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法兰西加尔文教徒利用王室的混乱政局，在从事本派宗教活动方面，变得愈发大胆。天主教徒和胡格诺教徒因为宗教节日而发生口角。1562年，加尔文教徒控制了里昂，并强迫那里的其他人参加他们的宗教仪式。不论在哪里，只要加尔文教徒占据人口多数，他们就会亵渎天主教的墓地、毁坏华丽的彩色玻璃窗、打烂教堂祭坛的栏杆，并用泥土涂抹圣徒雕像。天主教徒对此的回应是大量屠杀加尔文教徒，他们不止一次强迫加尔文教徒像基督那样戴上荆棘王冠，直至死亡。双方都烧毁对方教派的“异教书籍”。当时的谣言称胡格诺教徒沉迷于纵欲，使这场圣战更为激烈。同时，新教徒们则指责天主教徒进行偶像崇拜且从事魔鬼的事业。
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然而在法兰西，如同在欧洲其他一些宗教改革扎根的地区那样，一些勇敢的人敦促宗教宽容。例如在1561年，一位修道院院长发出了以下警告：
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我很清楚，许多人认为容忍两种宗教共存于一国是错误的，人们确实可能希望只有一种，倘若它是一种真正的宗教……在良知和宗教问题上，诉诸武力来解决问题，确实是没有意义的，因为良知就如同我们的手心，我们越是挤压，它就抵抗得越厉害，并且良知只接受理性和好建议的命令。
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1562年，第一次大规模的宗教战争在法兰西爆发。这场战争的导火索是吉斯家族的公爵弗朗索瓦（1519—1563）下令处决被发现在他的领土上进行礼拜的胡格诺教徒。在西南部的城镇图卢兹，超过3000人战死。新教徒的尸体被丢入河流，他们的街坊也以“净化”之名被放火烧毁。天主教的世俗团体成员宣誓，将保护法国不受“异教”侵入。他们还在公共场所竖立十字架，作为投身于天主教事业的象征。天主教重新赢得了几个大城市的控制权。
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这场战争的第一阶段于1563年结束，在此期间一位胡格诺教徒暗杀了吉斯家族的公爵弗朗索瓦。一道王室敕令赐予胡格诺教徒在每个地区的指定城镇以及已聚集起加尔文教徒的地方进行礼拜的权利。不过互相争吵的法兰西各权贵家族愈发急切地想将他们的意愿强加于君主，是因为弗朗索瓦无嗣而亡，而年轻的法王查理九世和他的弟弟都还无子。法兰西王室如今没有明确的王位继承人。
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1567年，法兰西新教徒和天主教徒再次爆发了战争。这场战争延续至3年后，直至双方签订了一份彼此都不甚满意的和约之时，都没有取得决定性的结果。1572年，查理九世和凯瑟琳尽管身为天主教徒，最初却同意为荷兰的新教徒提供武力支持，后者发动了针对西班牙统治者的叛乱。查理九世和凯瑟琳的目的是帮助削弱法兰西的主要对手。但是查理迫于母亲的压力，也害怕激怒更激进的法兰西天主教徒和教皇，于是很快放弃了资助荷兰人，反而同意接受信仰天主教的吉斯家族的指导。不论国王是否知晓或纵容，吉斯家族试图暗杀新教领袖、海军上将加斯帕尔·德·科利尼（1519—1572），但失败了。科利尼是一名皈依新教的蒙莫朗西家族成员，吉斯家族将早先信仰天主教的吉斯公爵弗朗索瓦被谋杀一事归咎于他。
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查理九世的妹妹玛格丽特与纳瓦拉的亨利的婚姻在原则上本应是一种宗教和解，前者来自信仰天主教的瓦卢瓦家族，后者来自信仰胡格诺派的波旁家族。在为婚礼而进行的谈判上特别规定，巴黎的胡格诺教徒参加婚礼时，必须不带武器。不过国王的来自吉斯家族的顾问、也许还有他的母亲说服了他：唯一能够阻止一名新教徒反抗王室的方法是采取严厉手段打击胡格诺教徒。因此，在1572年8月24日清晨，天主教杀手追踪并杀死了胡格诺派的领袖们。在后来被称作圣巴多罗买日大屠杀的事件中，吉斯家族的（新）公爵杀死了海军上将加斯帕尔·德·科利尼，他那被击伤且被阉割的尸体被丢出窗口，接着被孩子们拽着穿越尘土飞扬的巴黎街道。天主教暴徒们在街上横冲直撞了6天，杀害了超过2000名新教徒。而在巴黎以外地区，另有1万名新教徒丧命。图卢兹高等法院是起源于中世纪、同时具有司法与行政职能的12座法院之一，它裁定屠杀任何“异教徒”都属合法行为。为了庆祝这场屠杀，教皇特别举行了唱诗弥撒。数千胡格诺教徒离开法兰西，或者搬到更安全的地区，包括他们在西南地区依旧占有的设防城镇。
