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卡拉法后来成为保罗四世（教皇任期：1555—1559），尽管遭到了神圣罗马皇帝查理五世的反对。保罗四世曾宣称：“若我们自己的父亲是一个异端，我们会极其乐意运来木料烧死他！”新教皇退而捍卫正统教义并开展猛烈的镇压活动。1559年，他正式确立了出版审查制度，制成禁书列表——《禁书目录》（Index）。审查员规定其他的书必须进行修改，并禁止印刷他们认为存在争议的刊物。
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天主教改革致力于与所有形式的“错误”战斗，限制这些错误的发展并将其清除。保罗四世发明的“犹太人区”就是这样一种举措，他命令居住在教皇国的所有犹太人住在特定的街区，且只能在个别时间外出。1555年的教皇敕令称：犹太人因基督被害而负罪，因此他们应该被当作奴隶对待。于是在欧洲大部分天主教国家，犹太人不得不戴上黄色的帽子以表明身份，他们还不得拥有土地、不能从事大部分职业。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484512]
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依纳爵·罗耀拉和耶稣会
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依纳爵·罗耀拉（1491—1556）是一位风度翩翩的巴斯克贵族，他也是天主教改革的领袖人物之一。罗耀拉在一次战役中身负重伤，在养伤期间，他读了一份耶稣生平的报告以及一本介绍圣徒生平的书。他发誓要让整个欧洲回归天主教正统的怀抱。罗耀拉去一家西班牙修道院朝圣，将他的剑留在礼拜堂，并把华丽的长袍赐给一个穷人。然后他穿上粗麻布衣，从西班牙行至意大利。罗耀拉逐渐有了追随者。而宗教裁判所也盯上了他，因为他宣称要通过“精神的皈依”来帮助世人，听起来很像异端。但他有力地为自己辩解，于是他只是短暂地入狱，随后很快被释放。
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罗耀拉希望能够建立一个新的修会来让人们获得与他在伤病期间一样的强烈的宗教体验。他来到罗马，为教皇服务，组建了耶稣会，该修会于1540年得到教皇的正式认可。在罗耀拉军事般的管理下，被称为耶稣会士（Jesuit）的修会成员人数和影响力迅速上升，他们就像是天主教内部改革中的十字军战士。
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耶稣会为天主教会的组织方式、正统思想和纪律管理提供了范本。耶稣会士必须经历严格的训练，立下效忠于教皇的特别誓言。他们将对托马斯·肯皮斯（Thomas à Kempis）具有神秘色彩的《效法基督》的研究与罗耀拉自身热烈而虔诚的沉思结合在一起。
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1556年，罗耀拉去世，此时耶稣会士已超过千人。耶稣会士是国王和贵族的顾问，他们教育信仰天主教的上层人物，耶稣会为奥地利、巴伐利亚、莱茵兰地区天主教改革的成功贡献良多。耶稣会还帮天主教收回波兰，后者在1573年宣布宗教宽容，一些领主皈依加尔文派。为了天主教的改革，耶稣会士开始远渡重洋，来到北美、拉丁美洲和亚洲，最终甚至有人得到了中国皇帝的赏识，经常出入于朝廷。他们作为传教士，开展激情洋溢的布道，其目的是让世人回到天主教会的怀抱。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484513]
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特伦托公会议
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1545年，在神圣罗马皇帝查理五世的强烈要求下，教皇保罗三世召开了特伦托公会议（1545—1563）。会议旨在评估天主教会的状况并规定它的教义。虽然一段时间以来，召开这样一次内部清算性质的会议已显得势在必行，但教廷一直认为公会议运动是对自身权力的潜在威胁，于是一有机会就推迟会议的召开。而召开后，这场特伦托公会议就断断续续地持续了8年之久，使西方基督教世界的分裂不可挽回。大部分来到阿尔卑斯小镇特伦托的高级教士，都认为会议的主要目的是批判所有教会认为是异端的思想，并重新确认天主教的神学理论。尽管教皇本人从未参加过特伦托公会议，但是来自意大利的代表掌控着会议，他们在不同意对方发言时，纷纷用咳嗽和打喷嚏打断会议进程。
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这场会议推翻一条又一条带改革色彩的教义，并宣布这些见解都是“诅咒”。它再一次确立了教皇和主教们的权威、七种圣事以及基督在圣餐礼中的临在。它还明确反对教士结婚，再次肯定炼狱信仰和赎罪券的救赎功效(21)。
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1562年，教皇庇护四世（教皇任期：1559—1565）主持了特伦托公会议的最后阶段。会议决定在每个主教教区开设神学院，以增加神父的数量并提高他们的素质。神父自此之后在堂区记事录里记载信徒的出生、受洗以及死亡等事宜。这为近代的历史学家提供了极其有用的人口统计的相关资料。一些修道院也开始改革。不少受到更好教育的教士前往德意志南部邦国和奥地利，帮助教会维持在当地的影响力。
