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尽管三波迁徙论遭到了广泛的攻击，但其出现还是激励了遗传学家对美洲原住民起源的研究。这项研究的主要战场是线粒体DNA，即巴西遗传学家佩纳（Pena）希望用来寻找菩托库多人的特殊DNA。如前所述，一个由道格拉斯·华莱士率领的科学团队于1990年发现，几乎所有印第安人都属于四个线粒体单倍群，而其中三个常见于亚洲（有着相似遗传特征，例如某个特定突变或特定版本的基因的线粒体，属于相同的单倍群）。最初，华莱士的发现貌似证实了三波迁徙说：这些单倍群可被视为不同的迁徙波的产物，而最为常见的单倍群恰与克洛维斯文化相对应。在和詹姆斯·尼尔（就是那位研究雅诺马马人对麻疹反应的遗传学家）开始共事之后，华莱士又得到了更多的数据。
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在其早期的研究工作中，尼尔曾汇总了从多方渠道得来的数据，估算出两个彼此相关的中美洲印第安群体是在8 000到10 000年前彼此分离的。而如今，尼尔和华莱士又一道检查了这两个群体的线粒体DNA。随着时间的推移，它应当积累了一些突变。几乎所有这些突变都出现于没用的DNA里，变幅极小，并不影响线粒体的功能。通过对仅出现在一个群体里，而并不见于另一群体的突变进行计数，尼尔和华莱士得出了这两个群体分裂后的1 000年内，各自线粒体DNA的改变率：每万年变更0.2%到0.3%。1994年，尼尔和华莱士仔细筛选了18个广泛分布的印第安群体的线粒体DNA，目的是寻找他们自其共同祖先离开亚洲之后出现的变异。以此前算出的基因改变率作为基准，他们的估算是，最早那批人迁徙美洲的年代在22 414年到29 545年前。印第安人在克洛维斯文化出现前10 000年就抵达了美洲。
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三年后，巴西南部城市阿雷格里港的南里奥格兰德联邦大学遗传学家桑德罗·L·博纳托（Sandro L. Bonatto）和弗朗西斯科·M·波尔察诺（Francisco M. Bolzano）再次分析了印第安人的线粒体DNA，并得出了不同的结论。华莱士和尼尔把重点放在了三个常见于亚洲人群中的印第安人单倍群上。这两名巴西人所关注的则是第四个，被死板地称为“A单倍群”的主要单倍群。这一单倍群几乎完全不见于西伯利亚，却在每个美洲原住民族群身上都有所体现。鉴于其在西伯利亚的稀缺性，由多次迁徙论可以得出一个隐含的、极其糟糕的推论，即这群极少数A单倍群的人，碰巧就在非止一次、而是多次跨越了白令吉亚的小规模人群之列。此二人认为，更有可能的情况是，只有一群移民离开了亚洲，而一些A单倍群的人就在其中。
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通过记录A单倍群成员积累的遗传差异，博纳托和波尔察诺计算得出，印第安人是在距今33 000年到43 000年前离开亚洲的，这甚至比华莱士和尼尔的估算年代还早。不仅如此，博纳托和波尔察诺做出的对比显示，这些移民在抵达白令吉亚后不久就分裂成了两个群体。其中一半人动身前往如今加拿大和美国的所在地。与此同时，另一半人留在了当时相对较为宜居的白令吉亚。向南行进的古印第安人在旅途中不会遭遇多少难处，因为他们是赶在最后一次冰河时代的顶峰之前不久（也就是在加拿大两大冰层合而为一之前）抵达目的地的。而在这一庞大的冰层障碍成形之后，那些留守白令吉亚的印第安人就被迫在当地滞留了将近20 000年。气温最终回暖以后，其中一些印第安人也移居南部，从而创造了第二波，可能还有随后的第三波大迁徙。换句话说，最早殖民美洲的只有一批古印第安人，但其殖民进程是通过两三次迁徙才宣告完成的。
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其他数据的得出，只是增加了人们的困惑。关于这些数据在整体上是否表示曾有过一次或多次迁徙，这个（些）始祖群体的人口是多（某些关于线粒体DNA多样性的数据表明了这一点）还是少（其他一些数据则有此暗示），还有印第安人究竟是从蒙古、西伯利亚南部贝加尔湖周边地区还是东亚沿海（甚至或许是日本）迁徙而来的，遗传学家们莫衷一是。
