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打击的矛头还指向了党中央委员。1917年8月俄共第六次代表大会选出领导十月革命的中央委员会。在21名中央委员中，被逮捕处死的有别尔津、布哈林、布勃诺夫、季诺维也夫、加米涅夫、克列斯廷斯基、米柳亭、李可夫、斯米尔加、索柯里尼柯夫等10人，还有托洛茨基在国外被暗杀。遭迫害的占到一半以上。
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1922年列宁最后一次出席的俄共第十一次代表大会选出27名中央委员，其中遭迫害致死的有16人，他们是：布哈林、泽林斯基、季诺维也夫、加米涅夫、科罗特科夫、奥尔忠尼启则（自杀）、拉狄克、拉科夫斯基、鲁祖塔克、李可夫、萨普龙诺夫、斯米尔诺夫（死于狱中）、索柯里尼柯夫、托姆斯基（自杀）、托洛茨基（遭暗杀）、邱巴尔。此外，彼得罗夫斯基被逮捕，后获释。遭迫害的占到60%以上。
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1937年10月，党中央会议将24名党中央委员和候补委员开除出中央委员会。1937年12月，党中央委员会以征询意见方式通过决议：“中央全会根据确凿的材料认为必须将下列人员开除出联共（布）中央委员会并作为人民公敌予以逮捕：鲍曼、布勃诺夫、布林、梅日劳克、鲁希莫维奇和切尔诺夫，他们是德国间谍和沙皇保安机关的密探；米哈伊洛夫，他同雅科夫列夫的反革命活动有牵连；伦金，他同李可夫、苏利莫夫的反革命活动有牵连。”接着，斯大林亲笔补了一句：“所有这些人都承认自己有罪。”[135]十七大选出的中央委员和候补中央委员共139人，其中98人即占80%的委员被逮捕，并且全都被处死。
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党中央政治局委员也没能幸免。列宁在世时的最后一届党中央政治局委员，即1923年4月第十二次党代表大会后选举产生的7名政治局委员中，除列宁早年逝世外，斯大林将其他5人（加米涅夫、托洛茨基、季诺维也夫、李可夫、托姆斯基）都置于死地。1919～1935年先后选出31名政治局委员，其中有20人遇害。一些曾积极参加反对托洛茨基和布哈林斗争，并得到提拔的政治局委员也遭镇压。仅1937～1938年就有5名政治局成员遭逮捕，全被处死。
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扬·埃内斯托维奇·鲁祖塔克，1905年加入布尔什维克党，1922～1926年任全俄工会中央理事会总书记、党中央中亚局主席，1923年第十二次代表大会后当选为政治局候补委员，1926～1934年为政治局委员，1926～1937年任人民委员会副主席。1937年5月他被捕，被指控领导拉脱维亚反苏维埃民族主义组织。鲁祖塔克在法庭上声明自己无罪，但法庭只用了20分钟就做出死刑判决。1938年7月鲁祖塔克被处死。
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斯坦尼斯拉夫·维肯季耶维奇·柯秀尔，1907年入党，1920年任乌克兰中央委员会书记，1925～1928年任联共（布）中央书记，1928～1937年任乌克兰党中央书记，1927年当选为政治局候补委员，1930年起为政治局委员。1938年1月，柯秀尔以缺乏警惕性的罪名被解除在乌克兰的职务，改任人民委员会副主席。同年5月他被捕，指控他在1922年就参加了反革命的波兰军事组织，1934年又成立和领导了“乌克兰反革命阴谋恐怖中心”，1939年2月26日被枪决。
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弗拉斯·雅可夫列维奇·邱巴尔，1907年入党，1923～1934年任乌克兰人民委员会主席，1934年起任苏联人民委员会副主席兼财政人民委员，1926～1935年为政治局候补委员，1935～1938年为政治局委员。1938年7月被他逮捕，被控参加恐怖组织，是德国间谍，1939年2月同柯秀尔一起被处死。
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帕维尔·彼得罗维奇·波斯特舍夫，1904年入党，历任乌克兰党中央书记，哈尔科夫州委、基辅州委书记，1934年起任联共（布）中央政治局候补委员。波斯特舍夫在1938年1月中央全会上发言指出，他到古比雪夫州时看到，经过清洗以后，州党委员会、州执行委员会以及区委员会的工作都瘫痪了。许多区委由于只剩下两三个委员，实际上已经停止工作。在州里，这样的区有30多个。卡冈诺维奇抓住他的发言做文章，说“波斯特舍夫在这次全会的发言是在重复敌视党的言论”。其他人也跟着批判波斯特舍夫。[136]1938年2月，波斯特舍夫被捕，被指控参加了右派—托洛茨基阴谋，充当日本、波兰和德国的间谍，1939年被处死。
