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《静物中的中国瓷器》，William Kalf作于17世纪60年代
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荷兰人从一开始就将对中国大陆地区的贸易以及对日本的贸易放在重要的位置来考虑，并致力于排斥葡萄牙人以及西班牙人在亚洲的传统贸易地位，同时也要防范郑芝龙、郑成功等海商和军事力量的攻击。在17世纪20年代的晚期，“热兰遮城”成为荷兰人在亚洲最繁忙的贸易据点，荷兰人在那里囤积丝绸、瓷器以及药物，主要供应日本的市场，小部分则运往印度和波斯。除此以外，来到台湾的大陆人也从事稻米以及蔗糖的生产。虽然稻米和蔗糖主要供应当地的人口食用，但是对岸的福建地狭人稠，粮食供应不足，从台湾运输稻米去大陆，能够以较高的价格获利，稻米于是成为可以换取银两的经济作物。荷兰人将出产的稻米任由大陆人贩卖，蔗糖则全数收购外销。荷兰殖民者还通过征税来盘剥民众。荷属东印度公司向来自中国大陆等地的船只开征关税，以提高公司自己的船只的竞争优势，渔民要缴纳渔获给公司，公司还向七岁以上的大陆男女征税，公司还以贩售执照来控制获利较高的鹿皮贸易，还通过测量土地，开放给商人投标收税，还要求承包宰猪税的商人以固定的价格供应猪肉和猪油等。1634年至1640年间，荷兰人从中国大陆输入的货物的金额上涨了近十倍。转口贸易船只的数量也有了明显的增加，从1636年起，从中国台湾地区输往日本和巴达维亚两地的货物量为1627年的两倍以上。1637年5月17日，从巴达维亚出航经过越南于6月21日抵达大员的一艘荷兰船只，载有胡椒、檀香木、苏合香、象牙、樟脑、木香、瓮肉和肥肉、葡萄酒、橄榄油以及醋等货物。7月17日，这艘船又出航前往日本，载去了丝绸、布匹、水银、白蜡、鹿皮和象牙等大陆的转口货物、中国台湾地区的本地货物（鹿皮）以及南洋各地的转口货物。当17世纪30年代巴西的甘蔗种植园衰落下去的时候，欧洲一度缺少糖的供应，荷兰人就开始囤积大量的产自中国的蔗糖，并将其中的大部分运往荷兰。在17世纪30年代，荷兰东印度公司从中国台湾地区装运了大约100万磅的蔗糖前往欧洲。1636年11月26日，据《巴达维亚城日记》记载，赤嵌的中国农民交给东印度公司运往日本的白糖有12042斤，黑糖110461斤，预计次年的产量达到30万至40万斤。1650年，东印度公司从中国台湾地区当地的农民那里购买砂糖大约350万斤。
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众所周知，郑成功的军队收复台湾，结束了荷兰人在台湾的殖民统治。17世纪上半叶明清政权交替的剧变，影响到了东南沿海以及中国台湾地区。在东南抗清的阵营中，郑芝龙以及郑成功家族的海上势力是一支重要的力量。郑芝龙早年在中国台湾地区活动，占据台湾对抗对岸的明朝官府，后来接受官府的招抚，势力逐渐强大，成为华人海商的霸主。他也曾经与荷兰人合作，采购大陆的货物，并招募大陆人移居台湾，主导大陆与台湾之间的通商。他还乘着葡萄牙人与荷兰人在日本相争不下的机会，将商业活动引入日本的市场，全力扩张自己的贸易事业。不过，后来他转向陆地发展，购买大片土地，投身官场。当清兵攻入浙江与福建之际，他为了维护陆地上的事业，向清兵投降。郑氏家族的海上势力于是出现了裂痕。郑芝龙的儿子郑成功与父亲走的是完全不同的道路。他举起反清的大旗，继续航海贸易以及反清复明的事业。郑成功的母亲是日本人，他幼年也在平户长大，直到七岁才回国接受传统的儒家教育，还受到隆武帝的赏识，赐姓“朱”，许多西方人称之为“国姓爷”。他的父亲投降清朝，但是母亲却死于清兵的袭击之中。郑成功英武严厉的性格中交织着国仇家恨，他凭借着家族在海上贸易中所获得的雄厚资源，供养军队，以东南沿海的狭长地带为根据地，抵抗清兵南下，并且一度以强大的军力反攻到南京附近。不过，郑成功的反清战争终于因为后继军需粮食的不足以及战略上的大意而失败，他转而以收复中国台湾地区获取反清复明的基地为目标。