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所有的一切，或者至少近乎所有的一切，看来都还有待观察。在相互矛盾的数据乱局之中，夏威夷大学的遗传学家丽贝卡·L·卡恩（Rebecca L. Cann）于2001年报告说，“只有一点可以肯定”；她说，科学家在所有其他事情上都可能争执不休，但他们一致相信，“绝大多数新的考古学和遗传学证据都不支持‘克洛维斯率先论’这一认为移民很晚才迁徙至北美的考古学设想。”
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1491：前哥伦布时代美洲启示录 [:1706312187]
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全国各地
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卡恩所说的“新的考古学证据”出自智利的蒙特沃德（Monte Verde），一个泥潭重重的河岸地区。进行挖掘工作的是肯塔基大学的汤姆·迪勒黑（Tom Dillehay）、座落于瓦尔迪维亚的智利大学的马里奥·皮诺（Mario Pino），还有一组学生和专家。他们1977年开凿，1985年结束挖掘，并于1989年和1997年先后两次以厚厚的卷本形式发表了最后的报告。从掘出第一铲土到发布最终的勘误表的20年间，科学家断定，古印第安人占据蒙特沃德是距今至少12 800年前的事。不仅如此，他们还在当地发现了32 000多年前就有人类居住的提示性迹象。地处智利南部的蒙特沃德距白令海峡有10 000英里（约16 093.4公里）之遥。如果说蒙特沃德遗迹最少有12 800年历史，那么印第安人必定是在那之前几千年就已经到了美洲。
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大体说来，在回应遗传学界和语言学界的反克洛维斯率先论的证据方面，考古学家缺乏所需的专业知识。但蒙特沃德遗迹恰恰是考古学的发现。迪勒黑掘出的是类似于一个村庄的遗迹，用兽皮、杆子和捻合的芦苇捆扎而成的帐篷类建筑一应俱全。他说，该文化在克洛维斯文化之前几个世纪就已存在，而且可能比它更为先进。许多人对他的论断抱持着强烈的怀疑态度，更有人还充满着恶意。争论持续了多年。批评者指控说，迪勒黑发现的证据质量太低，无法接受。迪勒黑告诉我：“人们在开会时拒绝和我握手，就好像我在杀他们的孩子一样。”
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汤姆·迪勒黑
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1997年，包括海恩斯在内的十几位闻名遐迩的研究人员飞赴智利，以鉴定该遗迹及其人工制品。他们希望重演当年学界名宿造访福尔松的故事，以此解决这场由来已久的争端。在检查过遗址（这里与福尔松和克洛维斯安身的干枯沙漠截然不同，是一片湿润而富含泥炭的河堤）以后，这些考古学家去了一间灯光黯淡、名为“山洞”（La Caverna）的酒吧。一轮啤酒过后，一场争论爆发了，部分原因是海恩斯坚持不懈的怀疑态度。迪勒黑对海恩斯说，后者在研究亚利桑那石制工具方面的经验对于评估秘鲁的木制器物毫无意义，说完就和一名支持者怒气冲冲地夺门而出。虽然言辞激烈，但是这些名宿还是达成了一个脆弱的共识。他们就此写了一篇文章，将其取得的一致结论公之于众。“蒙特沃德遗址是千真万确的，”如今就职于密尔沃基公共博物馆的阿列克斯·W·巴克（Alex W. Barker）对《纽约时报》如是说，“现在的局面焕然一新了。”
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对这一共识，并不是所有人都买账。两年后，弗吉尼亚州亚历山大市的顾问考古学家斯图尔特·J·菲德尔（Stuart J. Fiedel）指控说，迪勒黑刚刚发表的蒙特沃德遗迹的最终报告差得无以复加（我们交流时，他对此的形容是“拙劣”和“令人作呕”），以至于人们想要验证该遗址“几乎任何一件‘令人信服的’、明明白白的人工制品”的初始位置都毫无可能。作为很多考古学家眼中最重要的人工制品，石制工具不含有机碳，因此也无法使用碳年代测定。研究人员必须通过确定其出土遗址的年代来估算石制工具的年代，而这需要仔细记录其出处。菲德尔说，由于迪勒黑的团队未能正确地辨识蒙特沃德石制工具的出土位置，其久远性也就值得怀疑了；它们很可能埋在一个较新的沉淀层里。而曾于1997年对蒙特沃德遗址给予积极鉴定的海恩斯，也在1999年宣布，该遗址需要得到“进一步的检验”。
