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苏格兰也被证明是英格兰一个棘手的问题。尽管在1503年，苏格兰国王詹姆斯四世娶了亨利七世的女儿玛格丽特·都铎，但英格兰与苏格兰的关系从亨利八世成为国王时起就开始恶化。1513年，詹姆斯为支持法国而入侵英格兰，亨利八世发动了一场规模浩大的战役，对抗苏格兰。这场战争的结局是弗洛登之战中詹姆斯战死，英格兰获得了血腥的胜利。尽管如此，信仰天主教的苏格兰依旧是天主教国家法国的盟友。1542年，一支英军再次入侵苏格兰，并在索尔威莫斯打败苏格兰人。而在詹姆斯战死一个月后，玛丽·斯图亚特（詹姆斯的出生6天的女儿）成为苏格兰的女王。1546年，当亨利与法国的战争慢慢停止时，又一支英军蹂躏了苏格兰，洗劫了苏格兰首都和大学城爱丁堡。
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1547年，亨利八世驾崩。这位因为坚持离婚而开启了英格兰宗教改革的国王，在弥留之际却两面下注，他留下一笔钱用于支付一场为其灵魂的永恒安宁而举行的天主教弥撒。亨利与简·西摩尔的9岁的儿子成为爱德华六世（统治时期：1547—1553），在他的舅舅萨默塞特公爵兼护国公的监护下统治。在试图与新教异见者达成和解的同时，年轻的爱德华代表英格兰圣公会发动了凶猛的战争。
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与信仰天主教的苏格兰和法国的战争继续进行。护国公决心消灭苏格兰的天主教。当英军消灭了一支法国派往苏格兰以帮助那里的天主教事业的军队后，年轻的苏格兰天主教女王玛丽·斯图亚特（1542—1587）逃往安全之地，她嫁给了法王亨利二世之子弗朗索瓦。新教徒与天主教徒在英格兰的紧张关系升级了。不但如此，地主们拒绝上交更多的税去支持新的战争。1549年，沃里克伯爵与忧心忡忡的信奉天主教的贵族结盟，推翻了萨默塞特公爵的摄政。沃里克伯爵承担了护国公的职责，并得到了诺森伯兰公爵的头衔。
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然而，诺森伯兰公爵立即背叛了那些曾经支持他的天主教贵族。他加强了王权对英格兰圣公会的控制，镇压天主教。诺森伯兰公爵对病弱的年轻国王的影响力刺激了他对权力的渴望。于是他精心策划，欲让简·格雷郡主（1537—1554，亨利八世的外甥女，英格兰王位第三顺位继承人）在与他的儿子结婚后登上王位。当爱德华驾崩后，诺森伯兰公爵宣布他的媳妇应该成为英格兰女王。不过当时大部分的贵族团结在玛丽·都铎（统治时期：1553—1558）身边，她是亨利八世与阿拉贡的凯瑟琳的女儿。对他们来说，她似乎才是合法的王位继承人，尽管她是天主教徒。
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玛丽·都铎，后来的英格兰女王。
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玛丽继承了她同父异母弟弟的王位，并试图让英格兰回归天主教信仰。她恢复了天主教会所有的仪式和教义，承认罗马教皇高于英格兰圣公会。女王废除了亨利八世的改革，并开始迫害新教徒，其中一些受到迫害的新教徒逃亡至法国。“血腥玛丽”让诺森伯兰公爵、他的儿子以及仅仅统治了9天的简·格雷三人的首级成为伦敦塔阴森的遗产的一部分。玛丽嫁给了腓力二世，后者于1556年继承西班牙王位。英格兰在西班牙与法国的战争中加入西班牙一方，法国在意大利长期与哈布斯堡王朝敌对。英格兰在法国的最后一处前哨基地加来很快沦陷。玛丽的天主教信仰在民众看来等同于西班牙和法国，引起了大规模抗议，一场反对女王的叛乱由此爆发。当玛丽在1558年去世时，英格兰很少人为之哀悼。
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安妮·博林的女儿伊丽莎白一世（统治时期：1558—1603）在25岁时继承了她同父异母的姐姐玛丽的王位，成为英格兰女王，恢复了新教在英格兰的统治。伊丽莎白的王位面临宗教分裂的威胁，天主教国家法国和西班牙对英格兰的敌意恶化了这一局面。没有多少人曾经期望过这位年轻女王会走向成功。
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伊丽莎白非常聪明、虚荣，并经常反复无常，有时也会发脾气。她热爱音乐、舞蹈、狩猎，喜欢男人的陪伴。这位高个子、红头发、橄榄色肌肤的女王非常谨慎，甚至可以说是多疑，因为她在一个到处都是阴谋诡计的世界里长大。在面临紧急问题时，女王趋向于怀着它们自己会消失的希望，等待这些问题的结束。伊丽莎白受到传统意大利人文主义的教导，她学过法语、德语、意大利语以及拉丁语，她还喜欢将这些语言的文献翻译成英语。
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伊丽莎白一生未婚。在欧洲现代早期，对一个女性来说，这并非不寻常之事——在英格兰，大约10％的女性终身未婚——但对于一个君主而言，不结婚则极不寻常。伊丽莎白是否会找个丈夫，这是欧洲其他君主和她的臣民一直关注的问题。
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议会恳请她结婚并产下直接继承人，对此伊丽莎白的回应是她相信上帝会保证“这个王国不会一直缺少继承人”。对她个人而言，在她死后，“一块大理石墓碑将表明，一位女王生前在统治了这样一个时代后，以童贞之身死去”，如此便已足够。伊丽莎白拒绝了一次又一次来自欧洲大陆的夫婿候选人的求婚。最初是英俊但无趣的西班牙国王腓力二世，他是玛丽·都铎的信奉天主教的鳏夫。而她与英俊的罗伯特·达德利勋爵长达两年的浪漫史也未能开花结果，后者的妻子于1560年意外地从楼梯上跌落死去，这一令人生疑的事件自然而然地使谣言蔓延了多年。