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1574年，查理九世驾崩，继承王位的是他那患病的弟弟亨利三世（统治时期：1574—1589）。在他的加冕典礼上，王冠两次从他头上落下，这在迷信的年代是个恶兆。新国王是矛盾的化身。看起来他似乎非常虔诚，进行了多次朝圣并希望能复兴他的王国的信仰。但他还花钱如流水，喜欢打扮成女人，同时他让年轻英俊的男士围绕着他，并肆意地宠爱他们。
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亨利三世还必须应对不断加剧的财政危机，连年的粮食歉收使其雪上加霜。但是当他要求省级三级会议(6)上交更多税款时，这位国王发现，他许诺的财政改革、消除王室税务员的财政弊端等举措都不足以带来更多财政税收。三级会议极为憎恨宫廷中的意大利金融家的影响、王室的奢华生活，以及那些获得王室欢心的贵族。
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1572年圣巴多罗买日大屠杀，巴黎有超过2000名胡格诺教徒被杀。
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围绕在国王身边的天主教势力并非团结一心。一群被称作“政治派”（politiques）的温和派天主教徒力求宗教和解。他们厌倦了混乱状态和流血冲突，准备将政治问题放在宗教矛盾之前。因此“政治派”致力于赢得温和派胡格诺教徒的支持，从而给法兰西带来宗教宽容和和平。
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1576年，亨利三世签署了一项协议，放宽了对新教徒的宗教活动的限制。但是让步却让一些坚决不妥协的天主教徒感到更加愤怒，这些天主教徒被称作“狂热派”（dévots）。一位法兰西北部皮卡第的贵族被这些对胡格诺教徒作出的妥协所激怒，组建了一支天主教联盟，其规模不但对胡格诺派产生威胁，甚至威胁到法兰西王室。这个联盟的领导人是受到西班牙的腓力二世资助的吉斯公爵——英勇的亨利。他们宣誓将一直战斗，直到彻底将新教徒赶出法兰西。但是这次再度对抗新教徒的军事行动除了重申可进行宗教仪式的条件外，没能带来任何结果。
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亨利三世与吉斯家族的和解也未能长久。1584年，国王的最后一位兄弟安茹公爵弗朗索瓦去世，使新教徒纳瓦拉的亨利成为王位继承人。这是天主教徒最大的噩梦。天主教联盟全力支持年迈但野心勃勃的天主教徒、波旁家族的红衣主教，这位红衣主教是排在纳瓦拉的亨利之后的王位继承者。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484527]
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纳瓦拉的亨利
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纳瓦拉的亨利（1553—1610）出生于法兰西西南部比利牛斯山边的波城。他是强大的波旁家族族长波旁的安托万与让娜·达尔布雷的儿子。亨利同时继承了母亲敏锐的才智和父亲的优柔寡断。他的母亲是虔诚的胡格诺教徒，并怀着这一信仰抚养了亨利。亨利的父亲因对亨利的母亲不忠而臭名昭著，1562年，当他父亲将他母亲送回西南部后，他皈依了父亲的宗教：天主教。不过当他父亲战死沙场后，亨利又回归了新教的怀抱。当他被凯瑟琳·德·美第奇当作人质带进宫廷时，他被允许拥有胡格诺派的教师。在王宫里，他的朋友有未来的国王亨利三世，以及未来的吉斯公爵亨利。1572年8月的巴黎，纳瓦拉的亨利与凯瑟琳·德·美第奇的女儿玛格丽特的婚礼后，圣巴多罗买日大屠杀发生了，他被迫面临两种选择：要么信奉天主教，要么被处死。于是他选择了前者。在暂时休战的时日里，亨利有更多的时光来从事他的爱好：追女人和狩猎。
