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军队也遭到可怕的清洗。1930年代，苏联有5名元帅，除了伏罗希洛夫和布琼尼外，其他3名遭镇压。图哈切夫斯基被处死后，下一个受迫害的是瓦西里·康斯坦丁诺维奇·布柳赫尔。他在国内战争期间，任远东共和国总司令，五次获得红旗勋章。1924～1927年他到中国，任广州革命政府的首席军事顾问，化名加仑将军。1929年起，他任远东特别集团军司令。1938年夏，他指挥红军打败日军在张鼓峰的入侵，10月被逮捕，11月被秘密处死，但一直没有公布这一消息。另一位元帅亚历山大·伊里奇·叶戈罗夫，内战期间先后任南方和西南方方面军司令，方面军委员是斯大林；1931～1937年任红军总参谋长，1938年被捕，1939年2月遇害。1956年，为这两位元帅恢复了名誉。
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此外，副国防人民委员雅·伊·阿尔克斯尼斯、伊·费·费季科和弗·米·奥尔洛夫，红军副总参谋长В.Н.列维切夫和谢·亚·梅热尼诺夫，红军总政治部副主任安·斯·布林和Г.А.奥谢皮扬，海军人民委员彼·亚·斯米尔诺夫，副海军人民委员П.И.斯米尔诺夫（斯韦特洛夫斯基），海军司令米弗·维·克托罗夫，海军参谋长П.Г.斯塔谢维奇，黑海舰队司令伊·库·科扎诺夫，北方舰队司令康·伊·杜舍诺夫，太平洋舰队司令格·彼·基列耶夫，阿穆尔河区舰队司令И.Н.科达茨基-鲁德涅夫，莫斯科军区司令С.П.乌里茨基，列宁格勒军区司令帕·叶·德边科，白俄罗斯军区司令伊·潘·别洛夫，外贝加尔军区司令米·德·韦利卡诺夫，外高加索军区司令尼·弗·古比雪夫，北高加索军区司令伊·伊·加里卡维，中亚军区司令伊·肯·格里亚兹诺夫，乌拉尔军区司令鲍·谢·戈尔巴乔夫和Я.П.盖利特，哈尔科夫军区司令伊·纳·杜博沃伊等都遭镇压。
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对红军将领的镇压规模巨大。被枪杀的有：16名集团军司令、副司令中的15人；67名军长中的60人；199名师长中的136人；全部4名空军高级将领；全部6名海军上将；15名海军中将中的9人；全部17名集团军政委和副政委；29名军级政委中的25人。[138]8万名军官中有3.5万名遭到从清除出军队到判刑、处死的迫害。[139]
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丹尼洛夫依据档案资料认定，1937～1939年有24574名军官遭迫害，其中9579人被逮捕，14968人被清除出军队，但11178人又重新返回军队。[140]另一份统计资料表明，1937～1939年间陆军中共有36898名军官被解除了职务，其中28685人是因政治或民族原因被处理的。1938～1939年，有11178名被解除职务的军官重返军队。到1940年1月1日，遭迫害的军官为17981人。[141]
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根据军事审判厅厅长向联共（布）中央、苏联人民委员会和苏联国防人民委员会提交的苏联最高法院军事审判厅和军事法庭的工作报告，编制出工农红军干部因反革命罪而被判刑的人数统计表如下：[142]
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由此可见，1936～1940年期间因反革命罪被审判的军人有10838人，其中中高级领导干部为2218人。这个数字是不完全的。因为1937年的数据不包括由苏联最高法院军事审判厅判决的“法西斯军事阴谋”和“右派—托洛茨基组织”的参加者。更重要的是，它没有包括内务部“特别会议”及其他非司法机关判处的人员，而对这些人的统计数字至今尚未进行足够的研究。有人统计，从1921年到1954年2月1日被判处反革命罪的有3777380人，其中2900000人不是司法机关判处的，占76.7%。假设非司法机关对军人审判的比例与上述平民的比例相同，那么，1936～1940年期间因反革命罪受司法机关和非司法机关审判的中高级军官为9519人。
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地方党政机关也被镇压浪潮席卷。在俄罗斯联邦，90%的州党委和州执委委员遭镇压。列宁格勒的党、苏维埃和经济领导骨干几乎全部被消灭了。1935～1940年间在列宁格勒有68088人被镇压。[143]在绝大多数自治共和国、边疆区、州和市、区，有2/3的党政领导人遭到逮捕。
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一般的党员也遭清洗镇压。1937～1938年受迫害的党员共达116885人，占党员总数的1/9。[144]这里指的是被逮捕时仍是党员的人数，如果把曾是党员的人也算进去，数目就要大得多。
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一些仍留在工作岗位上的领导人的亲人也遭到逮捕，如加里宁的妻子，奥尔忠尼启则的哥哥，卡冈诺维奇的两个弟弟，什维尔尼克的独生女儿。不知斯大林为什么要这样做，是否要想通过这件事来考验或威胁他的下属。
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对各民族共和国党政干部的被镇压