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1661年3月，郑成功率领400余艘战舰，2.5万名士兵展开收复台湾的军事行动。4月2日的黎明，郑成功的先头部队已经抵台江外面的沙线，乘着潮水大涨在鹿耳门登陆。不久，郑成功的大部分军队向赤嵌的普罗民遮城挺进，另外再兵分一路自鹿耳门登岸扼守北线尾，以便阻断前来救援的荷兰船只，还部署一部分的军队来袭击向南遁逃的荷兰船只，并进入台江，以切断普罗民遮城与热兰遮城之间的联系。当时，荷兰人已经听闻郑成功收复台湾的计划，只是内部对此看法有分歧。有些人认为郑成功收复台湾的可能性不大，有些人则认为应该防御。在台湾的荷兰长官揆一要求巴达维亚总部应该给他足够的军事增援，但是巴达维亚的总督没有予以足够的重视。4月2日至5日郑成功军队与荷兰军队激战以后，6日赤嵌的普罗民遮城荷兰守将万伦坦（Jacobus Valcutyn）弹尽粮绝，向郑成功投降。郑成功同时派人前往热兰遮城，谕令揆一投降，答应保证他的安全。揆一犹豫不决，召开紧急会议，大多数人觉得郑成功的军队声势浩大，难以抵挡，应该议和。另一些人则希望保住热兰遮城，向郑成功输纳贡赋。于是双方继续对峙。虽然巴达维亚有一部分援军到达，但是没有办法为热兰遮城的荷兰军队解围。
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1662年1月至2月，热兰遮城的荷兰守军已经弹尽粮绝，郑成功的军队发动了一次总攻击，荷兰军队死伤惨重，只剩下600名士兵以及300名伤病员。郑成功再派使者入城劝降。荷兰长官揆一知道大势已去，终于同意有条件地投降。2月1日荷兰殖民者与郑成功军队开始谈判，10日达成了一个对荷兰人来说比较体面的投降协议，总计18款。主要内容如下：（一）停止一切军事敌对行为；（二）热兰遮城及其附郭所有的炮台、碉堡等军事设施，以及重炮、火药、战具和公司所有的粮食、商品、金钱等一切财产，都交给郑成功军队；（三）荷兰人从中国台湾地区退回到巴达维亚途中所需的米、面粉、酒、酱、醋、绳索、帆布、锭、沥青、火药、枪弹、导火索以及船中所有必需物品都可以经过报备以后装船运走；（四）荷兰人的一切私人财产都可以带走；（五）除了第三、四条所述的物品以外，东印度公司的评议员28人每人可以携带荷兰货币200力克斯（Rijsdaalders），其他高级市民20人共计可以携带1000力克斯；（六）荷兰军队在经过检查以后，可以武装列队，在总督的指挥之下登船离开中国台湾地区；（七）荷兰方面将公司的债权和债务列项造册，移交郑成功军队处理；（八）所有东印度公司的公文、账册以及档案，可以由荷兰人带到巴达维亚；（九）郑成功军队将在8日至10日内释放荷兰东印度公司所属的官员、平民、妇女、奴隶和在台湾期间其他的被俘者，在大陆的被俘者也要尽速释放，其他在台湾未受监禁的荷兰人，也都允许安然离开；（十）郑成功军队需还所俘获的4艘荷兰船只以及所有一切附属品；（十一）郑成功军队将准备充足的小船，将当地荷兰居民以及财物迅速送至东印度公司的船舶；（十二）荷兰人留居中国台湾地区期间的蔬菜、牛羊肉以及其他生活必需品，郑成功方面以相当的价格，每天都供应给他们；（十三）荷兰人在等候船只滞留陆上期间，郑成功的士兵以及中国台湾地区人民，非为荷兰人服务者，不得任意进入城堡或者接近郑成功军队所立的栅栏；（十四）荷兰军队撤退以前，不得悬挂白旗以外的任何旗帜；（十五）看守仓库的荷兰人员，仍然得以在其官民以及财物上船以后，留驻三四日于城内，然后登船；（十六）该约按照惯例，一经双方签字立誓以后，双方各派遣二人赴对方以为人质，直至该约各项完全履行完毕为止；（十七）目前监禁在城堡内的中国人俘虏，应该与郑成功军队中所拘禁的荷兰人俘虏相交换；（十八）该约如果有疑义，则由双方临时协议，务期圆满解决。12日，荷兰人退出了热兰遮城。荷兰人于1624年侵占中国台湾地区，于1662年被逐出，由此结束了长达38年的对中国台湾地区的侵占，台湾终于回到了祖国的怀抱。揆一在回到巴达维亚以后一度被囚禁，至1674年始获自由。1675年，有一本题名为《被忽略的台湾》的书籍在阿姆斯特丹刊行，该书作者署名为C.E.S，学者们相信可能就是拉丁文Coyett et socii（揆一及其同事们）的缩写。该书叙述荷兰人在中国台湾地区的殖民统治、郑成功军队在未收复台湾以前的情势，进而详细叙述郑成功军队收复台湾的经过。书中引述了多种原始文献，认为荷兰人在中国台湾地区的失败不应归咎于揆一一人的身上，公司长期以来一直忽略在台湾的防守乃是主要的原因。甘为霖牧师（Rev. William Campbell）编写的《荷兰人统治下的台湾》（Formosa under the Dutch ）一书的第三部就是这本书的大部分的英译，学者称便。