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罗伯特·因德里克维奇·埃赫，拉脱维亚人，1905年入党，1935～1938年为政治局候补委员，1929～1937年任西西伯利亚边疆区党委第一书记，1937年改任农业人民委员，1938年4月被捕。埃赫在法庭上不承认自己有罪。他声明说，“在似乎是我交代的供词中，除了下面的签名之外，没有一个字是我说出来的，就是这些签名也是被迫的。供词是在审讯员的压迫下制造出来的，从我被逮捕时起，就开始对我实施严刑拷打……审讯人员还利用我有病的身躯（我的脊柱已经被折断），在上面击打，就像在琴键上做的那样。这是无法忍受的酷刑……我没有犯罪，我从来也没有参加过什么阴谋活动”。1940年2月他被处死。
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政府机关也遭到无情的清洗。列宁主持的第一届人民委员会由15人组成，其中就有9人（内务人民委员李可夫、陆海军人民委员安东诺夫-奥弗申柯、克雷连柯、德边科、农业人民委员米柳亭、劳动人民委员施略普尼科夫、司法人民委员洛莫夫、粮食人民委员泰奥多罗维奇、邮电人民委员格列鲍夫-阿维洛夫）在这次清洗中被镇压，托洛茨基在国外被暗杀。4人在1933年以前逝世。活过这场灾难的只有斯大林一人。
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1935年进入人民委员会的委员中，有20人被处死，活下来的只有莫洛托夫、卡冈诺维奇、伏罗希洛夫、米高扬、安德烈耶夫和李维诺夫6人。1938年初人民委员会28个成员中有20人很快就被镇压。1937～1938年被捕后牺牲的政府领导人有：苏联人民委员会副主席兼重工业人民委员、国家计划委员会主席瓦·伊·梅日劳克，接替梅日劳克担任国家计划委员会主席的Г.И.斯米尔诺夫，国家计委副主席Э.И.克维林，人民委员会副主席В.В.施米特和Н.К.安季波夫，国防工业人民委员М.Л.鲁希莫维奇，司法人民委员Н.В.克雷连柯，农业人民委员Я.А.雅科夫列夫，财政人民委员Г.Ф.格林科，轻工业人民委员И.Е.柳比莫夫，林业人民委员В.И.伊万诺夫，食品工业人民委员С.С.洛博夫，国内贸易人民委员И.Я.魏采尔，卫生人民委员Г.Н.卡明斯基，邮电人民委员英·安·哈勒普斯基，水运人民委员Н.И.帕霍莫夫，机器制造业人民委员А.勃鲁斯金，国营农场人民委员Г.Н.卡尔马诺维奇和Н.Н.杰姆钦科，国家银行管理局主席Л.Е.马里雅辛等。
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随着人民委员和副人民委员的被镇压，他们的下属多被牵连。1936年10月到1937年3月底，大约有2000名人民委员部工作人员被逮捕。国防人民委员部、重工业人民委员部、外交人民委员部，以及国家计划委员会遭到毁灭性打击。交通人民委员部在1936～1938年间，有13名副人民委员，65名铁路局局长，63名政治部主任和铁路局副局长被逮捕。坦克制造人民委员部整个管理机关的人员、各企业的所有厂长经理（只有两个人除外），绝大多数的专家工程师都遭逮捕。内务人民委员部是斯大林依靠的惩罚机关。但他们知道的镇压内幕太多了，斯大林不能留下这些见证人。另外，他们是第一线执行人，积怨很深，正好是缓解民怨的替罪羊。因此内务部的清洗更是突出。内务人民委员亚戈达被撤职处死后，他的副手——副内务人民委员，以及各司司长都先后被逮捕处死。叶若夫后来承认他“清洗了14000名肃反工作人员”，还说他“最大的过错是清洗得少了”。[137]叶若夫及其同伙也没有得到好下场。贝利亚上台后，逮捕了几乎所有的内务部下属的各局局长和他们的助手。
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军队也遭到可怕的清洗。1930年代，苏联有5名元帅，除了伏罗希洛夫和布琼尼外，其他3名遭镇压。图哈切夫斯基被处死后，下一个受迫害的是瓦西里·康斯坦丁诺维奇·布柳赫尔。他在国内战争期间，任远东共和国总司令，五次获得红旗勋章。1924～1927年他到中国，任广州革命政府的首席军事顾问，化名加仑将军。1929年起，他任远东特别集团军司令。1938年夏，他指挥红军打败日军在张鼓峰的入侵，10月被逮捕，11月被秘密处死，但一直没有公布这一消息。另一位元帅亚历山大·伊里奇·叶戈罗夫，内战期间先后任南方和西南方方面军司令，方面军委员是斯大林；1931～1937年任红军总参谋长，1938年被捕，1939年2月遇害。1956年，为这两位元帅恢复了名誉。
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此外，副国防人民委员雅·伊·阿尔克斯尼斯、伊·费·费季科和弗·米·奥尔洛夫，红军副总参谋长В.Н.列维切夫和谢·亚·梅热尼诺夫，红军总政治部副主任安·斯·布林和Г.А.奥谢皮扬，海军人民委员彼·亚·斯米尔诺夫，副海军人民委员П.И.斯米尔诺夫（斯韦特洛夫斯基），海军司令米弗·维·克托罗夫，海军参谋长П.Г.斯塔谢维奇，黑海舰队司令伊·库·科扎诺夫，北方舰队司令康·伊·杜舍诺夫，太平洋舰队司令格·彼·基列耶夫，阿穆尔河区舰队司令И.Н.科达茨基-鲁德涅夫，莫斯科军区司令С.П.乌里茨基，列宁格勒军区司令帕·叶·德边科，白俄罗斯军区司令伊·潘·别洛夫，外贝加尔军区司令米·德·韦利卡诺夫，外高加索军区司令尼·弗·古比雪夫，北高加索军区司令伊·伊·加里卡维，中亚军区司令伊·肯·格里亚兹诺夫，乌拉尔军区司令鲍·谢·戈尔巴乔夫和Я.П.盖利特，哈尔科夫军区司令伊·纳·杜博沃伊等都遭镇压。
