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1649年1月30日，人们目睹查理一世被处决。
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残余议会一直持续到1653年。它不愿自行解散。克伦威尔左右为难，一方面决意保证英国的“神圣改革”，另一方面又不信任任何政治集会，于是他发动军事政变，解散了残余议会。长期议会(4)自1640年起持续。克伦威尔选了140人组成新议会。这届议会后来被称为“贝尔朋议会”（Barebones Parliament），得名于其中一个议员、皮革商“赞美上帝的贝尔朋”。
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英国成为一个军事专政国。6个月后，军队会议解散了贝尔朋议会，并宣布新宪法《施政条例》下的英国为护国政体。克伦威尔的头衔是“护国公”，拥有几乎无限的权力。曾支持查理一世反对议会的哲学家托马斯·霍布斯（1588—1679）提出过这样的论点：人类的自然状态是一种战争状态，“所有人对抗所有人”。他的观点似乎适用于当时的英国。
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这个清教徒的共和国结果与斯图亚特王朝的君主国一样压迫人民。克伦威尔未经议会同意便征收赋税，在议会不同意他时对其进行清洗。1655年，当议会起草出自己的宪法时，克伦威尔将议员们遣散。但是，如同查理一世，克伦威尔于次年被迫重新召开议会为战争资金问题投票，这次战争对抗的是西班牙。
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尽管克伦威尔给予所有清教派别实际的宗教自由(5)，但他依然不肯将宗教自由给予圣公会教徒和天主教徒。不过他在1655年的确允许犹太人回到英国，后者于1290年起便被禁止进入英国。克伦威尔失去人民的支持，是因为他为了战争和为英国5万大军提供补给所必须进行的征税。事实证明，这位护国公的军事才能比他的政治领导才能更出色。他在由军队实施的法规中提出告诫，让民众遵循“神圣的”清教徒的行事方式，这也疏远了民众。克伦威尔开始在他的衣服下穿盔甲，并采取迂回路线行进，以使可能在追踪他的刺客不能得逞。
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同时，他宣称自己只是政府卑微的代理者，他将负责维持秩序，直到神圣的公正普及世间。1657年，一个新选议会通过另一部宪法，并推举克伦威尔为英国国王。他拒绝了，或许是因为他相信上帝跟他说过要拒绝，或许是因为成为国王会失去军队中的异议者的支持。但他接受了《恭顺的请愿和建议书》，建立起第二院（议员由克伦威尔指派的上议院），并使护国公处于类似君主的地位，如拥有指定自己继承人的权利。克伦威尔接着再次解散议会，因为其中的共和政体拥护者对明显的君主制走向并不欢迎。一年后，克伦威尔去世，他那平庸的儿子理查德（1626—1712）继任护国公。理查德之后，几个军队中的继任者在新模范军的残余势力支持下，磕磕绊绊地上台。
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但是对上层阶级来说，只有斯图亚特王朝复辟，才能恢复英国的秩序。被处决的查理一世的儿子、王位继承人查理（1630—1685）当时被流放到尼德兰。在那个动荡的时期，军事实力依旧决定着一切。在苏格兰统帅军队的前保皇党军官乔治·蒙克将军（1608—1670）精明地保留着苏格兰税钱来支付他的士兵的薪资。他的军队变成了英国唯一可靠的力量。当议会试图声称拥有军权后，蒙克和他的军队行军至伦敦，解散了议会。新选议会使保皇党与长老派的联盟回归，导致趋向于接受复辟的温和派占据大多数席位。当查理向议会发出和解宣言后，议会邀请他登上英国的王位。1660年5月，查理在父亲被处死11年后，穿越了英吉利海峡，然后在1661年4月23日加冕，成为英王查理二世。
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解散新模范军的查理二世向那些一直对他忠心耿耿的臣民展现出相当大的魅力、精力、勇敢、无穷尽的好心情和忠诚(6)。当他觉得自己遭到背叛时，他也会报复性地攻击他的对手。查理二世赢得了大部分臣民的喜爱，因为君主制的回归似乎结束了漫长的分裂与动荡时代。他通过盛大的王室典礼，帮助人民恢复对君主制的信心，甚至试图利用“王者的触摸”治愈瘰疬病人，如同几个世纪前的国王那般。
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1661年查理二世的加冕典礼。
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尽管英国内战对议会统治而言是一场胜利，然而在某种程度上，王朝复辟使历史倒退到冲突之前。英格兰圣公会再一次成为国教。王室拒绝对其他宗教实行正式的宗教宽容政策。英格兰圣公会驱逐长老会牧师。长期缺乏金钱的国王再一次必须依赖议会筹集资金。
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如今在社会与政治的和平环境下，英国继续发展商业、增强影响力的道路似乎已经非常明确。从1660年到1688年，随着英国商船队建立了通往纽芬兰、弗吉尼亚和加勒比海地区的商务定期航线，英国船的运货吨数增加1倍多。1664年，一小支英国军队占领了荷兰殖民地新阿姆斯特丹，后来这个地区变成了纽约城。来自新世界的烟草、棉布、皮草、糖、巧克力和朗姆酒改变了消费习惯。伦敦成为繁荣的贸易港口，而东印度公司崛起成为能影响王室政策的一股强大的力量。1688年，伦敦劳埃德保险公司开始为前往新世界的船舶投保。那时几乎一半的英国船只在和印度或美洲进行贸易。到了1700年，英国的进出口总量增长了三分之一。