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在整个17世纪，荷兰东印度公司与英国东印度公司一直在与中国澳门地区的葡萄牙人以及马尼拉的西班牙人争夺与中国人贸易的商机。1644年清兵入关以及先前的大规模的农民起义，都使得中国的内陆特别是东南沿海地区的经济与对外贸易遭到严重破坏。在清朝建立以后不久，又在1678年至1682年爆发了“三藩之乱”。直到1683年，康熙皇帝才最后平定了叛乱。从那时起，清帝国进入了一个全面繁荣和平的时代。此时，清朝加开广州以北的福州、厦门、宁波为通商口岸，于是荷兰人与英国人都从中得益。荷兰东印度公司并没有像英国东印度公司那样与中国人建立常规的贸易联系。英国人经过多年的尝试，终于在1701年在广州初步建立了与中国人的贸易联系。荷兰东印度公司在1662年至1690年一直努力地想在中国大陆建立多个有利可图的商站，但是这种努力失败了。于是，荷兰人只能每年从浙江、福建和广东各省驶往巴达维亚的中国人的平底船上获得中国的商品，或与中国澳门地区的葡萄牙人交易。在科恩指挥荷兰舰队纵横南中国海域的17世纪20年代，他鼓励中国的商人、手工业者以及移民到巴达维亚垦殖。他的后继的历任总督也能够比较宽容地对待中国人。但是到了1690年，中国人在当地的数量已经大大增加，于是引起了巴达维亚殖民地当局的警觉，他们开始严厉地对待中国人并且限制来自中国的移民。
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由于巴达维亚当局与“17绅士”的看法不同，直到1728年至1734年，荷兰人才通过广州与中国人建立了直接的和固定的贸易联系。荷兰人从中国进口的货物主要有茶叶、丝绸和瓷器。荷兰的船只有时被称为“茶船”，荷兰人则用刻有东印度公司“VOA”印章的银币购买中国的货物。还有一些人想在中国设立荷兰东印度公司中国分公司，订购茶叶以及外销瓷器。最普通的中国出口瓷器就是被称为“粉彩”（famille-rose）的食用瓷器皿。出口到欧洲市场的外销瓷器还要根据欧洲的王室、贵族家族甚至一般平民的要求的图案制作生产。在博克塞的《荷兰东印度公司的战争与和平（1602—1799）》一书中有一幅配图，是一件当时中国的外销瓷，上面描绘了一名天主教方济各会士的不雅场景，很可能这件瓷器是根据一名热忱的加尔文派教士的要求定制的。
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无论是荷兰人、英国人、法国人、奥斯坦德人、斯堪的纳维亚人或者是西班牙人，在广州与中国人进行直接交易的时候都使用白银。另一方面，荷兰人在巴达维亚采购中国平底船上的货物的时候，可以用胡椒以物易物。1734年，荷兰人正式开始在巴达维亚与广州之间进行直接的贸易。尽管荷兰人与中国人建立贸易联系的时间处在荷兰东印度公司的黄金时代，但是这一时期英国人主宰了广州的对外贸易，并且在以后很长一段时间里一直处于主导地位。值得注意的是，在英国于1784年公布“折抵法案”（Pitt’s Commutation）以前，泽兰省一直在从当地将中国的茶叶走私进入英国，这是荷兰的投资者从事的一种与中国贸易有关的副业。
