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斐迪南二世，神圣罗马皇帝、波希米亚国王。
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宗教不宽容的行动引发了更为激烈的宗教对立。1606年，在德意志南部的自由都市多瑙沃特，路德派占据上风，天主教徒享受着宗教宽容。但当路德派试图阻止天主教徒进行游行时，骚乱爆发了。次年，巴伐利亚的马克西米利安公爵派兵以确立天主教的统治。这触怒了这个地区加尔文派的诸侯，以及一些路德派的统治者。两年后召开帝国议会，当神圣罗马皇帝鲁道夫二世拒绝增加新教徒议会代表时，会议在混乱中结束。一些信仰天主教的德意志邦国寻求西班牙介入莱茵兰北部天主教小国克里维斯于利希的公爵继承人之争，法王亨利四世也威胁要入侵该地区，此时这场政治危机扩散开来。1609年，德意志信仰天主教的诸侯组成了一个天主教联盟，其统帅是巴伐利亚的马克西米利安。接下来，6个信仰新教的诸侯签约成立了防御同盟，一个对抗天主教联盟的新教联盟。
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1612年，马蒂亚斯当选为神圣罗马皇帝，他希望天主教联盟成为一个遵循哈布斯堡家族意愿的机构。他还希望能从加尔文派控制的新教联盟中拉拢路德派。但是马蒂亚斯痴迷于实现哈布斯堡家族的王朝野心，他曾与荷兰的新教徒叛乱者共同对抗西班牙（见第五章），以及投机性地对路德派实行宽容政策等作为，使他失去了一些天主教诸侯的信任。而内奥地利的统治者斐迪南大公一直在他身后等待机会，领导一场天主教对抗新教的圣战。斐迪南于1617年继承了匈牙利的王位，次年他成为波希米亚的国王。1619年在堂兄马蒂亚斯死后，他成为神圣罗马皇帝。斐迪南是一名虔诚的天主教徒，他的告解神父说服他，拯救自己灵魂的唯一出路是发动宗教战争。同一时期，波希米亚的新教抵抗势力开始集结起来，并向特兰西瓦尼亚和普法尔茨的新教徒寻求帮助。
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波希米亚的冲突
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斐迪南严格限制波希米亚新教徒的宗教礼拜。在布拉格，加尔文教徒和路德教徒开始放眼波希米亚以外，寻求新教君主的可能的支持。新教领袖们在波希米亚的等级会议上集会，以1609年鲁道夫签署的“皇家诏令”规定的权利为依据。斐迪南下令解散集会。
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在1618年的“抛出窗外事件”后，新教领袖们在波希米亚建立起临时政府。一位驻荷兰首都阿姆斯特丹的英格兰大使作出了如下预言：“发生在波希米亚的事将会震撼整个基督教世界。”事实确实如此，它引发了一场天主教军队与新教军队之间的毁灭性战争，这场战争将持续30年，严重破坏许多德意志邦国，最终带来的宗教和领土上的和解将持续200年。
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这场波希米亚爆发的全面起义不但针对教会，也针对哈布斯堡王朝。起义者由于几乎没有得到贵族的任何援助，于是向新教联盟求助，并许诺将波希米亚的王位献给腓特烈，他是年轻的加尔文派的普法尔茨选帝侯，也是中欧最重要的新教君主。1619年，等级会议将王位献给腓特烈，他接受了。
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新教徒的事业与天主教徒的事业一样，逐渐变得国际化，且牵连到王朝层面的考量（见地图4.2）。如今神圣罗马皇帝斐迪南二世获悉，起义的新教徒拒绝承认他在波希米亚地区的统治，并将他的王位移交给腓特烈。斐迪南二世比以往任何时候都迫切地希望将新教势力驱逐出境，但由于缺乏军队，于是他只好求助国外势力。信仰天主教的西班牙国王同意派遣一支他勉强负担得起的军队；西班牙介入的报偿是得到莱茵兰的下普法尔茨将割让给西班牙的许诺。巴伐利亚的信仰天主教的马克西米利安一世也派遣了一支军队支持斐迪南，因为他希望他的努力能使他得到上普法尔茨与腓特烈的神圣罗马帝国选帝侯的头衔。
