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1632年4月，斐迪南只好再次起用瓦伦斯坦去解决天主教的危机。而后者答应以得到对军队的绝对控制为条件，重新组建帝国军。瓦伦斯坦重新征服了西里西亚和波希米亚。为了对付瓦伦斯坦，古斯塔夫斯集结了一支欧洲大陆前所未有、由一人统帅的最大的军队(16)。尽管理智告诉古斯塔夫斯，瑞典军队应该在1632年冬季来临前挖掘战壕固守阵地，但他还是决定冒险一战，11月，他在萨克森的吕岑向瓦伦斯坦发起进攻。在一片大雾中，双方展开势均力敌的血拼，但均势最后转为天主教军队的胜利。古斯塔夫斯·阿道弗斯死在战场上，他面孔朝下陷入了泥泞之中。
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瓦伦斯坦的时日也屈指可数。他的新军如今靠中欧的土地过活，引起农民的反抗。不但如此，正在生病的瓦伦斯坦，要求指挥一支稍后赶来帮助天主教军队的西班牙军队。同时，他在1631年布赖滕费尔德战役后，曾考虑过加入古斯塔夫斯一方，并且他也在为法兰西和德意志新教势力效劳，这些事也暴露了。斐迪南最后一次罢免了瓦伦斯坦，随后下令将他杀死。1634年2月，一名爱尔兰雇佣兵爬进瓦伦斯坦的房间，用一支长矛将其杀死。
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1634年在施瓦本，西班牙军队在瓦伦斯坦残存部队的帮助下，打败了瑞典和德意志新教徒的联军。1635年，萨克森的选帝侯放弃了新教徒的斗争，与斐迪南达成和平协议。其他新教诸侯也陆续离开了战场。天主教军队占据着优势。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484537]
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三十年战争中的军队
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三十年战争无疑是战争史上最为残酷的片段之一。一位当时的人如此描述这场蹂躏中欧的似乎无止境的暴行带来的恐怖：
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（士兵们）将一个雇工平放在地上拉直，在他的嘴巴里钉上木楔，让他的嘴巴一直张开，然后将牛奶桶里装满臭烘烘的粪，倒入他的喉咙里——他们称之为瑞典鸡尾酒……接下来他们用拇指夹……折磨农民……他们将一个抓到的乡下佬放入烤箱，并点上火……关于那些被俘的妇人、女佣和姑娘们的遭遇，我无法描述太多，因为士兵们不让我看他们做的事。但是我真真切切地记得在那些黑暗的角落里发出的可怜的惨叫。
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三十年战争期间，士兵们抢劫一间农舍。一些士兵将农民放到他的壁炉上折磨；另一些士兵则在强奸妇女、偷窃食物。
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三十年战争期间，几个因素让士兵们犯下这样的暴行。雇佣兵和志愿兵往往背井离乡参战，依靠在各地觅食生存下去。那些反对其他宗教的尖刻的宣传可能也为暴行推波助澜。但为应对此类暴行，古斯塔夫斯和其他将领严厉惩罚，甚至处决施以暴行的士兵，他们不希望使当地人过于恐慌，导致军队粮饷的常规供应渠道消失。
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三十年战争期间，至少100万人参军。军队规模在当时而言非常大。连本土并未发生战争的瑞典也受到冲击，至少5万瑞典士兵在1621—1632年死于战争中的外伤和疾病，后者更常见。然而，考虑到参加这场漫长战争的士兵数量，阵亡士兵的数量相对较少，特别是与那些感染疾病致死的士兵以及死于军队劫掠的普通民众相比。军队横行德意志全境，他们中既有天主教徒也有新教徒，各种语言混杂，恣意劫掠、纵火。仅马堡一处，在不同时期11次被占领。各种暴行接踵而至。
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组成军队的士兵也依然是乌合之众，他们缺乏纪律，在一些情况下，还会有士兵的家属同行。大量女性（包括许多妓女）和儿童跟随着军队，这可能导致战争的延长，让士兵们在军队里的生活似乎变得更加普通。
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大部分士兵往往是找到什么穿什么。一些幸运的人有皮衣，带有能抵抗德意志潮湿的气候的防雨斗篷，还戴着毡帽。一些哈布斯堡王朝的军队穿着引人注目的灰白色的制服，至少在一场战役开始时是如此。几个月后，他们的制服变得破碎不堪，士兵们被迫不分敌我地剥下死人的衣服，或从平民那儿偷衣服。在最好的情况下，士兵们会佩戴着代表本军团的标志，在代表自己军队颜色的旗帜下作战——因此出现了“出示你的颜色”（show your colors）这样一种说法。瑞典人为他们的帽子添上黄色饰带。帝国军则将红色标志置于帽子、羽饰或绶带上，若他们能找到这些饰物。
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当时大部分的军队里没有统一的语言。哈布斯堡王朝的军队里有萨克森人、巴伐利亚人、威斯特伐利亚人和奥地利人；马克西米利安的巴伐利亚军队里混杂着德意志其他地区的人、意大利人、波兰人、斯洛文尼亚人、克罗地亚人、希腊人、匈牙利人、勃艮第人、法兰西人、捷克人、西班牙人、苏格兰人、爱尔兰人以及土耳其人。