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占领马六甲以及封锁海峡 1633年以后，荷兰人加紧了对于马六甲的封锁与围困，使得葡萄牙人在马六甲的处境变得越来越困难，因为荷兰人对这个港口的封锁越来越紧，葡萄牙的船必须克服重重困难才能进出港口，马六甲的贸易更是陷于瘫痪状态。果阿的葡属印度政府虽然了解马六甲在战略地位上的重要性，可是无力援助。当时马六甲食品匮乏，给养不济。荷兰驻巴达维亚总督迪曼断定出击的时机已到。1640年6月，一支由1400人组成的远征军开抵马六甲，与一支规模相当的由柔佛王国派来的同盟军会合，他们严密地包围了马六甲，经过6个月的战斗，葡萄牙人虽英勇抵抗，但一年后即1641年1月14日马六甲城及要塞终于被荷兰军队攻克。荷兰军队也付出了上千人阵亡的代价。当时，亚洲各地的葡萄牙人不相信马六甲坚固的要塞真的会被攻陷，有谣言说该船的陷落是因为葡萄牙总督科蒂尼奥（Manuel de Sousa Coutinho）接受了敌人的贿赂。他本人在要塞陷落后不久去世。荷兰人在占领了马六甲以后，致力于与当地人修复关系并恢复与邻近地区的贸易，因此他们要求当地的葡萄牙人居民留下，参加城市的管理，只要他们宣誓效忠荷兰人即可。但是，一部分富有的葡萄牙人，特别是葡萄牙的神职人员还是选择离开，他们最后大部分都去了印度果阿和南方的科罗曼德尔海岸。只有一些葡萄牙人与马来人结婚所生的混血儿后裔选择留下。
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从那时起，荷兰人就以马六甲为中心，伏击和拦截往返于果阿和中国澳门地区之间的穿越海峡的葡萄牙船只，使得果阿与中国澳门地区之间的贸易和军事联系变得困难重重。如1642年6月20日，一艘从果阿驶往澳门的船只在马六甲以北的海域被荷兰人截获，有价值6732荷兰盾的货物落入荷兰人手中。1643年6月，一艘由科钦驶往中国澳门地区的葡萄牙船只又在马六甲附近被荷兰人截获。随着马六甲的沦陷，东亚的要冲落入荷兰人手中，葡萄牙人在澳门这个孤零零的殖民地变得比以往任何时候都更加孤立无援。葡萄牙人则拼命反抗，1643年5月，他们也扣押了一艘驶往印度西海岸的荷兰船只，没收了价值435439余荷兰盾的波斯丝绸，由此迫使荷兰人改变了其对葡萄牙船只的处理办法。葡萄牙人还利用英国人的船只运载货物。1644年，至少有3艘英国船只从苏拉特和果阿经马六甲驶往澳门和马尼拉，并从马尼拉折回。以至马六甲的荷兰总督抱怨说：“利用这种走私，果阿和（中国）澳门（地区）的葡萄牙人想要什么都能够得到。”1644年11月10日，荷属印度的正选议员梅祖依以及葡萄牙的果阿总督梅内塞斯在果阿签订条约，葡萄牙人释放扣押的荷兰的船只和船员，荷兰人则释放1643年2月22日以后所有的葡萄牙人俘虏并归还货物。条约于1645年1月25日在果阿公布，双方正式休战（1645—1652）。在此期间，中国澳门地区与果阿之间的航运有所恢复。不过，荷兰人对于过往的船只仍然做出了限制，如第六款规定葡萄牙人不得染指荷兰人与原住统治者订立的有垄断条约的地区，第七款规定葡萄牙船只须在荷兰人事先知道的情况下才可以去马六甲等港口。葡萄牙船只经过马六甲海峡必须付通行费，如1646年1月，有8艘碇泊在马六甲的船只每船交中国黄金4条，王家船只免交。由此，从中国澳门地区到马六甲再到果阿的船只有所增加，根据张廷茂教授对于1645—1651年往返于中国澳门地区与马六甲之间的葡萄牙船只数量的统计，从中国澳门地区至马六甲共有18艘，从马六甲至澳门共有17艘。不过这些船只载货严重不足（主要是因为广州一带由于清兵杀戮连年战祸），无法恢复到以前的水平。
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荷兰海洋帝国史：1581-1800 [:1706342535]
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荷兰海洋帝国史：1581-1800 五、荷兰-日本贸易的开辟与维持
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由于荷兰人的封锁和拦截，自17世纪20年代后期，葡萄牙人统治下的中国澳门地区与日本长崎的贸易一直在下降，在过去的大半个世纪里，澳门一直依赖于与长崎的贸易维持其繁荣地位，现在这种贸易越来越岌岌可危。其固然是因为日本幕府以怀疑的态度看待在葡萄牙势力扶植下的天主教会势力的壮大，另一方面也是因为在日本的荷兰人利用这一形势来削弱和破坏葡萄牙人在日本残存的利益。
