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1636年10月25日，约翰·莫里斯率领舰队从特塞尔启航，他没有等齐全部的舰队，只率领了4艘战舰去了巴西。1637年1月23日，他的舰队在累西腓登陆。当他第一眼看见巴西的时候，就立即爱上了这块在热带的新世界的土地。当时，他的最大的困难就是要解决欧洲雇佣军驻军的军需供应问题。当地有3000名白人士兵、1000名海员以及1000名与荷兰人友善的印第安人。当时东印度公司的白人雇佣兵都是北欧人，他们所需的物资远远要高于那些贫穷的南欧国家如葡萄牙以及意大利。这些雇佣军没有金钱的供应就会闹哗变，莫里斯将军队开到海边，从海上的舰队中得到充裕的军需供应，然后他率领荷兰士兵前往哗变的地方镇压那些叛乱者。2月18日，他向叛乱的雇佣军发起攻击，杀死了叛军的头目。莫里斯还在佩内多（Penedo）建立了一座以他的名字命名的要塞，这里距离河口有18公里。约翰·莫里斯迅速地恢复当地的秩序，一些最具破坏力的抵抗者被逮捕并押送回荷兰。他还指派地区法官以及法警处理当地的民事案件，改善当地的治安。这些清剿活动使得荷兰人消灭了伯南布哥境内的敌人，莫里斯也没有追击他们。他在给国内的报告中还指出，宽阔的圣弗朗西斯科河流是葡萄牙人和荷兰人在巴西自然的边界。现在，整个伯南布哥境内的叛军都被清除了，后者撤退到了塞尔吉佩（Sergipe），莫里斯也没有乘胜追击，他更没有进攻巴伊亚的计划，因为这需要大量的军队、武器弹药以及物资补给，这是他办不到的。他在给奥伦治亲王的信中明确地表示，自己对于已经取得的成果的满意。他认为宽阔的圣弗朗西斯河就是葡萄牙人与荷属巴西之间自然的边界。
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约翰·莫里斯在巴西的时间越长，就越喜欢这片土地。他在佩内多写给奥伦治亲王的信中强调这是一片肥沃丰饶的地方：“我不认为有任何地方比这里更加温润和气温适宜。在一般情况之下，白天行军时感到的炎热不会比晚上感受到的阴凉更加强烈，尽管有时晚上也会有一点哆嗦。广大的平原被流动的小溪以及从容不迫绵延超过10公里的河流浇灌着，到处都可以看到500头、5000头或者7000头放牧的牛群。我非常惊讶地看着这一切，简直不相信自己的眼睛。这片土地除了需要有居民居住和呼唤殖民者来到这荒野以外不需要任何别的东西。我写信给‘19绅士’要求将那些从德意志被赶出他们的祖国并被剥夺财产以后来到荷兰避难的白人送到我们这里来，他们会发现自己生活在一个温和的统治之下的美好国度。我向阁下您提出同样的看法，希望得到您的同情和理解，要是没有殖民者来到的话，这片土地对于公司来说是毫无用处的。如果这个计划不能够继续进行下去，我希望阿姆斯特丹打开它的囚犯工厂并且释放大帆船上的奴隶，让他们能够用鹤嘴锄耕犁这里的土地，他们以前的恶行就能够得到体面的补赎，由此他们也能够证明自己是对联邦国家有用的而非有害的人。”
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法朗兹·波斯特（Frans Post，1612—1680）《伯南布哥风光》，作于1637—1664年间
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在结束4月雨季的征战回到累西腓以后，莫里斯发现百废待兴，要做的事情很多。起初，当他不在累西腓去南方的时候，曾经安排三位文官处理行政管理事务。他回来以后，则继续让他们行使自己的职权。当时的累西腓处于经济繁荣和萧条交互出现的时期，社会状况很不稳定。有大批冒险家与声名狼藉之徒混迹于此，也不乏令人尊敬的和有开拓精神的商人来到此地；在西印度公司的雇佣兵中也有一些人在放假的时候偷盗和抢劫；还有许多已经宣布服从入侵的荷兰人的葡萄牙人居民并非十分忠诚或者两头观望。