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加尔文的一生都处于焦虑和自我怀疑之中，他父亲对他实际上的抛弃以及他后来的被迫流亡助长了这些情感。他还慑服于强大的自然之力，特别是被认为显现上帝力量的暴风雨，这点他和路德比较相似。他经常使用一个比喻，对他来说，人类仿佛就身处深渊的边缘。他害怕海平面会上升，人类被彻底冲走。加尔文环顾四周，只看到了一个没有秩序、混乱不堪的世界。
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如同16世纪早期的许多思想家，加尔文坚信他身处一个道德极端败坏的时代：“奢侈之风日渐增长，无法无天的激情被点燃，人类还是那么罪恶而放荡，比任何时候都更不知羞耻。”对加尔文来说，本应团结世人的教会，其意义正在瓦解。
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加尔文声称，天主教会强调为了最后的救赎，人们必须多做善行，这让信徒感到焦虑。他认为，信徒们完全不知道到底应该做多少善行才能获得救赎，这份焦虑使他们开始祈求圣徒的力量。加尔文尤其激烈地批评告解圣事：“这种残忍的活动以最可怕的方式撕裂了那些因认知到上帝而受感动的人的灵魂……到处都只见天空和大海，没有可以停泊的港口。”他还抵制上个世纪以来越来越接近人类的上帝和基督的形象。不同于路德，加尔文强调的不是通过信仰与上帝达成和解，而是服从上帝的意志。他希望创建一种使人们重新坚信上帝的恩典和自身救赎的教义。他心怀希望，相信人可以顺利走出人生的迷宫——这是另一种他常用的意象。强制引入一种基于《圣经》所述道德规定的秩序，便可解决一些时常困扰人心的疑惑。
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（左图）约翰·加尔文；（右图）加尔文教派的仪式。注意：教堂布置得极为朴素。
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有了这样的想法后，加尔文在《基督教要义》（1536—1559）中阐述了上帝拣选的理论，或称预定论：“上帝永恒的裁决……万物绝非生而平等，上帝早已注定了一些人得到永恒的生命，而另一些人得到永恒的毁灭。”预定论的提出让人们怀疑善行的有效性。若一个人的命运早已决定，而他的善行（天主教会声称靠善行本身即可获得拯救）无法让他得到永恒的救赎，那为何要过正直的人生呢？加尔文相信善行是被上帝拣选获得救赎的体现，尽管行善本身并不意味着就能升入天堂。
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中世纪的神学家谴责借贷生利，但是加尔文不同于路德，他认为高利贷和生产贷款是不同的，后者可以增加资本，并改善整个社会。为追求神圣，他宣扬适用于集体的戒律，取代了强加于个人的戒律即忏悔。后来加尔文派肯定经济活动的作用，认为富足和“审慎的生活”都是被上帝拣选的标志。到19世纪晚期，这种理念逐渐被称为“新教伦理”。
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1536年下半年，加尔文迁往瑞士湖边城市日内瓦，这是一座人口大约1.3万人的城市。德意志商人首先将关于宗教改革最初的成功事例的消息传至日内瓦，此后这座城市也脱离了信仰天主教的萨伏依王朝的统治。那一年的早些时日，来自已接受茨温利改革的伯尔尼州的军队占领了日内瓦，在这座城市建立保护国，日内瓦保持着名义上的独立。地方官员和两个代表会议的成员由市民选举。
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为了建立一个正直的社会，加尔文希望在这个城市施行基督教戒律和禁欲主义。他的“教会法规”（Ecclesiastical Ordinances）可以成为经历改革的日内瓦的宗教生活组织的规范，但这套法规威胁到了当地议会的权力。加尔文认为教会法庭——由无神职的长者（称为长老［presbyter］）组成的改革派教会的司法机构，有权管理所有市民，并严惩违反日内瓦宗教法的人，惩罚手段包括逐出教会、流放、关监狱，甚至处以死刑。加尔文还希望市政官员来监督人们的宗教生活，但是议会却并不情愿将权力交到这个法国人手上，也不乐意担任监督者。在1538年，议会让加尔文离开日内瓦。
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但到了1540年，日内瓦的大部分市民坚信他们的城市与伯尔尼之间的关系限制了他们自己的主权。市民们选出新的地方长官，他们处死了亲伯尔尼派的领袖。然后两个议会邀请加尔文回日内瓦，监管宗教改革。他们还接受了加尔文的教会法规。于是加尔文回到了这个他曾称为“极其不道德”的城市。
