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中世纪诗人但丁（1265—1321）的作品反映出亚里士多德的物理学和托勒密的天文学的普遍影响。但丁认为宇宙由10层球体构成，它们围绕着球形的、静止的地球。在《地狱篇》中，但丁与罗马诗人维吉尔游至地球的核心，然后从另一侧爬出来，到了南半球，他们在那里发现了炼狱。地狱位于地球的中心，而天堂则位于遥远的第10层球体中。但丁及其同时代的人都认为，地球由四种元素构成：土、水、气、火。前两种元素都有一种落向静止地球的中心的自然倾向。
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中世纪的欧洲学者似乎对天文学完全没有兴趣。然而可以肯定的是，一些中世纪的思想家在通往现代科学的道路上迈出了重要的步伐，他们崇尚对自然现象的研究，并尊敬研究此类问题的学者。中世纪的科学家在光学（发明了眼镜）和生物学等领域作出了恒久的贡献。他们对研究对象进行分类，支持以科学程序为基础的实验和数学在理论验证中的运用。但即使是最有才华的中世纪思想家，其贡献也依旧仅限于理论领域。
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地狱最后一圈中的维吉尔、西塞罗，以及三个巨人，出自但丁的《神曲·地狱篇》，1313年。
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文艺复兴运动利用了在古典散文、诗歌、艺术和建筑方面的发现，这个时期的意大利学者也转向研究那些已经被复原、编辑和印刷的古希腊科学文献。阿拉伯人在几个世纪前征服拜占庭帝国东部的时候就接触到了这些古典学问。阿拉伯学者对天文学、数学和医学也作出了重要的独创贡献，他们保存了许多古希腊和古罗马的文献，并将其翻译成阿拉伯文。1453年，君士坦丁堡被土耳其人攻陷后，一些手稿被希腊学者带到西方，这些手稿表明，数学可以被用于探究宇宙的奥秘。阿拉伯的学者观察、甚至开始测量所观测到的天文现象，他们提出的令人不安的问题挑战了关于地球的古老观点。因此，托勒密的文献又重新成为兴趣和研究的对象。
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托勒密的宇宙观反映了亚里士多德的运动理论的支配地位。不过在此之前，就至少有一人提出了异议。叙拉古的阿基米德（约公元前287—公元前212）曾经质疑过亚里士多德的论点，后者认为，静止是所有物质的自然状态，只有出现“主动的推动者”时才能引发运动。到了14世纪，亚里士多德的观点又遭到巴黎和牛津大学的思想家们的质疑。他们观测到，下落物体的运动速度会越来越快，但却无法观测到与之相伴的“推动者”。一些学者也否定亚里士多德的“空气本身是一种自然的推动力”的解释。他们观察到，从弓射出的箭很明显没有被空气或其他任何物质持续推动，迟早还是会落到地面上。人们理解了运动物质的质量发挥的作用，在此基础上逐步发展起来的运动理论，以及数学领域本身的进步，为天文学和力学领域中的新发现奠定了基础。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484619]
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哥白尼挑战亚里士多德的宇宙观
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科学思维革命的进展可归功于一位教士，他一直望向天空，却不一定是怀着虔诚的默想。尼古拉·哥白尼（1473—1543）对亚里士多德的宇宙观发动了最猛烈的攻击。他出生于波兰的波罗的海海滨。在哥白尼的父亲死后，他的舅舅（一名富裕的主教）负责他的教育。从克拉科夫大学毕业后，哥白尼前往意大利学习医学和法律。学习了希腊文之后，他阅读了中世纪的科学和文学文献。他还接受过医生和肖像画家的训练，并一生都致力于观察和发现。
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哥白尼的《天体运行论》一直到1543年他临终之时才出版。同年，阿基米德的著作第一次被翻译成拉丁文。荒谬的是，哥白尼考虑到其著作会引发激烈的神学辩论，就将自己的研究献给教皇。托勒密的宇宙学说（其本身反映了亚里士多德的宇宙观）无法解释哥白尼自己用肉眼观察到的现象，哥白尼为此感到非常困扰。他的观察告诉他：行星、月亮和恒星很明显并未以相同的速度围绕地球运动。它们的轨迹似乎也并非托勒密所划分的球形轨迹。火星的亮度似乎在改变，这点让哥白尼特别苦恼。简而言之，哥白尼的观测结果与亚里士多德和托勒密关于宇宙的基本假说是相矛盾的。
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早在哥白尼之前，一些思想家就质疑亚里士多德的物理学和托勒密的宇宙观，但他们一般没有越过纯推测的范围。库萨的尼古拉（1401—1464）是一名德意志的主教兼神学家，他曾撰写有关天文学的文章，他认为地球可能是运动的。但是，不论是库萨的尼古拉还是同时期的其他人，都未试图通过数学计算去证实或否定这个大胆的理论。尼古拉提出了太阳位于宇宙中心的可能性，并暗示宇宙是无穷大的，本质上并没有等级，没有亚里士多德的球体层级的限制。杰出的文艺复兴艺术家兼人文主义者莱奥纳多·达·芬奇（见第二章）将智慧称为“经验之女”，他也暗示过地球也许围绕着太阳旋转。