那些从荷兰省和泽兰省来到巴西的严格的加尔文派教会的牧师则急于皈化当地的居民信仰新教。莫里斯的前任抱怨说，当时的累西腓简直就是荷兰各种社会渣滓聚集的垃圾桶。更有甚者，尽管从总体上来说西印度公司给雇员的工资要超过东印度公司，但是低级职员常常领不到工资。累西腓的房价从5000至14000弗罗林不等，租金则是阿姆斯特丹的六倍，而每月低级雇员的薪水大约60弗罗林。贿赂和腐败的现象充斥各处，这种社会现象在许多殖民地城市如果阿、巴达维亚、哈瓦那以及孟买是如出一辙的。
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约翰·莫里斯很快就明白，他必须竭尽全力，力挽狂澜。他必须迅速恢复社会秩序以及军队的纪律。那些最严重的违反纪律的人用大船装载运送回国，以免后患。他指定地方法官以及警吏来处理一些较小的案件。司法部门则进行了彻底的检查和改进。当地的葡萄牙人必须服从罗马-荷兰式的大陆法，同时按照联省共和国的法律保护他们享有与共和国臣民同样平等的权利，履行同样的义务，征收同样的赋税。所有的定居者都要向公司的法规宣誓效忠并允许配枪保护自己免受匪徒的袭击。莫里斯还允许定居者重新占领奥林达重建他们的家园。他还正式向定居者保证满足他们最主要的关切，那就是在议会里一星期拨出两天倾听他们的诉求。尽管有的时候在食物分配上有不公平的时候，他还是规定了公司文职人员以及雇员固定的食物份额。公司要放弃所有的废弃的甘蔗磨坊，拍卖给最高的竞标者，可以用蔗糖和现金支付长期的贷款。尽管如此，有些钱款直至1645年葡萄牙人叛乱时仍然没有付清。但是这项措施还是从商业上刺激了殖民地蔗糖业在1637年至1639年的发展，巩固了蔗糖业经济的基础。莫里斯还派出官员检查了所有的要塞，拆除了一些不必要的军事工程，加固和改进了一些必要的军事工程。莫里斯总督在整个荷属印度的社会改革还包括如下几个重要方面：
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一是累西腓的城市建设。莫里斯总督以极大的热忱关注累西腓的新的城市的建设，他通过巨大的努力，将这个城市建设成为荷属巴西真正的首府。他扩大了累西腓原有的城市规模，兴建了街道、道路和桥梁。他还在旧城附近建立了一所新的著名的城镇莫里斯塔德（Maurisstade），这片地方毗邻安东尼·瓦兹岛，后来此地发展成为现代累西腓城市的中心。莫里斯在这个地方建立了宽敞的政府行政中心，还建设了储量丰富的鸟舍、动物园和植物园，他还发展了自己在收集域外果蔬以及植物的兴趣，沉迷于大量收集这些域外出产品以及大量移植热带植物。他还建立了欧洲人在新大陆的第一座天文台和气象站，记录风雨运行的规律。他还设想在巴西建立一所大学，使得信奉新教的荷兰人以及信奉天主教的葡萄牙人都能够接受教育。不过，关于大学的计划一直停留在纸面上，并没有付诸实施。从那时起，累西腓逐步发展成为荷属巴西的首府。
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与荷兰人合作的天主教神父卡拉多（Fr. Manuel Calado do Salvador，1600—1654）曾经作了如下的记载：“这位拿骚的亲王全神贯注地关注于建设他的新城市，他引导定居者建造房子，他本人亲自仔细地测量绘图，设计街道的位置，以便让城市看上去更加美丽。他还在城市的中间挖出排水沟并筑起堤坝使之穿越城市，让河水通过闸门的入口处流入。户主或者定居者们使用的独木舟、小船以及驳船可以行驶在这条沟渠里，在一些地方上面还架设了木桥可以让人跨越这条沟渠，就像在荷兰的城市一样，于是这个岛屿就慢慢地完全被水环绕了。他还花费了许多克鲁扎多建立了政府的行政中心。