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1626年，天主教军大败丹麦人。接着军队行至波罗的海沿岸，入侵丹麦，攻陷了日德兰半岛。不过瓦伦斯坦军的胜利引发天主教邦国内部的紧张不安的反对。不但如此，他的军队不分敌我地蹂躏所到之地，金钱、食物被他们劫掠一空，还将军事将领的职位卖给任何叫价高的买家，哪怕对方是罪犯。
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克里斯蒂安因为倒霉的远征而使国家破产。他于1629年签订《吕贝克和约》，由此他退出战争，放弃对德意志北部的领土要求。此次和约原本还可以规定得更苛刻一些，因为这场似乎没完没了的战争严重消耗了一些天主教邦国的国力。这些国家惧怕哈布斯堡家族势力的进一步扩张，其中一些国家不想在它们的统治区域增加新教徒。
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斐迪南二世如今未经召开帝国议会便实施了许多对付新教徒的措施。作为确保天主教统治地位的手段，他将那些拒绝改信天主教的加尔文派和路德派的大臣和贵族逐出波希米亚，并加封新的贵族，包括一些外国人。那些被怀疑参与新教叛乱的贵族，不论他们是在哪个阶段参与，财产都被国王没收。如今腓特烈的选帝侯头衔转给了巴伐利亚的马克西米利安一世，大部分的选帝侯都是信仰天主教的诸侯，哈布斯堡家族可以依赖于这一局面。1628年，被截获的哈布斯堡家族的信件清楚表明，斐迪南为了扩大哈布斯堡家族的统治，意图剥夺德意志北部汉萨同盟的新教城市的自由。这一消息的泄露让法王路易十三警惕起来。
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斐迪南发现，在那些数十年没有进行天主教活动的土地上，强制推行天主教不是件容易的事。在上普法尔茨，第一批来到这儿主持弥撒的天主教神父连一只圣杯也找不到。波希米亚半数的堂区都没有教士。意大利的神父来到上奥地利，却发现堂区居民听不懂他在说什么。1629年的《归还敕令》允许路德派教徒——不是加尔文教徒，除了普法尔茨地区外，加尔文教徒在德意志的其他地区都很少——在某些特定城市从事他们的宗教活动，但是命令他们向天主教会归还自《奥格斯堡和约》签约者在1552年第一次齐聚一堂后占据的男女修道院。由于《归还敕令》也允许统治者在自己的领土内加强他们的宗教，因此战争继续进行。
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瑞典阶段
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同一时期，英格兰、尼德兰共和国、德意志北部的邦国勃兰登堡以及普法尔茨，邀请路德派的瑞典国王古斯塔夫斯·阿道弗斯（统治时期：1611—1632）向新教伸出援手。扩大瑞典这个仅有100万居民的王国地盘的可能性，对具有冒险家性格的古斯塔夫斯来说是无法抵御的诱惑。
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“北方的雄狮”古斯塔夫斯5岁时遭遇海难并幸免于难，自幼受到雇佣兵的战争技术指导。他还会吹长笛、写诗以及用10种语言交谈。他的脾气极为暴躁，这在那个世纪的统治者中非常普遍。曾有一次，他在一位军官的帐篷外见到两头被偷的母牛，他揪着小偷的耳朵把他拽到刽子手处。他的勇敢无畏也是一个传奇——他很少因炮弹在他旁边爆炸、身下的马被射中或跌破冰层而停止进攻的脚步。
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古斯塔夫斯受到他所欣赏的罗马战术的影响，组织的纵队一般比他的敌人短——大约6人纵深。这使他的战线能伸展得更宽。古斯塔夫斯以旅来编制军队，每4个骑兵中队配置9门大炮用来保护士兵，并且让士兵排成箭形阵形冲入战场。更高级的火炮在他的事业中有效地发挥作用，与敌人的大炮相比，前者能够射出更大的炮弹、且射得更远更准确。
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瑞典国王古斯塔夫斯·阿道弗斯在战场。
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这位年轻骁勇的瑞典国王以约7万人的军力，征服了信仰天主教的波兰。瑞典的参战，以及如今在阿尔卑斯山、意大利和尼德兰地区开战的西班牙遭遇的持续的灾难，为新教徒带来了希望。1629年，瑞典军队打败了波兰和哈布斯堡王朝的联军后，占领了波罗的海沿岸的波美拉尼亚地区。