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对克洛维斯模式的争议也不断增多。在20世纪90年代，地质学家得出的数据表明，冰原较此前人们所认为的更大，存在的时间也更长，而且即便是在无冰走廊出现期间，它也是完全不适于人类居住的。更糟的是，考古学家也找不到古印第安人（或是供其猎取的大型哺乳动物）在合适时间段内曾现身于无冰走廊的任何踪迹。与此同时，古生物学家了解到，在所有消失了的物种里，有三分之二都是在克洛维斯文化现身于考古记录之前灭绝的。最后，克洛维斯人可能也没有那么喜欢狩猎。梅尔策和华盛顿大学西雅图分校的考古学家唐纳德·K·格雷森（Donald K. Grayson）联手调查了76个美国古印第安人营地。他们只在其中的14个营地发现了大型猎物狩猎活动的证据，而且只限于乳齿象和野牛两个物种。二人讥讽道：“过度杀戮论长存人间，这倒不是因为作为业内专家的考古学家和古生物学家（的支持），而是因为它被不是专家的人不断重复着。”
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克洛维斯模式的捍卫者与其批评者同样毫不动摇。对于蒙特沃德遗址，海恩斯对我说，“我的意见是，这些所谓‘人工制品’在其原有位置上的照片在哪儿呢？如果你要想向其他考古学家证明这一遗址，而你又在一个有12 000年历史的遗址原地找到了一块明确无误的石制工具，每一个人都会带着照相机闻风而至。结果是直到我们提出这个事情之后，他们才找出了一些照片，而且还是模模糊糊的照片！我真正变成一个怀疑者，就是从那时开始的。”他说，这些假定存在的前克洛维斯遗址，只不过是“背景辐射”[104]而已。“我坚信再过100年，也还会有这些‘前克洛维斯’遗址，而且永远都会如此。”
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“看来，我们的一些同行出了很严重的差错，”得克萨斯A&M大学的托马斯·F·林奇（Thomas F. Lynch）在2001年发表于《考古学评论》（Review of Archaeology）的一篇文章中感叹道。林奇自豪地宣称自己曾帮助“揭发”了克洛维斯模式的其他挑战者，并同时把说服人们支持候选的前克洛维斯遗址的工作描绘成了一种“政治正确性”的表现。据他预测，蒙特沃德遗址终将“褪色”。
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然而事实并非如此。迪勒黑的团队发布了更多人类居住的证据，包括2008年出土的一件石制工具，掘出时刀锋上还有残留的割下来的海藻（当时太平洋海岸距蒙特沃德仅55英里）。三年后的2011年3月，由得克萨斯A&M大学的迈克尔·沃特斯率领的团队通过《科学》杂志宣布了一个惊人的发现：在得克萨斯州中部发现了15 000件年代比克洛维斯遗迹早2 000多年的人工制品。在堪萨斯大学的人类学家迈克尔·克劳福德（Michael Crawford）看来，克洛维斯率先论真正热忱的支持者和计数偏低者一样，“现在是绝对的少数派了”。菲德尔、海恩斯以及其他怀疑论者都无奈地附和着这一结论。得州的这个遗址生物物质太少，无法用放射性碳测年法，因此研究人员用的是光释光（Optically stimulated luminescence，OSL）测年法，这是一项发明于20世纪90年代的技术，它可以判定矿物质上一次暴露在阳光下的时间。由于光释光测年法是一项新技术，它没有被用于早期的挖掘工作中。而这表明，正如沃特斯承认的那样，许多前克洛维斯时代的遗址可能已经被人们发现，却错误地受到了排斥。
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《毫无根据的数字》一书的作者大卫·海尼格对我说，克洛维斯教条的最终衰亡是不可避免的。“考古学家总是把某个东西测定成5 000年前的玩意儿，然后说这肯定是历史上头一次如何如何，因为他们还没发现更早的范例。而后呢，难以置信的是，他们居然会把这种观念一直捍卫到死。这在逻辑上简直是漏洞百出。”他说，克洛维斯率先论“是个空口无凭的经典案例。即便是在考古学界，这个学科可算不上有多复杂”，他轻笑了一声，“要混也只能混那么一段时间。”