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早在17世纪初年荷兰人已经致力于与日本人建立贸易关系。1598年，有22艘荷兰船只驶往远东，1600年4月19日，其中有一艘由雅各布·奎克内克（Jacob Quaeckerneck）舰长率领的“仁慈号”（de Liefde，or Charity），由英国人威廉·亚当斯（William Adams）引航，该船因为被风暴吹离航线，驶抵日本九州的丰后国，虽然当地的葡萄牙人和耶稣会士极不情愿荷兰人的到来，但是荷兰人还是成功地在当地逗留了一段时间。由于船长病重，所以由亚当斯作为代表去大阪觐见了德川家康，这次觐见对于荷兰人以后在日本的立足有重要的影响。德川家康第一次知道欧洲除了“南蛮”（葡萄牙人）以外还有荷兰人与英国人，而且后者信奉不同于天主教的新教。日本人允许荷兰人在当地定居下来，亚当斯也被授予大名的头衔，并且在靠近横须贺的一个地方被赐予一块小小的封地。1601年，当另一支荷兰舰队回到自己祖国的时候，他们把听到的关于荷兰人在日本的消息向鹿特丹当局做了报告。另外，有一艘荷兰的舰船在加里曼丹岛遇到了一艘日本的“朱印船”，后者的葡萄牙领航员也告诉他们在日本已经有荷兰人居住下来的消息。在日本的亚当斯一直希望德川家康让他离开日本回到欧洲，但是一直没有获得准许。
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当亚当斯和那些荷兰人居住在日本的时候，他们祖国的同伴正在积极地发展与东印度的贸易。林斯霍顿在他的著作中描绘了葡萄牙人在东方的贸易，特别提到中国澳门地区与长崎之间的葡萄牙-日本贸易是非常容易赚钱的，这使得许多阿姆斯特丹的荷兰商人垂涎欲滴。如上文所述，在奥登巴恩维尔特的支持下，1605年，荷兰人占领了安汶岛、特尔纳特岛以及蒂多雷岛，这使得荷兰人获得了久已渴望进入的香料群岛，荷兰人还在爪哇的万丹岛建立了商站。1605年，奎克内克再度率领“仁慈号”来到日本的平户，他得到了德川家康颁发的“朱印状”，即获得允许与日本通商。1607年9月，荷兰海军上将维霍芬（Pieter Williamsz Verhoeven）率领一支由13艘舰船、1900名官兵以及377门大炮的庞大舰队前往远东。出发以前，他接到荷兰政府的指令，要求他至少必须派遣一艘船只前往日本通聘。舰队到达远东以后，他任命布罗克（Abraham van den Broeck）和普克（Nicolas Puyck）为商务使团团长，派遣他们于1609年7月率领两艘舰船“带箭的红狮号”（Roode Leeuw met Pijlen，or Red Lion with Arrow）以及“狮身鹰首兽号”（Griffoen，Griffin）前往平户，这两艘船带来的货物远远不及葡萄牙大帆船，但是他们得到德川幕府很客气的接待，幕府告诉他们日本的对外贸易是向所有的国家开放的。当时亚当斯担任使团的译员，在使团后来写的报告中说他得到日本幕府的高度信任。从伊比利亚方面得到的消息也证实了这一点，似乎亚当斯已经取代了著名的葡萄牙耶稣会士陆若汉（João Rodriguez Tçuzzu）的地位，不久以后，后者就被驱逐前往澳门了（亚当斯是一位非常圆滑的英国人，他极力为荷兰人服务，也为自己的祖国英国提供情报；在一段时间里他与葡萄牙和西班牙的传教士也维持良好的关系。但是据博克塞说，在他的晚年，其思想倾向中的反天主教色彩是非常浓厚的）。荷兰的使团还带了奥伦治莫里斯亲王致德川家康的一封信，请求获得允许在平户建立一个永久的商站。在当地大名的引见之下，他们觐见了德川家康，呈上了亲王的信件。他们向德川幕府的官员再度解释，荷兰是从信奉天主教的西班牙人和葡萄牙人统治下获得解放的国家，幕府官员获得的印象是，荷兰似乎不是一个基督教国家，至少不是一个像葡萄牙或西班牙那样的天主教国家。就这一年秋天，由雅克·斯佩科斯（Jacques Specx）担任馆长的平户荷兰商馆成立，荷兰得以与日本建立正式的通商贸易关系。不过，按照羽田正的说法，这个商站在一开始的功能与其说是贸易，反倒是更像军事基地。当时荷兰东印度公司正与葡萄牙人、西班牙人以及英国人争夺出产优质香料的摩鹿加群岛的权益，所以荷兰东印度公司从平户把粮食、武器、木材、石材以及日本的雇佣兵运往东南亚。此外，平户也位于荷兰人攻击航行于澳门与长崎海上贸易航线上的葡萄牙船只的最佳位置。