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乌克兰受到沉重打击。1937年8月，莫洛托夫和赫鲁晓夫到基辅，要求乌克兰党中央对其中央书记柯秀尔、人民委员会主席П.П.柳布琴科、苏联中央执行委员会主席团成员Г.И.彼得罗夫斯基投不信任票，选举赫鲁晓夫为中央书记，遭到乌克兰党中央拒绝。后来，莫洛托夫提出邀请乌克兰全体党中央委员和候补委员102人到莫斯科讨论此事。柳布琴科预感后果的严重，并担心自己的家属也会遭迫害，他先打死妻子和儿子，然后自杀身亡。其他人去了莫斯科，最后只有彼得罗夫斯基等3人活了下来。[145]1938年1月，赫鲁晓夫出任乌克兰党中央第一书记。在1938～1940年间，在乌克兰有167565人被逮捕。[146]
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在白俄罗斯，马林科夫和叶若夫编造谎言，说那里存在一个以党政领导人为首的反苏地下组织。这使白俄罗斯的领导人几乎全部被逮捕镇压。白俄罗斯党中央书记、人民委员会主席Н.М.戈洛杰德，白俄罗斯党中央常务局委员А.Г.切尔维亚科夫等被杀害。白俄罗斯党组织人数减少一半。[147]
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高加索的三个共和国的众多领导人遭到迫害。外高加索联邦人民委员会主席、苏联中央执行委员会主席团成员、共产国际执委会委员Г.М.穆萨别科夫遭杀害。亚美尼亚党中央第一书记А.汉姜，中央书记С.斯拉比奥尼扬（卢卡申）、А.约尼扬、Г.奥弗谢比扬和А.科斯达尼扬，人民委员会主席С.М.捷尔-加布里耶梁，亚美尼亚中央执行委员会主席С.马尔蒂基扬被镇压。阿塞拜疆党中央书记Р.А.阿洪多夫、人民委员会主席古塞恩·拉赫曼诺夫、苏联中央执行委员会主席团成员С.М.埃芬季耶夫遭杀害。在格鲁吉亚，外高加索布尔什维克党组织创始人之一、长期担任联共（布）外高加索边疆区委第一书记的М.Д.奥拉赫拉什维利，格鲁吉亚党中央书记和外高加索边疆区委书记、格鲁吉亚人民委员会主席Л.И.拉夫连季耶夫（卡尔特韦利什维利）等人被处死。1937年召开的格鲁吉亚第十次党代表大会共有644名代表，不久以后有425人被逮捕或处死。[148]
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中亚共和国受到的清洗更是惊人。1937年哈萨克党中央常务局的成员无一例外地被逮捕处决。牺牲的有中央书记Л.И.米尔佐扬、С.努尔皮伊索夫，人民委员会主席У.Д.伊萨耶夫，苏联中央执行委员会主席团成员У.库鲁姆别托夫等人。
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土库曼党中央书记Т.А.穆哈默多夫和Я.А.波波克，人民委员会主席К.阿塔巴耶夫，苏联中央执行委员会主席团成员Н.艾塔科夫等人被镇压。只有120多万人口的土库曼在1937年8月到1938年11月共有15660人被判刑，其中5008人被处决。[149]
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乌兹别克党中央第一书记А.И.伊克拉莫夫，人民委员会主席Ф.霍贾耶夫被处决。1937～1939年间，在乌兹别克有4.1万人被逮捕，6920人被处死。
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吉尔吉斯党中央第一书记М.К.阿姆莫索夫、第二书记М.Л.别洛茨基、监察委员会主席Д.С.萨达耶夫等人被处死。
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在塔吉克共和国，内务部揭露了一个反革命的资产阶级民族主义组织，说它与托洛茨基中心、伊朗、阿富汗、日本、英国和德国有联系。这个组织的领导有塔吉克党中央书记Ю.阿舒罗夫和А.弗罗洛夫，人民委员会主席А.Р.拉希姆巴耶夫和12名人民委员，苏联中央执行委员会主席团成员С.绍捷莫利，以及塔吉克党中央几乎所有各部的部长和18名区委书记。[150]
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仅1937年，中亚地区基层党组织干部的55.7%、区党委干部的78.8%被清洗。[151]
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在俄罗斯联邦的各自治共和国和自治州的党政干部普遍遭迫害。卡累利阿、鞑靼、卡巴尔达—巴尔卡尔、马里、科米自治共和国以及犹太自治州的党委书记、人民委员会主席均被逮捕处死。北奥塞梯自治州的11名州党委成员中有9人被捕。
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叶若夫根据斯大林的个人指令，于1937年7月25日签署了第00439号命令，要求各地方机关在5天内逮捕所有在军事工厂和铁路运输部门工作的日耳曼人。1937年8月到1938年11月，即远在德国进攻苏联之前，4.2万日耳曼人被处死。
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在1937年8月25日到1938年11月15日的反民族主义分子战役中，两人小组和特别三人小组共审理了335513人的案件，其中247157被判处枪决。[152]
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对科技文化工作者的镇压
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