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1378—1417年的天主教会大分裂
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14世纪，法王和教皇之间的争斗严重威胁到教皇的统治权威。法王和英王开始向教会征税；作为回应，教皇卜尼法斯八世发布《一圣教谕》，向世俗统治者们发起猛攻，声称：“为了拯救的目的，所有人都必须服从罗马教皇。”法王腓力四世下令拘禁了卜尼法斯，虽然教皇在一年后摆脱了监禁，但是随后很快离世。于是腓力又扶植了一个傀儡教皇克雷芒五世（教皇任期：1305—1314）。1309年，法王让教皇在阿维尼翁即位，这座罗讷河畔的城市有教皇国的飞地。在阿维尼翁教廷时期，教皇们直接受法王控制。但同时，这些教皇继续建立他们的官僚机构，并和那些他们有时反抗的君主一样，从信徒中榨取更多的收益。
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1377年，教皇格列高利十一世（教皇任期：1370—1378）回到罗马，希望此次回归能稳定当时意大利的政治局势。但次年他离世后，一群大多来自法国的罗马红衣主教选出了教皇乌尔班六世（教皇任期：1378—1389），相信他会对阿维尼翁教廷言听计从。在教皇选举会议上，一伙罗马暴徒闯入会场，红衣主教们仓皇逃离。但当几个月后他们回来时，其中13人因新教皇对他们财富和权利的谴责而愤怒，并且此时他们认为乌尔班六世性情反复无常，不适合当教皇，于是他们选举出另一个教皇：克雷芒七世(3)。克雷芒回到阿维尼翁即位，他的对手乌尔班六世则留在罗马。两人均宣称自己为教会掌权者，而天主教会的大分裂（1378—1417）由此开始。
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两个教皇和他们的继任者此后积极笼络人心，都希望获得更多统治者的支持。阿维尼翁的教皇们，和大分裂时代前该地的教皇一样，受到法国国王的密切监视。而罗马的教皇则陷入了意大利城邦政治的泥沼之中。法兰西、卡斯蒂利亚、纳瓦拉以及苏格兰支持阿维尼翁的教皇，而大部分的意大利城邦、葡萄牙、神圣罗马帝国和英格兰则服从罗马教皇。1409年，天主教会的显贵们聚集在比萨，召开会议（Council of Pisa）。为了解决这个问题，他们选举出第三个教皇。但是，另外两个教皇却谁也不愿意退位。与此同时，世俗的统治者们逼迫教皇们达成协议，增强了君主管理本国教会的权力。天主教会的大分裂削弱了教皇的权力，让君主们建立起自己国家的民族教会。
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异端和精神运动
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从两个教皇到三个教皇争权夺利引发的混乱，以及他们的冷酷无情、贪得无厌，激发了人们对天主教会组织的极端不满。在此之前，已时不时地出现否定教皇权威并要求改革的异端(4)。早在12世纪，阿尔卑斯山的韦尔多派和法国南部的阿比尔派就以结成组织严密的团体的形式藐视教皇权威，其团体与男女修道院不同，拒不承认天主教会的教义和权力。
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此外，神秘主义一直以来暗中存在于欧洲，认为在寻求认识上帝和永恒救赎的过程中，个人的虔诚至高无上。英格兰僧侣奥卡姆的威廉（约1290—1349）是另一名教廷的质疑者，他拒绝接受经院哲学的理性主义。经院哲学与托马斯·阿奎那的神学理论紧密相联，阿奎那从一个又一个的前提出发，层层推理，以他所认为的符合理性的证据演绎出上帝的存在。但奥卡姆却认为人与上帝的鸿沟是如此之大，以至于阿奎那等人证明上帝存在的经院哲学式的证据毫无意义，因为人类无法通过理性理解上帝。奥卡姆和他的追随者们被称为“唯名论者”，他们相信个人的虔诚是宗教生活的基石。唯名论者否定教皇的权威和教会的等级制度。他们倡导过有益而简单的生活，反映并推动了这样一种转变：更多的教士与普通信徒以《圣经》为指导，思考个人与上帝之间的关联。天主教会大分裂可能使人们更渴望神圣的精神（spirituality）和教会制度改革。
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英国教士和学者约翰·威克里夫（约1328—1384）也质疑教皇的权威。他声称不称职的教皇没必要去服从，这种观点遭到教会的审查。对威克里夫而言，教会完全是由一批上帝已决定拯救的人组成的。他强调只有靠虔诚的信仰，才能得到永恒的救赎，而信仰和建立与上帝之间联系的基础是阅读《圣经》。威克里夫与教会神学的另一个矛盾在于他否定变体论（transubstantiation）。根据该理论，在弥撒时，神父会将普通的面包和葡萄酒转变成基督的身体和血。
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威克里夫还主张弱化宗教仪式的重要性，认为宗教是建立在信仰的基础上，因此教会作为人和上帝间的中间人的角色变得不再重要。威克里夫在英格兰强大的贵族和教士的庇护下，号召教会进行改革。但是在1381年，英格兰爆发了瓦特·泰勒起义，贫民们将愤怒的矛头对准那些富有的教士，威克里夫强大的庇护者们担心将来再次爆发骚乱，故不再支持威克里夫。在一次英格兰的教会会议中，威克里夫受到谴责，但他被允许在一座修道院度过余生。不过威克里夫的追随者们，即后来被称为罗拉德派的贫民，在威克里夫去世后，继续宣扬他的主张。他们抨击占有大片土地和财富的教会，提倡更简单的宗教生活。1414年，他们在被称作“罗拉德骑士”的贵族带领下发动起义。但是这场起义最终被亨利五世无情地镇压。
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而在欧洲中部的波希米亚地区，一位叫扬·胡斯（约1369—1415）的神学家听说了威克里夫的主张。他同样抨击那些沉迷于物欲世界的教士。他还号召回归朴实纯粹的宗教。他在否定教皇的权威、斥责教皇们为“敌基督”的同时，认为普通民众也可改革教会。
