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同年，英格兰女王伊丽莎白一世处死了玛丽·斯图亚特，苏格兰的天主教女王，后者同时也是吉斯公爵的外甥女（见第五章）。吉斯公爵为法王亨利三世无力解救自己的外甥女而震怒，他在西班牙国王的催促下，于次年来到巴黎，在那里他和天主教联盟获得了支持。西班牙国王希望不让法王在西班牙的无敌舰队开往英吉利海峡时考虑支持英格兰。当亨利三世派军队来到巴黎对抗吉斯公爵时，巴黎民众在1588年5月12日发动起义，他们在市中心遍筑街垒。国王命令他的军队撤退。“街垒日”标志着被称作“十六”（the Sixteen）的由教士领导的委员会的胜利，十六是当时巴黎的区数。
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此前数年里，“十六”一直积极支持天主教联盟，同时以同样的激烈程度强烈谴责法王、天主教的“政治派”以及胡格诺派。巴黎民众的敌对情绪迫使法王任命波旁的红衣主教（1523—1590）为他的继承人，吉斯公爵为中将，并宣布召开三级会议(7)。
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参加全国三级会议的代表中许多都是天主教联盟成员，接下来在1588年，他们齐聚卢瓦尔河谷城市布卢瓦。许多言辞尖刻的书面申诉都被提交给会议代表，其中包括一段来自巴黎的抱怨之辞，谴责国王为“肿瘤……污秽不堪并带着感染性腐败”，它还要求“所有的异教徒，不论他们品性、地位或等级如何，都应被关进监狱并处以火刑”。但是当时，英国的舰队已经在英吉利海峡打败了腓力二世的无敌舰队（见第五章），贵族们也发现亨利三世并没有他们预计的那样胆小。吉斯公爵听到一个传言，说国王正在策划暗杀他，他的回复是：“他才不敢。”但在1588年圣诞节前不久，亨利三世的护卫在布卢瓦城堡里杀死了吉斯公爵。此时凯瑟琳·德·美第奇正奄奄一息地躺在这场血腥谋杀发生地楼下的一个房间里。这位瓦卢瓦王朝的国王将波旁的红衣主教，以及其他天主教联盟的显贵人物抓了起来。
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暗杀吉斯公爵亨利。
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对吉斯公爵的暗杀迫使天主教联盟对亨利三世发动全面反叛。300多个城镇如今加入这个“神圣联盟”（Holy League）对抗法王，其中大部分是北部的城镇。当天主教徒们即将陷入内战时，纳瓦拉的亨利（此时他又是新教徒了）呼吁和平：“我们已经度过了疯狂的、愚蠢的、愤怒的4年，这难道还不够吗？”
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于是亨利三世出于权宜之计，被迫再次与纳瓦拉的亨利结成同盟，一起对抗天主教联盟。当他们的联军围攻巴黎时，1589年8月，一名修道士暗杀了亨利三世。未能完美履行保卫国王职责的亨利三世的瑞士护卫跪倒在纳瓦拉的亨利的面前，告诉他：“陛下，现在您是我们的国王和主人了。”
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但天主教联盟早在5年前就宣布，亨利三世死后的王位继承人是波旁的红衣主教。亨利将他潜在的对手关入监狱。纳瓦拉的亨利的大军在诺曼底分别在1589年和1590年两次击败了天主教联盟的军队。但是再一次，亨利未能充分利用他那高明的指挥才能带来的形势。他在最终围攻饥荒中的巴黎前一直磨磨蹭蹭。
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而意图为巴黎民众提供必需品的西班牙军队从佛兰德到来，使亨利进一步获得了天主教温和派的支持，后者憎恨西班牙的干涉，那可能会延长攻城战的时日。身体的虚弱开始压倒宗教信念。亨利还利用了人们对教皇插手法兰西内政的憎恨(8)。当亨利的军队围攻巴黎时，西班牙的军队在几个省打败了忠实于他的军队。1590年波旁红衣主教之死使西班牙国王腓力二世宣布，已故国王亨利二世在西班牙的外孙女是法兰西王位的继承者，继而暗示他可能自己来索要法兰西王位。不过同一时期，亨利在战场上节节得胜，他的和解声明也让他进一步赢得民心。
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善变的纳瓦拉的亨利还准备好了另一项让世人大吃一惊的计划。1593年，他同时震惊了他的朋友和敌人，因为他宣布将再一次放弃新教，皈依天主教。而这一举措反映出他敏锐的政治眼光。正如他所说，值得为巴黎做一场弥撒，这是让首都顺从的代价。次年，他作为亨利四世在沙尔特举行加冕典礼后，巴黎几乎不作抵抗便屈服了。亨利精心策划了一系列仪式，进入他的首都，仪式中包括数百名身患瘰疠（一种结核病）的病人经王者的触摸（royal touch）后“痊愈”，这是数百年来法兰西与英格兰的一项国王的传统。亨利热情地向那些为了目睹第一位波旁家族的法兰西国王而靠近窗边的女性点头示意。
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天主教联盟的势力逐渐消失，一个又一个的城镇宣誓效忠于亨利，往往是为了回报它们得到的钱款。1595年，亨利对西班牙宣战，获得了人们对王室的支持。教皇也取消了将亨利开除教籍的惩罚。亨利入侵腓力在勃艮第的领地，击败了他的军队。1598年，最后一支天主教联盟军队投降。在守住了王国的边界领土后，亨利与腓力二世签订《韦尔万和约》，从而结束了这场双方都无法继续负担的战争。但是，让法兰西稳定并非一蹴而就。宗教战争使穷人的生活愈发困苦不堪。16世纪90年代灾难性的歉收与传染病加剧了他们的痛苦。天主教联盟的战争在法兰西许多地方造成了破坏，扰乱了经济秩序。而敌对双方无止境地铸造货币，让通货膨胀更加严重。