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荷兰东印度公司当时在亚洲贸易的主要目标之一是购买白银，因为荷兰与西班牙在欧洲的战争使得西班牙流入荷兰各港口的白银变得少了，在阿姆斯特丹，白银的价格提高了。而在这段时间，东印度公司在亚洲的军事以及贸易的力量有着显著的增长，于是，科恩等荷兰在远东的总督和将军就将注意力集中在日本、中国以及菲律宾等地，寻求白银和其他可以增值的商品，因为这些地方之间有相互联系的贸易网络。荷兰将日本作为一个除了西班牙以外可以获得白银的贸易国度，但是，在1609年荷兰虽然开辟了与日本的贸易联系，但直到17世纪20年代的早期，仍然没有掌握从中国出口到日本的主要货品即丝绸，在1622年的时候，从中国进入日本的丝绸仍然掌握在葡萄牙人的手中，荷兰人从日本运往巴达维亚的白银数量也很少。但是荷兰怀有很大的野心，要发展与日本的贸易，并在此过程中排斥英国人特别是葡萄牙人等竞争对手，他们想方设法增加日本幕府当局对于葡萄牙人和西班牙人在日本传播天主教的恶感。渐渐地，荷兰在日本的外交策略取得了明显的成功，1623年，英国人关闭了他们在日本的商站，次年，西班牙人也被驱逐出日本。17世纪20年代，荷兰东印度公司在中国台湾地区设立了商站，确立了以日本出产的白银换取中国的生丝的中介贸易机制。到了30年代，荷兰东印度公司从平户开出的商船，也前往巴达维亚、暹罗、交趾、柬埔寨以及东京（越南东北部）等地进行贸易，将各地的土产带往日本。
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随着时间的推移，荷兰人在日本最大的竞争对手葡萄牙人发现他们在日本的地位越发显得岌岌可危，其中很重要的原因就是德川幕府极度担忧葡萄牙人在日本传播天主教，而葡萄牙人则执意将天主教的传播与贸易联系起来，这就形成了双方不可避免的冲突。早在16世纪下半叶丰臣秀吉统治后期，日本幕府的反天主教会的立场已经十分明显。1587年7月25日，丰臣秀吉颁布《伴天连追放令》，宣布天主教为“邪法”，与作为“神国”的日本格格不入，该谕令宣布外国神父在20天以后必须回国，但是同时日本当局也没有禁止与葡萄牙人通商。虽然这个命令并没有强迫日本天主教徒改宗，也没有正式禁止与澳门的葡萄牙人通商，但是不久，对于天主教的查禁日趋严厉，丰臣秀吉下令收缴军队中的十字架、念珠和圣物盒，没收大阪、堺、京都的传教士住所，没收长崎、浦上的教会领地，捣毁基督徒大名大村纯忠和有马晴信等奉教大名领地上的教堂，对于基督徒的镇压变得严酷起来。1596年发生了西班牙船只“圣菲利普号”（San Felipe）事件。该船在当年7月从马尼拉驶向阿卡普科，10月19日在遇到风暴以后进入土佐藩港口修理，丰臣秀吉接到报告以后派增田长盛前往处理，准备按例收缴船上价值150万佩索的货物。那位船长为避免厄运，竟然愚蠢地向日本官员炫耀西班牙广阔的领地，并声称西班牙人扩张总是先派传教士前去归化原住民，然后再派军队，里应外合，占领该地。这种说法引发了日本统治者心底的担忧。丰臣秀吉于同年12月8日再度发布禁教令，由于当时继耶稣会以后进入日本京都的方济各会非常活跃，引起日本反教人士的不满和反感。京都奉行下令逮捕以方济各会士巴蒂士塔（Pedro Bautista）为首的一批方济各会士及其信徒。1598年2月5日，日本幕府在长崎西坂的山丘之上杀害了26名天主教会的教士以及日本基督徒。据称，当时有数千名长崎群众目睹了他们被杀害的场面。1614年，德川幕府再度颁布禁教令，1616年9月，第二代幕府将军德川秀光再度重申1614年的禁令。这一年，又有一批传教士遇害。1名多明我会副省会长以及1名奥斯定会士自愿选择受死。在1622年的“长崎大殉教”事件中，有30名基督徒被砍头，另外有25人被烧死，其中有8名多明我会士、4名耶稣会士、3名方济各会士以及20名修士。据博克塞根据外国传教士的书信统计，1614年至1622年被害的日本天主教徒人数逐年依次为：1614年63名，1615年13名，1616年13名，1617年20名，1618年68名，1619年88名，1620年17名，1621年20名，1622年132名。他还认为这个数字远远低于实际的人数。