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特伦托公会议结束后，教廷就像那些最强的欧洲国家一样变得更加集权、组织性更强、行政效率更高且更积极进取。一些更有能力的教皇逐渐使教廷权威在教会内部得以恢复。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484514]
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先管好自己
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一位天主教的教士建议：“与异端战斗，最好的方法是不要成为被他们抨击的靶子。”天主教会的一些领袖人物断言教会应当先管好自己，并让那些改信新教的信徒重新皈依天主教。教皇庇护五世（教皇任期：1566—1572）也向罗马的腐化、奢侈和浮夸之风宣战。不过堕落似乎仍然无处不在。1569年，一位威尼斯的大使去法国，回来后汇报：法国人“买卖主教职位和修道院，就像商人买卖胡椒和肉桂”。庇护五世下令让那些住在罗马过着奢侈生活的主教收拾行囊回到自己的辖区，拒绝离开的主教被关进监狱。
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天主教的改革者希望为宗教修会成员和世俗化的教士重建秩序与纪律。阿维拉的圣特雷萨修女（Teresa of Avila）目睹西班牙各修院之间卑劣的争斗而感叹：“正因为修士们（在男女修院中）过着这样的生活，无怪教会变成现在这个样子。”她致力于结束这种争斗。但一些教士开始否定修院生活，认为它与教会如火如荼的传教事业毫无关联，这也是一种受新教改革影响的体现。新兴的修会，如嘉布遣会（方济各会的一支）和女修会乌尔苏拉会，都致力于在穷人和病人间传教。樊尚·德·保罗（Vincent de Paul，1581—1660）帮助穷人重树信仰。看到新教通过印刷大量小册子进行宣传获得成功，天主教会也印发了大量传播天主教教义的《教理问答》和记载圣徒生平的刊物。天主教改革还促成了其他新的虔诚团体(22)的出现，其中一些团体使来自社会各阶层的普通人因为信仰聚集在一起。对圣母玛利亚的崇拜越发流行。新教改革强调个人的宗教生活，通过研究《圣经》和个人的思考培养自己的宗教虔诚。而天主教的改革如今也鼓励个人的虔诚和精神修炼。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484515]
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） 两种宗教改革时期的文化
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新教改革最初只是针对天主教会弊端的宗教行为，但是它也反映了当时欧洲社会深刻的改变。宗教改革的产生不但离不开印刷机的发明，也离不开贸易的发展，贸易的干线也成为改革传播的线路。在那个宗教信仰和活动牵动日常生活的时代，新教和天主教会的改革都影响了艺术、建筑、印刷文化、教育、大众文化和家庭生活。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484516]
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印刷文化
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印刷术并未导致宗教改革，但它肯定促进了宗教改革的传播。在改革者们挑战天主教会的教义及教廷权威的同时，小册子、书籍和其他印刷品的印刷量迅速增长。路德的作品因此得到快速传播，到16世纪20年代中期，路德的作品在德意志的发行量多达100万册。路德称印刷机为“上帝最高的恩典，有了它，基督就能传播他的福音”。他在瓦特堡翻译的《圣经》在两年间重印了50次。他写过450篇论著，布道超过3000次；他的作品全集超过100卷，共6万页。路德还出版了一部赞美诗集，收录的许多赞美诗至今仍为人吟唱。他采用通俗的宗教主题和概念，使德意志的普通大众甚至是孩子也能接触他的许多对话、诗歌和布道。
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大约从1480年起，印刷术的传播为德意志邦国世俗文化的发展作出了贡献。大部分的印刷品都使用当地文字，即德语，而非拉丁语。尽管在印刷术发展早期，宗教作品是印刷品的主流，但其他受欢迎的书籍和小册子的主题包括了自然、冒险家的发现、专业技术学习（如自助医学手册上的医疗技法）、自学指南（如在法庭上自辩的技巧、啤酒和葡萄酒的制法）和日常生活中的道德观。不过，给不识字的人看的那些通常具有讽刺性的漫画，如木版画和大幅海报，其销量可能远多于印刷文章。当时的漫画将路德画作赫拉克勒斯、与代表教会的恶兽搏斗的狂热圣徒、新的摩西或是行神迹者；还有一个非常流行的传说，认为路德是德式小香肠的发明者。
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