他还在一片沙地以及贫瘠的荒野上种植植物建造花园，里面有巴西生长的各种各样的果树，还有一些果树是从许多不同的地方被带到这里的，另外还有许多果树是用驳船从外面的其他丰饶的果实累累的地方运来的，一起被带来的还有大量的肥料，他让这里成为最能够结出果实的丰饶之地。他还在这块地方种植了2000多棵从别的地方运来的椰子树，他要求户主们把这些树带过来，他们就用大车将这些树装运带过来了。他还为户主或定居者们建造了一些长长的和美丽的林荫大道，在另一些地方则建立了网格状的葡萄藤架子和种植了蔬菜和鲜花的花园苗圃，女士们和他的朋友们可以在这里度过他们的夏天的假日，享受和欣赏欢乐的交际聚会、野餐和宴饮，按照荷兰的习俗，他们还要演奏乐器。这位亲王喜欢每一个人都来欣赏他的奇珍异宝，他也乐于将这些珍品展示给他们看并解释给他们听。为了更加方便和舒适地居住，他离开了原来的房子，将政府的行政中心和大部分的家眷搬移到这里。”这位神父继续写道：“他（莫里斯）还将他所能够找到的鸟类和动物都带到这里；既然当地的定居者都知道他的兴趣和爱好，每个人就把他们能够在内陆找到的珍奇的鸟类和野兽都带给他。他将金刚鹦鹉、涉禽、野雉、珍珠鸡、鸭子、天鹅、孔雀和火鸡带到这里，还有大量的仓院鸡，不可计数的鸽子等。他还饲养老虎、雪豹、猿、松鼠猴、佛得角山羊、安哥拉羊、貘、野猪和大量的兔子；巴西几乎没有什么珍品他没有拥有的。当地的定居者都愿意将好东西赠送给他，因为他也善待他们。他们还帮助莫里斯建立了两个居住的地方，一个在威利伯格（Vrijburg），行政中心也在那个地方；另一个叫博·维斯塔（Boa Vista），在卡皮瓦里博河的河岸上。莫里斯经常在后一个地方待上数日，到处走走，欣赏田园的风光。定居者们赠送给他木材、砖块、瓦片以及灰泥，尽量帮助他建造房子。他也对定居者表示感谢，宽厚地对待葡萄牙人，使得他们感到有一位父辈在他们中间一样。这些葡萄牙人生活在当地，不感觉他们自己是被征服者或是囚犯。”
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二是维持葡萄牙与荷兰定居者之间的良好关系。约翰·莫里斯总督在巴西当地实行了比较开明的统治，他完全明白以宽容的态度对待当地的葡萄牙人（尤其是种植园主以及定居的葡萄牙户主），对于维持荷兰人在巴西的统治的重要性。同时，他也明白应当维持与荷兰定居者之间良好的沟通，要经常听取他们的意见。那时，在荷兰统治下的巴西，荷兰的定居者分为两种类型，第一种被称为“公务员”，他们是官员、士兵和加尔文派的牧师；第二种为“自由人”，是不同于上述类型的荷兰人，他们中的大多数人是来到巴西寻找新的生活的人，往往与贸易和其他经济活动有比较密切的关系。莫里斯维持葡萄牙人与荷兰定居者和平相处的策略和努力在一定程度上取得了成功，至少在表面上看是这样的。莫里斯在城市组成的代议制地方政府中的市政厅以及农村的乡村会议里吸收了荷兰人和巴西-葡萄牙人，尽管这两部分人总是存在分歧与争论，要他们全心全意地合作共事并非易事，但是这样的统治机构毕竟具有较为广泛的代表性。在社会经济方面，他极力避免单一经济带来的恶果，要让殖民地在食品供应上自给自足，他特别强调要种植除了甘蔗以外的其他的如树薯等农作物；他减去赋税并且允许给予种植园主比较宽松期限的贷款，让他们重建已经毁坏了的小磨坊和购买从安哥拉来的黑人奴隶；他也试图建立一种代议制的地方政府形式，通过建立城市的和乡村的议会让葡萄牙人以及荷兰的定居者或住户能够参与地方的管理，使得两个族群的殖民者能够全心全意地合作以及和谐共处，尽管他的努力并没有取得长久的成功。