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一些士兵参军可能是为了寻求刺激和冒险；另一些人则是因为宗教信仰。然而大量士兵是与自己信仰相同的军队作战，当出现了更好的机会时，他们会转换阵营。军队的招募者在寻找士兵来凑满名额时，几乎不考虑宗教信仰问题，他们做这项工作能获得大笔薪水。不管处于何种情况，应征者对双方招募阵营的关注点，都在于当他们加入后能否获得比入伍前更好的衣服和食物——面包、肉、大量的酒，时不时会有一些黄油和奶酪。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484538]
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宗教战争与王朝斗争（1635—1648）
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从1635年到1648年，这场最初因宗教信仰不同而引发的战争，变成了欧洲两大天主教国家法兰西和奥地利哈布斯堡王朝的斗争，前者与瑞典结盟，后者则拉拢了西班牙。1635年法兰西对西班牙的腓力四世宣战，黎塞留希望以此逼迫哈布斯堡王朝的军队远离法兰西边界。他宣战的借口是西班牙逮捕了法兰西的盟友特里尔选帝侯。法兰西与尼德兰共和国和瑞典的结盟，以及邻近的萨伏依、洛林和法兰西在阿尔萨斯的保护国给予的保证，为作战铺平了道路。
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法军入侵尼德兰和德意志南部的进展不顺。路易十三的军队缺乏有能力的指挥官和拥有作战经验的军队，主要原因是法兰西已经在意大利、比利牛斯山脉以及德意志北部作战。但是法兰西的介入，正如之前瑞典的加入那样，确实给新教国家一些喘息机会。法军随后联合瑞典军，帮助在萨克森击败了帝国军。
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战争继续进行。1636年，教皇号召天主教和新教国家分别派代表参加在科隆举行的和平会议，但无人参与。4年后，另一支法瑞联军击败了哈布斯堡王朝的军队。于是巴伐利亚的马克西米利安一世寻求与法兰西单独议和。1643年，西班牙在法兰西北部、尼德兰和比利牛斯山脉被彻底击垮，西班牙国内也爆发了起义，这使得奥地利的哈布斯堡王朝没有选择，只好和解。
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同一时期，法兰西国内的骚动，包括阴谋反对黎塞留的行动，以及开始于1642年的英国内战，让其他各国君主警惕持续的不安定局面将会带来的危机。瑞典人也对远离家乡的战争感到厌烦，这些战争带给本国的只有人员伤亡的消息。而在德意志邦国，人们通过音乐和戏剧呼唤和平。路德派牧师在布道时也大声指责战争。在欧洲各大国的统治者中，只有路易十三希望战争继续进行，消灭奥地利的哈布斯堡家族。1644年他资助特兰西瓦尼亚的新教徒入侵匈牙利。当瑞典和特兰西瓦尼亚军队准备围攻帝国首都维也纳时，已经继承父位的神圣罗马皇帝斐迪南三世（统治时期：1637—1657）与特兰西瓦尼亚君主签订了和平协议，承诺对匈牙利新教实行宽容政策。1645年，哈布斯堡家族的军队遭遇更多失败后，斐迪南三世意识到他必须和解，并赦免帝国内那些与他交战的诸侯。
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早在1643年，全面的和平协议的准备就开始了，但甚至到1647年法瑞联军将帝国军赶出莱茵兰和巴伐利亚之时，准备工作还在缓慢进行。1648年早些时候，法兰西军队再次大获全胜后，法兰西国内发生了贵族反对王权的投石党运动（Fronde，见第七章），这才迫使继承了路易十三王位的年轻的路易十四寻求和解。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484539]
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《威斯特伐利亚和约》（1648）
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《威斯特伐利亚和约》不同于历史上之前签订的任何和平协约，之前的和约总是涉及两三个国家，几乎不出现更多国家。此次和约的制定者们相信，他们能通过消除引发冲突的宗教分裂，在因混乱而支离破碎的欧洲恢复稳定的国际环境和外交进程。事实证明，和约几乎与三十年战争本身一样复杂。200名统治者齐聚威斯特伐利亚，数千位外交官和其他官员来回奔波于两个城镇。相关信件要花上10—12天时间到达巴黎和维也纳的王宫，至少20天到达斯德哥尔摩，一个月到达马德里。与此同时，法兰西人试图拖延任何和约的签订，希望逼迫西班牙投降。1648年的夏天，瑞典再次占领波希米亚，希望能为路德派赢得更多的保障和宗教宽容。而当西班牙根据与荷兰单独签订的《明斯特条约》承认荷兰共和国独立的既成事实后，西班牙军队在佛兰德与法军进行了没有退路的一战，以帮助斐迪南三世。1648年8月，在瑞典人占领了布拉格部分地区的一个月后，法军击败了一支西班牙军队。于是斐迪南终于再无退路，他于1648年10月24日签订了和约。
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