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早在1592年，德川幕府将长崎改为直辖的城市，派长崎奉行驻扎在长崎。第一任长崎奉行为寺泽志摩，他将官邸设在本博多町。同年制定“朱印船”制度，提倡海外贸易，当时持有“朱印状”的日本船只到达过中国台湾地区，还有吕宋、婆罗洲、马来半岛、安南、暹罗。他们输入的商品以生丝和丝织品为主，还有鹿皮、鲛皮、苏木和砂糖；输出品则有铜、铁、硫磺、扇子和描金画等。当时的日本统治者，还抱有将传教与贸易尽量分开处理的想法。而在日本的耶稣会士，也利用了日本统治者的这种想法，十分低调地在日本展开传教和巩固信徒信仰的活动，到了1605年，日本境内天主教徒的人数竟然达到70万之众。这不能不再度引起幕府以及其他反天主教的社会人士的关注和警惕。
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正是在这样的情形之下，澳门葡萄牙人尽一切可能极力维持与日本断断续续的贸易联系。面对荷兰人的海上军事优势，葡萄牙人只得放弃了行动缓慢的大帆船，使用荷兰人不能完全拦截的小型快速的运输船。同时，荷兰人处心积虑地减损和危害葡萄牙人在日本的利益和影响。1619年，荷兰人交给日本当局一封由一名叫若热（Domingos Jorge）的葡萄牙基督徒所写的信，此人为侨居日本的葡萄牙人的首领，信中说要联合葡萄牙人共同颠覆日本帝国，还提到需要西班牙国王提供战舰和士兵，并列出了参与阴谋的日本藩主的姓名。荷兰人声称他们是在好望角附近俘获的葡船上找到这封信的。若热因此被斩首。事实上，关于此信的来历大可怀疑，但是它肯定促使了日本幕府下决定禁教。17世纪30年代，幕府禁止“朱印船”以外的船只与人员航行海外，在海外侨居超过五年的日本人，禁止回国；1635年，禁止一切日本船只与人员回国，违者处死。
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最后，在1637年，终于爆发了由于德川幕府禁教政策以及九州大名的残酷的剥削与压迫引发的日本天主教徒规模巨大的岛原之乱（Shimabara Rebellion，1637.12.11—1638.4.12），日本幕府和九州大名调动十余万军队，并要求荷兰人在海上用重炮轰击起义的中心原城，才将起义镇压下去。这一重要历史事件引起日本德川幕府统治者的深深的疑虑，并最终导致长达95年葡萄牙-日本贸易终结的直接原因。日本的统治者认为岛原的信奉天主教居民理所当然是受到某种外国势力（特别是葡萄牙人）的支持的。实际上当时澳门葡萄牙人的议事会已经想尽一切办法严禁天主教的传教士搭乘葡萄牙的商船，以免给日本当局以口实，在岛原城中也没有任何外国传教士。但是在日本当局看来，与马尼拉的贸易在25年前已经被禁止，“朱印船”后来也被取缔，中国人与荷兰人是不可能与日本天主教徒合作的，那么剩下的只有长崎与澳门的葡萄牙人之间的贸易。所以，在1638年，日本的德川幕府统治者下决心最后关闭葡萄牙与日本之间的贸易，并禁止日本人民出海，驱逐所有在日本的葡萄牙人。
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1638年，还有葡萄牙船只来到日本，但是，当1639年舰长阿尔梅达（Vasco Palha de Almeida）率领两艘船只来到长崎的时候，日本政府已不再让他进行贸易，日本人交给他一份签署于同年7月5日谕令的抄本，指示立即永久地关闭澳门的葡萄牙人和长崎之间的贸易，如果葡萄牙人再来长崎，就要被处死。日本幕府列举的理由有三条：（1）葡萄牙船只用于偷运传教士，故意违反禁教令；（2）葡萄牙人的船只用来运输给传教士的给养；（3）葡萄牙船只为“岛原之乱”的信奉天主教的农民提供人员和金钱的帮助。日本幕府命令葡萄牙船只必须在顺风的情形之下离开，在其停泊港口期间不允许任何人登岸，以等待东北季风的来临。