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当莫里斯在1644年离开巴西的时候，他已经观察到伯南布哥当地的主要问题是荷兰的商人更加看重的是金钱和商品而非自己的生命，相比之下，葡萄牙人的定居者更加谦恭和有礼貌。他在另一个场合说大部分种植园主“像乔布一样贫穷，但是像布拉干萨那样傲慢”。他认为对于那些支持荷兰人的葡萄牙人应当在暗中给予帮助和鼓励，以免他们的同伴怀疑和抱怨。他强调在酷刑之下获得的证词是不可靠的，甚至完全以合法手段获得的证词也可能不可信。他强调维持卫戍部队严格训练的重要性，同时也及时支付他们军饷以及给他们吃好的食物。他的这些措施赢得了人们普遍的欢迎，当地的葡萄牙人称莫里斯为他们国家和人民最受欢迎的圣徒安东尼。
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三是实践居民在宗教信仰上的宽容的政策。这是莫里斯社会改革中非常引人注目的一个方面，也具有很重要的时代意义和前瞻性，开启了后来欧洲国家近代的政教分离的先河与模式，同时也在很大程度上维持了当时荷属巴西殖民地的社会稳定。在荷兰西印度公司原先于1624年、1630年以及1635年公布的特许状里对欧洲各国定居者已经在巴西的定居者作出庄严承诺，要保证和实现他们的良心自由，并对罗马天主教的信徒承诺允许他们有某种程度的践行自己宗教信仰以及举行弥撒崇拜的自由。但是这种让步被许多激进的加尔文牧师认为是不能接受的，特别是泽兰省的加尔文派牧师更是认为应该在荷兰人统治的巴西地区完全禁止或者至少严格限制所谓的“教宗主义者的迷信以及偶像崇拜”。但是莫里斯总督却在当时那种天主教徒和加尔文派信徒彼此都认为双方应该下地狱的时代，在巴西当地提倡宗教宽容的精神，让天主教徒和加尔文派以及其他宗派的新教徒能够和平共处，各自履行自己的宗教信条，不仅在信徒的良心上允许他们这样做，而且在外在的崇拜仪式上也允许他们按照各自宗派的礼仪践行。他个人对于伯南布哥的天主教神父以及修士表现出友好仁慈的态度。他甚至邀请愿意与荷兰人合作的天主教神父卡拉多居住在他的总督府里，当这位神父有礼貌地婉拒时，他坚持要卡拉多住得离他近一点的地方这样就可以经常见面。他还允许这位神父在他的总督府的大门里面的小房间里举行闭门的天主教弥撒。他虽然没有允许巴伊亚的葡萄牙天主教会主教派遣他的代表来到原先就居住在当地的葡萄牙人的定居者中间来主持宗教事务，但是他允许法国天主教会的卡普清会的会士来到荷兰人的殖民地中间，也允许罗马天主教会的教堂仍然举行宗教仪式以及组织宗教游行。他的这种开明的态度与本国的联省议会在1629年攻克登博斯以后执行的短视的宗教不宽容政策形成鲜明的对比，特别是使得当地的葡萄牙人居民的心中感到宽慰。那些法国的天主教卡普清会士来到当地以后，毫不留情地批评当地原先的天主教会中存在的无知与腐败现象，同时他们也承认欧洲白人居民中的天主教信仰并没有减弱。当时的天主教会人士给罗马的传信部学院写信说：“感谢天主，祂让这位统治这个国家的亲王（莫里斯）用心善良并且仁慈，他总是以好心鼓励我们，不仅不阻碍我们的计划，而去尽可能地帮助和推进我们的计划。他是一位无可置疑的崇敬所有自然美德的亲王，非常具有同情心，对所有的人都慷慨大方。他没有摧毁教堂，也没有以势不两立的态度威胁天主教徒。我们发现他仅仅缺乏的就是信仰的真光的照耀使他成为一个完美的人。”在1638年，有一位加尔文教派的监督写信抱怨说莫里斯总督“给予天主教会以极大的自由，甚至在一些完全无条件地向我们投降的地方也是如此”。加尔文派的牧师还抱怨说他允许葡萄牙天主教的僧侣和修士继续“居住在他们的有着回廊的修道院里，毫无阻碍地征收他们的赋税，还主持尼德兰人的婚礼”。他们请求莫里斯总督停止这样做，因为在联省共和国本国，天主教徒没有享受这么大的自由。