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对红军将领的镇压规模巨大。被枪杀的有：16名集团军司令、副司令中的15人；67名军长中的60人；199名师长中的136人；全部4名空军高级将领；全部6名海军上将；15名海军中将中的9人；全部17名集团军政委和副政委；29名军级政委中的25人。[138]8万名军官中有3.5万名遭到从清除出军队到判刑、处死的迫害。[139]
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丹尼洛夫依据档案资料认定，1937～1939年有24574名军官遭迫害，其中9579人被逮捕，14968人被清除出军队，但11178人又重新返回军队。[140]另一份统计资料表明，1937～1939年间陆军中共有36898名军官被解除了职务，其中28685人是因政治或民族原因被处理的。1938～1939年，有11178名被解除职务的军官重返军队。到1940年1月1日，遭迫害的军官为17981人。[141]
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根据军事审判厅厅长向联共（布）中央、苏联人民委员会和苏联国防人民委员会提交的苏联最高法院军事审判厅和军事法庭的工作报告，编制出工农红军干部因反革命罪而被判刑的人数统计表如下：[142]
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由此可见，1936～1940年期间因反革命罪被审判的军人有10838人，其中中高级领导干部为2218人。这个数字是不完全的。因为1937年的数据不包括由苏联最高法院军事审判厅判决的“法西斯军事阴谋”和“右派—托洛茨基组织”的参加者。更重要的是，它没有包括内务部“特别会议”及其他非司法机关判处的人员，而对这些人的统计数字至今尚未进行足够的研究。有人统计，从1921年到1954年2月1日被判处反革命罪的有3777380人，其中2900000人不是司法机关判处的，占76.7%。假设非司法机关对军人审判的比例与上述平民的比例相同，那么，1936～1940年期间因反革命罪受司法机关和非司法机关审判的中高级军官为9519人。
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地方党政机关也被镇压浪潮席卷。在俄罗斯联邦，90%的州党委和州执委委员遭镇压。列宁格勒的党、苏维埃和经济领导骨干几乎全部被消灭了。1935～1940年间在列宁格勒有68088人被镇压。[143]在绝大多数自治共和国、边疆区、州和市、区，有2/3的党政领导人遭到逮捕。
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一般的党员也遭清洗镇压。1937～1938年受迫害的党员共达116885人，占党员总数的1/9。[144]这里指的是被逮捕时仍是党员的人数，如果把曾是党员的人也算进去，数目就要大得多。
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一些仍留在工作岗位上的领导人的亲人也遭到逮捕，如加里宁的妻子，奥尔忠尼启则的哥哥，卡冈诺维奇的两个弟弟，什维尔尼克的独生女儿。不知斯大林为什么要这样做，是否要想通过这件事来考验或威胁他的下属。
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对各民族共和国党政干部的被镇压
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乌克兰受到沉重打击。1937年8月，莫洛托夫和赫鲁晓夫到基辅，要求乌克兰党中央对其中央书记柯秀尔、人民委员会主席П.П.柳布琴科、苏联中央执行委员会主席团成员Г.И.彼得罗夫斯基投不信任票，选举赫鲁晓夫为中央书记，遭到乌克兰党中央拒绝。后来，莫洛托夫提出邀请乌克兰全体党中央委员和候补委员102人到莫斯科讨论此事。柳布琴科预感后果的严重，并担心自己的家属也会遭迫害，他先打死妻子和儿子，然后自杀身亡。其他人去了莫斯科，最后只有彼得罗夫斯基等3人活了下来。[145]1938年1月，赫鲁晓夫出任乌克兰党中央第一书记。在1938～1940年间，在乌克兰有167565人被逮捕。[146]
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在白俄罗斯，马林科夫和叶若夫编造谎言，说那里存在一个以党政领导人为首的反苏地下组织。这使白俄罗斯的领导人几乎全部被逮捕镇压。白俄罗斯党中央书记、人民委员会主席Н.М.戈洛杰德，白俄罗斯党中央常务局委员А.Г.切尔维亚科夫等被杀害。白俄罗斯党组织人数减少一半。[147]