判的特使面前，贡萨洛展露了心中更深一层的动因，那就是他对于权力的显而易见的渴望。“你看，我要成为总督是因为我们不能相信其他任何人，包括我的哥哥埃尔南多·皮萨罗也不行……我一点也不关心埃尔南多或我那些侄子、侄女的事，我也不在乎我在西班牙拥有的八千比索的财产……我就是死也要当这个总督！……这就是我的回答，没有别的可谈了。”[33]
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像冰川上的一个小缝隙渐渐扩张，最终变成巨大的裂口一样，西班牙统治的秘鲁此时已经分裂成了支持贡萨洛·皮萨罗起义和支持国王平定叛乱的两个对立阵营。几乎是一夜之间，秘鲁就变成了一个对于西班牙人来说最充满危险的地方。选择中立的人也和选择与他对立的人一样让贡萨洛怒不可遏，他于是开始处决任何拒绝向他提供援助的人，甚至包括一些从抓捕阿塔瓦尔帕的时候就开始和皮萨罗一家并肩战斗的富有的“受封人”。这样不近人情的贡萨洛最终杀死了三百四十名西班牙同胞，这个数字比印加人多年起义中杀掉的所有西班牙人加在一起还多。
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虽然这是一个冲动的决定，但是贡萨洛夺取绝对权力的行动起初进展得非常顺利：他很快就下令抓捕国王派来的总督，最终俘虏并处决了他，还把他的头砍下来挂在一根铁质长矛上作为进一步的示威。不过，皇室马上又派了另一位代表佩德罗·德·拉·加斯卡（Pedro de la Gasca）来到秘鲁，后者渐渐集结起了一支新的队伍，并开始抓捕此时已经被国王认定为叛国者的贡萨洛。