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莫里斯对于这些指责没有作出明确的反驳，他甚至在1644年的“政治证词”中对加尔文教派的牧师说了一些恭维的话，答应他们会适当地和及时地约束未经授权和批准的罗马天主教会教士的活动。但是事实上，他故意地不那么做，甚至或多或少地秘密支持卡拉多以及卡普清会士的活动。因此，在莫里斯治理荷属巴西期间，加尔文派牧师中对他的抱怨的声音就从来也没有终止过。他管辖下的荷属巴西殖民地政府表面上一直答应要对当地的天主教会的教士采取严厉措施，但事实上什么事情也没有做。只有在1640年的时候发生了一件事情，莫里斯允许葡萄牙人定居者在奥林达重建一座已经毁弃的小教堂，尽管他们在当地已经有了一座教堂和两座修道院。在重建工作结束以后，加尔文派的牧师强迫把这座建筑物给新教徒使用，一些殖民地政府的官员对此加以默许。由此，在欧洲的三十年战争宗教冲突特别激烈的时代，在荷属巴西人口中占绝大部分的天主教徒居然能够自由地信奉天主教信仰，在以前非常活跃的葡萄牙天主教的方济各会、加尔默罗会和本笃会依然可以维持各自修会的宗教活动。
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莫里斯甚至还把宗教宽容的政策扩大到犹太人中间，尽管天主教会的传教士以及加尔文派的牧师都极为讨厌、憎恨和鄙视犹太人。对于早先因为惧怕葡萄牙宗教裁判所的迫害而流亡到巴西的葡萄牙以及其他地方的犹太人，他采取了保护和宽容的政策——允许那些被迫改宗基督教的犹太人回归到自己原来信奉的犹太教信仰。他让犹太人在累西腓的两座犹太人会堂里举行公开的犹太教崇拜礼仪。加尔文派教会的监督还抱怨当地的犹太人甚至可以与基督徒结婚，把基督徒皈化成为犹太教徒，给基督徒施行割礼，雇用基督徒作为他们家庭的仆人，还让基督徒的妇女当他们的小妾。这些加尔文派教会的监督们认为既然莫里斯职权有限，那么他们的教会议会就应当担任起阻止犹太人活动的义务，这样就可以避免新教徒和天主教徒同时出丑。他们说，只有在伯南布哥这个地方，犹太人才享有不加限制的自由，这是在世界上其他地方都办不到的。对于这些抗议，莫里斯置之不理。当然也有个别的犹太人不知自重，公开批评基督教的教义，那些人会受到严厉的对待。犹太人对莫里斯非常感激和欣赏，他们在1642年派出代表向西印度公司“19绅士”陈情说，他们“愿意购买世界上任何贵重的东西让莫里斯亲王殿下留下来，如果这些东西的价格贵到他们是无法支付的，他们甚至愿意用自己的血，只要能够让他留下来”。在莫里斯治理荷属巴西期间，甚至当地的黑人和印第安人的宗教信仰也没有受到当局的干扰。博克塞指出，在莫里斯统治时期，荷属巴西当地社会各阶层人士所享受到的宗教信仰自由是整个西方世界中绝无仅有的。他说：“不幸的是，他（莫里斯）走在时代的太前列，尽管他七年中在基督教会各交战派别之间维持了和平的局面，他也没有永久地弥合在宗教改革运动中天主教和新教之间的破裂和缝隙。如果他在留在巴西的时间更加长久一点，或者他的继任者是像他一样能干的人，那就会取得伟大的成就，即便这可能也是令人怀疑的。”
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四是鼓励奴隶贸易以及发展蔗糖业。尽管葡萄牙人以及荷兰人的殖民地政府都曾经立法保障美洲印第安人的自由，相比之下，荷兰人更加能够理性一点遵守此项法律。不过，不管是葡萄牙人还是荷兰人，都一致认为剥削和压迫黑人对于维持殖民地的经济发展和社会稳定是必需的。西印度公司的“19绅士”在1640年公开指出：“没有黑人和公牛，我们在伯南布哥就一事无成。”葡萄牙耶稣会神父安东尼奥·维埃拉（Antonio Vieira）在8年以后也写到“没有黑人就没有伯南布哥，没有安哥拉就没有黑人”。最后的这句话并不一定准确，因为荷兰人也从几内亚获取黑人奴隶。