日本人在口头上和书面上通知葡萄牙，禁止任何葡萄牙人再来日本贸易，否则处以死刑，并将通知传达给果阿和澳门的葡萄牙人。在阿尔梅达舰长带回这个对于澳门的葡萄牙人来说是致命的消息以后，澳门的葡萄牙人还是极力挽回局面，因为与日本的贸易对于他们的生存实在是太重要了。1640年3月13日，澳门的葡萄牙人议事厅决定派遣一个庞大的使团前往日本，恳请日本当局重新开启贸易。使团于6月22日出发，7月6日驶进长崎港口。他们立即被日本人带去审问。8月2日，长崎奉行召集全体使团成员，宣读了日本的决定：由于葡萄牙人利用贸易资助天主教的传教活动，幕府已经禁止澳门的葡萄牙人与日本的贸易，违者处死。此前已经将日本的禁令明确告知澳门的葡萄牙人，故此次使葡萄牙人的再访日本是违反了禁令，日本当局不能将来访的葡萄牙人视为使者，只能视为违反禁令的罪犯，日本当局将从这些葡萄牙人中选出13人，命他们将消息带回澳门，其他的人在8月3日早上被带到位于长崎港口的处死天主教徒的“致命山”，使团成员被分为三组，一组为使团领袖以及葡萄牙人和西班牙人，一组为其他被判死刑的人，余下的13人为一组站在一边高处的山上，他们将会回到澳门，将此消息带给在澳门的葡萄牙人。在众多观众的注视下，63名葡萄牙人被杀害了。他们碇泊在长崎港口的大船也被焚毁了，剩下的13人被释放，乘小船于9月1日离开长崎，一路漂流，于当月20日回到澳门，报告这一不幸的消息。
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随着德川家族出于政治和宗教的目的禁止与葡萄牙人贸易并查禁天主教，整个欧洲与日本的贸易便逐渐被荷兰人垄断了。从根本上来说，德川幕府与荷兰人进行贸易的最大的益处就在于荷兰的商船不会带来天主教的传教士，同时又能够与获得来自东南亚的商品。羽田正教授指出另一个重要的原因就是荷兰人对于日本人的那种恭顺的态度。荷兰人严格遵守不向日本人输出武器的规定；1628年，在中国台湾地区的东印度公司商站企图向日本的“朱印船”征收关税，双方发生纠纷与冲突，荷兰人后来把驻中国台湾地区商站的站长带往平户交给日本当局处理。1633年以后，平户商站的站长总是定期前往江户拜谒幕府的将军，表达他们被获准在日本从事贸易的谢意。在“岛原之乱”时，荷兰人受德川幕府的邀请，把船驶往有明海，向叛乱军队的最后据点原城发射了一些炮弹。1637年，在荷兰东印度公司在远东的总贸易额中，平户商站所占据的利润已经高达70%，所以，在日本的荷兰人必须忍耐和屈尊。1640年，日本当局命令荷兰人拆除刚刚在前一年建设完成的石头建造的仓库，荷兰人立即照办。1641年幕府命令荷兰人将商站从平户搬迁至长崎的“出岛”，荷兰人也毫无异议地立即执行。当时荷兰人在东亚的许多地区都不是这样卑微地行事的，他们在南中国海经常劫掠中国人的船只，充当海盗的角色，在东南亚也经常以暴烈的手段攫取香料贸易的权益，这与他们在日本的行为形成鲜明的对比。
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由此，日本进入了所谓“锁国”时期。日本历史学家坂本太郎指出：“有关锁国的利弊，历来议论纷纷，但它确实是加强和巩固了幕府封建统治的有效政策，长达二百余年的江户时代，能在国内保持和平，幕府政权得以维持，锁国无疑是一个有力的措施。在经济方面，国内产业得以发展，在文化方面，日本独特的文化得以昌盛等，可以说都是由于锁国的影响。但是，在另一方面，它缩小了人民刚刚开始的、面向世界的眼光，扼杀了不断探索的精神，妨碍了欧洲近代合理精神（理性主义）在日本的传播与成长。这对于整个日本历史的发展来说，不能算是值得庆幸的事。然而幕府并没有认识到这一点，所以它难免要受到只是为了维护自己政权而愚弄人民，阻止文化发展等谴责。这毕竟是武家专制政治发展的必然结果，换言之，它是武力统治对于文化专制的胜利，是封建统治实现了对于自由思想的彻底压迫，进而也开辟了国粹主义压制国际主义的道路（有关认识还可以参见和计哲郎《锁国——日本的悲剧》，1950年，筑摩书房出版。作者认为近代日本人民缺乏理性和科学精神，根源在于锁国。见坂本太郎著、汪向荣、武寅和韩铁英等译：《日本史》，第288页）。