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地图4.2 三十年战争，1618年到1648年 新教军队和天主教军队相互厮杀的战场跨越了整个欧洲。
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冲突扩大
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1619年新教军队围攻了哈布斯堡王朝的首都维也纳，直到天主教军队到来。荷兰人此时无法帮助新教徒，因为他们正在对抗西班牙，争取独立。一些德意志新教国家也因为担心自身领土上天主教徒的起义，临阵退缩。但是由于西班牙的军队和资金已经介入，波希米亚危机已经不可避免地国际化。
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1620年，天主教联盟集结了一支主要由巴伐利亚人组成的3万人的军队。约翰·冯·蒂利伯爵（1559—1632）为军队统帅。这位来自佛兰德的抑郁、优柔寡断的伯爵成功地制服了上奥地利。他之后在11月份布拉格附近的白山之役中，打败了新教联盟的主力部队。现在，由于天主教军队控制了波希米亚，蒂利的部队接下来迅速占领了西里西亚、摩拉维亚、奥地利以及上普法尔茨部分地区。天主教的胜利使战争进一步扩大，天主教联盟逐渐下定决心，彻底消灭所有新教的抵抗力量，而在另一边，新教军队决定不惜任何代价坚决抵抗。
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腓特烈的新教军队坚持继续战斗，并指望法国和其他害怕哈布斯堡家族在中欧势力增强的国家的帮助。腓特烈还希望说服英格兰国王詹姆斯一世，天主教联盟的胜利会给整个新教世界带来威胁。但是这位英王却把希望寄托于他的儿子查理与西班牙国王腓力四世的妹妹的联姻之上（见第五章）。王朝竞争的重要性再一次超越了宗教信仰。
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战争继续进行，蒂利的军队取得了一系列小型战役的胜利。1622年，西班牙的军队在莱茵兰的于利希击败了荷兰军，彻底断绝了英格兰军队取道荷兰支援腓特烈的任何可能性。此时此刻，腓特烈唯一的有战斗力的军队是一支来自德意志东北部、劫掠成性的雇佣兵军团。1623年，蒂利再一次击败新教军，征服了普法尔茨的大部分地区，迫使腓特烈在仅仅当了一个冬季的国王后，就放弃波希米亚的王位。但是当詹姆斯之子与西班牙公主的联姻计划失败后，腓特烈因可能会继续获得英格兰的援助而受到鼓舞，转向北方的斯堪的纳维亚寻求支持。
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丹麦阶段
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信奉新教的丹麦王克里斯蒂安四世（统治时期：1588—1648）野心勃勃且极为富有，但缺乏理性。他同时也是德意志北部邦国荷尔斯泰因的伯爵。这位喜爱赌博、嗜酒成性的丹麦人希望扩大他的影响力，但可能更希望为他的德意志北部邦国增添一些领土。腓特烈当时的困境似乎为这位丹麦君主提供了一次千载难逢的机会。1625年，他率军进入德意志北部邦国，理所当然地认为英格兰人、荷兰人，也许还有法兰西人都会在他的领导下迅速赶来，共同对抗哈布斯堡家族。
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但此时英格兰国王詹姆斯一世已经驾崩，继承他的是查理一世。而新王激起众怒的政策增强了英格兰议会的反对（见第六章），这使他无暇帮助新教徒在欧洲大陆上的事业。因此，英格兰与尼德兰只提供了一些资金以及几千个士兵去帮助丹麦国王。不但如此，当时的法王路易十三正在拉罗谢尔围攻新教徒，只为丹麦人提供了极为有限的资助，来对抗哈布斯堡家族。于是，做事基本上随心所欲的克里斯蒂安不知道，宗教战争时代最为传奇的人物之一所率领的一支庞大的帝国军队正在逼近。