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荷兰人和葡萄牙人的奴隶贩子对于非洲西海岸无数的黑人部落（他们是黑奴的来源）都不熟悉和了解。他们将这些黑人部落分为四组并以其各自海岸地区的名称来命名。他们是上几内亚的安德拉斯（Andras）、米纳、卡拉巴勒斯（Calabares），从刚果到安哥拉成为安哥拉斯（Angolas）。当时班图族的黑人奴隶比较受到白人的重视，部分原因是他们人数众多，那些刚刚来到新大陆的白人定居者也比较容易用他们自己的语言教他们如何耕作和种植，与别的部族相比，他们也比较驯良，容易培养他们在家中劳作。更有甚者，从几内亚船上运来的奴隶死亡率要比从罗安达来的更高。安德拉斯人是起源于上几内亚内陆的苏丹民族的黑人，在欧洲人看来，他们的性格比较阴沉，也有反叛的性格，不易驾驭，不像班图族的黑奴可以用自己的语言教他们。但是，安德拉斯黑人的确比较任劳任怨，也比别的黑人部落的奴隶更能干重活，而且聪明和有优良的体格。欧洲人认为从塞拉利昂到佛得角之间的黑人奴隶比较懒散，但是他们毕竟“干净和活泼，特别是他们中的妇女，因此葡萄牙人总是把他们买下来让他们充当家中的奴仆”。
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黑奴贸易是西印度公司收入的主要来源之一。有一位荷兰人奎伦（A. van Quelen）向“19绅士”报告说，没有黑人奴隶的工作，殖民地就不可能维持繁荣，不进口奴隶，这片土地就无法耕种。他指出公司的一部分官员想要削减奴隶进口的数量，目的是保持奴隶价格的稳定，甚至希望上扬。他认为这是一种短视的政策。从1636年至1645年，总共有23163名黑奴进口到累西腓，总共卖出6714423弗罗林。从纸面上看，公司取得了巨大的利润。在这段时间从几内亚和安哥拉每一个奴隶卖出12至75弗罗林，运到巴西的时候根据不同的奴隶的年龄、性别和身体条件已经可以卖到200至800弗罗林不等。然而一些种植园主习惯于赊账购买，非要到下一年的收获季节才付钱，或者用甘蔗支付。还有一些人则不付钱或者付部分的钱。有人估计在1644年莫里斯离开巴西以后荷兰西印度公司每年从非洲西海岸的奴隶贸易中获得840000弗罗林，不过这个数字的可靠性是值得怀疑的。
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为了避免坏账，西印度公司的“19绅士”公布指令规定奴隶贸易只得用现金进行交易。由于种植园主没有现金，于是一些有钱的犹太人投机者就以低价购进一些黑奴。莫里斯抱怨这种局面造成公司利润会变得更少了，因为在累西腓出售的奴隶价格甚至比在非洲西部海岸的罗安达更低。莫里斯的估计一点也不夸张，累西腓的高级议会在1645年3月写信给“19绅士”说如果一定坚持要用现金购买黑奴的话，黑奴的价格就一定会下降到每一位黑奴只值30至50葡币（patacas）。犹太人的投机者会以高于这个价格三至四倍的价格再卖出去。另一方面，种植园主也不满意，他们抱怨说那些黑奴在通过大西洋的时候喝了太多的海水，以至于被买到农场以后不久就死去了，基本上没有被当作劳动力使用的价值。这种情况在从几内亚贩运过来的黑奴中经常发生，因为船上的淡水以及食物供应严重不足。
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阿尔伯特·埃克豪特（Albert Eckhaut，fl.1637—1664）所作《塔普亚族人在跳舞》