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靠岸
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自霍姆斯和赫德利奇卡以来，考古学家和人类学家一直试图摆脱他们的阿伯特现代子嗣的形象：一群满手汗渍的考古迷，买的都是关于亚特兰蒂斯的书籍，开的都是有关秘鲁的外星人和爱荷华的中世纪威尔士人的网站。大家在克洛维斯文化上达成的共识曾一度削弱了这种形象，但遗传学的应用给人们带来的迷惑不解和摇摆不定，又给这一博弈开创了新的局面。无法以鲜明的理论来抵御那些冒牌货的考古学家和人类学家，发现自己已经被笼罩在了猜测的迷雾之中。
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这种现象的一个声名狼藉的最新范例，无疑是肯纳威克人遗骨（Kennewick Man）。这具有9 400年历史、被发现于华盛顿州肯纳威克市附近的骸骨，在1997年成为一场争议的主角。当年对骸骨面部的初期复原表明，这名男子有白种人的容貌特征（更准确地说，是有“高加索人”的容貌特征）。复原结果被广泛发表于全球各地的报刊上，并引发了印第安人祖先来自于欧洲这一论断。这一回，考古学家和印第安活动人士破天荒地同仇敌忾，一致嘲笑了这个想法。印第安人和欧洲人的线粒体DNA有着显著的差异。如果印第安人没有遗传欧洲人的基因构成，他们又怎么可能是欧洲人的后裔呢？
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可是正如菲德尔向我坦承的那样，克洛维斯共识的破裂，意味着考古学家必须对非正统的可能性加以考虑，而其他人种先于如今印第安人的始祖进入美洲的主张，也是这些可能性中的一种。好像是要证明他的观点一样，2007年，各国报纸头条都报道了同一条消息：一个由海洋学家詹姆斯·肯尼特（James Kennett）率领的26人科考队宣称，11 000年以前，一颗直径达三英里的彗星撞击了加拿大。随之而来的灾难使地球陷入了一段长达数百年的寒冷期，北美的很多物种从此灭绝。这些后来统统被归咎于“过度杀戮论”。研究人员说，这场致使猛犸灭绝的撞击的核心证据，是在诸多克洛维斯遗址都有发现的“富含碳物质的黑色地层”，其中有大量木炭（由撞击引发的大火的残留物）、铱（地球上罕见，但常见于陨石中的物质）和极小的钻石（由撞击的气压波产生）。在全球性的媒体轰动的驱使下，十几家科考队在各地的考古遗址开始寻找相似的证据。然而，全部这些努力都失败了。《科学》杂志在2010年相关报道的标题是“致使猛犸灭绝的撞击说已遭到淘汰”。一些科学家向我抱怨道，这些负面结论从未得到和最初的失实判定同样程度的关注。一颗直径三英里的彗星！这正是专家试图丢进历史垃圾堆里的那种夸张观点。而现在，这些观念或许是春风吹又生了。如果克洛维斯并不是第一个美洲原住民文化，那么美洲的考古学就全乱套了，而这一前景既引发了恐慌，也得到了欢迎。“很显然，现在是八仙过海，无奇不有。”菲德尔对我说，“那帮疯子已经把这座避难所给接管了。”
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尽管疑虑重重，但人们只要稍稍侧目，就会留心到一个正在成形的理论。在过去几年里，研究人员对克努特·弗拉德马克（Knut Fladmark）的设想给予了越来越多的关注。弗拉德马克就职于加拿大不列颠哥伦比亚省的西蒙·弗雷泽大学。作为一名20世纪70年代的研究生，弗拉德马克对无冰走廊说的证据之少感到吃惊。他因此怀疑，古印第安人当年是否可能是乘船而非步行顺太平洋沿岸南下的。毕竟，土著居民在几万年前正是乘船抵达澳大利亚的。尽管如此，绝大多数考古学家对此设想嗤之以鼻，因为它尚未得到任何确证。
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通过对太平洋海岸线附近海洋沉积物中的花粉进行检测，研究人员近期了解到，即便是在冰河时代的最冷阶段，温和的南部洋流也在沿岸建起了温度适宜的庇护所；那是冰封千里之间的密林和草地。在不断游离于各个庇护所的情况下，古印第安人在过去40 000年里的任何时间段都可以沿着海岸一路向南。弗拉德马克写道，“即便是原始的船只，也能在不超过10到15年的时间里横贯整个南北美洲的太平洋海岸。”