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阿尔布雷赫特·冯·瓦伦斯坦（1583—1634）是一个波希米亚贵族，在娶了一名有钱的寡妇后，他获得了更多财产用于资助军队。他作为路德教徒被抚养长大，但在20岁时，他皈依了天主教，于是他成为最强大的天主教将军。一个转变信仰者能够上升到如此重要的位置，再一次显示出，这场宗教战争不仅仅演化成法兰西、西班牙、奥地利、瑞典、丹麦各国统治者间的王朝战争，还发展成一场百无禁忌的大混战，其中为钱而战的雇佣兵发挥着重要作用。瓦伦斯坦也是一个热忱的占星术研究者，他野心勃勃、残忍、脾气火爆。他极端厌恶噪音——对于一名军人而言，这也相当古怪。因为他憎恶狗和猫的叫声，所以有时候当他来到一座城市时，他会下令将那里的狗和猫全部杀死，并禁止市民和他的士兵穿厚重的靴子、带马刺的靴子或其他任何会发出噪声的东西。他要么非常慷慨仁慈，要么则是极端残暴，而且旁边总会有一名刽子手，随时等候他的命令。为了天主教的事业，受到斐迪南委托，从德意志各邦国内筹建并统帅一支军队的瓦伦斯坦，率领3万人行至北方。
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1626年，天主教军大败丹麦人。接着军队行至波罗的海沿岸，入侵丹麦，攻陷了日德兰半岛。不过瓦伦斯坦军的胜利引发天主教邦国内部的紧张不安的反对。不但如此，他的军队不分敌我地蹂躏所到之地，金钱、食物被他们劫掠一空，还将军事将领的职位卖给任何叫价高的买家，哪怕对方是罪犯。
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克里斯蒂安因为倒霉的远征而使国家破产。他于1629年签订《吕贝克和约》，由此他退出战争，放弃对德意志北部的领土要求。此次和约原本还可以规定得更苛刻一些，因为这场似乎没完没了的战争严重消耗了一些天主教邦国的国力。这些国家惧怕哈布斯堡家族势力的进一步扩张，其中一些国家不想在它们的统治区域增加新教徒。
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斐迪南二世如今未经召开帝国议会便实施了许多对付新教徒的措施。作为确保天主教统治地位的手段，他将那些拒绝改信天主教的加尔文派和路德派的大臣和贵族逐出波希米亚，并加封新的贵族，包括一些外国人。那些被怀疑参与新教叛乱的贵族，不论他们是在哪个阶段参与，财产都被国王没收。如今腓特烈的选帝侯头衔转给了巴伐利亚的马克西米利安一世，大部分的选帝侯都是信仰天主教的诸侯，哈布斯堡家族可以依赖于这一局面。1628年，被截获的哈布斯堡家族的信件清楚表明，斐迪南为了扩大哈布斯堡家族的统治，意图剥夺德意志北部汉萨同盟的新教城市的自由。这一消息的泄露让法王路易十三警惕起来。
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斐迪南发现，在那些数十年没有进行天主教活动的土地上，强制推行天主教不是件容易的事。在上普法尔茨，第一批来到这儿主持弥撒的天主教神父连一只圣杯也找不到。波希米亚半数的堂区都没有教士。意大利的神父来到上奥地利，却发现堂区居民听不懂他在说什么。1629年的《归还敕令》允许路德派教徒——不是加尔文教徒，除了普法尔茨地区外，加尔文教徒在德意志的其他地区都很少——在某些特定城市从事他们的宗教活动，但是命令他们向天主教会归还自《奥格斯堡和约》签约者在1552年第一次齐聚一堂后占据的男女修道院。由于《归还敕令》也允许统治者在自己的领土内加强他们的宗教，因此战争继续进行。
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