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亨利的使者们承诺，这位“深受爱戴的君王”将消除不公正，使“家家锅里都有一只鸡”，由此逐渐恢复了秩序。他确实稍稍削减了直接税，那是农民的主要负担。亨利还根除了一些包税制中的腐败问题，通过包税制，政府官员允许野心勃勃的中间人收税并获得其中的一部分。但是总的来说，农民要承担的税反而变得更多。
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亨利逐渐成功地将王室财政置于一个更坚实的基础上。1596年，他说服显贵会议批准一项被称作官职税（paulette）的附加税。这项新税使官员只要每年向王室缴一次税就能确保职位留给他们的继承人。官职税使王国里最富裕的贵族阶层与王室更加休戚相关。但它在增加王室收入的同时，也使官职贿买，即购买职位和与之相伴的贵族头衔的现象愈演愈烈。
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亨利甚少能够悠闲度日。1602年及两年后，他两次发现贵族们与西班牙王室串通，密谋对抗他。他在9次暗杀中幸存。事实上，耶稣会的小册子的撰写者也呼吁暗杀国王。他将两支装满子弹的手枪挂在腰带上随身携带，并让一些胆战心惊的仆人试吃他的食物和饮品，也就不足为奇。
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1598年，亨利的《南特敕令》使天主教正式成为法兰西国教。但《南特敕令》同时也允许该国的200万新教徒(9)拥有以下权利：在家可以进行礼拜；在指定的城镇——几乎都在西南部和西部——可以进行宗教仪式和建立新教学校；以及保留许多有防御工事的城市。此外，《南特敕令》还在省级高等法院或由贵族们控制的法院建立司法机构来审判有关新教徒的案件（见地图4.1）。
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地图4.1 16世纪的法兰西宗教战争 1598年，处于《南特敕令》时期的法兰西。这幅图显示出中立省、胡格诺派省和天主教联盟省在宗教战争时期的分布，以及属于胡格诺教徒与天主教联盟的城镇和战争期间的战场。
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但是为了小心地平息天主教势力的强烈抗议，一系列机密法令向巴黎、图卢兹和其他一些坚定的天主教城镇承诺，新教徒将被禁止在这些城市的城墙之内礼拜。因此，《南特敕令》使新教徒成为一种单独的社会等级，有特定的特权和权利，但他们依旧处于法兰西人生活的边缘。“我所做的一切是为了和平。”亨利强调。然而前天主教联盟成员激烈地抗议。一旦登记敕令，高等法院就将给予敕令法律地位。在这种情况下，各地高等法院逐步地、不情愿地登记了敕令，它使胡格诺派得到了可能比欧洲其他少数宗教信徒更安全的地位。
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亨利的外交政策是以自身王朝利益为准则，看起来似乎比较偏向新教，如支持荷兰武力反抗西班牙，支持某些德意志邦国对抗信仰天主教的哈布斯堡家族。亨利对新教徒的叛乱和新教君主的支持使他不可能再考虑进一步向胡格诺派让步。
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同时，天主教改革也在法兰西开花结果。教会受益于人们重新高涨的对宗教组织的热情和对教会的好感。1604年亨利允许耶稣会回归法兰西，这标志着宗教冲突带来的紧张局势开始缓解，他还准许一些意大利宗教修会进入法兰西。
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在蠢蠢欲动的各路杀手暗中潜伏之际，亨利必须考虑他的继承人问题。他希望教皇废除他与他那18年未见的瓦卢瓦的玛格丽特的婚姻。在等待敕令之时，他已准备迎娶他的其中一个情妇，但她却因小产身亡。接下来，他在教会的批准下，迎娶了玛丽·德·美第奇（1573—1642），她是凯瑟琳·德·美第奇的远房亲戚。亨利的第二场权宜的联姻让他获得一笔丰厚的嫁妆，他将其中一部分用于偿还更多的国际债务。
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亨利机智、处事井井有条，并及时应对他的广大领土中的各种事件。但他缺乏礼仪意识，经常突然跑出卢浮宫，而他的侍卫忙不迭地追赶他。他的机智也是众所周知。一位喋喋不休的来自亚眠的代表正式地欢迎他，开始说：“哦，众王中最温柔、最伟大、最仁慈的一位……”亨利打断了他：“也是众王中最累的一位！”第二个发言人开始宣布官方的致词：“陛下，斯巴达的国王阿格西劳斯……”亨利打断他的话：“我也听说过阿格西劳斯，但是他已经吃过饭了，我还没有。”
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亨利有种魅力十足、但却颇有些自相矛盾的个性。他往往鼓励画家把他画得像赫拉克勒斯或阿波罗，或是头戴插有华丽的白色羽饰的战士头盔，而真实的法兰西国王却极其不修边幅，有时衣衫褴褛。他以战场上的强劲体力和豪赌成性却运气欠佳而闻名于世。玛丽·德·美第奇一直承受着丈夫的风流成性以及时不时淋病发作的负担。亨利的3个情妇为他生下6个私生子，此外还有他的王后所生的3个孩子。他的9个后代让他非常自豪，他称之为他的“牧群”。
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尽管亨利四世对音乐和诗歌一无所知，他经常在戏院看戏时睡着，但他资助了美化巴黎的新建筑计划，使他的统治在巴黎留下了烙印。他命令沿塞纳河修筑了4个码头，以便船舶进坞。他还修筑了豪华的太子广场（Place Dauphine），周围环绕的是一直延伸至西提岛西端的高雅建筑群，他本人的骑马雕像也竖立在那里。他还精心策划了皇家广场（Place Royale）的修筑，其附属建筑有对称的砖制拱廊和带有北方建筑风格的陡峭屋顶。
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