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胡格诺派有充分的理由提防这个似乎如此轻易地改变信仰的年轻人。不但如此，他似乎已接受了圣巴多罗买日大屠杀，仍将吉斯公爵当作朋友；他与天主教军队在一起，尽管是在看守下。他还写信给教皇，乞求教皇宽恕他过去的各种错误。
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不过当亨利离开巴黎，远离天主教公爵的监视之后，他正式宣誓放弃天主教，并在新教徒控制的西南地区，作为王室的统治者定居下来。他在那里试图在好斗的天主教徒和胡格诺教徒间，引导一条中间道路。他的两种宗教互相宽容的主张获得了广泛支持。1584年，当纳瓦拉的亨利成为王位继承人后，天主教联盟重新团结起来，从巴黎和其他北部城镇的工匠处获得支持。联盟无视国王，强迫巴黎高等法院撤销对胡格诺派的宗教宽容政策。其目的是让波旁家族的红衣主教登上王位，尽管吉斯公爵自己想成为国王。
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如今“三亨利”之战正式爆发。（瓦卢瓦王朝的）亨利三世先是与（波旁家族的）纳瓦拉的亨利以及蒙莫朗西公爵联盟，共同对抗吉斯公爵亨利。吉斯家族在1585年言辞激烈地指责国王，称他无能的统治毁灭了法兰西，并呼吁人们反对亨利三世，让吉斯公爵成为国王，将新教徒赶出法兰西。
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接下来亨利三世转换阵营，和吉斯公爵一道对抗纳瓦拉的亨利。1585年凯瑟琳·德·美第奇与吉斯公爵亨利签订的《内穆尔条约》废除了所有宗教宽容的敕令，使许多城镇加入天主教联盟。如今纳瓦拉的亨利孤军奋战，他为新的战争进行准备。他谴责西班牙的介入，并在一次典型的“政治派”声明中，号召士兵们“围绕我团结起来……不论宗教派系如何，所有真正的法兰西人（围绕我团结起来）”。尽管他越来越依靠德意志和瑞士的雇佣军来组建军队，并获益于一支德意志新教徒的军队，但他对外国势力的谴责是一种绝佳的政治宣传手段，目的是获得天主教温和派——“政治派”——和天主教教士的支持。
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1587年，纳瓦拉的亨利在波尔多附近的库特拉击败了法王和天主教联盟的联军。在这里，他的防守布局、使用火炮和骑兵的策略都起到了决定性作用。但亨利并没有通过追击天主教军队使他那惊人的胜利更为圆满，反而回归狩猎和寻爱之旅。正如当时有人所述：“一场如此闻名的胜利带来的所有优势，就这么烟消云散了。”
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同年，英格兰女王伊丽莎白一世处死了玛丽·斯图亚特，苏格兰的天主教女王，后者同时也是吉斯公爵的外甥女（见第五章）。吉斯公爵为法王亨利三世无力解救自己的外甥女而震怒，他在西班牙国王的催促下，于次年来到巴黎，在那里他和天主教联盟获得了支持。西班牙国王希望不让法王在西班牙的无敌舰队开往英吉利海峡时考虑支持英格兰。当亨利三世派军队来到巴黎对抗吉斯公爵时，巴黎民众在1588年5月12日发动起义，他们在市中心遍筑街垒。国王命令他的军队撤退。“街垒日”标志着被称作“十六”（the Sixteen）的由教士领导的委员会的胜利，十六是当时巴黎的区数。
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此前数年里，“十六”一直积极支持天主教联盟，同时以同样的激烈程度强烈谴责法王、天主教的“政治派”以及胡格诺派。巴黎民众的敌对情绪迫使法王任命波旁的红衣主教（1523—1590）为他的继承人，吉斯公爵为中将，并宣布召开三级会议(7)。
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