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公会议运动挑战教皇权威
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公会议运动思想不仅因天主教会大分裂而兴，也源于众多教士对教会改革越来越强烈的要求。为了解决大分裂出现的问题，并进行教会改革，天主教会召开康斯坦茨会议（1414—1418）。许多与会的教会高层人士也希望能够因此限制并明确教皇的权力。
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参与公会议运动的至少有四大派系：教皇自己；支持会议并希望以此解决教会问题的主教；以法王和神圣罗马皇帝为首的世俗统治者，他们介入了教会分裂；以及在康斯坦茨会议上受到谴责的异端者，他们对教皇权威的质疑比公会议运动人士激烈得多。
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康斯坦茨会议的第一个议题是讨论扬·胡斯问题。胡斯带着波希米亚国王给他的通行证参加1414年的康斯坦茨会议，但他却被以异端罪逮捕并遭到审判。由于他拒绝放弃威克里夫的主张，并为他自己的观点辩解，即普通信徒应可和做弥撒的教士一样，在圣餐礼这一象征统一的教会仪式上兼领面包和葡萄酒，因此会议谴责胡斯，并将他交给神圣罗马皇帝，后者下令将他作为异端处以火刑。但是胡斯派在15世纪，已成为教会内部唯一强大的异见派。他们数次抵抗了教会军队，最终赢得了教皇的特别许可，普通信徒在圣餐礼上可兼领面包和葡萄酒。这一奉行“饼酒同领”（Utraquist）的教派一直持续到1620年。
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扬·胡斯以异端罪被处以火刑。
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康斯坦茨会议解决了教皇权力归属的纠纷，它罢免了两个教皇，并接受第三个教皇的退位。会议于1417年选举出教皇马丁五世（教皇任期：1417—1431）。但是由于大分裂导致多个教皇同时出现，延迟了教会的各种重大改革，一些高级教士更坚定地认为主教们主持的公会议的权力应该高于教皇。
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在教皇的召集下，公会议使整个欧洲的教会高层人士都聚集一堂。这些会议商讨关于信仰和教会组织的问题。但一些会议开始联合起来反对教皇权力。主张教会应以公会议为重者认为由红衣主教组成的枢机团的权力应该高于教皇。早在一个世纪前，奥卡姆的威廉就曾经主张：当面对一名异端教皇时，教会的最高会议应该站出来作为真理和权威的代表。一些改革者还希望教会有自己的成文法。在1431年召开的巴塞尔会议上，针对教会最高权力应属于教皇还是会议的议题，双方的支持者纷纷陈述了自己的观点。1437年，教皇命令大会改在费拉拉召开，接下来一年又转至佛罗伦萨。在1445年之前，依旧有人在巴塞尔召开会议，其中多数为公会议运动支持者，尽管教皇宣称此种会议会招致教会分裂。15年后，教皇庇护二世（教皇任期：1458—1464）宣布公会议运动为异端。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484492]
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教士之弊和赎罪券
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那些呼吁改革教会内部明显弊端的人很容易地接受了会议权力大于教皇权力的观点。一些修道院被讥讽为不比男女修士们设法脱身的俗世圣洁多少的伪善的机构。一些新宗教修会成立的部分原因也在于人们难以忍受或反感神职人员的世俗化。
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教廷的批评者对教会财政和道德方面弊端的指责尤为激烈。他们宣称教廷已经成为由管理世俗事务的教士运营的投资信托公司。教士的财政弊端中，受到抨击最多的是基于功绩可转移的思想而发行的赎罪券。教会宣称只要购买赎罪券，世人在炼狱(5)所受惩罚的时间就会减少。赎罪券的销售最早出现于十字军东征期间，是教堂和医院增加收入的一种手段。购买赎罪券并不能换来上帝的宽恕（得到上帝宽恕的方式只有忏悔），只能减少或免去在世时为赎罪而经受的惩罚（例如必须去朝圣、做善事、做许多祷告）。1457年，教皇宣布可以为自己在炼狱受苦的亲人和朋友购买赎罪券。一些人开始觉得购买赎罪券而非行善和悔改就能将自己或亲人带入天堂。当时流行一支小曲：“当钱落入钱箱丁当一响，炼狱中的灵魂即会应声飞入天堂。”这意味着富裕阶层比穷人更有机会为他们所爱之人打开天堂的大门。一位教皇批评者将此现象解释为：“与其让罪人死去，主更希望他能活着并购买赎罪券。”
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另一种饱受世人抨击的教士的行为是兜售教会的职位，被称作买卖圣职。意大利教士比以往任何时候都高度参与其中并受益于此。大部分的教皇都会任命意大利人做红衣主教，这些主教一方面居住在罗马，另一方面却从他们很少访问的管辖教区里获得大量财富。许多权贵家族希望教会为他们的孩子提供获利丰厚的教会闲职，这些职位往往收入高但又几乎不用做任何事。改革者们强烈谴责不具备主教资格者购得圣职的行为。
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许多神父收取高额葬礼费用。越来越多的人憎恨教士，尤其在德意志诸国，因为他们不受民事法庭制裁且不用交税。而从1300年开始，教皇开始垄断赎罪券和免罪符的买卖，并以此换购黄金或他人的服务。1521年，教皇利奥十世去世，有位爱开玩笑的人对此评论道：“他最终的时刻来啦，但是他连最后的圣餐都没有了。上帝作证！他把它们都卖了！”
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