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对苏格兰改革者约翰·诺克斯而言，日内瓦似乎是“自使徒时代以来最完美的基督的学校”。但是许多日内瓦的市民抵制严格监督他们生活的教会法庭。一个人将他的狗命名为“加尔文”以示抗议。加尔文总是警惕着“撒旦每天引诱我们的诸多陷阱和隐秘的诡计”，他强迫一名公开批评他的人穿着刚毛衬衣（用粗糙的兽毛制成的衬衣）慢慢走过全城，在街角停步、祈祷、承认加尔文的权威。加尔文自行判定即将成婚的新郎有无性病、能否在日内瓦结婚；对欺骗顾客的商人处以何种惩罚，也由他来决定。如果酒馆内无人唱淫秽歌曲或打牌，摆放《圣经》供人随时阅览，用餐前做饭前祷告，那么可以允许它营业（事实上加尔文的部分薪资是以桶装酒支付的）。此外，布道时禁止放声大笑、禁止算命或是赞美教皇，违反这一切都要遭到教会法庭的惩罚。1564年加尔文病逝，他生前罹患多种疾病。他长期处于疲劳和对改革堕落而罪恶的世界的焦虑之中，这很可能加剧了他的病情。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484506]
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皈依加尔文派
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加尔文派是多种改革后的宗教中传播最迅速的，加尔文派的皈依者遍及法兰西、尼德兰、德意志邦国、匈牙利、特兰西瓦尼亚(17)、波兰和苏格兰。通过苏格兰热情的改革者约翰·诺克斯的努力，苏格兰议会于1560年接受加尔文教成为苏格兰国教。随着德意志诸国和瑞士的有关宗教改革的文献传播至法兰西，到了16世纪30年代，法兰西所有的社会阶层都受到加尔文教义的影响，即使那些不识字的人也能倾听他人大声诵读《圣经》。
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1547年上台的法王亨利二世谴责加尔文派就像“传染性的瘟疫那样感染了许多贵族的城镇”。巴黎最高法院针对这些宗教异端建立了一个特别司法机构，人称“火焰法庭”，审判了约500人。虐待成性的亨利二世时常亲自来到死刑现场观看。一位来自波尔多的地方官员这样描述勇敢的新教殉道者们：
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到处都是大火……那些死在绞架上的人顽强的决心……使许多人惊呆了。他们看见柔弱的无辜女子为证明自己的信仰而承受酷刑……男人看到骇人的即将杀死自己的死刑准备工作，表现出巨大的喜悦……他们即使半身被烧焦，仍以不可挫败的英勇从火刑柱上俯瞰众人……他们面带着微笑死去。
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审判制度跟不上人们改变信仰的速度，许多贵族也皈依新教。到了1560年，法兰西已经有超过2000个新教或是胡格诺派(18)的宗教团体。
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加尔文教成为尼德兰最重要的改革宗教。为了彻底铲除本国的新教徒，西班牙国王腓力二世成立了许多宗教裁判所(19)。1581年，荷兰宣布独立脱离西班牙统治，在接下来漫长的独立战争中，加尔文教很快成为荷兰民族运动中的一部分。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484507]
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） 英格兰的宗教改革
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不同于欧洲大陆的宗教改革，英格兰宗教改革起源于英王与天主教会的矛盾。但是这场争端的背景也是对教会腐败的不满，以及来自罗马的统治过于遥远。英格兰的罗拉德派一直对中下层阶级有所影响，这些民众憎恨富裕的高级教士、藐视教皇权威。到过欧洲大陆的商人和旅行者带回了路德的文章，剑桥大学里也出现了路德的追随者，其中有威廉·廷代尔，他最先将《新约》翻译成英语出版。1536年他被以异端罪名处以火刑，他死前最后一句话是：“主啊，请您让英格兰的王睁眼！”
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484508]
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亨利八世及其与罗马教廷的决裂
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