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1630年，确信天主教选帝侯占多数的斐迪南召集帝国选帝侯，让他们承认他的儿子为皇位继承人。他还要他们支持他许诺帮助西班牙对抗荷兰，以此换得西班牙的帮助来对抗新教军队。但是来自萨克森和勃兰登堡的新教选帝侯甚至拒绝参加集会。天主教选帝侯要求罢免强大的瓦伦斯坦，哪怕是西班牙的国王，也畏惧于他那强大而混乱无序的军队。斐迪南因此罢免了这位将军，他的成就和影响力本可让哈布斯堡家族掌控德意志所有邦国。
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虽然法王提供了一份可观的资助，古斯塔夫斯·阿道弗斯只得到一些新教小国的支持。一些路德派的德意志邦国依旧希望哈布斯堡家族能在领土问题上让步。考虑到加尔文派是更加激进的改革者，相比之下，这个天主教王朝更喜欢路德派而非加尔文派。如今斐迪南派遣蒂利阻止瑞典人的进攻。蒂利围攻勃兰登堡的新教都市马格德堡，在1631年强迫这座城市投降。接下来城市内发生的大屠杀，以及相伴随的洗劫，产生了类似“抛出窗外事件”的效应。这场暴行的相关传闻传播到整个欧洲的新教世界。萨克森、勃兰登堡与瑞典结盟。新教盟军在古斯塔夫斯·阿道弗斯的带领下，在莱比锡附近的布赖滕费尔德打败了蒂利的天主教帝国军队。这支瑞典军队随着德意志雇佣兵的加入进一步扩大，接下来它穿越德意志北部各国，轻而易举地扭转了哈布斯堡家族在此前12年中赢得的局面。
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瑞典实力的增强同时引发了新教和天主教国家的焦虑不安，包括法兰西，尽管路易十三在财政上资助了古斯塔夫斯。在巴伐利亚，瑞典军打败了蒂利，后者在1632年战死沙场。天主教帝国军的溃败似乎是彻底的。西班牙由于在欧洲和美洲的利益范围过于分散，在那时无法提供帮助。而瘟疫的出现，让意大利无法组建另一支天主教军队；甚至教皇也推辞了求助，他抱怨维苏威火山的爆发让他们无法收税。
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1632年4月，斐迪南只好再次起用瓦伦斯坦去解决天主教的危机。而后者答应以得到对军队的绝对控制为条件，重新组建帝国军。瓦伦斯坦重新征服了西里西亚和波希米亚。为了对付瓦伦斯坦，古斯塔夫斯集结了一支欧洲大陆前所未有、由一人统帅的最大的军队(16)。尽管理智告诉古斯塔夫斯，瑞典军队应该在1632年冬季来临前挖掘战壕固守阵地，但他还是决定冒险一战，11月，他在萨克森的吕岑向瓦伦斯坦发起进攻。在一片大雾中，双方展开势均力敌的血拼，但均势最后转为天主教军队的胜利。古斯塔夫斯·阿道弗斯死在战场上，他面孔朝下陷入了泥泞之中。
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瓦伦斯坦的时日也屈指可数。他的新军如今靠中欧的土地过活，引起农民的反抗。不但如此，正在生病的瓦伦斯坦，要求指挥一支稍后赶来帮助天主教军队的西班牙军队。同时，他在1631年布赖滕费尔德战役后，曾考虑过加入古斯塔夫斯一方，并且他也在为法兰西和德意志新教势力效劳，这些事也暴露了。斐迪南最后一次罢免了瓦伦斯坦，随后下令将他杀死。1634年2月，一名爱尔兰雇佣兵爬进瓦伦斯坦的房间，用一支长矛将其杀死。
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1634年在施瓦本，西班牙军队在瓦伦斯坦残存部队的帮助下，打败了瑞典和德意志新教徒的联军。1635年，萨克森的选帝侯放弃了新教徒的斗争，与斐迪南达成和平协议。其他新教诸侯也陆续离开了战场。天主教军队占据着优势。
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三十年战争中的军队
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三十年战争无疑是战争史上最为残酷的片段之一。一位当时的人如此描述这场蹂躏中欧的似乎无止境的暴行带来的恐怖：
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（士兵们）将一个雇工平放在地上拉直，在他的嘴巴里钉上木楔，让他的嘴巴一直张开，然后将牛奶桶里装满臭烘烘的粪，倒入他的喉咙里——他们称之为瑞典鸡尾酒……接下来他们用拇指夹……折磨农民……他们将一个抓到的乡下佬放入烤箱，并点上火……关于那些被俘的妇人、女佣和姑娘们的遭遇，我无法描述太多，因为士兵们不让我看他们做的事。但是我真真切切地记得在那些黑暗的角落里发出的可怜的惨叫。
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三十年战争期间，士兵们抢劫一间农舍。一些士兵将农民放到他的壁炉上折磨；另一些士兵则在强奸妇女、偷窃食物。