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为了支持英国的制造业和贸易，英国的外交政策进入了一个崭新的、充满扩张性的时期。为了削弱来自荷兰的商业竞争，议会在1651年至1673年间，通过了一系列《航海条例》，规定凡是运到英国的货物，必须由英国船只或商品生产国的船只运送。这导致英国与尼德兰爆发了三次战争，时间分别是：1652年到1654年(7)，1665年到1667年，以及1672年到1674年。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） 光荣革命
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关于王室权威与天主教的极度敏感的问题曾引发了英国内战，如今当议会唤来一位新王来统治英国后，这些问题又带来了另一场宪政危机，并为1688年的光荣革命埋下了种子。光荣革命后第二年，议会通过了《权利法案》，确立了议会、英国人民，尤其是有产者的权利神圣不可侵犯的原则。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484580]
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斯图亚特王朝的宗教大计
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斯图亚特王朝的权力回归后，宗教问题作为一个引起分裂的问题，再次在英国浮出水面，预示着王朝复辟似乎带来的政治统一会被粉碎。查理二世回归时，若不是带着对天主教的强烈的同情，至少也是怀着自己亏欠天主教徒一份宽容的信念，这些天主教徒中的一些人支持过他的父亲。斯图亚特家族国王的似乎有挑衅性的政策，再次引发了主张其特权的议会的坚决反对。
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查理二世青睐那些信奉天主教的大臣，他似乎正为了建立一个反对英国国教的联盟而试图寻求不奉国教者的支持。作为回应，1661年到1665年间，议会通过了一系列法律反对不奉国教者，这些法律后来被称作《克拉伦登法典》。1661年通过的《市镇法案》，要求市镇机关的所有任职者在圣公会领受圣餐；1662年通过的《统一法案》声明，所有的大臣必须使用圣公会的《公祷书》。不服从国教者必须宣誓：他们不会试图改变英国国内教会和国家既定的秩序。成立于1649年的一个和平的宗教团体贵格会，其数以百计的成员因为拒交什一税或宣誓，遭到监禁，死在监狱里。
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1670年，查理二世与法王路易十四签署了一个秘密的结盟协议。他向法王许诺，当英国的政治环境合适之时，他会宣布自己是天主教徒。作为回报，他受到了来自法国王室的资助。查理二世废除了针对天主教徒和不服从国教的新教团体的宗教礼拜的限制。然而，对他的这一决定的激烈的反对，迫使英王恢复限制性的措施。1673年议会通过《宣誓法案》，基本上取代了《克拉伦登法典》，将非圣公会教徒排斥在军队和公职之外。
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许多英国人依然怀疑，恢复天主教为国教的阴谋正在进行。尽管查理二世与路易十四签订的协议依然是个秘密，但在1678年，一个名为泰特斯·奥茨的奇怪的人公然宣称，天主教会的针对英国的阴谋真实存在。奥茨宣称耶稣会士正在准备暗杀国王，并屠杀所有英国新教徒。接下来，他们会宣布查理二世那虔诚的信仰天主教的弟弟詹姆斯成为国王(8)。尽管是奥茨捏造了这一切，且国王也非常清楚这点，但国王无法开诚布公，因为查理自身与法王已签订秘密协议，许诺在英国恢复天主教。
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17世纪70年代，议会中有两个派别崛起，在某种程度上重现了内战前“宫廷”与“国家”的分裂。被称作“托利党”的议员们支持王室的全部特权，其中一些还鼓吹君权神授的理论。与之对应的是过去的“宫廷”一派。而那些支持议会至高无上、主张宗教宽容的议员被称为“辉格党”（与之对应的是代表“国家”的一派）。辉格党的领袖精心安排了一个计划，将詹姆斯剔除出王位继承者的行列，因为詹姆斯是天主教徒。在随后的排斥法案危机时期（1678—1681），托利党为詹姆斯辩护，称他是英国王位的合法继承人。1679年，当一些议员试图让查理二世的私生子成为王位继承人时，查理解散了议会。在接下来的三次议会选举中，辉格党得益于国内反天主教的环境，占据了议会大多数席位。
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1679年《人身保护法》在议会通过，体现了辉格党的优势。该法案强迫政府必须立刻审判那些被逮捕的人。通过确立被指控犯罪的人的法律权益，这一法案进一步限制了君主权力。《人身保护法》因此是下议院为了维持其在英国统治中的固有角色而进行的长达一个世纪的斗争的一部分。
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