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哥白尼推断：位于宇宙中心的是太阳，而非地球，地球每天围绕自身轴线旋转一次，并且每365天围绕太阳旋转一次。他写道：“在所有的星体中间，是备受尊崇的太阳，在这座最美丽的神殿中，我们还能有更好的地方可以放置这个天体，让它从那里瞬间照亮一切吗？”哥白尼的假说和他对托勒密部分结论的批评一样并非完全原创。但是他的主张非常大胆、清晰，对许多人来说非常有说服力。不但如此，这些主张还表明了数学可以验证天文学的理论。
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地球仅仅是许多围绕太阳沿圆周轨迹旋转的行星之一，这个观点引发了围绕地球地位的激烈争论。这一观点似乎降低了人类的地位，让天主教、新教和犹太教的神学家们感到既困惑又愤怒。凝视天空的纯粹的凡人自身正在宇宙中快速运动，这一点似乎让人难以置信。马丁·路德本人并不倾向于毫无怀疑地全盘接受古老的智慧，但他在谈到哥白尼时说道：“这个蠢货是想把整个天文学闹得天翻地覆！”
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哥白尼正是这么做的。但他似乎没有兴趣自己进行系统的观测，他的计算中也有一些重大错误。他不能解释为何没有持久的东风，根据地球围绕太阳旋转的方向的假说，预期可能会出现持久的东风。哥白尼有时求助于古代的学说来为他自己的疑惑寻求答案，他也没有完全抛弃托勒密所假定的天体系统。哥白尼也继续接受球形宇宙是有限的这个观点，固定在天空中的星星也许限定了它的范围。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484620]
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人体的普遍规律
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当科学家们开始绘制天空中的运动时，一些学者开始质疑关于人体的古老假说。他们认为人体同样受到控制天体和地球运动的普遍规律的支配。文艺复兴运动引发了对人体解剖学的兴趣。关于人体运作的大部分假说从古代世界开始一直流传了多个世纪。与托勒密同时代的希腊人盖伦（129—约210）第一个提出了基于科学实验的医学理论。他对猿猴做了一系列实验，假定动物和人类的身体的器官排列基本一致。同亚里士多德一样，盖伦认为，疾病来源于人体四种体液的不平衡——血、黏液、黄胆汁和黑胆汁。他认为有两种血液分别引发了肌肉运动和消化：沿着动脉上下流动的鲜红色血液，以及可以在静脉里找到的深红色血液。安德雷亚斯·维萨里（1514—1564）质疑盖伦的解剖学观点，他出版了《人体的构造》（1543）一书。维萨里可以说是现代生物科学的创始人，他否定了对血液循环的古老解释，并开始解剖和研究尸体（在中世纪，教会认为这种做法是有罪的），他还是拼装人类骨架的第一人。
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1363年，在蒙彼利埃大学中解剖尸体。
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英国科学家威廉·哈维（1578—1657）基本上解开了人体血液循环之谜。如同天文学家一样，他也采用了科学的研究方法。他写道：“我宣布从解剖而非书本、从自然的构造而非哲学家的理念来学习和教授解剖学。”哈维的成就是在思想领域，并且完全没有依靠先前的发明。事实上，他的发现还早于显微镜的发明，并且他在实验中仅仅使用了两次放大镜。
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哈维的血液循环理论将心脏及其瓣膜的运转描绘为像机械泵那样。然而，如同中世纪的思想家那样，哈维依旧相信血液里可以找到“生命灵气”。像维萨里那样，哈维的作品所带来的长远结果是进一步削弱了亚里士多德哲学和中世纪科学的权威，并为后世的现代生物学与医学的发展奠定了基础。
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欧洲现代史：从文艺复兴到现在（第三版） [:1706484621]
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布拉赫和开普勒探索天空
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丹麦天文学家第谷·布拉赫（1546—1601）和他的德意志助手约翰内斯·开普勒（1571—1630）将对理解宇宙运转的方式的探索带到新的科学认识的阶段。布拉赫在哥本哈根大学研究哲学时观察到日偏食现象，此后，他就开始着迷于天空。布拉赫是一名长相奇特的贵族，他的鼻子在一场决斗中残缺了一块，于是他将一个金银合金的假鼻子架在他的翘八字胡上。他在丹麦的一座小岛上建了一个天文观测站。
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布拉赫否定哥白尼关于地球围绕太阳旋转的观点。他宣称，这若是真的，那么从西向东（这是哥白尼所认为的地球运转的方向）发射的炮弹会射到更远的地方；而且由于地球在运动，从高塔上落下的重物应该落在塔的西侧的地面。布拉赫得出了一种复杂的折中解释：已知的五大行星围绕太阳旋转，而太阳则围绕着静止的地球旋转。
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