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伊丽莎白女王与罗伯特·达德利跳舞。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484554]
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伊丽莎白一世时期宗教问题的解决与冲突
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伊丽莎白决心找到一种方法，解决英格兰的宗教冲突，否则某天冲突可能会危及她自身的统治。伊丽莎白是作为新教徒长大的，但她并没有特别强烈的宗教信念，也很少去教堂。尽管人们认为她支持一些天主教仪式，但她在威斯敏斯特大教堂第一次遇到僧侣们带着蜡烛和香炉列队行进时大喊：“把那些蜡烛拿走，我们能看清楚。”她罢黜了许多信仰天主教的顾问。
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1559年，议会通过了《统一法案》与《至尊法案》，这两项法案确立了英格兰圣公会持久不衰的基础，它们重组了英格兰圣公会，使其具有新教的教义和基本上属于天主教的结构。《统一法案》在英格兰圣公会仪式中推行《公祷书》（1550），并要求参与公众礼拜，若不参与将遭到罚款。这项法案差点未被上议院通过（上议院成员大部分是天主教徒），且当时若没有将两名主教关入伦敦塔，使他们无法投票，大约是不能通过的。《至尊法案》要求所有的官员、教士以及大学学位获得者候选人宣誓承认女王为英格兰圣公会的“管理者”。这个“管理者”头衔取代了教会“领袖”，意味着女王将不会干涉教义方面的事务。1563年制定的《三十九条信纲》成为英格兰以后的教会和国家的关系的制度框架。而在伊丽莎白女王统治时期加强了对议会的控制的有土地的精英阶层，普遍支持英格兰圣公会。
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一些英格兰新教徒希望在伊丽莎白对宗教问题的解决方案的基础上，进一步深化宗教改革。他们力图从英格兰圣公会中除去一些人所认为的天主教复杂仪式的残余，如洗礼十字架、领受圣餐时信徒在其前方下跪的圣坛围栏、精美华丽的神职人员的外袍，以及彩色玻璃窗。
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英格兰版的加尔文主义——清教主义，最早在16世纪50年代作为英格兰圣公会内部的一支异见力量出现。清教徒主要来自中下层人民，他们坚持一种简化的但更深刻的宗教，其基础是个人的良知、《圣经》的直接引证，以及一种布道在其中发挥着重要作用的信仰团体。尽管还是有一些清教徒担任英格兰圣公会的主教，但其他人则认为英格兰应政教分离。而另一方面，都铎王朝则希望圣公会能为国家荣誉、社会繁荣及公共秩序等世俗的目标服务。
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在来自大陆的天主教耶稣会传教士的帮助下，天主教在英格兰小规模复兴，从而使英格兰的宗教分裂进一步恶化。王室的宗教政策变得更加严厉。异见的新教徒与天主教徒一样遭受迫害。1581年，一名耶稣会传教士在拷问台上惨遭酷刑而死。6年后，第一个清教徒被处死，因为他在议会上以他的宗教信仰为名，为言论自由辩护。
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因为伊丽莎白没有后裔，于是信奉天主教的玛丽·斯图亚特成为英格兰王位继承人。1560年，她的丈夫法王弗朗索瓦二世驾崩，同一年她的母亲作为苏格兰的摄政王也去世后，她回到祖国苏格兰掌握大权。当神学家约翰·诺克斯（约1505—1572）从日内瓦回到家乡宣扬改革时，苏格兰宗教改革已积极展开。伊丽莎白继位后不久，与法国、苏格兰签订了和约。但是伊丽莎白与新教徒们担心，若玛丽成为英格兰女王，她会让天主教在英格兰复辟。于是在1568年，新教徒强迫玛丽放弃苏格兰王位，她逃至英格兰，伊丽莎白则将这个潜在的敌人软禁了起来。
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1569年，天主教徒在英格兰北部偏僻的荒野和沼泽发动叛乱，他们希望能以此让玛丽·斯图亚特登上英格兰王座。这场叛乱反而促使伊丽莎白下达将她的敌人关进监狱的命令。天主教军队向南方进军，却因为听闻前方有一支忠实于伊丽莎白的英格兰大军早已等在那里而草率撤军。英格兰军队在两国边界附近击败第二支苏格兰军队。伊丽莎白下令处决了超过500个叛乱分子。这场“北方叛乱”以彻底失败告终，而天主教会想在英格兰进行反宗教改革的愿望也最终破灭。1570年，教皇庇护五世将伊丽莎白逐出她本身就不愿归属的天主教会，他还解除了女王的信仰天主教的臣民服从女王的义务，支持了数次反对女王的阴谋。两年后，法国的天主教徒在巴黎发动了针对新教徒的圣巴多罗买日大屠杀（见第四章），其恐怖使伊丽莎白不惜一切代价反对玛丽登位的决心愈发坚定。于是她发誓支持新教徒占据大多数的荷兰人反叛天主教国家西班牙。1583年，她还挫败了一场企图罢黜她并让玛丽·斯图亚特登基的阴谋，西班牙和法国大使也卷入其中。4年后，迫于议会压力，伊丽莎白下令处死玛丽·斯图亚特。
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苏格兰女王玛丽。
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