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在巴西的黑人奴隶过着极为艰辛的生活，他们中的大部分都被卖给了葡萄牙人种植园主，荷兰人也使用他们做工。有些人说荷兰人对待他们似乎比葡萄牙人更好一点，博克塞对此表示怀疑。他指出在葡萄牙人种植园主手下工作的黑奴至少能享受比较多的宗教节日。葡萄牙是天主教国家，设有许多圣徒的节日，在星期天（主日）也是放假的。从这个角度来看，为犹太人工作的黑奴也可能更幸运，因为他们的主人允许他们在犹太人的安息日也休息，也不敢让他们在加尔文教会规定的主日工作。与葡萄牙人相比，荷兰人没有过分地强迫黑奴皈依新教，尽管加尔文教会的监督们一直强调要这样做，甚至在欧洲的西印度公司的“19绅士”也要求荷兰人种植园主这样做，但是实际上他们什么事情也没有做，部分原因可能是因为缺乏合格的懂得葡萄牙语的传教士。在1641年以前的一段动荡以及混乱的年代，许多黑奴想从荷兰人和葡萄牙人那里寻找获得自由的机会，还有许多人逃到森林里面去了。许多逃命者开始过着一种原始公社般的定居生活，与他们在安哥拉过的生活特别相似，他们被称为“克劳博斯”（quilombos），这个字的原意是“逃到森林里去的黑奴”或者是“逃到森林里的黑奴躲避的地方”。他们不时地外出掳掠新的人口、妇女以及食物，尽管他们已经在自己的小块土地上种植了许多庄稼。尽管荷兰人及其同盟者塔普亚人（生活在巴西中部的原始部落）已经消灭了他们中的一部分，但是他们中的绝大部分生存了下来，并且在葡萄牙人击败荷兰人恢复对这片地方的统治以后继续存在。直到1694年葡萄牙人发动了一系列大规模的战争以后，才最终将他们镇压下去。
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蔗糖业也是这段时期荷属巴西的重要的经济产业，它与黑奴贸易共同成为伯南布哥的两大经济支柱。在莫里斯统治巴西期间，蔗糖业有了显著的发展。那些甘蔗种植园主一般都将他们的土地出租给一些小佃农，根据他们是否要依靠种植园主的帮忙决定他们缴纳的作物。甘蔗一旦种植下去，在许多年中就要一直勤除杂草，精心照料，尽管伯南布哥地区在这段历史时期内天灾人祸不断。佃农让他们自己的奴隶去收割甘蔗，他们自己或者再雇人用牛车将甘蔗运到磨坊里加工。甘蔗成品由甘蔗种植园主按照一定的比例分配，在一般的情况之下三分之一归佃农，三分之二归甘蔗种植园主，或者五分之二归佃农，五分之三归种植园主，这种分配比例持续了很长的时间。那些自己拥有土地的小佃农则将一半的甘蔗分给种植园主。在将土地租给佃农的时候，种植园主总是要估计一座磨坊在二十四小时内能够磨出多少甘蔗。这个数量，被称为“任务”（tarefa or task），由牛拉动的磨坊一般可以磨25至35大车的甘蔗，由水力拉动的甘蔗则可以磨40至50大车的甘蔗。在此情形之下，佃农需要至少25位能干的黑奴以及4至8台大车。他们的租地之间是由比较宽的小道隔开的，以免发生火灾的时候延烧到旁边的租地。佃农要提供给黑奴工具和肥料，安排他们打包或者运输，收获的季节始于每年9月，结束于次年4月。
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甘蔗磨坊榨干机的滚筒是垂直而非平面运作的，被压榨出来的甘蔗汁通过管道流到毗邻的煮甘蔗汁的房子，甘蔗汁在几个铜制的大锅里被煮，还有几位黑奴负责将浮在表面的杂质捞干净，再将干净的汁水倒入一些比较小的铜锅里，冷却以后成为半透明的汁，然后再将汁水倒入圆锥形底部有洞的陶土模具里，这些圆锥形的陶土容器每个可以装1阿罗吧（arroba，相当于32磅）的蔗糖汁，在它们凝固成晶体以后在第二天被放到净化房里去，然后人们再以更加精致的陶器过滤糖汁，洗出里面的糖蜜，余下来的糖就变得白了。这个过程会重复两三次，这样糖的等级就会变得更高了。这种去除了糖蜜的糖会被放在日光下爆嗮，那些仍然混有糖蜜的糖是棕色的，它们会被堆放在另一边。种植园主和承包商会将糖进行分类，过秤和打包，然后运输到累西腓以及其他的港口中去，再装船运往欧洲，它们不是被卖掉就是继续被精加工成为白糖。
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